座標系統與圖形介面 分子結構的建立
建立分子結構是化學計算的首要工作 直角坐標 (每個原子的 x, y, z) 分子內部座標 (鍵長,鍵角,二面角) 圖形介面 (應用軟體的圖形工具) GaussView, Spartan, Chem3D 等
直角坐標 適用於直線、高對稱分子、晶體結構 直角坐標 適用於直線、高對稱分子、晶體結構 CO2 O 0.0 0.0 0.00 C 0.0 0.0 1.23 O 0.0 0.0 2.46 PtCl42- Pt 0.00 0.00 0.00 Cl 0.00 2.28 0.00 Cl -2.28 0.00 0.00 Cl 2.28 0.00 0.00 Cl 0.00 -2.28 0.00
分子內部坐標 中小型分子最直覺的結構指定方式 (鍵長,鍵角二面角) 分子內部坐標 中小型分子最直覺的結構指定方式 (鍵長,鍵角二面角) H2O H O 1 0.97 H 2 0.97 1 104.0 CH3Cl Cl C 1 1.8 H 2 1.1 1 110.0 H 2 1.1 1 110.0 3 120.0 H 2 1.1 1 110.0 3 -120.0
分子內部坐標 一個鍵長二個鍵角方式 NH3 (C3v) N H 1 R H 1 R 2 A H 1 R 2 A 3 A 1 R = 0.95 A = 107.0 1 2 4 3
分子內部坐標 搭配虛擬原子方式 X X C2H2 (Dh) H C 1 RCH X 2 1.0 1 90.0 C 2 RCC 3 90.0 1 180.0 X 4 1.0 2 90.0 3 0.0 H 4 RCH 5 90.0 2 180.0 RCH = 1.06 RCC = 1.20
圖形介面 便於建構大分子,與計算軟體整合