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深入Pubmed,了解不一样的生物医学世界

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Presentation on theme: "深入Pubmed,了解不一样的生物医学世界"— Presentation transcript:

1 深入Pubmed,了解不一样的生物医学世界
主讲:高雅

2 内容梗概 01 聊聊时间

3 从A4纸上看人生,致2015的1/4年 今天是4.7,我们的2015年已经过去了1/4.
网上流行一个说法,人生其实只有900个月,而你可以用一张A4纸画一个30X30的表格,每过一个月你可以在小格子里打钩,你的全部人生就会在这一张白纸上。 假如你们一个月见两次面,你能陪伴他们的时间就是这样的 而再假设我们的父母平均五十岁的话,他们的人生是这样的 假如你刚有了孩子,在孩子上幼儿园前,你能和他朝夕相处的日子是这样的 你将持续为之操心,直到他考上大学,那么花费的精力是这样的 假设你和你的女朋友/男朋友谈了一场6个月的感情,它在这张纸上是这样的。 假如你们一年见一次面,就会是这样 假如你们天天见面,你能陪伴他们的时间是这样的 如果你是30岁上下的上班狗,你的人生就是这样的 如果是20岁上下的年轻人,人生就是这样的

4 内容梗概 02 进一步了解 pubmed 01 聊聊时间

5 Pubmed和NCBI NCBI:National Center for Biotechnology Information 美国国立生物技术信息中心。NCBI是美国国立卫生研究院(NIH)的下属部门——美国国家医学图书馆(NLM)的部门成员之一。 01 包含Pubmed和Blast在内的数据库收集与存取 系统, 可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。 —— 生物数据库 + + NCBI 02 生物信息工具

6 走进Pubmed

7 走进Pubmed 数据类型:期刊论文、综述、数据资源链接等。 Pubmed 数据范围:
Medline:4800余种生物医学期刊,记录中用[indexed for MEDLINE]标记 In process citation:获Mesh词后,再加入Medline,用[in process]标记 Publisher Supplied Citations:出版商直接向Pubmed提供的电子记录,包括Medline中未收录的部分记录。记录中用[Pubmed-as supplied by publisher]标记。 Oldmedline: 年发表的文章,没有Mesh字段和摘要,记录中用[Pubmed-OLDMEDLINE for pre1966]标记。 Pubmed nor medline:pubmed收录medline不收录的文献。记录中用[pubmed]标记。

8 走进Pubmed 提供生物医学期刊,专业性强,覆盖时间广。 更新速度快,时效性强。 提供检索词自动转换匹配。 特点:

9 基本检索输入框 高级检索 检索工具 特定文献检索 临床查询 专题查询 其他资源 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等 检索指南

10 Pubmed基本检索规则 1.检索栏输入一个或多个检索词,系统默认空格为AND检索
如:检索维他命C和癌症的关系,一般使用者都会在检索框输入vitamin c cancer 检索结果有4869条 结果太多、相关性低 该课题逐年发文趋势 与该课题相关的研究 精炼检索结果

11 Pubmed基本检索规则 2.检索框中输入布尔逻辑运算式,注意:运算符必须大写
如:哮喘病的治疗,输入asthma AND (therapy OR treatment) 3.字段限定符[ ],空格按词组匹配 如: (vitamin c[title]) AND cancer[title] Matrine[title] AND zhou h [author]

12 Pubmed基本检索规则 4.截词检索:treat* 可检出treat,treated,treatment等
5.强迫短语检索:“”不进行自动转换匹配和扩展检索 如:检索胞质小RNA,输入检索式应为“small cytoplasmic RNA” 比较不加“”,误检多

13 Pubmed基本检索规则 6.自动转换匹配检索词 对常用医学名词自动在规范词索引(主题词、副主题词、物质名称)中转换,
并默认在所有记录字段中匹配 如:renal failure—— "renal insufficiency"[MeSH Terms] OR ("renal"[All Fields] AND "insufficiency"[All Fields]) OR "renal insufficiency"[All Fields] OR ("renal"[All Fields] AND "failure"[All Fields]) OR "renal failure"[All Fields] 检索结果右侧的search details 显示系统自动匹配转换的检索词

14 Pubmed基本检索规则 7.对检索结果进行限制
在结果显示页左侧,可对检索结果的文献类型、文本可获性、发表时间、研究对象,语种、性别、年龄等进行限定,从而精炼检索结果 根据需要对检索结果进行筛选

15 Pubmed的高级检索 下拉框中的选项均可作为限定符使用,如:检索词[限定符] 下拉框选[title] 检索框中输入Vitamin c
增加一个检索框,用AND链接,选择[title] 输入cancer 检索历史,点击编号可对检索式进行保存、删除等操作

16

17 内容梗概 02 进一步了解 pubmed 03 01 MESH的 独特魅力 聊聊时间

18 Pubmed的其他资源 1.Mesh database(规范化医学主题词表) 功能:确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表
选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 在更多资源点击MeSH Database

19 例1. 检索 年关于结肠癌治疗的文献 分析: 结肠癌的不同表达形式:colon cancer OR colon tumor OR colonic carcinoma…… 治疗的不同表达形式:therapy OR treat OR treatment OR surgery OR radiotherapy…… 两者概念之间:结肠癌AND治疗

20 Step1:检索结肠癌的规范化名词,在检索框中输入自由词colon cancer
点击第一个规范化词

21 Step2:选择副主题词,副主题词:治疗 找出治疗的所有相关词并勾选 勾选完添加到检索构建器中,用AND连接 还可以编写自由词进行添加 只查重点论述的文献 系统自动扩展检索下位词,勾选后不检索下位词

22 上位词 树形结构 下位词

23 点击检索Pubmed

24 初步检索结果,未限定年份 点击5年之内的文章 可以自由设定检索文章的年份限制 关于结肠癌治疗的文献检索结果

25 点击添加到检索构建器 检索Pubmed 勾选重点论述“结肠癌治疗”主题词的文献

26 MeSH检索结果如下: 点击近5年的文献

27 选择输出方式 File:保存检索结果为文本文件 Clipboard:剪贴板,多次检索可暂存检索需下载的记录,最后一起保存。最多允许储存500条,保存8小时。 :通过邮件发送。 Collections:将检索结果存到My NCBI中。 Order:全文传递服务,需账号,收费。

28 查询检索记录 未登陆的情况下检索记录保存8小时 检索结果的显示形式 排序方式选择 Abstract格式提供全文链接、规范词等信息 Medline格式提供所有字段信息

29 我们对比用pubmed高级检索功能进行检索的结果与MESH检索结果的异同:

30 对比MeSH检索结果 发现高级检索式的结果比MeSH检索的结果多了近一倍文献,原因何在?

31 加工中,无MeSH词

32 全文链接 文献类型、MeSH词、相关物质 相关论文 Linkout网络资源链接

33 例2.用Mesh检索2008-2015年期间关于免疫球蛋白在多发性硬化治疗中疗效观察的文献
案例分析: 匹配主题词(AND):免疫球蛋白、多发性硬化、疗效观察 匹配副主题词:治疗 匹配主题词(AND): immunoglobulin、 Multiple sclerosis、treatment efficicy 匹配副主题词:drug therapy OR therapy OR surgery

34 Step1:输入主题词immunoglobulin
勾选匹配主题词 加入检索构建器,用AND运算 step:2:输入主题词Multiple sclerosis 点击该主题词,为主题词匹配副主题词

35 Step3:匹配副主题词 勾选副主题词,加入检索构建器

36 Step4:输入主题词treatment efficicy
将匹配的主题词加入检索构建器 点击检索Pubmed

37 检索结果 年期间关于免疫球蛋白在多发性硬化治疗中疗效观察的文献 选择时间年限

38 Mesh检索的优点 1.查全同义词 如:renal/kidney failure;colon cancer/tumor… 2.查全子概念 如:chronic/acute kidney failure,ATN 3.根据树形结构调整检索词 缩小:不扩展下位词,或选中某个下位词 扩大:选用上位词,或选中多个同位词 4.了解同一概念的同义词,近义词,供自由词检索参考。 5.提高文献相关度 标有Mesh词的都是文章的主题,筛去非主题的文章 Major Topic Headings(加权,重点论述的主题)

39 Mesh检索的缺点 1.人工标引费时 最新文章还未标Mesh词,如标注[in process],用Mesh会漏检 2.Medline不收录的文献,supplied by publisher的文献不标Mesh词 3.新词,一些很专指的概念没有对应的规范词 查上述类型的文献需配合自由词检索

40 Pubmed的其他资源 2.Journal Database(期刊信息库) 通过输入刊名全称或缩写,ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息
提供期刊

41 输入主题、期刊名或缩写、ISSN号,浏览期刊出版社等详细信息
提供期刊,在PMC(pubmed central)中的免费全文链接 在nucleotide、protein、pubmed等库中的记录链接 相关的其他期刊 ……

42 Pubmed的其他资源 3.PubMed central (PMC)
由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)于2000年2月建立的生命科学期刊文献数据库,保存生命科学期刊主要研究论文的全文,免费供公众使用。PMC的所有全文在PubMed中都有相应的条目。在利用PubMed检索时,检索结果中可以在网上免费获得全文的文献记录都会有相应的链接,其中包括在PMC免费获取全文。

43 Pubmed的其他资源 引文匹配器 临床查询:专门检索临床研究方法学(循证医学)文献,主要涉及治疗、诊断、病因和预后四个分类
序列相似搜索程序 核苷酸序列数据库

44 谢 谢


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