Homework 4.

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1 Homework 4

2 100 200 CGAP SAGE liver cancer > normal liver
將有差異的基因存檔，與HCC 1648已知有差異基因做比對 ， 列出兩者間（SAGE和HCC 1648 ）有相同表現之基因。 HCC1648: HCC (liver cancer) microarray identity 1648 transcripts with either HCC > normal or normal > HCC liver cancer > normal liver SAGE HCC 1648 100 liver cancer < normal liver SAGE HCC 1648 200 SAGE gene numbers HCC 1648 microarray dataset liver cancer > normal liver example 100 紫色--交集基因數目 liver cancer < normal liver example 200 藍色--交集基因數目

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4 Select

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6 Select

7 Save to your hard disc

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10 設定條件

11 設定條件

12 選擇要看的基因

13 顯示A＞B的基因

14 將有差異的基因存檔，與HCC1648 microarray dataset有差異基因做比對，找出在兩者間（microarray和SAGE）有相同表現之基因
其實用兩個樣本資料的平均數(mean1, mean2) 相比較(相減)比較好 if mean1-mean2 > 0, then the distribution of sample 1 is probably higher than the distribution of sample 2 ; if mean1-mean2 < 0, then the distribution of sample 1 is probably lower than the distribution of sample 2. 用excel's t-test 僅能算出p-value 而若以p-value回推其t-test statistic excel內定是雙尾中的右尾機率所對應的數值 全部皆為正值 這樣就無法得知原本t-test 計算出來的值是正值或負值 其實 兩個樣本資料的平均數(mean1, mean2) 相減 就是t-test 的分子部分了 t-test 的分母部分是用來調整其資料的變異性(調整尺度) 這與t-test 計算出來的值是正或負  沒有關係 嗯 這是我的看法

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