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第三章 核酸结构、功能
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第一节 核酸的化学组成 第二节 核酸的一级结构 第三节 DNA的空间结构与功能 第四节 RNA的空间结构与功能 第五节 核酸的理化性质及应用 第六节 核酸酶
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第一节 核酸的化学组成 一、核酸 1868年，Friederich Miesescher 从脓细胞核中分离出一碱性蛋白和含磷的有机酸的混合物，称之为核素 年，证实遗传的物质基础是核酸 核酸（nucleic acid)是以核苷酸为基本组成单位的生物大分子
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核酸分类 核酸 病毒中，RNA也可作为遗传信息的载体
脱氧核糖核酸(deoxyribonucliec acid,DNA) ：细胞核和线粒体内，携带和传递遗传信息，决定细胞和个体的基因型（genetype) 核酸 核糖核酸（ribonucliec acid, RNA)：细胞质和细胞核内，参与细胞内DNA遗传信息的表达 病毒中，RNA也可作为遗传信息的载体
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二.核酸的化学组成 DNA RNA 戊糖(Pentose) D-2-脱氧核糖 D-核糖
嘌呤碱 腺嘌呤 (A) 腺嘌呤(A) （Purine bases ） 鸟嘌呤 (G) 鸟嘌呤(G)碱基Base 嘧啶碱 胞嘧啶 (C) 胞嘧啶(C) （Pyrimidine bases） 胸腺嘧啶(T) 尿嘧啶(U) 戊糖(Pentose) D-2-脱氧核糖 D-核糖 酸(Acid) 磷酸 磷酸 用酸将DNA/RNA完全水解 DNA：含氮碱基、2-脱氧-D-核糖和磷酸 RNA：含氮碱基、D-核糖和磷酸
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核苷酸 核苷 磷酸(phosphate) 碱基 (base) 核酸酶 核酸 戊糖 (pentose)
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一、含氮碱基 (包括：嘌呤和嘧啶)
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嘌呤碱基 NH2 C N 6 N 5 C 7 1 H 8 C H C 2 4 9 3 C N N H
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嘌 呤 NH2 O C N H CH C N HC H CH 6 6 H2N 2 腺嘌呤A 鸟嘌呤G
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H C 嘧 啶 HN CH HC CH N NH2 C HN CH N H O O 胞嘧啶C O C HN CH N H CH3 N C
4 HN CH 3 5 HC 2 1 6 CH O N O 胞嘧啶C O C HN CH N H CH3 N C HN CH H O O 胸腺嘧啶T 尿嘧啶U
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二、戊糖（DNA含脱氧核糖；RNA以核糖取代了脱氧核糖）
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三、核苷 （嘌呤或嘧啶与糖相连后形成） 核苷结构
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四、核苷酸 (核苷的磷酸酯，磷酸位于C－5’) AMP ADP ATP 腺苷酸及其多磷酸化合物
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第二节 DNA的结构与功能 一、DNA的一级结构
* 3’,5’磷酸二酯键,前一个脱氧核苷酸的3’-OH和后一个的5’-磷酸缩合形成磷酸二酯键 * 方向性：通常规定5’3’为正向
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DNA一级结构的表示法 结构式 p A C T G 线条式 字母式 OH 1´ 3´ 5´ 5´ ACTGCATAGCTCGA 3´ 5´
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二、DNA的二级结构 1953 年Watson 和 Crick 提出右手双螺旋模型 Chargaff法则： * A=T，G＝C；
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DNA分子由两条反向的平行多核苷酸链围绕同一中心轴构成的双螺旋结构。双螺旋表面形成大沟和小沟
右手双螺旋模型要点 3.4nm DNA分子由两条反向的平行多核苷酸链围绕同一中心轴构成的双螺旋结构。双螺旋表面形成大沟和小沟 双螺旋直径2nm，碱基平面垂直于螺旋纵轴
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两条链都由磷酸和脱氧核糖以3’，5’-磷酸二酯键相连而成，它们位于螺旋的外侧。嘌呤碱基与嘧啶碱基位于螺旋的内侧，糖基平面与碱基平面相垂直
两条多核苷酸链依照碱基互补配对的原则形成的氢键相连接；A-T间形成两个氢键；G-C间形成三个氢键
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碱基配对示意图
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B-DNA：Watson-Crick模型，右手螺旋生理条件下DNA最稳定的结构形式
A-DNA：右手螺旋 B-DNA：Watson-Crick模型，右手螺旋生理条件下DNA最稳定的结构形式 Z-DNA：左手螺旋
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三、 DNA的三级结构 DNA的三级结构：DNA双螺旋结构进一步盘曲形成的复杂结构。以超螺旋最为常见 正超螺旋 负超螺旋模型（多见）
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核小体 的核心 真核生物的三级结构常是以核小体的形式存在，核小体常由约200个碱基对的DNA和包括H1, H2A，H2B，H3，H4在内的5种组蛋白结合在一起所构成
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长约140bp的DNA分子绕核心部位1¾圈
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四、真核生物基因组 基因：细胞遗传信息的携带者，是DNA或RNA的功能性片段。它是多核苷酸链中能够决定一种蛋白质或一条多肽链的遗传单位
基因组：生物体内遗传信息的组合。对于高等生物来说，一套染色体构成一个基因组
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第三节、RNA的结构与功能 RNA的结构特征： 1. RNA分子的碱基组成主要是A、G、C、U。此外，RNA分子中含有多种稀有碱基
3. RNA分子比DNA分子小。按其在基因表达中的作用常分为三大类
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一、转移RNA 转移RNA（transfer RNA，tRNA）：在多肽链的合成中起转运氨基酸的作用 特征：
2.稀有碱基及核苷含量丰富 3.tRNA的5端大多为pG，3端为CCA（与氨基酸相连） 4.tRNA均可以形成二级和三级结构
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tRNA的二级结构呈三叶草型，二级结构有四个螺旋区、 三个环、 和一个附加叉
第一个环: DHU环，含二氢尿嘧啶 第二个环: 反密码环，与mRNA上的三联密码互补配对，在蛋白质合成中解读密码子，把正确的氨基酸引入合成位点 第三个环:Tψ环，含有稀有碱基胸腺核苷T和假尿苷ψ tRNA的三级结构为倒L型
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tRNA二级结构示意图
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tRNA三级结构示意图
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二、信使RNA 信使RNA是蛋白合成的模板。mRNA种类多，含量少，占RNA总量的5％-10％。mRNA的T1/2短，一般不超过数小时或几天。代谢率高。组成单位：A、G、C、U 它们按一定顺序通过3’，5’磷酸二酯键相连形成一多核苷酸链。其残基数从几百到几万不等
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真核生物mRNA的一级结构特点 mRNA的3’端有一长约200个A的polyA尾 mRNA的5’端有一7mG.5’ppp5’NpN帽
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mRNA结构示意图
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三、核蛋白体RNA 核蛋白体RNA（ribosomal RNA ，rRNA）与蛋白质组成核蛋白体参与蛋白的合成，是蛋白合成的场所。rRNA是细胞中RNA含量最多的一种，约占总RNA的75％-80％ 真核细胞中含4种rRNA，按其含氨基酸残基数目的多少，分为28S、5.8S（大亚基）；18S 、 5S（小亚基）
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rRNA的结构与功能 一、 rRNA的结构特点 1. 含量最丰富,约占总RNA的80%以上 2. 与核蛋白体蛋白结合成核蛋白体, rRNA
与蛋白质既可分离,又可结合 3. 核蛋白体由大小两个亚基构成,两亚基呈不 规则形状,聚合时中间有裂缝,可通过mRNA
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功能：参与HnRNA和rRNA的转运和加工
是细胞内蛋白质合成的场所 其他小分子RNA 小核RNA（SnRNA)、 小核仁RNA(SnoRNA)、 小胞质RNA（scRNA/7SL-RNA) 功能：参与HnRNA和rRNA的转运和加工
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原核生物核糖体的亚基组成
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原核生物核蛋白体
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真核生物核蛋白体
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意义：扩充了酶的范围，使之不再局限于蛋白质。
核酶 1981年，T. cell 从四膜虫中发现：一类具有自身催化，并可以剪切去除RNA内含子的催化活性的RNA分子，称之为核酶 意义：扩充了酶的范围，使之不再局限于蛋白质。 从此改变了“酶的化学本质为蛋白”的传统概念
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第四节 核酸的理化性质 一、核酸的一般性质 核酸是生物大分子，具有大分子的一般性质。表示核酸分子的大小的方式除了分子量外，常用碱基数目或碱基对数目来表示。核酸是两性电解质，但因磷酸基酸性较强，常显酸性
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二、核酸的紫外吸收特性 嘌呤碱和嘧啶碱有共轭双键，都能强烈吸收紫外光，最大吸收波长为260nm 蛋白质对紫外光的最大吸收波长是280nm
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三、核酸的紫外吸收 1 OD260 DS DNA 50 g SS DNA 37 g RNA 40 g
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紫外分光光度法检测核酸的纯度 方法： 通过测定波长在260nm和280nm处吸光度的 比值(A260／A280)来估计核酸样品的纯度
DNA溶液： A260／A280=1.8 RNA溶液：A260／A280= 2.0
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三、核酸的变性、复性及杂交 变性：DNA变性是指双螺旋的DNA分子双链解开形成单链的过程。由于双螺旋的稳定是靠碱基堆砌力及氢键来维持，所以DNA变性是不伴有共价键的断裂 引起DNA变性的因素有：加热、化学因素（有机溶剂、酸、碱、尿素）和机械力
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ＤＮＡ分子的热变性 将ＤＮＡ的稀盐溶液加热至80～95℃(或以上)数分钟， ＤＮＡ双螺旋结构即遭破坏，氢键断裂，双链分离。
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Tm：DNA热变性是在一很窄的温度范围内进行，这个温度范围的中点叫解链温度。用Tm值表示。它表示有50％的DNA分子解链时的温度
增色效应：变性后的DNA分子溶液在260nm处的光吸收增加的现象
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影响Tm的因素 1.DNA 的均一性越高,Tm的温度范围越小。
2.G-C含量越高, Tm的值越大，当GC的含量上升1%，则Tm上升0.4℃。马默多蒂（Marmur-Doty）关系式： Tm = (G+C)%， 或GC%=（Tm-69.3）×2.44 Tm的定义 3.介质的离子强度较高时, Tm的值较大。 4.酸性条件下,核酸容易脱嘌呤,碱性条件下,核酸容易变性,通常加NaOH 降低Tm的值。 5.尿素,甲酰胺等化学试剂可以降低Tm的值,称作变性剂。
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复性：DNA变性后，当温度缓慢下降时，解开的双链可以重新締合形成双螺旋的过程，称之为DNA的复性
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核酸分子的杂交 基于核酸变性和复性的原理，并依据碱基间互补配对的原则而建立的一门技术。主要用于确定两种相同或不同的核酸分子间同源性的鉴定
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第六节 核酸酶 指所有可以水解核酸的酶 一、分类 1. 按照作用底物的不同分 DNA酶（DNase): 水解DNA RNA酶（RNase):
第六节 核酸酶 指所有可以水解核酸的酶 一、分类 1. 按照作用底物的不同分 DNA酶（DNase): 水解DNA RNA酶（RNase): 水解RNA 2. 按照作用的部位分 核酸外切酶： 作用于5′或3 ′末端 核酸内切酶： 作用于链的内部
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没有限制性内切酶的发现和应用，就很难有今天分子生物学与基因工程的快速发展
二、限制性核酸内切酶 作用于链的内部， 具有严格序列依赖性。 基因工程中最常用的工具酶之一 切——基因工程的手术刀 没有限制性内切酶的发现和应用，就很难有今天分子生物学与基因工程的快速发展 根据需要在特定的位点精确切割 双链DNA分子 功能：
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Part I 练习 简述DNA双螺旋结构特点。
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Part II.练习 名词解释： 核酸杂交 解链温度
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