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第四部分: Web of Science的化学结构检索功能
Thomson Reuters 中国办事处 2008年5月
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通过本部分的内容您可以了解 Chemistry所检索的数据内容 Chemistry的适用对象 化学结构检索的具体操作
利用文本检索字段检索化学数据 在本课件中,您将了解以下内容:第一、Chemistry所检索的数据内容;第二、Chemistry的适用对象;第三、化学结构检索的具体操作;第四、利用文本检索字段检索化学数据。
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化学结构检索界面 这里大家看到的就是化学结构检索界面。在这里有三种操作方式:第一种是Draw Query,构造一个化学结构检索式进行检索;第二种,可以按照化学结构数据进行检索;第三种是按照反应的数据进行检索。
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Chemistry的内容 Chemistry是专门为满足化学与药学研究人员的需求所设计的数据库。收集了全球核心化学期刊和发明专利的所有最新发现或改进的有机合成方法,提供最翔实的化学反应综述和详尽的实验细节,提供化合物的化学结构和相关性质,包括制备与合成方法。 ISI Chemistry是一个事实型的化学数据库。 目前Index Chemicus(IC)和Current Chemical Reactions (CCR)集成在Web of Science数据库中,可以提供引文方式的检索途径。 化学结构检索所包括的内容有哪些呢?Chemistry是专门为满足化学与药学研究人员的需求所设计的数据库。收集了全球核心化学期刊和发明专利的所有最新发现或改进的有机合成方法,提供最翔实的化学反应综述和详尽的实验细节,提供化合物的化学结构和相关性质,包括制备与合成方法。它是由两个数据库组成的。
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Current Chemical Reactions
CCR可以跟踪最新的合成技术,包括了摘自39个权威出版机构的一流期刊和专利的单步和多步的新合成方法。每一种方法都提供了完整地反应流程,同时伴有详细精确的图形来代表每个反应步骤。 CCR提供了从 年之间的90余万个反应。月更新4500多条记录。 该数据库还包括来自享有极高声望的国家研究所 de la Propriete Industrielle的14万多条反应记录,数据可回溯至18世纪。 第一个数据库是Current Chemical Reactions,它可以跟踪最新的合成技术,包括了摘自39个权威出版机构的一流期刊和专利的单步和多步的新合成方法。每一种方法都提供了完整地反应流程,同时伴有详细精确的图形来代表每个反应步骤。
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Index Chemicus IC主要聚焦新化合物的快讯报道,包括了来自国际一流期刊报道的新型有机合成反应的结构与评论数据。除此以外,数据库中的很多全记录展示了从最初原材料到最终产品的整个反应流程。IC是揭示生物活性化合物和自然产品的有关最新信息的重要资源。 第二个数据库是Index Chemicus。它主要聚焦新化合物的快讯报道,包括了来自国际一流期刊报道的新型有机合成反应的结构与评论数据。除此以外,数据库中的很多全记录展示了从最初原材料到最终产品的整个反应流程。IC是揭示生物活性化合物和自然产品的有关最新信息的重要资源。
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收录反应的选择标准: 新反应或合成方法 已知反应的新或未知的应用或新的催化剂 已知合成路线的新发展或修饰 天然产物的第一次实验室合成或全合成
Web of Science中收录数据的选择标准如下: 1、新反应或合成方法 2、已知反应的新或未知的应用或新的催化剂 3、已知合成路线的新发展或修饰 4、天然产物的第一次实验室合成或全合成
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作用: 取得分子合成反应的信息,检查某类分子是否已被分离、合成,有关的文献资料 了解最新的催化剂,各类分子的生物活性、天然来源等信息资料
新的有机金属化合物设计、合成与应用 各种单体分子的合成,催化剂的利用,材料的各种合成途径 了解化合物/药物分子的生物活性,迅速发现潜在的药物母体及其合成;“组合化学”所必需的固相合成反应 缩短项目的研究周期,减少不必要的重复开发,提高工作效率 该数据库的作用包括以下几点:1、取得分子合成反应的信息,检查某类分子是否已被分离、合成,有关的文献资料2、了解最新的催化剂,各类分子的生物活性、天然来源等信息资料3、新的有机金属化合物设计、合成与应用 各种单体分子的合成,催化剂的利用,材料的各种合成途径 4、了解化合物/药物分子的生物活性,迅速发现潜在的药物母体及其合成;“组合化学”所必需的固相合成反应5、缩短项目的研究周期,减少不必要的重复开发,提高工作效率。
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面向用户:所有从事与化学物质相关的研究的科研人员
有机化学和无机化学 物理化学、分析化学、生物化学 药物学 天然产物化学 农药化学 有机金属材料 高分子材料科学 精细化工的研究与发展 它所面向的用户包括所有从事与化学物质相关的研究的科研人员。比如: 有机化学和无机化学 物理化学、分析化学、生物化学 药物学 天然产物化学 农药化学 有机金属材料 高分子材料科学 精细化工的研究与发展
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点击画图 下面我们就具体来看一下如何使用化学类数据库。在Web of Science的开始页面上点击Structure Search就进入到化学结构检索页面。在使用前您需要下载Chemistry Plug-in这个免费插件,这样您才能够正常使用化学结构检索功能。另外,在检索前,你还要在citation database中勾选Current Chemical Reactions和Index Chemicus两个数据库。当我们点击Draw Query时,系统会弹出这样一个窗口。(点击) 选择数据库
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在这个页面中,我们可以利用它所提供的数据来构造化学反应,点击Back,将其贴入到检索框中。
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点击Search就可以进行检索
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反应概要图示 论文记录LINK 反应细节LINK
这个页面显示的是检索结果。在这个页面中,我们可以看到反应概要图示、论文全记录的链接以及反应细节的链接。下面我们来看一看全记录页面。
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论文的概要信息 这里是全记录页面。在这个页面中我们能够了解论文的相关概要信息,还能看到反应的具体细节。 反应细节
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Reaction Details 这是反应细节的页面。在这里我们可以看到反应的具体条件是如何的。反应的时间有多长,温度多高,其它的相应条件如何。催化剂的信息。以及产品与产率的相应关系等。
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“salinomycin”/”mycotrien*”
化合物数据检索 “salinomycin”/”mycotrien*” “Antiviral Activity” 接下来我们再来看一下如何用文本方式进行化学结构的检索。首先是利用化合物的相关数据进行检索。在这个页面上,我们可以通过输入化合物的名称进行检索,也可以输入化合物的生物活性来检索。还可以输入反应中物质分子量的大小,并选择物质在反应中所处的角色。 “340”/”>500” 化合物的角色
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反应描述:”Diels Alder”/”Ring Closure”
反应数据检索 反应条件: 保护气:Air, O2,N2,Ar etc 反应时间(Hrs):24/<10 产率(%):100/>80 压力(Atm):>1 / >5 and <20 温度(C):25 / >-40 回流: 其它:Term List 接下来我们来看一下如何利用反应数据进行检索。在反应数据中,我们可以给出反应的条件,比如保护气体是什么,反应时间多长、温度多高等等。另外,我们还可以对反应进行描述并对反应做出评价。 反应描述:”Diels Alder”/”Ring Closure” 对反应的评价(包括优势、局限性、注意事项及其它定性数据): COMMERCIAL* AND CHEAP SIMPLE OR EFFICIENT
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目标:合成一种具有HIV-1 蛋白酶抑制活性的化合物
高产率 高光学纯度 合成的有效性 可以买得到的起始原料 没有复杂的纯化过程 下面我们通过一个具体的例子来说明如何使用化学结构数据库。例如,我们希望合成一种具有HIV-1 蛋白酶抑制活性的化合物,同时要求该反应是高产率和高光学纯度的,并且要求合成是有效的,也就是说我们能用买得起的起始原料来进行这个反应,并且没有复杂的纯化过程。
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生成物 产率 Biological Activity (as Product):
我们可以这样来操作:在化学结构检索页面,首先选择化合物的生物活性,在这里我们填入HIV蛋白酶的抑制活性。同时,我们还希望这个化合物是个生成物,所以在as product前面的复选框中打勾。另外,我们还希望反应的产率大于80%,因此,在Product yield中填入大于80%。之后点击Search进行检索。 Biological Activity (as Product): HIV-1 Protease inhibiting activity 生成物 产率
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Link to detailed reaction conditions
Link to Full Record Link to detailed reaction conditions Reaction Overview 这样我们就查到了24条符合检索条件的反应。现在我们打开某一反应的全记录。
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全记录页面 在这个页面上我们能够看到具体的反应合成方法。同时在这个页面上还有一些链接项。比如,我们打开References这个链接,
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参考文献了解该合成反应的依据 我们可以看到作者给出这个反应时所参考的一些文献,也就是这个合成方法的来源。
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全记录页面 第二个链接是Time Cited。这个化学合成反应是2002年公布的,如果我们想知道此后有没有更新的合成方法面世,那么我们就可以点击Time Cited超链接来查看。
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被引用情况了解该物质合成的新反应 我们发现有25篇文献引用了这篇文献。其中最新的一篇是2008年5月发表的。
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全记录页面 第三个超链接是Related Records,点击这个按钮
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我们可以看到有1286篇文献与刚才的那篇文献是相关的,也就是说,这1286条记录中的每一条都曾引用过刚才那篇文献的12条参考文献中的一条或多条。我们认为,这些文献中的反应与刚才所选的那条反应具有某些相关性。
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谢谢! 与Thomson Reuters中国办事处联系: 北京市海淀区科学院南路2号 融科资讯中心C座南楼1211室 100190
电话: 传真: 化学结构检索功能就介绍到这里,谢谢大家。
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