利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树

Presentation on theme: "利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树"— Presentation transcript:

1 利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树
DarwinTree应用实例分析 利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树 汇报人：董慧 深圳市仙湖植物园 2010年5月15日 1 1

2 以MPE中已发表文章中相同数据为基础，比较国际公认的分子系统发育关系与DarwinTree构建的系统发育关系
背景 内容 以MPE中已发表文章中相同数据为基础，比较国际公认的分子系统发育关系与DarwinTree构建的系统发育关系 目的 如何利用DarwinTree分析非陆地植物类群数据 验证DarwinTree利用NCBI数据流程化构树的有效性

3 分析内容－联合基因建树 外群：水虻总科木虻科Xylomyidae 1taxa 类群：水虻总科水虻科Stratiomyidae 68taxa
序列名称：elongation factor-1 alpha gene 28S ribosomal RNA gene 构树方法：Baysian Inference (BI)

4 已发表文章分析方法与DarwinTree构树流程比较
Positive DarwinTree Negative 数据汇集-自测 序列格式处理-手动 多序列比对-Sequencer 序列手工校对-MacClade 4.0 模型评估：ModleTest 3.7 构建系统树：MrBayes-3.1.2 数据汇集- 数据定制功能 序列格式处理-手动 多序列比对-Clustal X 序列手工校对-BioEdit 模型评估：在参数设置中预设 构建系统树：MrBayes

5 检索结果与NCBI检索结果完全一致，而且存储更为方便
数据汇集 已发表文章/NCBI DarwinTree 自测/NCBI搜索下载 数据定制功能Data Subscription 检索结果与NCBI检索结果完全一致，而且存储更为方便 Conclusion

6 与利用DarwinTree分子库中已有数据建树相比，利用私有数据在平台分析需要进行大量的格式处理。
数据处理 序列描述字段修改 利用数据定制功能下载FASTA格式： >gi| |gb|DQ | Nemotelus nigrinus voucher CB S ribosomal RNA gene, partial sequence DarwinTree自测数据分析要求格式： >Nemotelus_nigrinusCB0318 与利用DarwinTree分子库中已有数据建树相比，利用私有数据在平台分析需要进行大量的格式处理。 Conclusion

7 用自测数据在DarwinTree进行联合基因建树，需要对不同基因分别比对再手动联合
序列比对 已发表文章 DarwinTree 多序列比对-Sequencer 序列手工校对-MacClade 4.0 EF1a: 1058bp 28S: bp 删除246bp高变区 多序列比对-Clustal X 序列手工校对-BioEdit EF1a：1060bp 28S: bp 删除454bp 用自测数据在DarwinTree进行联合基因建树，需要对不同基因分别比对再手动联合 Conclusion

8 用Bayesian方法构建系统关系

9 A PA S CI CI CI CI ST R

10 A PA S CI CI CI CI 亚科具有较好的单系性 ST Conclusion R

11 已发表文章中水虻科系统发育关系 相同分子数据 形态数据

12 已发表文章中水虻科系统发育关系 亚科间系统发育关系出现差异 Conclusion 相同分子数据 形态数据

13 建议 是否增加私有数据联合基因建树功能？ 数据定制部分是否增加以不同描述形式来保存序列？（类似于MEGA）
是否利用jModelTest软件增加模型评估功能（该软件不需要和PAUP一起使用） 系统树自动构建系统树的有效性？（部分基因自动比对效果不佳）

14 Thank You！