蛋白数据库应用解析.

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1 蛋白数据库应用解析

2 内容 1：蛋白数据库 2：免疫学数据库 （结合本周教学主题） 方式 网络在线操作演示为主

3 蛋白质数据库 序列数据库 模体及结构域数据库 结构数据库 分类数据库

4 序列数据库 UNIPROT（Universal Protein Resource）
PIR（protein information resource） SWISS-PROT TrEMBL

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6 结构数据库 PDB（Protein Data Bank）

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8 蛋白结构显示软件 PyMol RasMol VMD Cn3D

9 PyMOL-created Journal Covers

10 蛋白结构显示软件PyMol

11 Pymol 软件演示

12 免疫信息学数据库 数据库 网址 说明 IMGT http://imgt.cines.fr/
KABAT 包含较完整的免疫学相关蛋白的基本信息和分类及不同物种的MHC, IG, TCR以及其他免疫相关分子序列 SYFPEITHI 收录了来自人类和其他物种MHC-I类和II类配体的序列和基序 HIV databases 收录HIV细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位和抗体结合位点，提供了表位比对、基序检索、序列定位等免疫信息学工具 HCV immunology 收录CD8+和CD4+ T细胞的HCV抗原表位，蛋白组表位图谱 dbHMC NCBI为人类主要组织相容性复合物相关的DNA和临床数据创建的一个开放平台

13 数据库 网址 说明 AntiJen 含T细胞表位、B细胞表位、TCR-MHC相互作用以及MHC和TAP配体定量结合数据的关系型数据库，数据来源于已发表的结果 Bcipep 收录能引起体液免疫应答的B细胞表位，有助于B细胞表位预测方法的开发、合成肽疫苗设计和疾病的诊断 SDAP 提供了肽段匹配工具，可筛检蛋白质中是否含有已知变应原的IgE表位，能迅速确定变应原之间的交叉反应性 Allergen 过敏原数据库 Protall 收录导致IgE超敏反应的植物性食物变应原及其生化与临床信息 CID 肿瘤免疫组数据库 CD40Lbase 收录了CD40配体缺陷引起X染色体连锁高IgM综合征得临床与分子数据 HDB 杂交瘤数据库

14 数据库 网址 说明 IEBD 抗体和T细胞表位数据库，同时提供T细胞和B细胞表位预测及表位保守度和同源图谱分析工具 MPID MHC-多肽相互作用数据库，收录MHC-I和II类分子与相应配体相互作用的结构信息及特征 IPD-MHC 收录了大量物种的MHC序列 MHCBN MHC结合肽或非结合肽数据库，提供与MHC相关联的自身免疫疾病信息 APD 抗菌肽数据库，提供BLAST比对，关键词检索等多项服务 FIMM 集成功能免疫学数据库 HLA-ligand/motif MHC配体、T细胞表位及结合基序数据库 MotifScan HLA基序数据库 摘自：现代检验医学杂志，2009；24（1）：

15 Immuno polymorphism database
免疫多态数据库 Immuno polymorphism database

16 the international immunogenetics database
国际免疫遗传学数据库 the international immunogenetics database

17 多上网 多交流 多实践

18 谢谢大家！