GraphPad Prism 7.05的基础应用
简介 GraphPad Prism是一款集数据分析和作图为一体 的数据处理软件,尤其适合生物医学类,可以直 接输入原始数据获得高质量的科学图表。 它在统计分析上劣于SPSS 等统计软件。 不需要输入程序语言,只需输入原始数据。 容易操作,绘图美观。 可与ppt,word相链接。 Graphpad与origin的比较 Origin的数据分析主要包括统计、信号处理、图像处理、峰值分析和曲线拟合等各种完善的数学分析功能。准备好数据后,进行数据分析时,只需选择所要分析的数据,然后再选择相应的菜单命令即可。Graphpad的绘图是基于模板的,Origin本身提供了几十种二维和三维绘图模板而且允许用户自己定制模板。绘图时,只要选择所需要的模板就行。用户可以自定义数学函数、图形样式和绘图模板;可以和各种数据库软件、办公软件、图像处理软件等方便的连接。
软件
界面介绍
预览图 的样式 选择图的 主要类型, 也是统计 方法的选 择 示例 数据
特定的统计方法→图像类型
快捷菜单栏 文档操作模块,如打开、新 建、保存、前进、后退、复 制和粘贴。该模块与office 软件操作一致。 分析模块。 图形模块,将对图形类型、坐标轴和图形本身进行分析,将重点解释。 文字修饰模块,可以绘制线条、添加文字,并对文字进行调整。 图形输出模块,包括图形导 出,打印和一键输入至 word,ppt中。
图形模块详解 相当于欢迎界面 中的统计方法和图形类型 选择项,可以对统计方法重新选择,但一 般只对图形类型进行选择。 对坐标轴进行具体设定,包括原点、X轴和Y轴。 对图形进行具体调整。 图表的配色方案,默认为黑白图表。
统计图的基本要素 1.标题:一般位于图的正下方,简明扼要说明主要内容 2.X轴:有两种 分类轴:表示两种不同的类别 数据轴:表示一个数值概念 3.Y轴:一般为数值轴 4.图形区:二维平面内点、线、条表达数据
折线图
案例
要输入的 数据格式
各类标题的修改 选中,拖拽到你想放的位置 鼠标点击,删除或修改各类标题
图形区的修改 具体要改动的数据组 方法一:双击你想修改的区域或数轴 方法二:使用快捷按钮 图标的颜色和大小 误差棒的颜色和大小
坐标轴的修改 方法一:双击 方法二:快捷按钮
案例 研究大鼠的进食量与体重增加的关系。
中文字体出现乱码,要更换新的字体。
添加拟合直线
坐标轴进行修改
坐标轴起始刻度的调整
统计分析
单纬度的柱形图
案例 qPCR检测了6株细胞里CISD2的mRNA水平。 单维度分组柱形图适合比较简单的分组数据,各组间的变化或差异,每组可以有多个重复数值。 只有Y轴上有数据,X轴上没有数据;或反之。
同一列为重复 数据
只有Y轴的数据,没有X轴的数据。
鼠标点击,删除或修改各类标题
双击图形区或使用快捷键,进行修改
选中所有的数据组 误差棒的粗细
更改柱子的间隙
X轴的刻度标签改为垂直 双击坐标轴或使用快捷键,进行修改
Y轴的刻度方向改为 右 Y轴的标题距离轴线的距离改为1
添加标题 在图下方添加标题
数据差值很大 不连续坐标轴 双击坐标轴或使用快捷键,进行修改
Y轴分成两段 设置下半段Y轴的刻度范围 设置上半段Y轴的刻度范围
单维度的散点图
案例 CISD2在20例癌旁组织和40例肿瘤组织的表达差异。 单维度分组散点图适合比较简单的分组数据, 在数据表中每一列定义一个数据组,在行向量上没有分组;每组可以有多个相互间独立或非独立的数据。 作图时用点来显示每个数据的位置,可直观的看到每组数据的分布情况和统计情况。
同一列为重复 数据
标题太长,可用回车换行
添加p值的bar
添加bar之后,鼠标右击, 调整粗细和颜色
二维度分组柱形图
在两个细胞株中,过表达CISD2前后,细胞克隆能力的变化 案例 在两个细胞株中,过表达CISD2前后,细胞克隆能力的变化 简单 分组 二维度分组
Y值为3个重复数据
热图 点图 三相图 柱形图
设置柱子的粗细 鼠标单击X轴,指针移动到X轴末端,待鼠标变 成双向箭头,然后拖动鼠标。
换成正方形 组内柱子的间距 组与组的间距 设置柱子间的距离
改变图的亚类----叠加柱形图
生存曲线
生存曲线不仅可以用于生存率的比较,也可以用于其他结局事件是二分类变量的分析,如是否复发,是否转移等。 案例 CISD2 高低表达和患者生存率的比较 生存曲线不仅可以用于生存率的比较,也可以用于其他结局事件是二分类变量的分析,如是否复发,是否转移等。
小数 分数
热图
在20例配对的癌旁和肿瘤组织中,CISD2的表达差异比较 案例 在20例配对的癌旁和肿瘤组织中,CISD2的表达差异比较
绿色是低表达,红色是高表达, 黑色是过渡水平。
图表注释 进行修改
单元格的大小 热图整体的大小 调整宽度
色条属性设置 绿色是低表达,红色是高表达, 黑色是过渡水平。
宽度和大小,鼠标拖拽即可完成。
统计图的排版和导出
也可以鼠 标选中, 拖动调整 大小和布 局
图片导出 到ppt或 word 双击,返回至GraphPad程序
图片导出—投稿的图片
致谢: 1.上海尤里卡信息科技有限公司—解螺旋公众号 2.MedSci—统计绘图课程