GaussView使用简介 Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个构建高斯的输入文件以图的形式显示高斯计算的结果除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入CHEM3D,HYPERCHEM和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围(详见下图)

Slides:



Advertisements
Similar presentations
1 4.5 高斯求积公式 一般理论 求积公式 含有 个待定参数 当 为等距节点时得到的插值求积公式其代数精度至少 为 次. 如果适当选取 有可能使求积公式 具有 次代数精度,这类求积公式称为高斯 (Gauss) 求积公式.
Advertisements

1 安全乘坐电梯 与大型游乐设施 福建省特检院宁德分院党支部 王祖生 特种设备安全知识进校园.
數學社群 教學分享 和平國小 陳淑渟老師 數學社群 教學分享 和平國小 陳淑渟老師. 小一常發生的 學習困難 定位板的應用 序數的學習 困難與教學 突破 主題大綱.
高一年级组家长会. 一、考试成绩分析 二、存在的问题 三、给家长的建议 四、科任教师交流 表扬 1 、 年级组语数外成绩优异同学 ( 年级排名 ) 李 芮第 1 名 吕明洋第 2 名 王 越第 3 名 杨天宇第 4 名 张凯燕第 5 名 李 曦第 7 名 魏书静第 8 名 项春怡第 10 名 郑明明第.
沟通交流 活动有序 内容轻松 文明守纪 团结共进 1. 成立家长委员会, 通知 15 人明天下午 3-5 点五楼报告厅 “ 全面育人教育论坛 ” 2. 介绍附中、年级、班级的规范和要求 日常行为规范,高中学习特点,考试、作业要求 3. 开学以来年级、班级开展的工作及安排 开学以来年级、班级开展的工作及安排.
健康.安全年 製作 : 黃靜怡. 安全第一,我想,這是一句大家都耳熟能詳的話吧,說安全, 簡單的說,就是注意自己、眼睛要看、耳朵要聽,不要莽莽 撞撞的,安全是大家所期望的,而父母總是常常掛念我們, 就是希望我們能安全,畢竟,孩子是父母一輩子的牽掛,會 擔心我們的,往往就是關心我們的人,每個人都希望自己做.
【大願文教基金會】園藝治療師 黃盛璘督導、王麗玲執行. 年齡在 2 足歲以上 18 歲以下,經醫學中 心或區域醫 院鑑定為 重度、極重度 身心障礙,不具行動能 力、且不能自理生活,並持有身心障礙 手冊的新北市居民。 八里愛心教養院~服務對象.
第二十九课 致儿子书 张之洞.
如何陪伴孩子度過 高三歲月.
1、毛将后代握手言欢泯恩怨 2、美国总统奥巴马访华.
把人的生命写在教育的旗帜上 了解一个案件 欣赏一篇散文 学习一种理念 感悟一个故事.
大学生安全防范知识 城北派出所 陶燕雄.
远 方 宽厚肩膀,手指干净而修长。 笑声像大海,眼睛里有阳光。 我想象你,一定就是这样。 还没出现,就已对你爱恋;还没遇见,就先有了思念。
六大原因造成 現代人身體酸性化.
杜绝不良行为,远离违法犯罪 市公安局岳王派出所卓佳
情境导入: 诚信是金 同学们,这是一个非常经典的故事。请大家思考当小男孩真的遇到狼时,为什么没人去救他呢? 你从中得到了什么启示?狼来了.MP4.
【2008年高考重庆卷】A.当冰雪皑皑之际,唯独梅花昂然绽放于枝头,对生命充满希望和自信,教人精神为之一振。
职业教育.课程改革.项目课程 江苏省太仓中等专业学校校长 江苏省职业教育教学改革创新指导委员会委员 江苏省职业教育课程开发研究中心组组长
欢迎各位家长 同样的心情 一样的期待 初二(2)班家长会.
欢迎各位家长的到来! 沟通 交流 协作 初二 班家长会.
家校同心, 师生同行 ——八(五、六)班家长会.
“他的人生观真是一种‘单纯信仰’,这里面只有三个大字:一个是爱,一个是自由,一个是美。他梦想这三个理想的条件能够回合在一个人生里,这是他的‘单纯信仰’。他的一生的历史,只是他追求这个单纯信仰的实现的历史。” ——胡适《追悼志摩》
欢迎各位家长光临 初二(1)班家长会
景区讲解常用方法.
学习情境七 领队业务 【学习目标】 了解领队工作职责; 掌握领队的工作程序; 掌握领队的服务要点。 【技能目标】
蒙古与苗族的特色建筑 项艺烽小组 最炫民族风.mp3.
班級愛心小護士訓練 臺南市東區勝利國小 健康中心.
大聲一點又如何? 打耳光、重擊或大聲音會使聲波以極大的力量快速撞擊鼓膜而傷害鼓膜。 事先知道要聽到很大的聲音要張開嘴巴。
项目四 营业税 山东经贸职业学院 财政金融系.
一分钟电话营销分享 刘瑾.
做好就业与自主创业的准备.
敬业·创业·乐业 ——我的成长之路 赵谦翔.
四年七班親師會 自信學習,健康成長.
醫療旅遊.
社會發展學系 簡 介.
人物小传:杨嘉嵋,1975年出生,国家 重点四川大学本科毕业,中国传媒大学博士毕业,现为上海政法学院讲师。多次发表学术论文:《试论社会主义法治的目标和现代法治精神的培育》发表于钦州师范高等专科学校校报2000年04期,《西部在引进,利用外资中应重视的问题及对策》发表于四川师范学院学报2000年05期,《试论毛泽东的刑法思想》发表于达县师范高等专科学校学报2001年01期,《美国著名主持人的十点共性》发表于中国广播电视学刊2007年08期,《我国电视法治节目的现状与提升》发表于新闻战线2008年08期。
第二章 语用的主要要素分析 第一节 语境 第二节 预设 第三节 角色 第四节 视角.
从从容容中考去.
热烈欢迎您 参加家长会!.
102年10月17日 臺北市公共運輸處 報告人:陳榮明處長
美麗的星空 陳弦希製作.
性別刻板印象.
初三8班(上) 期末总结班会.
初三(上) 期末总结班会.
欢迎各位家长 参加初一八班的家长会!.
通州市教研室 王作良 邮箱 06高考复习讲座 通州市教研室 王作良 邮箱
中國醫藥大學 北港分部簡報.
反思,调整学习方法 迎接中考的挑战 九(7)班.
斑马线上的安全学问 学校:平安二小 班级:四年级(1)班 姓名:张海超 时间:2016年6月21日.
令我后悔的一件事.
让微笑伴您一生.
全面推廣政府服務流程改造 行政院研究發展考核委員會  主任委員 宋餘俠 102年7月17日.
热烈欢迎各位家长 初二(1)班
節日狂歡轟炸耳仔.
感受柏林禅寺—— 华莲的日记 2006年6月9日 周五 多云
第十课我的朋友圈.
台南市石門國民小學 九十八學年度上學期 作文教學成果
歡樂大派對 六年七班 第一組 自然成果發表會.
2-1熟記網路交友的注意事項 2-2分析各種網路交友的錯誤心態 2-3認識各種網路交友的正確方法
債之標的 楊智傑.
学习目标 1、知道家中被盗后要保护现场; 2、了解一些防盗的小技巧。. 学习目标 1、知道家中被盗后要保护现场; 2、了解一些防盗的小技巧。
15-16 水運會 維多利亞公園游泳池 4月30日 (星期六) 9:00-12:30.
歐巴桑症候群 *** 歐巴桑症候群***.
第二章 会计要素和会计等式 会计要素; 会计等式; 学习目标.
学习目标 1、知道家中被盗后要保护现场; 2、了解一些防盗的小技巧。. 学习目标 1、知道家中被盗后要保护现场; 2、了解一些防盗的小技巧。
3.4.2 声音媒体的采集与制作.
僅首頁出現本title即可 責任的故事(二年級) 生命最美麗動人的本能 簡報製作:瑞柑國民小學 鄭雙慧 文/ 何秀芳.
孙 权 劝 学 --《资治通鉴》 随县炎帝学校 谭芳.
Presentation transcript:

GaussView使用简介 Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个构建高斯的输入文件以图的形式显示高斯计算的结果除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入CHEM3D,HYPERCHEM和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围(详见下图)

Gview的界面及主要功能键的介绍 GVIEW的界面

第一行为菜单栏: File:主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件 Save Image 将当前文件保存为图片格式 Preferences。可以在里面改变Gview默认的各种显示的设置。

Edit: 在这里可以完成对分子的剪贴,拷贝,删除 和 抓图等。 Atom List,显示当前分子的内坐标,笛卡儿坐标,分数坐标等。 Point Group 可以显示当前分子的点群及可能有的点群。 PBC显示晶体文件(可以将CIF文件转换为图形,在点PBC按钮后所给并的对话框中根据选项调节具体显示的格式。 Mos用于显示分子轨道(只有检查点文件,此选项才能给出分子轨道图。 Symmetrize,对当前体系进行对称性控制。

View 这里面的选项都是于分子的显示有关的,如显示氢原子,显示键,显示元素符号,显示坐标轴等

可从Gview中直接向高斯提交计算。这是Gview作为高斯软件配套功能的重要体现。从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type(如优化,能量或频率等);计算方法Method(如半经验方法,HF方法,DFT方法,MP方法等,还可以选定组);Title(对所要做的计算给一个说明,以备以后的查看) Link 0(给检查点文件命名,还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小); General,Guess,(这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测);NBO(可在此设定NBO计算),PBC(可在此设定晶体的有关计算), Solvation(可在此设定溶液中的计算,除了选择溶剂外,还要选择模拟溶剂的理论模型) Calculalte:

Result :显示计算的结果,包括电荷,静电势表示的表面,振动,频率,核磁,势能面扫描,优化等。注意有些结果只能 用检查点文件才能显示。

常用功能键的介绍

以构建一个间氟苯乙烷分子并从Gview里递交计算为例来说明 打开Gview ,下图就是Gview打开后的窗口 打开Gview ,下图就是Gview打开后的窗口

(2).双击窗口中 图标,得到如下窗口里面有常用的环状官能团。选中苯环(单击即可选中)

(3).在当前工作窗口(打开Gview时程序自动打开一个工作窗口,如下图)也可通过File-new 路径 新建一个工作窗口

在这个窗口中点鼠标左键窗口中就会出现苯分子,见下图 将鼠标放在分子上,按左键左右或前后移动,可以调节分子的角度将鼠标放在分子上,前后移动,可以将分子放大或缩小Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子 当工作窗口内有多个分子时[在构建大的分子时,这种情况很容易出现]这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子,以调节各个分子间的距离可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度,以调节各个分子间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上,左右或前后移动,可以调节分子的角度]这个功能连用。

(4).双击Gview界面上的 图标。出现以下窗口点击氟的元素符号“F”,就选中氟原子。

(5).回到工作窗口在苯环上的任一个H上单击左键,将H置换成F。 但要注意此时仅是元素符号发生了改变,C-F间的距离仍是C-H键的距离。需要用建长工具进行调整。单击Gview界面上 图标。 然后再点击工作窗口中的C原子和F原子,看到被选中的两个原子于周围的原子再亮度上有差异此时会出现下面的窗口

根据C-F键的长度在 0.675和2.700之间的方框内进行C-F键的调整。完毕后点击OK即可。

(6).双击Gview界面上的 图标,出现以下窗口这是Gview里内置的链烃库,选中乙烷

(7).在工作窗口内空处点左键,用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷间的距离和角度

将鼠标放在分子上,按左键左右或前后移动,可以调节分子的角度;将鼠标放在分子上,前后移动,可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子当工作窗口内有多个分子时[在构建大的分子时,这种情况很容易出现]这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子,以调节各个分子间的距离。可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度,以调节各个分子间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上,左右或前后移动,可以调节分子的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试

(8).单击Gview界面上 图标。然后点击与乙烷正对的苯上的C原子和H原子选择“None”,乙烷上的C-H键作类似处理然后单击Gview上的 图标,点选工作窗口中的两个氢原子,即将它们删去

至此分子构建已完成。

9).Gview存储个人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些环状分子和链状分子,远不能满足研究特定体系的特殊需要。不过Gview有一个功能可以弥补这个缺憾:可以把常用的分子或官能团存在制定的文件夹内。在需要时可以直接调用。双击view上的 图标,在下面的对话框中键入相关项目,保存即可

(10).查看分子的对称性 从Edit-Point group路径可以查看所构建分子的点群。点击Point group后,出现如下窗口:为C1点群,其下拉菜单中的为可能的点群(改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建体系可能有的点群)

(11).查看分子坐标。单击Gview界面上的 图标。出现下面窗口 Z表示时内坐标,C表示直角坐标。可以在里面对坐标做适当的调整

(12).向Gauss递交计算。点Gview界面上Calculation 会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选择工作类型Job Type(如优化,能量或频率等);计算方法Method(如半经验方法,HF方法,DFT方法,MP方法等,还可以选定基组);Title(对所要做的计算给一个说明,以备以后的查看) Link 0(给检查点文件命名,还可以在此用RWF命令设置临时数据交换文件的大小); General, Guess,(这两个选项主要是给出体系中各原子的连接关系及如何给出初始猜测);NBO(可在此设定NBO计算),PBC(可在此设定晶体的有关计算), Solvation(可在此设定溶液中的计算,除了选择溶剂外,还要选择模拟溶剂的理论模型)的Gaussian

选择完毕后,点Submit即可递交计算。有时由于安装的原因Gview无法与Gauss建立关联,就不能直接从Gview里递交计算。这时可以在Gview里保存用于Gauss计算的输入文件,然后从Gauss里调出文件进行计算。

结算结果可视化的实现 1.几何构型 2.分子振动 3.轨道 4.电荷密度 5. 静电势

选择File,打开一个已经正常计算完的结果,然后选择Results,就可以出现以下选项 见下图 主菜单

选择Vibrations选项,就可以直接查看分子的振动模式(见下图)

同样也可以看到分子的红外和拉曼光谱

选择Edit然后在选择MOs,就可以实现对分子轨道的可视化

如右图所示

构建分子中的注意事项 在构建分子前,应对分子的键长,键角和点群等有一个详细的了解。这样在构建过程中才能更好的把握细节,如构建大分子时,各个集团间的键长,键角和二面角一定要给的准确。相当一部分的错误(如SCF不收敛,1502报错等)都是分子建模不合理造成的。分子模型不合理导致程序根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理,也就导致了对方程的解不能顺利完成,所以报错。对于大分子,不会出现分子直线排步的情况,链烃通常为锯齿型的排列,环之间总是有一定的夹角,共面情况虽有但不多见,这些都是在构建分子模型的过程中需要注意的。再者,分子建模是量化计算的一个难点,特别是对金属配合物,块状体系和纳米体系的构建。只有给出合理的结构,程序才能给出合理的解。如果不能体现出分子的对称性,则程序不能正确判断分子轨道的对称性,这在涉计到反应机理和轨道相互作用的研究中可能会导致错误的判断。