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龙星课程—肿瘤生物信息学上机课程 曹莎
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课程安排 各类数据类型的介绍，简单的R入门; 差异性表达的检验, 假阳性检验(FDR), 批次效应(batch effect)；
基因表达数据和蛋白表达数据的相关性； 基因突变数据以及表达通路的富集分析 基因表达数据的相关性以及双聚类分析 各类数据的整合 基因表达数据和metabolic profiling的数据；基因表达数据和表观遗传数据的整合
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基因突变数据以及表达通路的富集分析 基因突变数据类型
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基因突变数据以及表达通路的富集分析
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富集分析 首先，我们有很多感兴趣的基因，如 显著上调的基因
是否存在一个GO term/pathway/gene set，它包含异常多的我们感兴趣的基因？ 如果是，我们会得到关于我们感兴趣的基因的一些生物特性
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和cancer发展相关的突变-Idea Stage 1 Stage 2
mutations Mutations not correlated to cancer progrresion Stage 1 Stage 2 mutations Mutations positively correlated to cancer progression
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Pathway富集分析
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Contingency table In GO Not in GO Total Mutated genes 9 43 52
Non mutated genes 44 4 48 Totals 53 47 100
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Test the significance of gene set enrichment
Hypergeometric test Fisher exact test
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A good lecture of enrichment analysis
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