锁定化学结构相关的药物并查看其综合信息 ——Thomson Reuters Integrity数据库培训 张 辉 汤森路透

Thomson Reuters Integrity 数据库 服务于医药研发全过程的信息平台 为药物研发项目提供及时、准确的相关信息 特点： － 事实型数据库 － 针对药物研发 － 数据更新及时 －信息准确 － 专家意见 －深度索引、高度关联 Getting started: Quick Guide, User Guide, FAQ, and Learning Center (demos by Knowledge Area) all useful Current Awareness Today’s News Today’s featured patents Conferences Weekly insights: The starting line: a selection of NME and targets ready to enter the R&D arena Pipeline on the move: milestones for drugs in development Gateways to gene-related studies: studies delineating new areas of potential therapeutic intervention Gateways to patents: latest IP portfolios in drug R&D Gateways to clinical trials: clinical studies cited in the most recent biomedical literature and at congresses. Company Confidential – For internal use only

Thomson Reuters Integrity 数据库主要内容 药物（包括化药与生物药） >360,000( >330,000化学结构式数据 ) 药物靶标以及发病通路图 >2,000 药物靶标 药物/疾病相关的基因组学信息 >15,000 相关基因 化学合成 >22,000合成路线 药物/疾病/临床试验/诊断相关的生物标志物 >10,0004 生物标志物 药理/毒理试验数据 >1,000,000药理/毒理 药代动力学/药物代谢试验数据 >500,000药代/药动 临床试验方案/结果 >150, 000临床试验 疾病相关的综合性评述 129疾病综述 研发单位 >7,000家企业或研发机构 文献期刊及会议 >1,300,000个记录 专利文献 >180,000个专利家族

Thomson Reuters Integrity特色 监测国际最新研发动态 及时获取国际上的研发新闻 监控国外新上市或新进入I/II/III期临床试验的品种 药理学实验数据比较 寻找具有某药理学特性的相关药物 比较同一领域/类似结构等药物之间的药理学活性 靶标进展报告和通路图 了解某一靶标的研发进展、研究领域、作用机理等 促进药物设计及基础机理的研究 疾病综述 了解疾病研发历史、重要靶标、主流药物、治疗方法等 申请基金或课题时作为课题背景信息来源 化学合成路线 某化合物的下游药物，治疗领域，所属公司等

加速发现：最近进入研发状态的新分子实体 NME，一种化合物，第一次在生物医药类文献或者行业会议或者公司通报中出现的，研究代码或者化学名称，NME的状态保持4个月。

紧密跟踪：药物研发阶段的改变 点击带有下滑线的标签按照本标签字顺进行重新排序 Biologic License Application生物制品许可申请

2012在线培训主题列表（点击超链接查看视频） 入门篇 提高篇 综合运用篇 站在新药研发最前沿 关注靶标最新动态 锁定化学结构相关的药物并查看其综合信息 如何查看具有细胞毒性的天然产物？ 设Email Alert跟踪制药行业的最新信息 综合运用篇 他山之玉：实战举例 1

有效利用Integrity(点击超链接转至相应页码) 结构式检索的准备工作 IE浏览器/安装插件 寻找结构式相关的药物 Knowledge Areas-Drugs&Biologics 评估结构相近的化合物 SAR构效关系 Product list with Structures 药理学活性比较 All Related Information via Quick Search 监测竞争对手最新状况 查看所属研发机构 Filter by-Organization 跟踪 Save Query/Keep me posted 从结构式找下游药物、公司和合成路线 Knowledge Areas-Organic Synthesis

检索举例 检索包含萜子结构的相关药物 了解这些药物中有哪些是天然产物来源 它们的研发阶段、所属公司等综合信息 查看SAR构效关系 调阅比较药理学活性数据 设置Email跟踪

结构式检索 除了Genomics/Targets & Pathways 和Biomarker模块之外，均可结构式检索 10 注册完成后，您可能考虑到使用化学结构式检索. 除了Genomics,Targets & Pathways 和BIOMARKERcenter模块之外，您可以在 Integrity中的任意模块进行化学结构式检索。使用Knowledge Areas的下拉菜单转至您感兴趣的模块。例如，我们选择Patents模块. (CLICK) 点击Structure Search 按钮打开结构式检索的页面 10 10

结构式检索 这就是结构式检索页面，您可以输入您的检索策略 (CLICK) 点击 Guide to Structure Search，打开新窗口，您可以阅读Integrity结构式编辑器的帮助文档 (CLICK) 这是目前正在使用的的结构式编辑器，如果您点击“Click here to change to another structure editor”，您可以浏览Intehrity兼容的结构式编辑器

结构式检索 Integrity 兼容4种结构式编辑器： Symyx Draw, Symyx MDL ISIS Draw, ChemAxon Marvin Applet and CambridgeSoft CS ChemDraw 进行结构式检索. 点击相应的链接选择最适合您的结构式编辑器.另外，您可以在这里找到下载Chemdraw插件和订购SYMX 编辑器的链接.

切换结构式检索插件

结构式检索插件切换及下载 注：第三种ChemAxon 是基于在线的插件，无需另行下载安装 切换结构式检索插件 下载第三方结构式检索插件

添加至检索框 化学结构式检索 双击白色检索框打开 画图面板 Structure search types 双击白色检索框打开 画图面板 Structure search types 􀂉 Exact Structure Search o In the case of exact structure searching, all molecules that are isomorphic with the query are returned. o Includes exact topology matching: the whole molecular graph must match (Implicit and explicit hydrogens are treated equally.) o Ignores exact stereo matching: queries allowed. o Ignores exact atom matching: 􀂃 ExactChargeMatching 􀂃 ExactIsotopeMatching 􀂃 ExactQueryAtomMatching 􀂃 ExactRadicalMatching o Ignores exact bond matching: queries allowed. 􀂉 Substructure Search o Substructure search finds all molecules that contain the query structure as a portion in the molecule. o Query structures may contain query atoms and bonds. 􀂉 Similarity Search o Similarity searching finds molecules that are similar to the query structure. o The calculation applies the Tanimoto coefficient that has two arguments: 􀂃 the fingerprint (a bit string that contains structural information on the molecule) of the query structure 􀂃 the fingerprint of the molecule in the database o The Tanimoto coefficient is calculated by the following formula: NA&B/(NA+NB-NA&B) where NA and NB are the number of bits set in molecule A and B, respectively, NA&B is the number of bits that are set in both. o The similarity threshold specifies a lower limit for the Tanimoto coefficients. If a Tanimoto value is greater than the threshold, then the query structure and the given database structure are considered similar. o The hits returned will be sorted in the decreasing order of the similarity between the query and the found structure. o Similarity Threshold: The value has to be between 0 and 100%. A greater threshold results in less hits that are more similar to the query structure. Standardizer 􀂉 In Integrity®, standardization: o is used to recognize salts, solvates, stereoisomers, isotopes and hydrates with a single search o removes salts and counterions and removes the charge if the remaining fragment would otherwise be charged o Aromatizes compounds. 􀂉 Chemical structures are stored “as drawn” (Normal) and in the Standardized form. 􀂉 Users can choose which form to select for searching. 􀂉 Results are displayed in the Normal form. Match Stereochemistry 􀂉 When enabled, stereochemistry is taken into account and when chirality is specified in the structure drawn only matching compounds will be retrieved. 􀂉 Operates on exact and substructure searches without the standardizer.

可以是最终产物，也可以是中间体

以萜为子结构的药物 检索结果进行分析：药物技术类型；药物来源；治疗领域；作用机制；研发机构；研发阶段；药物靶标等等

天然产物来源分析： 植物；动物；真菌；藻类

以萜为子结构的天然产物

药物研发阶段分析： 生物活性测试阶段；临床前研究；临床研究；II期临床；已经上市

继续分析检索结果，按照药物所属组织机构进行分析

机构组织分析： 台湾长庚大学；中科院；浸会大学医学技术学院……

按照结构式查看结果

导出的Excel表格查看其构效关系

比较这些化合物的药理学活性

药理学活性比较 按照相同的药理学参数、实验材料、实验方法等进行实验数据的清理再比较其活性大小

结构式与药理学活性数据的比较

继续分析检索结果，按照药物所属组织机构进行分析

机构组织分析： 台湾长庚大学；中科院；浸会大学医学技术学院……

设置基于检索条件的跟踪：Save Query

设置基于特定记录的跟踪：Options-Keep Me Posted

设置基于特定报告中跟踪：Options-Keep me posted

最近24小时内的检索历史

进入Knowledge Areas-Organic Synthesis 打开结构式检索

画出结构式，或插入以前保存的结构式，以萜为例 添加至检索框 双击白色检索框打开 画图面板

包含帖子结构为中间体的合成路线298条，调阅终端药物

包含帖子结构为中间体的合成路线298条，调阅终端药物 调阅和这些路线有关的终端药物

查看终端药物

使用Filter by查看终端药物所处阶段和所属公司 按照终端药物所处阶段进行分析

终端药物所处阶段分析

分析拥有II期以上临床药物的公司和机构 按照终端药物所属机构进行分析

终端药物所属公司分析

培训资源 http://science.thomsonreuters.com.cn/productraining/Integrity/

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