基于PubMed开发的大数据 分析工具在科研中的应用 贾新志 济南泉方科技有限公司

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1 基于PubMed开发的大数据 分析工具在科研中的应用 贾新志 济南泉方科技有限公司 jiawork8848@163.com
············································································································ 分析工具在科研中的应用 贾新志 济南泉方科技有限公司

2 本地PubMed简介 本地PubMed检索系统是华中科技大学同济医学院与济南泉方科技有限公司合作开发的本地化数据库产品，本检索系统产品是在美国PubMed的基础上，参考Web of Science数据库、Google Scholar谷歌学术搜索、德国的GoPubMed等，并结合华中科技大学的创新和泉方公司大数据分析技术，开发出的新一代高水平的外文医学检索平台，为科研和临床提供高效而准确的参考资料。

3 本地PubMed简介 为什么要本地化？2011年，2012年，2013年 均出现过短暂的（有时长达一个月以上）无法
正常访问的现象，本地化不受影响。

4 本地PubMed简介 为什么要本地化？医院内部局域网因为安全的 考虑，一般是不能访问外网的，本地PubMed
可以安装在医院内网，方便临床和科研的使用。

5 G&G 本地PubMed简介 PubMed 继承PubMed检 索语法,检索界 在期刊的影响因子上，参考了SCI发布 面及检索结果
的期刊引证报告JCR G&G 在被引用的次数上， 参考了谷歌学术搜索 GS(Google Scholar) 在检索结果上增加了 数据分析，并参考了 GoPubMed统计功能 为什么要本地化？因为可以提供更加强大的功能！

6 本地PubMed简介 为什么要本地化？因为可以为临床和科研提供帮助！ 发表于国际期刊《Diabetes》《糖尿病》
（2010年度影响因子8.889） 中对济南泉方的致谢： Acknowledgements We thank all the staff at Jinan Quanfang Science & Technology Co., Ltd., for their bibliographic retrieval service. 发表于《Clin Pharmacol Ther》 《临床药理学与治疗学》 （2010年度影响因子6.378） 中对济南泉方的致谢： Acknowledgments We thank all the staff at Jinan Quanfang Science & Technology Co., Ltd., for their bibliographic retrieval service.

7 本地PubMed特色 本地PubMed检索系统能够提供更加强大 的检索功能，包括联想检索、按IF值过滤以及
检索结果的图形化显示等，让检索更加高效， 在线的全文申请也更加方便。 专利所有，侵权必究。

8 本地PubMed特色 本地PubMed检索系统能够提供强大的 数据分析功能，通过知识图谱可以了解各领 域的发展趋势和热点，及时了解世界各国主
流科学家的研究方向。 专利所有，侵权必究。

9 本地PubMed特色 本地PubMed检索系统提供的共词矩 阵分析可以对反映文献主题内容的关键词 的共现频次进行统计分析，揭示文献内在
联系、研究热点和科学结构。 专利所有，侵权必究。

10 本地PubMed特色 当人们的需求已经不只是简单的文 献检索和文献计量，而是希望能够对这 些文献进行较高层次的处理和分析以得
到关于某领域总体特征和对发展趋势的 预测时，知识发现将文献变为知识，从 海量文献中找到蕴藏的知识金块，将为 知识创新和学科发展作出贡献。

11 本地PubMed功能简介 检索举例： 糖尿病肾病方面的文献
糖尿病肾病（Diabetic nephropathy，DN）可谓是糖尿病患者的终极杀手。据中国之声《全国新闻联播》报道，中国目前糖尿病患者人数高达1.14亿,它是继肿瘤、血管病变之后第三大严重威胁人类健康的慢性非传染性疾病，具有高致死率、高致残率和高医疗花费的特征。 长期以来，在人们的印象中，2型糖尿病发病的两个关键因素一直是胰岛素抵抗和(或)胰岛素分泌不足，然而，严格控制血糖、血压水平以及阻断肾素-血管紧张素系统的传统治疗方法不能完全阻止DN的发生，说明还有其它因素。 那么还有那些因素呢？在本地PubMed中检索"Diabetic Nephropathies"[Mesh]，在检索结果界面，点击右侧“知识图谱”

12 在检索结果界面，点知识图谱

13 知识演进图谱分X轴和Y轴，其中，X轴是年份，Y轴是发文数量，从图中可以看到各个研究方向（主题词）在各个年份的研究文献的数量。系统默认推荐20个主题词，我们可以点“更多主题词”来了解更多：

14 在更多主题词中，根据研究领域的不同，分为多个大类，我们点击“Amino Acids, Peptides, and Proteins”《氨基酸，肽类和蛋白质》

15 炎症以炎症细胞浸润，黏附分子、炎症趋化因子和致炎因子表达增强，
可以看到： Hemoglobin A, Glycosylated； （糖基化血红蛋白A） Glycosylation End Products, Advanced； （晚期糖基化终末产物） Cholesterol, HDL； （高密度脂蛋白胆固醇） Serum Albumin； （血清白蛋白） C-Reactive Protein（C反应蛋白） …… 从这些词上可以看出，基本上都是关于DN发病机制方面的研究，尤其与炎症相关，这是目前DN研究的热点领域之一。 炎症以炎症细胞浸润，黏附分子、炎症趋化因子和致炎因子表达增强， C反应蛋白（C-reactive protein，CRP）水平升高为特征。我们通过知识 演进图谱，可以了解一下C反应蛋白的研究历史：

16 从图中可以看到，主题词： C反应蛋白最早一 篇文献，发表于1996年，是国际著名医疗机构丹
麦Steno糖尿病研究中心的Myrup, B等，发表于 《Thrombosis research》（血栓形成研究）， 该刊影响因子为3.13，2000年时，又有两篇文 章发表，其中一篇发表于《J Am Soc Nephrol》 《美国肾病学会志》，该刊影响因子为8.99， 从此关于此方向的研究多了起来。 如果我们想进一步去了解，有关C反应蛋白 的高影响因子的论文或者高被引次数的论文， 那么，在本地PubMed的检索结果界面，我们还 可以看到，高IF论文和高TC论文的按钮。 C-Reactive Protein 1996年最早一篇关于 C反应蛋白的文献

17 可以看到文献： Elevated fibrinogen and the relation to acute phase response in diabetic nephropathy. Thromb Res Feb 15;81(4): 影响因子： 引用次数：62 具体的被引用情况，当然，在此界面也可以进行学术检索。

18 表于《Kidney International》（国际 肾病学），该刊影响因子为7.92：
2004年发表的 一篇高影响因子文献 从图中可以看出，2004年的一篇发 表于《Kidney International》（国际 肾病学），该刊影响因子为7.92： Potential cardiovascular risk factors in chronic kidney disease: AGEs, total homocysteine and metabolites, and the C-reactive protein. Kidney Int. 2004 Jul;66(1): 随后又有一些高影响因子的期刊报道 这方面的文献。 C-Reactive Protein

19 发表于《Diabetologia》（糖尿病学）的 文献，目前，已被引用了199次，是该领 域内的经典文章，想了解该领域，不可不看：
2003年发表的 一篇高被引次数文献 高被引次数论文，这里的被引次数，其 数据来源于谷歌学术搜索，2003年的一篇 发表于《Diabetologia》（糖尿病学）的 文献，目前，已被引用了199次，是该领 域内的经典文章，想了解该领域，不可不看： Diabetic nephropathy is associated with low- grade inflammation in Type 1 diabetic patients. Diabetologia Oct;46(10): C-Reactive Protein

20 思考： 作为普通的一名临床大夫，如果您更关心的，目前就有哪些药物用于DN的治疗，那么，可以使用到知识演进图谱中的“设置”功能：
如果想了解关于饮食治疗 方面的文章，该如何设置？ 因为，我们要了解就有哪些药物可治疗该病症，因此，可以勾选“副主题词过滤”中的“therapeutic use”，然后再点击“更多主题词”勾选我们需要了解的相关药物：

21 从上图中可以看到，治疗DN的药物主要为Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors（血管紧张素转换酶抑制剂，ACEI）；Antihypertensive Agents（抗高血压药）；Insulin（胰岛素）；Hypoglycemic Agents（降糖药）；Angiotensin II Type 1 Receptor Blockers（血管紧张素Ⅱ1型受体拮抗剂，ARB）等，具体的药物有Losartan（洛沙坦）；Captopril（卡托普利）；Enalapril（依那普利）等。

22 从发文量来看，1965年就有了关于Insulin的报道，截止到目前的发文量为367篇，1987年出现了第一篇关于ACEI的报道，截止到目前的发文量为801篇，2002年出现了第一篇关于ARB的报道，截止到目前的发文量为199篇（上图加粗显示者），从时间上来看，Insulin持续的在研究和报道，而ACEI在2005年发文量大幅下降之时，正在ARB发文量大幅增长之时，可能情况是，ARB为该系统的一类新药，与ACE I相比具有许多独到之处。

23 作为一种新药，如果想进一步了解，这种新药ARB与DN之间的更多研究和应用，那么我们还可以使用“指纹共词”来进一步了解。指纹共词是两个主题词共同出现在一组文献中的篇数，并将演进路径显示出来的一种方法。在检索结果界面，我们即可以看到这个按钮。 进入共词分析界面后，我们可以点击“更多主题词”来选择我们需要分析的具体的主题词。

24 共词演进图，X轴表示年份，Y轴表示共献次数，点击可查看具体信息
从图中可以看出，ARB与DN同时出现在一篇文献中的时间最早为2002年，2014年（截止到2014年8月份）共同出现在同一篇文章的数量为6篇，它们是：

25 这6篇文献中其中5篇文献均来源于大名鼎鼎的《N Engl J Med》（新英格兰医学杂志），其中的一篇Yuichiro Izumi指出：ACEI和ARB联合治疗可能导致DN患者急性肾损伤和高钾血症。

26 近年来研究表明，氧化应激、炎症反应以及多种致纤维化细胞因子的联合作用在DN 的发生发展中具有极为重要的意义，并进一步导致肾脏纤维化，最终发展为DN。DN 具有发病率高、治疗困难、预后差等特点，目前尚无特别有效的针对性疗法，简单地控制高血糖、高血压、高血脂以及限制蛋白的摄入等基础治疗已经不足以控制DN 的发生发展，包括ACEI 和ARB 类药物在DN 晚期疗效方面也并无优势。 而且ACEI 和ARB 类药物对DN 损伤的直接保护作用尚不明确，长期应用这两类药物还可能出现程度不等的血肌酐升高现象，有引起肾功能不全的风险。因此针对DN的发病机制研发新药是另一个热点。各大研究机构以及药物公司都在糖尿病肾病方面投入大量研究，发现了一些治疗DN 的新型药物。

27 近年来，鉴于氧化应激对肾脏的损伤及其通过细胞因子所引起
的细胞外基质的沉积作用，针对氧化应激的DN 治疗策略应运而生。 2013年，Soetikno V在《Molecular understanding of curcumin in diabetic nephropathy》中提到：强化降糖治疗导致的低血糖事件， 这是很危险的。姜黄素（ Curcumin ）在高血糖诱发的氧化应激中具 有保护作用，具有潜在的预防和治疗价值。

28 2014年, Alicic RZ等在《Novel therapies for diabetic
kidney disease》一文中提到，吡哆胺（Pyridoxamine） 能够通过抑制人糖基化终末产物（AGEs）的形成，清除 ROS和自由基，从而能够有效地帮助糖尿病患者抑制或预 防中度肾疾病的进展，这是针对炎症反应研发的新药。

29 获取全文的方法 ·········································· 全文链接 免费全文网站
提供免费全文的期刊 图书馆电子或纸质资源 作者 联系或作者主页 图书馆馆际互借或文献传递 ······

30 检索结果全文的获取 申请全文

31 当检索结果少于2000条时，系统自动图 形化显示，其中X轴表示年份，Y轴表示影响 因子，在一界面显示整个检索结果的画卷。

32 您在本地PubMed检索系统上申请的全文，您所在单位图书馆的相关部门（比如，馆际互借处或文献服务部或委托的其他部门或单位等），将可以看到您的申请，当查询本单位图书馆无您所需要的文献后，根据情况将向与之签署有馆际互借或文献传递服务相关协议的可提供馆际互借服务的第三方图书馆发出文献申请，获取到您所需要的全文后，再发送到您在本地PubMed检索系统的邮箱（即“我的文件夹”）中，此时，您申请的全文其全文状态将有“全文处理中…”变为“打开全文”。 “我的文件夹”中所申请的全文， 获取到的全文可以在线打开。 说明：申请前，请务必先查询馆藏，若无再点击该篇文献下方的“全文链接”查看本单位是否有订购以及是否有可以免费获取的全文，若本单位图书馆无订购也无馆藏也无可以免费获取的全文，您再申请。

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