第三章 外文摘要式检索工具PUBMED 广州中医药大学图书馆 张晓艳 E-mail：bluezhxy@sina.cn.

Presentation on theme: "第三章 外文摘要式检索工具PUBMED 广州中医药大学图书馆 张晓艳 E-mail：bluezhxy@sina.cn."— Presentation transcript:

1 第三章 外文摘要式检索工具PUBMED 广州中医药大学图书馆 张晓艳

2 主要内容 一、 认识PubMed 二、 PubMed基本检索功能（重点） 三、 PubMed高级检索功能（重点）
五、检索练习

3 一.认识PubMed 什么是Pubmed？ Pubmed的发展过程 Pubmed的收录范围 Pubmed的记录来源 Pubmed的常用字段

4 什么是PubMed 摘要型(Abstract)的数据库, 提供文献的线索
生物医学研究领域应用最广泛也最重要的数据库，由美国国立卫生研究院（NIH）下属的美国国立医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）开发、维护 面向全世界免费提供最新的生物医学信息 每周5天更新数据，检索功能完善，使用方便 整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索

5 Index Medlcus（IM）检索期刊
PubMed的发展过程 1997- 1983- 1971- 1879- PubMed网络数据库 Medline光盘数据库 Medline联机检索系统 Index Medlcus（IM）检索期刊

6 Pubmed的收录范围 收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据 English 4806 （约占85%)
Chinese 69 French Japanese Italy Germany …… 绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年 累积了2000多万条文献记录 内容涉及基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、兽医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域 期刊论文发表时所用的语言

7 Pubmed的收录范围 部分文献可直接获取全文，包括
Pubmed Central（PMC，收录期刊780余种）；NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库 开放获取（Open Acess，OA）期刊 部分出版商提供的免费文献 与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为[Epub ahead of print]（先于印刷版期刊发表的电子文献） 提供Link， Linkout 指向Free source on the Net 或者自己的图书馆已经购买的电子期刊全文数据库中的全文

8 Pubmed的记录来源 Medline：PubMed主体部分 [PubMed-indexed for MEDLINE]
In-process citation：尚未进行MeSH主题词标引的最新文献 [PubMed-as supplied by publisher] OLDMEDLINE：部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献 [PubMed-OLDMEDLINE]

9 PubMed题录 题名TI 作者AU 来源SO PubMed记录类型（状态） 9

10 Pubmed的常用字段 主要字段一览表 PubMed中供显示和限定检索用的字段共有60多个 字段标识 字段名称 说明 AB Abstract
摘要 AD Affiliation 第一著者的单位和地址（包括 地址） AU Author Name 著者 CIU Comment in 该字段中的文献评论了本文献 CN Corporate Author 合著者或团体著者 CON Comment on 该字段中的文献是本文献的评论对象 DP Publication Date 出版日期 EDAT Entrez Date 文献进入PubMed的日期 GR Grant Number 经费资助项目号、合同号 IP Issue 期刊的期号 IS ISSN 国际标准连续出版物编号 LA Language 语种 MAJR MeSH Major Topic 主要MeSH词，即有*的主题词 MH MeSH Terms MeSH词（主题词） MHDA MeSH Date 标引MeSH词的日期 NM Substance Name 化学物质名称 OT Other Term 非MeSH词，NLM之外的机构赋予的关键词 主要字段一览表

11 Pubmed的常用字段 主要字段一览表 字段标识 字段名称 说明 PG Pagination 文章所在期刊的页码 PMID
PubMed Unique Identifier PubMed记录识别号 PL Place of Publication 期刊出版地 PS Personal Name as Subject 作为文献主题的人名 PT Publication Type 文献类型，包括期刊论文、综述、临床试验、随机对照试验、病例报告、来信等 RN EC/RN Number 酶学委员会分配给特定酶的编号和CAS的化学物质登记号 SB Subset PubMed中的子集数据库，如Medline，OldMedline，Nursing Journals，Core Clinical Journals，AIDS等 SH MeSH Subheadings MeSH副主题词 SO Source 文献出处 TA Journal Title Abbreviation 刊名缩写 TI Title 篇名 TIAB Title/Abstract 不用于显示。用于对篇名和摘要字段进行检索 TW Text Words 不用于显示。用于以下字段的检索：TI、AB、MH、SH、NM、PS、OT等字段 VI Volume 期刊卷号 主要字段一览表

12 PubMed检索特点 系统特点： 主题加工规范 检索方式灵活多样 免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取）
提供检索词自动转换匹配 操作简便、快捷

13 PubMed检索特点 支持截词检索（*），但对词组无效。
如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。 截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack* 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。 强制检索：双引号" "或限定字段 "endocrine disruption" endocrine disruption 注意：所有的 " " 、*、 ( )、- 都必须是英文状态下输入。

14 翻译技巧 1、使用CNKI翻译助手（推荐） 2、CBM中检索主题检索，查看主题词对应的英文以及相应款目次对应的英文（推荐）
3、google翻译 4、相关或相似文献中关键词（或主题词）、英文标题、英文摘要

15 二.PubMed基本检索功能 1．自动词语匹配检索 2．著者检索 3. 期刊检索 4．短语精确检索 5．截词检索 6. 布尔逻辑检索
7. 限定检索

16 检索词输入框 常用工具 使用帮助 更多服务

17 1．自动词语匹配检索（Automatic Term Mapping）
输入有实际意义的检索词，点击“Search”，系统按照自动词语匹配的原理进行检索 Pubmed最具特色的检索功能之一 智能化的检索过程 基本原理：对输入的检索词，首先在多个索引词表进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名，再将检索词在all fields（所有字段）中检索，并执行“OR”逻辑运算。如有多个检索词或短语词组，则继续将其拆分为单词后分别在all fields中检索，单词之间的逻辑关系为“AND” Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索 有较好的查全率，同时保证一定的查准率

18 例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单的方法是在检索框中直接输入Heart attack aspirin三个词

19 1．自动词语匹配检索（Automatic Term Mapping）
转换后的检索式可进行修改

20 2. 著者检索 三种方法： 在检索框中输入著者姓名，Pubmed自动执行著者检索 一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母
例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献 为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信息结合起来检索 2002年以后的文献，Pubmed可实现对姓名全称的检索，而且姓名排列顺序不限 例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被Pubmed收录的文献。

21 2. 著者检索 通过字段限定检索及组合检索也可实现更精确的著者检索
例如，输入Smith SR[1AU]可检索出第一著者为Smith SR的文献 通过“Advanced”中的“Author”限定，可以检索该作者的文献

22 3.期刊检索 PubMed提供了四种方式的期刊检索：
一是利用PubMed自动词语匹配功能，其输入规则是：期刊全名、MEDLINE期刊缩写名、ISSN号（例如 ）三种形式中的任何一种形式均可。 例如：Cancer RES。如果期刊刊名正好与MeSH词相同，例如cell、science等，PubMed将这些词作为MeSH词检索。

23 3.期刊检索 二是利用期刊字段限定检索，其输入规则是：在刊名之后加上刊名字段符，例如：Cancer RES[TA]。
三是通过“Advanced”中的“Journal”，可以检索该刊发表的文献。 四是通过“Journals in NCBI Databases”，查找到该刊后，再选定该刊，发送到检索框进行期刊检索。

24

25

26 4．短语精确检索 对检索词加上双引号（需在英文状态下输入）进行强制检索
短语精确精确检索时，Pubmed关闭自动词语匹配功能，直接将该短语作为一个检索词进行检索，避免了自动词语匹配时将短语拆分可能造成的误检，可提高查准率 如检索框中输入”traditional Chinese medicine”，PubMed将”traditional Chinese medicine”作为一个不可分割的短语在数据库的所有可检索字段中进行检索。

27

28

29 5．截词检索 在检索词后加“*”可实现截词检索，以提高查全率，对词根或词尾略有变化的词进行检索时需要应用截词检索。
截词检索时，Pubmed关闭自动词语匹配功能，PubMed允许使用“*”进行右边截词检索，如： “viru*”，检索以viru开头的单词， immun*，可以检出immune、immunologic等词，这些词在[All Fields]中检索。 。 如果单词数量大于600，则PubMed自动提示延长词干。 截词功能只限于单词，对词组无效；使用短语功能、截词功能、限定检索时，PubMed会自动关闭自动词语匹配功能。

30

31 6．布尔逻辑检索 A A A B B B A AND B A OR B A NOT B
逻辑运算符号主要有“AND”、“OR”、“NOT” ，分别表示“逻辑与”，“逻辑或”，“逻辑非”。 A A A B B B A AND B A OR B A NOT B

32 6．布尔逻辑检索 逻辑运算符要大写 直接输入几个检索词，系统默认词之间是AND的逻辑组配关系
逻辑运算符号的前后都要有空格，顺序为从左至右，可以用全括号来改变其运算顺序，全括号中的检索词最优先。

33 7．限定检索 限定检索功能是对上一次检索操作结果进行限定。
限定检索将限定在MEDLINE数据库中进行。限定检索结束后，需要将限定取消，点击“Clear all”。 选择条件就是点击选中限定选项。 PubMed可限定内容包括：字段、文献类型、语种、日期、子集（Subsets）限定等。 字段检索：“检索词[字段标识符]”。

34

35 四.PubMed高级检索功能 1.检索史 2.组合检索 3.主题词检索 4.期刊数据库检索 5.其他检索服务

36

37 1.检索史 Search History检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数
单击检索式序号，显示Options选项，可执行AND、OR、NOT、Delete（删除检索式）、Save in my NCBI（把检索式保存在My NCBI）等不同操作 检索史最多保留8小时

38 2.组合检索 组合检索可实现多个字段的逻辑组配检索 默认在最近一次检索式的基础上进行字段限定检索，以提高查全率
在以后的检索过程中可以序号形式参与运算。如：#1 AND #2、#3 OR #4等。

39 不返回检索结果页面，仅显示一条新数据 Search：返回检索结果界面

40

41 3. MeSH主题词检索 PubMed记录中的医学主题词(MeSH, Medical Subject Headings)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词，主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范。PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词 用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献 不同拼写：leukemia(s), leukaemia(s)→leukemia 同义词：tumor(s), tumour(s), cancer(s),neoplasm(s) →neoplasms

42 3. MeSH主题词检索 标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可有多个MeSH词
主题词可以组配相应的副主题词，使检索结果更加专指 主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索 注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLINE的文献，不检索PubMed其他来源的文献（包括inprocess，supplied by publisher，OLDMEDLINE等）

43 SubHeadings 副主题词 副主题词（subheadings）是用于对主题词做进一步限定的词语，又叫限定词（qualifier），如对某一疾病的诊断、治疗，某种药物的毒性、副作用等。使用副主题词的主要目的是为了增强主题词的专指性，可缩小检索范围、提高检索效率。 目前有83个副主题词 并非每个主题词都能和83个副主题词组配。 43

44 主题词（MeSH）检索的具体方法和步骤如下：

45

46 副主题词 树状结构 主要主题词（加权） 扩展检索

47

48 检索结果

49 使用MeSH（主题词）检索，要注意以下几点：
3.主题词检索 使用MeSH（主题词）检索，要注意以下几点： ①当课题含有多个主题词时，在MeSH Database中的操作往往需要重复多次。点击“Add to search builder”之前，根据需要来选择 “AND、OR、NOT”，以便与下一次的主题词进行相应的逻辑关系组配。也可以用每个主题词单独检索，然后进入History，利用检索式序号对多个主题词进行逻辑组配。 ②进入到主题词细节页面时，要多注意主题词的上位词和下位词情况，看看是否有更加合适的主题词。 ③同时选多个副主题词时，其间的逻辑关系是OR。 ④系统默认对下位主题词进行扩检，若不需要，选Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy。 ⑤通过MeSH Database检索，查不到PreMedline和OldMedline中的记录。

50 4.期刊数据库检索 期刊数据库检索可查询PubMed及Entrez平台其他数据库所收录的期刊信息
提供Topic、刊名全称、Medline刊名缩写、ISSN等检索途径，也可以按学科（Subject Terms）进行浏览 在Journal Database主页面 点击Limits可以按语种、不同子集及其他字段进行期刊检索 点击List of Entrez Journals，链接到Entrez平台所收录期刊一览表（包括PubMed收录的所有期刊） 点击Links to full-text web sites，可链接到LinkOut Journal Lists页面，了解能提供期刊全文的Web站点

51

52 可以看到刊名、刊名缩写、出版社、语种、ISSN等期刊详细信息哦！

53 检出该刊的文献信息

54 按学科浏览数据库期刊 在Journals in NCBI Databases检索页面用户还可以获得包括PubMed收录期刊一览表在内的Entrez Journals以及PubMed链接全文网址的电子期刊一览表。

55 护理学，点击可看到数据库收录的这一学科相关的所有期刊

56 检索示例

57 检索有关糖尿病（Diabetes ）流行病学方面的文献。
第一步：输入检索词。 检索有关糖尿病（Diabetes ）流行病学方面的文献。 57

58 第二步：确定主题词 58

59 第三步：确定副主题词

60 第四步：发送到检索框并检索

61 检索结束

62 6.其他检索服务 （1）Journals in NCBI Databases（期刊数据库）
（2）Mesh Database（医学主题词数据库） （3）Citation Matcher（引文匹配器） （4）Clinical Queries（临床查询） （5）Topic-Special Queries（特定查询） （6）LinkOut（外部链接） （7）My NCBI（我的NCBI）

63 Clinical Queries（临床查询）
Clinical Queries（临床查询）是专门为临床医生设计的搜索引擎，包括Clinical Study Category（临床问题目录）、Systematic Reviews（系统评价）和Medical Genetics三类检索功能。 ① Clinical Study Category列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、diagnosis（诊断）、etiology（病因）和prognosis（预后）等。在检索框内输入检索词，然后选择上述类目即可，同时可以根据需要选择强调查全率（ “broad，sensitive search”）还是查准率（ “narrow，specific search”）。

64 Clinical Queries（临床查询）
② Systematic Reviews （系统评价）功能专门用来检索经专家评价过的质量高的循证医学文献;提供检索疾病的Systematic Reviews（系统评价）、meta-analysis（meta分析）、Reviews of clinical（临床试验评论）和evidence-based medicine（循证医学）等方面的文献。 ③ Medical Genetics：供检索医学遗传学方面的文献。

65 Clinical Queries（临床查询）

66

67 Topic-Special Queries（特定查询）
是针对不同的用户，不同的学科专题以及不同类型的期刊而设立的专项信息的检索服务。例如特设了AIDS（艾滋病）、Bioethics（生物伦理）、Cancer（癌症）、Complementary Medicine（替代医学）、health literacy（健康素养）等专题检索。

68

69 My NCBI（我的NCBI） 提供个性化服务，非常实用的文献管理工具，可以对存储的检索策略进行自动更新检索并将检索结果发送到指定的 邮箱，还可以对检索结果设定Filter（过滤器）和LinkOut等。 进入My NCBI，首先免费注册，获得用户名和密码，可以管理在NCBI所有数据库的检索过程及检索结果，追踪了解所在研究领域的最新进展

70 首页 登录 注册

71 My NCBI（我的NCBI） 保存检索策略及Email定期自动更新检索结果 保存检索结果
过滤检索结果 My MCBI的过滤器（Flite）提供了个性化的检索结果过滤功能 建立个人书目记录（My Bibliography）及其他感兴趣著者的文献记录（Other Citations） My NCBI页面的Recent Activity可以显示最近6个月用户的检索记录，包括检索时间、检索的数据库、检索结果、浏览的文献等

72 四. 检索结果的处理 1. 检索史的处理：点击PubMed高级检索中的History一栏中，可以对检索历史进行操作，包括运算、删除、清除等。
2. 检索结果的处理：点击命中的记录数可以进入检索结果显示页面，默认显示全部文献。 显示格式 (Display Settings) 结果排序 (Display Settings - Sort by) 保存为本地文件（最多10000篇）(Send to – File) 临时存放至剪贴板 (Send to – Clipboard) 保存为个人资料集 (Send to – Collections) 发送至电子邮箱 (Send to – )

73 检出结果保存到Endnote或NoteExpress
选择滤镜导入到软件 以MEDLINE格式保存 检出结果的全文追踪 图书馆已经购买的全文 Pubmed Central Online free fulltext

74 MEDLINE格式显示

75

76 四. 检索结果的处理 可以通过改变Display Setting后的下拉菜单中的选项来改变题录的显示方式，主要有如下几方面的选项。
显示形式：题录、摘要等 排序 每页显示条数

77 ②选Clipboard，所有记录（或选定记录）添加到临时的粘贴板。
四. 检索结果的处理 结果输出选项：即对检索结果的保存。保存操作时，可先用鼠标对记录左边的复选框打标记，从Display下拉菜单中选择欲保存的记录格式，然后选用下列操作： ③选 ，发送到指定的电子邮箱。 ④选Order为原文订购，不对中国国内用户开放。 ⑤选My Bibliograghy，就是保存到My NCBI。 ① 选File，将所有记录（或选定记录）按照文本格式进行保存，最大保存记录数为10000条。 ②选Clipboard，所有记录（或选定记录）添加到临时的粘贴板。

78 四. 检索结果的处理 保存检索策略：点击检索框下方的save search按钮，进入My NCBI界面，输入用户名和密码，即可保存；也可以进入检索历史界面，点击检索序号，选择“save in my NCBI”。

79 全文获取与相关链接 ① 链接到全文：通过检索结果界面左侧和文献信息记录下方的链接可链接期刊出版商、部分期刊全文； PubMed的全文链接
其他数据库或出 版社的全文链接 PubMed的全文链接

80 全文获取与相关链接 在每条记录的右边均有相关文献超链接

81 PubMed Central PubMed Central (PMC) 是美国国立卫生研究院提供的一项服务，保存生命科学期刊主要研究论文的全文，免费供公众使用。NCBI同时是GenBanK和PubMed的创立者，PMC的所有全文在PubMed中都有相应的条目。在利用PubMed检索时，检索结果中可以在网上免费获得全文的文献记录都会有相应的链接，其中包括在PMC免费获取全文。     PMC目前已收录了2845种期刊，其中完整收录的期刊972种（即期刊所有论文均被收录，但是在时间上有些可能有延迟），收录NIH资助论文的期刊277种（即至少收录了发表在这些期刊上的由NIH资助出版的论文），提供选择性论文的期刊2313种（即选择性地提供少量论文的期刊）；收录论文全文280万篇。

82 小结 PubMed的自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索。检索经验丰富的用户，或者对查全率查准率有较高要求的检索课题，需要仔细分析课题，编制比较完备的检索策略，综合运用PubMed提供的各种高级检索功能 主题词检索是PubMed最具特色的功能之一，能保证较好的查准率和查全率。主题词组配副主题词使检索结果更为专指，限定在主要主题词检索能使结果更准确。但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如很多专指的概念没有相应的主题词，一些新出现的概念要几年后才收录为主题词。这种情况下，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献

83 参考书 1、代涛.医学信息检索与利用.人民卫生出版社，2010. 2、杨克虎.生物医学信息检索与利用.人民卫生出版社，2009.
3、罗爱静.医学文献信息检索.人民卫生出版社，2010.

84 检索练习 1、最近半年有关儿童白血病治疗方面的英文综述。 (child, children; leukemia; therapy)
2、利用主题词检索2000年以来有关80岁以上老人胆石症诊断方面的文献。( cholelithiasis; diagnosis ) 3、 年，有关婴幼儿维生素A缺乏方面的临床试验文献。

85 谢 谢！