符號R表示含碳的基團。當同一個分子具有幾個含碳基團時，它們可能是不同的基團，也可能是相同的 。 生化上重要的官能基 烯 雙鍵 醇(酒精) 羥基 醚基 醚 胺 胺基 硫氫基 硫醇 羰基 醛 酮 羰基 羧酸 羰基 酯基 酯 醯胺 醯胺基 磷酸酯 磷酸酯 磷酸酐 磷酸酐 符號R表示含碳的基團。當同一個分子具有幾個含碳基團時，它們可能是不同的基團，也可能是相同的 。 生物化學精要ch1, 1.2, page 6

生物化學精要ch3, 3.1, page 76

胺基酸 胺基酸 多胜肽 有意義的方向 生物化學精要ch1, 1.3, page 13

核酸 核苷酸 核苷酸 有意義的方向 圖1.6 生物性大分子和它的組成單元是具有「意義」或方向性。(a)胺基酸以連結一個胺基酸的羥基和下一個胺基酸的胺基的方式來構成蛋白質。(b)多醣類是以連結一個糖的第一個碳和下一個糖的第四個碳的方式所構成。(c)在核酸中，核苷酸的核糖環上的3’-OH和鄰近核苷的核糖環上的5’-OH形成鍵結。所有這些聚合反應都伴隨有水分子的消去作用。 生物化學精要ch1, 1.3, page 13

胞器及其他功能總整理 胞器 功能 細胞核(Nucleus) 主要的基因體的位置；大部分DNA和RNA合成的 地方 粒線體(Mitochondria) 產能氧化反應的地方；有自己的DNA 葉綠體(Chloroplast) 綠色細胞和水藻內進行光合作用的地方：有自己的 DNA 內質網(Endoplasmic 遍布整個細胞的連續性膜；粗糙的部分綴有核糖體 Reticulum) (ribosomes)(蛋白質合成的位置) 高爾基氏體 一系列的扁平膜；參與細胞蛋白質的分泌，並參與 (Golgi apparatus) 將糖黏結到其他細胞成分的反應 溶小體(Lysosomes) 含有參與過氧化氫代謝所需酵素的膜囊 細胞膜(Cell membrane) 可以區隔細胞組成和外界環境；細胞組成包括有胞 器(由細胞骨架定位)和細胞質(cytosol) 細胞壁(Cell wall) 植物細胞的堅硬外層 中央液泡 由膜所包圍的膜囊(植物細胞) (Central vacuole) 因為胞器是被定義為「由膜所包覆的部分」，但嚴格來講，核糖體並不是胞器。平滑內質網上面沒有黏附核糖體，且核糖體也可以游離在細胞質中。胞器的定義也會影響那些關於細胞膜、細胞質和細胞骨架的討論。 生物化學精要ch1, 1.6, page 25

胜肽鍵 C端的胺基酸殘基 胜肽鏈的方向 N端的胺基酸殘基 生物化學精要ch3, 3.4, page 92

β-摺板 圖2.24 要決定蛋白質的三級結構需要大量的數據。(a)胱甘肽合成酶(glutathione synthetase)的X-射線繞射圖。(b)α-乳白蛋白(α-lactalbumin)的NMR數據，此為大量譜的一個關鍵部分的詳細圖示。X-射線與NMR的結果都有經過電腦傅立葉分析。(c)α-乳白蛋白的三級結構。(見圖4.25，以X-射線晶體繞射法所訂定出來的肌紅蛋白結構。)(b, courtesy of Professor C. M. Dobson, University of Oxford.) D-螺旋 C-螺旋 B-螺旋 A-螺旋 生物化學精要ch4, 4.6, page 129

鎖鑰模式 誘導契合模式 受質 受質 活化部位 酵素 酵素 酵素受質複合物 酵素受質複合物 圖5.1 受質與酵素結合的兩種模型。(a)在鎖鑰模式(lock-and-key model)中，受質的外型與酵素活性區的構形是互補的。(b)在誘導契合模式(induced-fit model)中，當酵素與受質結合時，會引起酵素的構形改變。只有在受質與酵素結合之後，活化部位的外型才會變得與受質的外型互補。 生物化學精要ch5, 5.2, page 151

生物化學精要ch5, 5.5, page 164

圖6.1 一些典型脂肪酸的結構。注意大部分自然界的脂肪酸含有偶數個碳原子，並且雙鍵幾乎都是以順式存在，很少有共軛的情形。 十六酸(棕櫚酸) 十八酸(硬脂酸) 十八烯酸(油酸) 亞麻油酸 甲型-次亞麻油酸 花生四烯酸 圖6.1 一些典型脂肪酸的結構。注意大部分自然界的脂肪酸含有偶數個碳原子，並且雙鍵幾乎都是以順式存在，很少有共軛的情形。 生物化學精要ch6, 6.2, page 177

圖6.2 三酸甘油酯是由甘油和脂肪酸形成。 生物化學精要ch6, 6.2, page 179

磷脂醯膽鹼 生物化學精要ch6, 6.2, page 181

生物化學精要ch6, 6.5, page 191

生物化學精要ch7, 7.2, page 217 尿(嘧呤)核苷5’-單磷酸鹽 腺(嘌呤)核苷5’-單磷酸鹽 胞(嘧呤)核苷5’-單磷酸鹽 鳥(嘌呤)核苷5’-單磷酸鹽 生物化學精要ch7, 7.2, page 217

圖7.1 常見的核酸基結構。嘌呤和嘧啶的結構列出比較。 胞嘧啶 胸線嘧啶 尿嘧啶 嘌呤 腺嘌呤 烏糞嘌呤 圖7.1 常見的核酸基結構。嘌呤和嘧啶的結構列出比較。 生物化學精要ch7, 7.2, page 215

圖7.5 一段RNA鏈。 生物化學精要ch7, 7.2, page 218

生物化學精要ch7, 7.2, page 219

圖7.8 鹼基對。腺嘌呤-胸腺嘧啶(A-T)鹼基配對之間有兩個氫鍵：鳥糞嘌呤-胞嘧啶(G-C)鹼基配對則有三個氫鍵。 生物化學精要ch7, 7.3, page 222

生物化學精要ch7, 7.3, page 221

生物化學精要ch7, 7.2, page 233

RNA有六種： 它們都在細胞的生命過程中扮演重要 的角色。 傳遞RNA（transfer RNA，tRNA） 核糖體RNA（ribosomal RNA，rRNA） 信使RNA（messenger RNA，mRNA） 小核RNA（samll nuclear RNA，snRNA） 微型RNA（micro RNA，miRNA） 小型干擾RNA（small interfering RNA ，siRNA）， 它們都在細胞的生命過程中扮演重要 的角色。 生物化學精要ch7, 7.5, page 232

生物化學精要ch7, 7.5, page 234 傳遞RNA 小 攜帶胺基酸至蛋白質合成的位置 大小不定 成的地方 信使DNA 不一定 引導蛋白質的胺基酸序列 小(胞)核RNA 小 參與真核細胞中初始mRNA變成成熟形 式的過程 小型干擾RNA 小 影響基因表現；通常被科學家用來移除 研究的基因 微型RNA 小 影響基因表現；在成長以及分化中重要 生物化學精要ch7, 7.5, page 234

生物化學精要ch7, 7.5, page 235

生物化學精要ch7, 7.5, page 235

生物化學精要ch9,9.1 ,page 277

拓樸異構酶移除負超螺旋 拓樸異構酶移除正超螺旋 RNA聚合酶 RNA聚合酶 生物化學精要ch9,9.1 ,page 281

生物化學精要ch7, 7.5, page 234 原核生物 RNA聚合酶 基因A 基因B 基因C DNA片段 mRNA轉譯蛋白質A、B、C 核糖體 多肽鏈C 多肽鏈B 依憑DNA的RNA聚合酶轉錄基因A、B、C之DNA 蛋白質A 多肽鏈A 核糖體轉譯mRNA成為 蛋白質A、B、C 生物化學精要ch7, 7.5, page 234

生物化學精要ch7, 7.5, page 234 圖7.20 在轉錄和轉譯的過程中，原核生物與真核生物Mrna分子的特質之比較。 真核生物 DNA片段 轉錄 DNA由依憑DNA的RNA聚合酶轉錄 AAAA3’-端末轉譯區域 表現子為蛋白質轉譯的區域，必須移除沒有轉譯序列的插入子而連接在一起，這個移除插入子以及連接表現子的過程稱為剪接作用。 異負核RNA(只有表現一個多肽鏈) 剪接 小(胞)核核糖核蛋白 在轉錄後加工Poly(A) 轉移至細胞質 轉譯 mRNA由細胞質核糖體轉譯為蛋白質 蛋白質A 圖7.20 在轉錄和轉譯的過程中，原核生物與真核生物Mrna分子的特質之比較。 生物化學精要ch7, 7.5, page 234

圖9.33 在真核細胞中剪接基因的組成。 生物化學精要ch9,9.6 ,page 312

生物化學精要ch10,10.4 ,page 335

胺醯基化tRNA 合成酶 胺醯基化tRNA 生物化學精要ch10,10.3 ,page 333

生物化學精要ch7, 7.5, page 235