科研工具SciFinder® Scholar使用介绍 西南科技大学 突破信息检索壁垒 科研工具SciFinder® Scholar使用介绍 CAS中国代表处 孙云鹏 Tel:021-64450498 Email:jack@igroup.com.cn
Chemical Abstract Service美国化学文摘社(CAS) CAS是全球最大的学协会组织,是美国化学会(ACS)的分支机构。 CAS本部位于俄亥俄洲 ,毗邻俄亥俄洲立大学,拥有800多博士从事文献编辑工作。 CAS致力于推动科学研究。为全球科技与创新领域提供领先的、整合的、全面的信息解决方案。
CAS主要产品 SciFinder Scholar(简称SFS)是CAS所出版的学术版电子数据库。
提纲 SciFinder Scholar数据库介绍 SciFinder Scholar检索介绍
SciFinder Scholar数据库背景 跨世纪工程 SciFinder Scholar 光盘 纸本 1907年 1977年 1997年 2007年 2002年 SciFinder Scholar 2007
SciFinder Scholar数据库与CACD/Print区别 CA print CA on CD SciFinder 包含文献起始日期 1907 1977 1907(上万条记录回溯到1900年以前) 得到最新信息的延迟 几个月 一个多月 一天 主题检索 √ 普通物质名称检索 × 分子式检索 结构式检索 亚结构式检索 相似结构式检索 反应式检索 类反应式检索 分析与二次检索 检索效率 低 不高 高效 检索速度 慢 尚可 快捷
SFS特点介绍: 1. SFS文献收录始于1907年,来源于一万多种主要期刊,文献收录占世界化学化工类 总文献量的98%。 2. SFS有六大数据库,包含了CA和Medline全部内容,同时收录了50多家专利授予 机构颁发的专利。 3. SFS内容收录涉及有机化学、材料化学、生物化学、分析化学等化学各分支学科 及遗传学、免疫学、药理学、毒理学等医学类相关学科。 4. SFS拥有主题检索、分子式检索、结构检索、反应式检索等多种检索方法并配备 强大的后处理功能。 5. SFS具有最直观的检索界面,能方便的查阅全球200多个国家和地区的60多种语言 的数千万专利和科技文献。 SFS的特点总体上可以概括为以下五点,即1,2,3,4,5。
SFS数据库的内容简介:(数据截至2008年9月) 文摘数据库 CAplus Medline 收录起始年 记录情况 更新速度 涵盖内容 CAplus 1907年 2700多万条 文摘记录且 94%以上有详 细摘要信息 每日更新 化学化工类各分支学科 (包括有机化学、无机化 学、物理化学、应用化学、 药物化学、生物化学、分 析化学等) Mediline 1950年 1600多万条 记录 每周四次 更新 基础医学、临床医学、环 境医学、营养卫生学、职 业病学、卫生管理、卫生 保健和信息科学等
物质数据库 Registry Chemcats Chemlist Registry Chemcats Chemlist 世界上最大、更 新最快的化学物 质数据库 5933万条序 列,3250万 种有机、无机 物质等 可查询CAS登 记号、化学名 称、化学结构 式、分子式和 性质数据 每日更新 Chemcats 世界上最大化学 品商业数据库 超过 1579万条 化合物商品信 息,包括目录 名称、订购号、 化学物质登记 号、结构式等 可获得提供商 的联系信息, 价格情况及运 送方式等 收到新目录就 进行添加 Chemlist 来自19个国家和 国际组织的法规 信息 超过24万种管 制品信息 可通过物质查 询间接获得 每周更新
反应数据库 CasReact CasReact 1840年以来 >1350万单步、多步反应,世界最大的反应数据库 包括有机反应,有机金属反应,无机反应,生化反应等 周更新,平均每周增加反应记录为600~1300条 通过反应式、产物、试剂等方式检索,可以查找相关反应信息, 如产率,催化剂等 CasReact
SciFinder Scholar的检索方式 主题 机构名 专利号 作者名 文献 在如此众多的检索模式中,我需要提几点SF中,拓展思路的检索模式 反应 物质 俗名 分子式 相似结构 结构,亚结构 官能团
提纲 SciFinder Scholar数据库介绍 SciFinder Scholar检索介绍
检索界面 参数设定 检索历史 开始新任务 检索分类
主检索界面 对于不确定的信息,我们一般通过Explore检索 对于确定信息的检索,我们一般用Locate检索 浏览,可以让科研工作者,浏览核心期刊的内容
Locate检索 输入期刊名、作者名、文章名查询 输入文献标示符查询(CA号,专利号等等) 输入物质名称(索引名,化学英文名,俗名等)
获得了详细的物质信息,包括CAS物质号,分子式,索引名和其它名,还有一些谱图信息,C-13谱,红外普图,质谱等等.
Browse检索
主检索界面
Explore检索 文献检索 物质检索 反应检索
SciFinder Scholar查询举例----文献信息的查询
SciFinder Scholar查询举例----主题检索 提出问题 获得关于纳米结构材料方面的参考文献 我们来看一下这些问题,在SFS中是如何解决的。 存在问题: 纳米结构材料存在什么方面的应用研究 如果我对防火材料感兴趣,那么是否存在这方面的文献 到底是防火涂料,还是防火材料
我们用nano structure with material来做初次的检索 “Closely associated with one another” 表示在同一个句子当中出现
获取文摘 我们注意到所列文献中出现了nanostructured , nanotube ,nanocrystalline 这样的词 那是SciFinder能够自动识别同义词,近义词,缩写,并有截词,断词等功能 获取全文 分析/限定
SFS2007新功能 系统分类
一共11种分析手段 作者: 发现某一领域中发文章最多的研究者 索引词: 帮助分析该领域中文献的内容 CAS No: 了解文献出现的物质及应用 来源期刊: 发现相关的学术期刊 学科领域: 了解在不同学科的分布情况 文献语种 : 了解有关文献的语种分布情况 机构 发现某一领域研究最多的研究机构 出版年: 了解该领域的研究历史和发展 数据库 分析是来自CAPLUS还是MEDLINE 辅助索引词: 帮助分析该领域中文献的内容 文献类型 : 了解文献的种类 排序: 可以选择按照字母顺序也可以按照出现频率顺序
一共7种限定手段 主题: 对初次结果用其它的主题再作2次检索 文献类型: 直接获得关心的文献类型 机构: 直接获得自己关心的机构的参考 文献语种: 直接获得关心的语种的参考 作者: 直接获得自己关心的作者的参考 来自数据库: 可以限定文献的出处 出版年: 直接获得自己关心的年份的参考
基于内容的Index Term分析
如果我对防火方面感兴趣,那么可以用主题再次限定,Fire resistant
书目信息,包括文章题目,作者名,单位等 专利信息 摘要信息,如果原文作者摘要不足以反映全文内容,CAS文献编辑人员会重新帮作者写一个
索引部分,对文献内容进行分析后,提炼出来的足以反应全文内容的索引词。 索引部分,还将文献中出现的物质,进行提炼,对物质所处的角色,用途进行总结,归类。。
基于内容的Index Term分析
让我们再来看一下Index Term分析的结果 但是, 让我们再来看一下Index Term分析的结果 近200的索引词 这必然导致我们不太愿意看排在后面的答案 我们是否可以让系统按照某一种分类方法来自动分类呢?
Categorize功能帮您提供系统分类方法
Index Term分析和Categorize分析的区别
检索思路回顾 尝试纳米结构材料的初次检索 获得感兴趣的文献 分析结果,可以查看可能应用到的领域 用主题再次限定,获得防火相关参考文献 分析结果,可以查看到更加细节的信息
Explore by Research Topic ----Tips 一般最佳在2-3个Concepts(关键词),最多不超过5个 最好使用介词而不用Boolean运算符,如AND 、OR、NOT;介词能被识别; 识别常用缩写、单复数、过去式等; 支持同意词,近义词检索; 不能用!或*(删减字符或通配符) 可用括号,括号内为前词的同义词; 修饰语不能自行分配,需各自写明;
文献信息的查询举例------作者名查询
检索材料学院卢忠远教授发表的文献 姓,一定要写全 名,只写首字母
在后选项中,选择所有的可能, Lu Z Lu Z Y Lu ZY Lu Zhong Yuan Lu ZhongYuan ……
选择所有的可能 Southwest University of Science and Technology, Peop Rep China ……
SciFinder Scholar文献检索小结 可以通过SciFinder Scholar的Analyze/Refine功能来不断的修正我们的检 索思路 可以通过SciFinder Scholar的Analyze/Refine功能来缩小检索的范围 可以通过SciFinder Scholar的Analyze/Refine功能来获取新的知识点和灵 感 尝试将不同的Analyze/Refine功能组合起来用,会有更多的收益 通过Get Related来获得更多的信息
SciFinder Scholar查询----物质信息的查询
SciFinder Scholar查询----物质信息的查询 结构工具
SciFinder Scholar查询----物质信息的查询及举例 铅笔 元素周期表 碳链工具 可变基团 常用基团 重复基团工具 R基团定义工具 可变位置连接工具 结构模版 多元环工具 橡皮 索套选择工具 选择工具 旋转工具 正电子 负电子 原子锁定工具 环锁定工具
结构检索(精确结构、亚结构、相似结构检索) 可以解决的问题: 精确结构检索 亚结构检索 1.得到该物质的盐,或者其他的 混合物,聚合物 相似结构检索 2.通过修饰物质的部分结构,来获 得更多的物质信息 3.检索存在类似的但是尚不知道结 构的物质 4.检索到所画结构物质的其它相似 结构,进而开拓我们的研究方向
第一个问题的回答--精确结构检索
得到物质的盐,或者其他的混合物
第二个问题的回答— 亚结构检索
得到物质的修饰信息 33246种修饰信息 强大的后处理功能我们做科研往往是希望得到我们不知道的信息 那么对于这33246种物质,我们如何去分析来获得我们需要的信息呢 33246种修饰信息
6大分析功能 真实原子附属性: 帮助分析某一特定原子上的修饰 精确结构: 帮助分析结构中存在的互变异构或者兼性离子 环骨架分析: 帮助分析结构中存在所有环骨架 可变基团分析: 帮助分析结构定义中的定义的某一类基团 R基团分析: 帮助分析结构定义中的R基团 构象分析: 帮助分析结构中存在构象问题
7大限定功能 对于上面的3万多种物质,如果我只想获得具有红外光谱数据的物质,那么,我应该选择什么呢? 结构再次限定: 帮助对结构再次限定 性质限定: 通过物质的理化性质对物质进行限定 同位素限定: 帮助获得结构中含有同位素的物质 提供性质限定: 对可提供的物性数据分析 金属包含限定: 帮助获得结构中含有金属的物质 提供参考分析: 帮助获得至少含有1篇参考的物质 商业化限定: 帮助获得可购买的物质 对于上面的3万多种物质,如果我只想获得具有红外光谱数据的物质,那么,我应该选择什么呢?
或得具有红外光谱信息的物质
实际上 我们有的时候,更多关注的是结构上面的信息 修饰信息--后处理功能的运用 修饰某一特定原子后该原子的二次修饰信息? ……
修正结构
对所得结果再次使用真实原子附属性分析
第三个问题:存在类似的但是尚不知道结构的物质 如果,我们对所关心的结构只有一些了解,不确定的信息太多 例:我们设计要找符合以下结构的物质: 结构中含有苯环,苯环上含有一个杂环 杂环为5元环,6元环或7元环,且杂原子不能直接接在苯环上 杂环上原子必须是O或者S 苯环上与杂环相邻的位置接个Br 苯环上某2个处于间位的C必须有1个C接卤素,(卤素种类不确定) 该2个位置之间的C必须接一个基团,该基团可以是H,OH,X
得到具备一定条件的结构信息 问题: 存在多少种环结构 X= F,Cl, Br,I 分别有多少种物质 R2=H,OH,X分别有多少物质 R1= O,S R2= H,OH,X
第三个问题的回答—亚结构检索
环骨架分析
可变基团分析
R基团分析
第四个问题的解决:相似结构检索
得到相似结构信息
SciFinder Scholar物质检索小结 需要查询什么样的结构 聚合物,混合物 相似结构 修饰结构 设计的结构 精确结构检索 相似结构检索 亚结构检索
SciFinder Scholar的3种结构检索包容关系 A=亚结构检索,B= 相似结构检索,C=精确结构检索 A B C A B C A B C A B C
SciFinder Scholar的3种结构检索包容关系 亚结构检索 相似结构检索 精确结构检索
Explore检索----分子式检索 聚合物则输入单体组成以括号加X,如(C4H6)X; 区分大小写; 输入必须规范,否则会自动要求重输; 输入时不同元素之间可用空格隔开,系统也会自动分割; 输入盐类,可分为酸碱组分以 . 相连; 如:H3 O4 P . 3 Na;H3 O4 P . 2 Na;H3 O4 P . Na 分别代表不同的物质 聚合物则输入单体组成以括号加X,如(C4H6)X; 对于复杂的有机物质,可以通过分子式查询,并通过亚结构限定获得
SciFinder Scholar查询----反应信息的查询
SciFinder Scholar查询举例----反应信息的查询 反应检索的界面实际上和物质检索是一样的。 反应查询工具
SciFinder Scholar查询举例----反应信息的查询 反应位置标记工具 反应角色工具 反应箭头 反应原子标记工具 反应官能团列表
一共10种分析手段 了解有关文献的语种分布情况 了解该领域的研究历史和发展 催化剂: 了解反应中出现的催化剂 反应步数: 了解反应步数的情况 溶剂: 了解反应中可能出现的溶剂 产率: 了解产物的产率 期刊名称 : 可以帮助发现相关的期刊 作者: 了解在不同学科的分布情况 机构 发现某一领域研究最多的研究机构 语种: 了解有关文献的语种分布情况 发表年限: 了解该领域的研究历史和发展 文献类型 : 了解文献的种类 排序: 可以选择按照字母顺序也可以按照出现频率顺序
一共4种限定手段 结构限定: 反应步数限定: 可以进一步限定反应物,产物,催化剂等 可以对反应的步数事先进行限定 反应类型限定: 产率限定: 可以限定反应的类型是什么 产率限定: 可以对反应的产率事先进行限定
反应步数分析 溶剂分析
拓展思路的反应检索 通常利用SciFinder Scholar反应检索可以 做一些对我们科研有参考意义的反应 常会用到的情况: 1.官能团之间的反应 2.亚结构反应检索 3.对反应位置和原子有特定要求的反应
1. 官能团之间的反应
假如我们只想得到一步反应 683条反应
假如我们规定反应物必须是乙酰氯
再按照上面的检索获得从乙酰氯出发的反应,一共16条
2.亚结构反应检索 想获得1步合成该物质的反应
亚结构反应检索 必须的条件: 羟基接的C必须是CH2 整个C链不允许是某个环结构的部分结构 其余的3个C原子链接什么基团对反应没 有影响 有影响 据此,我们修改我们的检索方式
亚结构反应检索 用环锁定功能,锁定C链,保证其不成为环结构的一部分 用原子锁定功能,锁定C原子,保证C 原子上两个H不被取代
3.对反应位置和原子有特定要求的反应 O原子反应前后必须配对 C=O键必须发生反应 除已有的苯环外,不能成环
对反应作出条件限定 用mapping tool键标示O原子反应前后位置 用site marking tool键标示C=O键反应的位置。 用Lock out ring tool键锁定环
SciFinder 反应检索小结 多用Analyze/Refine,来获得催化剂,溶剂,产率等信息 如果反应只涉及基团之间的变化,用官能团反应可以获得更多的参考 信息 当无法找到具体反应,或者检索结果并不满意,尝试用亚结构反应查 询,可以获得更多的参考信息 更多关于物质和反应检索培训请查看 http://www.igroup.com.cn/cas/ 资料下载中心
SciFinder Scholar的检索理念 广域检索策略 大量的信息 分析 察看并获取结果 获得好的想法与创意以及新知识点 这样做的目的是因为:科研人员希望获得他们不知道的信息 然而,如果科研人员通过具体的问题进行检索,他们可能遗漏一些未知的重要信息 所以,只有通过SciFinder ,才能让科研工作者实现了: 最为广泛的检索,并运用Analyze/Refine功能进行分析,提炼,获取新的知识点和创意
提纲 SciFinder Scholar数据库介绍 SciFinder Scholar检索介绍
SciFinder Scholar的程序安装 SciFinder Scholar2007.exe 安装过程中,提示: Do you have a disk labeled Custom Site Files? (选择 No) site.prf (site)文件 只需将 site.prf 文件复制粘贴到 X:\ScholarCHLR目录下 还可安装 ViewerLite用于查看3D结构
运行SciFinder Scholar
可能1:(并发用户数限制) 解决方法:请耐心等候 !
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可能3:网络故障 解决方法:点击OK,再次运行SciFinder/Scholar
可能4: IP地址未被授权 解决方法:确认IP地址是否在校内, 并与图书馆管理员联系。
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