计算机科学与生命科学（11） 生物信息学基础 2013年秋季学期通选课程 上课时间：周一 18:30点 上课地点：软件园4区502d

Presentation on theme: "计算机科学与生命科学（11） 生物信息学基础 2013年秋季学期通选课程 上课时间：周一 18:30点 上课地点：软件园4区502d"— Presentation transcript:

1 计算机科学与生命科学（11） 生物信息学基础 2013年秋季学期通选课程 上课时间：周一 18:30点 上课地点：软件园4区502d
主讲人：魏天迪 讲义网址：

2 多序列比对 常用的多序列比对工具包： ClustalW – 最广泛使用的 T-coffee – 最新的 MUSCLE – 最快的

3 多序列比对 常用的多序列比对工具包： Clustal是最早的多序列比对软件， ClustalW是Clustal的最新版本。至今它已经有35,000 多次文献引用，是在生物学领域中被引用最多的多序列比对软件。

4 A List of ClustalW Servers
多序列比对 常用的多序列比对工具包： A List of ClustalW Servers Name Location URL EBI Europe PIR USA EMBnet BCM GenomeNet Japan DDBJ Strasbourg /ClustalW

5 氨基酸基本结构 氨基 酸根 侧链

6 氨基酸性质 疏水 亲水 负电 正电

7 多序列比对 常用的多序列比对工具包： EMBL ClustalW 红: 疏水 蓝: 酸性（负电） 紫红: 碱性（正电） 绿: 羟基 + 胺基 +

8 多序列比对 常用的多序列比对工具包： EMBL ClustalW (*) 绝对保守的位点 (:) 拥有大致相同大小的氨基酸并且这些氨基酸的亲属水性相似。 (.) 拥有大致相同大小的氨基酸或亲属水性相似的氨基酸。

9 多序列比对 常用的多序列比对工具包： T-coffee是近几年发表的多序列比对软件，很准确，速度相对慢一些。

10 多序列比对 常用的多序列比对工具包： T-Coffee Mirror Sites
T-Coffee Mirror Sites Name URL SIB EBI CNRS index.cgi Max-Planck CBSU EMBnet

11 多序列比对 常用的多序列比对工具包： T-Coffee

12 多序列比对 常用的多序列比对工具包： T-Coffee http://tcoffee.crg.cat fasta_aln file
score_html file phylip file clustalw_aln file

13 多序列比对 常用的多序列比对工具包： MUSCLE是一个运算速度较快的多序列比对软件。
Home page :

14 多序列比对结果的查看编辑器

15 多序列比对中找保守区

16 多序列比对中找保守区

17 序列Logo en = (20 - 1) / 2*ln(2)*n entropy: 熵 en: 小样本检验修正
TRVGNYEMGRTLGEGSFAKVKYAKNTVTGDQAAIK KQTISYMAERVVGTGSFGIVFQAKCLETGESVAIK VVGGKFKLGRKLGSGSFGEIFLGVNVQTGEEVAVK VIGGKFKLGRKIGSGSFGELYLGINVQTGEEVAVK VSKKYVPPLRPIGRGASGIVCAAWNSETGEEVAIK MGADDFELLTMIGKGAFGEVRVVREINTGHVFAMK 对于某一列来说： 每个字母的高度 Height = fi * R (i=1,…,20) (f是出现频率) R = log2(20) – (entropy + en) entropy = -∑fi * log2(fi) en = (20 - 1) / 2*ln(2)*n entropy: 熵 en: 小样本检验修正 在线软件WebLogo：