大學學術聲望排名前三十名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 1 清華大學 台灣大學 交通大學 成功大學 中山大學 中央大學 政治大學 台灣師範大學 中正大學 陽明大學 3.536
大學學術聲望排名前三十名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 11 元智大學 長庚大學 中興大學 高雄醫學院 東海大學 中原大學 淡江大學 輔仁大學 東吳大學 台灣海洋大學
大學學術聲望排名前三十名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 21 台北醫學院 東華大學 高雄師範大學 逢甲大學 慈濟醫學暨人文社會學院 大同工學院 彰化師範大學 暨南大學 國立台北師範學院 靜宜大學 2.33* 說明：台灣藝術學院、台灣體育學院、國立體育學院，因學校性質特殊，未加入今年學術聲望評價。若讀者欲對照今年與去 年排名變動情形，須排除 98 年台灣藝術學院排名二十二名的影響。 註 1 ： * 表示九八年未進入大學聲望排名前三十名 註 2 ：當得分享相同時，依校名筆劃排列 製表：編輯部
師範院校聲望排名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 1 台灣師範大學 高雄師範大學 彰化師範大學 國立台北師範學院 台北市立師院 台南師範學院 新竹師範學院 台中師範學院 花蓮師範學院 屏東師範學院 嘉義師範學院 台東師範學院
新興大學聲望排名前十名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 1 中正大學（ 78 年創校） 元智大學（ 78 年創校） 長庚大學（ 76 年創校） 東華大學（ 83 年創校） 慈濟醫學暨人文社會學院 （ 83 年改制） 暨南大學（ 84 年創校） 世新大學（ 80 年改制） 義守大學（ 79 年改制） 2.12* 9 大葉大學（ 79 年改制） 銘傳大學（ 79 年改制） 2.068
私立大學聲望排名前十五名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 1 元智大學 長庚大學 高雄醫學院 東海大學 中原大學 淡江大學 輔仁大學 2.847
私立大學聲望排名前十五名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 8 東吳大學 台北醫學院 逢甲大學 慈濟醫學暨人文社會學院 大同工學院 靜宜大學 中山醫學院 世新大學 2.14* 註： * 表示九八年未進入私立大學聲望排名前十五名
醫科大學聲望排名 99 年總排名校名平均分數 98 年名次 1 陽明大學 長庚大學 高雄醫學院 台北醫學院 慈濟醫學暨 人文社會學院 中山醫學院 中國醫藥學院 註：醫科大學之排名不包括設在綜合大學內之醫學院，如台大，成大、 輔大之醫學院 製表：編輯部