南医图书馆系列讲座课件下载地址http://lib.smu.edu.cn/Article.aspx?id=1429 网易云课堂---中科大“文献管理与信息分析”课 http://www.icourse163.org/course/ustc-9002#/info

用于检索外文期刊论文的 摘要型数据库 南方医科大学图书馆 许四洋 2015-11

http://il.las.ac.cn/index.php

公认最早的医学期刊，首推1679年法国出版的《医学新进展》。 清代唐大烈主编的《吴医汇讲》11卷(1792～1801)，内容包括41位作者的94篇文稿，所叙有内、外、妇、儿各科及历代医家论述，经义诠释、随诊笔记、读书方法、药物真伪鉴别等。从编例及内容而言，《吴医汇讲》可说是近代中医药期刊的雏形。 1880年（清光绪六年），美国传教医师主编的《西医新报》，是中国最早的西医药刊物，由广州博医局发行。 《博医学报》创刊于1887年，后于1915年11月由中华医学会主办，是今天中文版《中华医学杂志》及其英文版的前身，也是中国历史最长、影响深远的医学刊物，至今仍由中华医学会总会编辑出版。 From 百度百科

世界上医学相关期刊种类：25000~30000 国内医学相关期刊种类：1100~1600 SCI-E收录的生物医学期刊：2820种 中文核心期刊目录（2015年版）医药、卫生248种刊

Outline: 1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 2 不同数据库之间在收录文献方面的对比 3 PubMed检索与利用 如何准确检索一个课题的相关文献？ 对PubMed检索结果提供文献分析的平台 利用My NCBI 高效保存、分享PubMed检索结果

1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 摘要型数据库 (bibliographic database) PubMed/MEDLINE 医学 （免费） EMBASE 医学 Web of Science /SCI-E 自然科学综合 （学校图书馆采购） Scopus 自然科学综合

1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 摘要型数据库 (bibliographic database) BIOSIS Preview 生物学/基础医学 EI Compendex Web 工程/计算机/医学工程 　 SciFINDER 化学 Thomson Reuters Integrity 药学/临床药学 (药学院采购)

更细分专业的数据库 护理 The British Nursing Index (BNI) 心理 PsycLIT 药学 International Pharmaceutical Abstract 。。。。。。

数据库介绍（药学领域外文论文） Derwent Drug File International Pharmaceutical Abstract Drug Information Fulltext

PubMed与MEDLINE 指标 检索系统 检索 年限 收录 范围 方法 结果 MEDLINE 1940— 上周 专业性 要求高 部分有全文链接 PubMed 1800？—update Old MEDLINE Pre-MEDLINE Publisher Supplied… 简化 部分有电子期刊全文链接 12

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比 PubMed收录的生物医学期刊：5376种 SCI-E收录的生物医学期刊：2820种 Scopus收录的生物医学期刊：5300种 Web of Science覆盖的生物医学期刊：>7000种 SCI-E+MEDLINE Embase.com覆盖的生物医学期刊：>7000种 Embase+MEDLINE

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比 1999年英国循证医学中心和MCDONALD对有关“PSYCHIATRY AND NEUROLOGY”学科方面的4个 生物医学数据库收录期刊进行了比较，收录相关专业 期刊多寡顺序为： PsycLIT(73％) EMBASE(67％) MEDLINE(47％) BIOSIS(48％) 91% 75%

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比 美国休斯顿Baylor医学院的Mafia分别用MEDLINE和EMBASE检索了1988和1994年有关rheumatoid arthritis(RA)，osteoporosis(OP)和low back pain(LBP)临床对照试验(controlled clinical trims)方面的英文文献，EMBASE 检出率 90％，MEDLINE检出率77％，不重合部分32％。

3 PubMed检索与利用 如何准确检索一个课题的相关文献？ 对PubMed检索结果提供文献分析的平台 利用My NCBI 高效保存、分享PubMed检索结果

PubMed访问网址 在校使用http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?myncbishare=smulib 离校后 http://www.pubmed.gov

PubMed简介 National Library of Medicine管理下的 National Center for Biotechnology Information (NCBI)建立的生物医学文献数据库，使用NCBI的Entrez检索平台。

NCBI 数据库系统

生物信息学资源推荐 华中农业大学 生物信息学 http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/ 北京大学生物信息中心 华中农业大学 生物信息学 http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/ 北京大学生物信息中心 http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/ 生物信息学研究论坛网 http://www.bioxxx.cn/forum.php 生物信息学天空 http://www.bioinfosky.com/portal.php

PubMed简介(cont’d) 检索生物医学期刊论文的摘要数据库； 收录文献的时间范围： 1800？？- Update everyday

最老的？

Update everyday！

PubMed简介(cont’d) 来源期刊 5376 English 4806 （约占85%) 期刊论文发表时所用的语言 Chinese 69 French Japanese Italy Germany … … 期刊论文发表时所用的语言

PubMed简介(cont’d)

PubMed简介(cont’d) Complementary Therapies 43种刊 Biomedical Engineering 127种刊 Medical Informatics 87种刊

检索文献起始： 全文数据库 摘要型数据库 ScieneDirect SpringerLink Ebsco Ovid LWW Science online Wiley … … 全文数据库

3 PubMed检索与利用 检索功能 利用不同字段（field），高效完成检索

Gene targeting

Gene targeting 你的检索词被处理后，变成这样的检索式

PubMed检索 Automatic Term Mapping词语自动匹配 对于用户在检索框中输入的检索词或词组，系统将依次到MeSH词转换表、作者全名表、作者索引表、期刊名称索引中进行词语匹配查找。

PubMed检索 Mesh(Medical Subject Headings) 词表 美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。 MeSH在文献检索中的重要作用主要表现在两个方面：准确性（准确标识文献内容的主题）和唯一性。

PubMed检索 Automatic Term Mapping的基础 PubMed使用的词表： 2015版的MeSH词表收录有26 853个主题词（Medical Subject Heading） 213 000个入口词(entry term)

Mapping to MeSH：扩大检索

MeSH词的唯一性和规范性 主题词 关键词 流感, 禽 禽流感、鸟流感、家禽瘟症、鸡瘟 Neoplasms Neoplasm、Tumors、Tumor、Cancer····· Aspirin Aspirin、Acetylsalicylic Acid、Micristin、Solprin·····

PubMed检索 有关高频心电图的自动分析的文献 high frequency electrocardiography AND automatic analysis 这样一个检索式，会被处理成什么样？

提高检索的效率：词组检索 在词组的首尾加“ ” 在词组最后一个词的末尾加* 在词组后限定检索字段，如[TI] 如何实现词组检索

" gene targeting "

Gene targeting*

Gene targeting*

Gene targeting[TIAB] 限题目或摘要字段检索

Gene targeting[TI] 限题目字段检索

为什么限定字段检索？ 不限定检索时，在所有字段[All Fields] （一条文献记录最多含50个字段）查找你输入的检索词 限定字段检索时，在指定字段范围内查找你输入的检索词

PubMed一条记录包含的字段

选择字段---PubMed高级检索

检索某课题相关文献时常用到的字段 tag Field name Tag field name AB Abstract摘要 TI Title AD Affiliation 单位 MH MeSH Terms主题词 AU Author  PT Publication Type DP Publication Date SO Source TW Text Word TA Journal Title TIAB TItle/ABstract LA Language IS ISSN  CP Publication Country

提高检出文献的相关度 （检准率） 特定字段检索 （Fields Search） Title 题目 MeSH 医学主题词 Title/Abstract 题目或摘要 Text word 文本词或关键词

粘脂贮积症(mucolipidosis)又称包涵体细胞病(inclusion cell disease)，简称I-cell病。其临床特征表现为出生时就有明显的临床和X线异常，反应迟钝，皮肤成纤维细胞培养有大量粗大细胞质包涵体。 Leroy等(1967)最早发现此病,Spranger(1970)将其分类为黏脂贮积症Ⅱ型.

检索有关粘脂质累积症的相关文献 mucolipidosis

全！ 准？

为什么要用MeSH主题词检索？ 粘脂贮积症可涉及的英文术语

MeSH term： Mucolipidoses

提高检出文献的数量与相关度 BUT，为什么要这么复杂呐？ 比较完整的检索式 （mucolipidosis[TIAB] OR mucolipidoses[TIAB]） OR （mucolipidosis[Text Word] OR mucolipidoses[Text Word] ）OR mucolipidoses[MeSH] BUT，为什么要这么复杂呐？

PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献按处理过程分4种类型（或状态） PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process PubMed PubMed - indexed for MEDLINE  属于Medline收录范围，建立ti、au、ab等基本书目信息。 （暂）不属于Medline收录范围，但也建立ti、au、ab等基本书目信息。 赋予MeSH、PT等字段并被index。 74

PubMed检索 请利用PubMed检索2000年以来有关65岁以上老人阿尔茨海默病（Alzheimer Disease）死亡率（mortality）的多元分析 (meta analysis)文献。 Filters：发表时间；实验对象；

阿尔茨海默病 Senile Dementia Degenerative Dementia Presenile Dementia Alzheimer Disease 。。。。。。

病死率 Fatality Rate Death rate Mortality Mortalities 。。。。。。

Step 1

Step 2

Step 3 #10 and #11

Step 3 #10 and #11

得到老年痴呆死亡率相关各类文献1663

第二部分检索 系统综述 #1 meta - analysis[MeSH] # 2 review literature[MeSH] 第二部分检索 系统综述 #1 meta - analysis[MeSH] # 2 　review literature[MeSH] # 3 　meta – analy* [ TW] # 4 　systematic* AND (review* or overview) # 5 　meta - analysis[ PT] # 6 　review[ PT] # 7 　review[ TI] # 9 #1 OR #2 OR #3 OR #4 OR #5 OR #6 OR #7

第三步检索 #13 and #12

得到老年痴呆死亡率相关 系统综述类文献323

最后，利用左侧Filter设置时间， 实验对象年龄群

高级检索（Advanced search) 请利用PubMed数据库统计南方医院(Nanfang Hospital, nan fang hospital)的作者2014-2015年发表的英文文章数量有多少？其中综述类（review）文献有多少篇？

PubMed检索：高级检索（Advanced search) 选择Author字段时，检索的范围包括： Author – Coporate团体作者 Author – First第一作者 Author – Full作者全名 （2002年之后） Author – Identifier作者识别号 Author – Last最末位作者 。

PubMed检索：高级检索（Advanced search) Date – Completion记录完成日期 Date – Creat 记录创建日期 Date – Entrez 记录进入Entrez系统的日期 Date – MeSH 记录中充实了MeSH的日期 Date – Modification 记录修改日期 Date – Publication 文献发表日期

PubMed检索：辅助检索的功能键 Filters 条件的增、减 Detail 检查系统执行的检索式 History 检索历史

PubMed检出结果的显示 检出结果的显示格式 summary 填写参考文献的基本信息 abstract 提供全文链接 medline 可以帮助查看MeSH字段 保存、输出到Endnote

Display: Summary

PubMed中的非英文文献

Display: Abstract

Display: MEDLINE

PubMed检出结果的处理 检出结果保存到EndNote或NoteExpress 以MEDLINE格式保存，选择滤镜导入 检出结果的全文获取 SMU图书馆已经购买的全文 free fulltext 图书馆的文献传递服务 丁香园文献求助

对PubMed 检出文献的分析 全文分析软件Quosa 。。。。。。 （1） 提供文献分析功能的平台 http://www.bdpubmed.cn 免费 http://www.pubmedplus.cn www.gopubmed.com 免费 （2）文献内容分析软件 文本信息分析软件RefViz 全文分析软件Quosa 。。。。。。

http://www.pubmedplus.cn/

http://www.gopubmed.com/

GoPubmed—GO+MeSH 知识挖掘工具 GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作，利用生物信息学相关知识开发的一个可以对PubMed检索结果进行探索、分析的工具。 http://www.gopubmed.com/

利用GoPubMed了解四个“W” W W W W What Who Where When

Gene Ontology (GO) Controlled vocabulary for the annotation of gene products http://www.geneontology.org/ 19,468 terms. 95.3% with definitions 10391 biological_process 1681 cellular_component 7396 molecular_function

Gene targeting[TI］

Gene targeting[TI］

“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同年代发文趋势 不同国家在这方面的文献产出量排名 不同城市在这方面的文献产出量排名

“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同年代发文趋势图形

“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同期刊发文量的排名

gene targeting相关文献的统计分析： 相关文章中高频率出现的热点词汇排名 产文量最多的作者排名

gene targeting相关文献的统计分析： 产文量最多的作者之间的合作关系

gene targeting相关文献的统计分析： 从高频出现的词汇(top terms)和学科(knowledge base)的角度

gene targeting相关文献的统计分析： 从学科(knowledge base)的角度挑选出涉及蛋白研究的一批论文

My NCBI 功能1 保存检索式，设置Aleart ，定期接收最新论文

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