PubMed检索与利用 刘海军 hjliu@ujs.edu.cn 0511-88780103-8617

内容提要 PubMed简介 PubMed基本检索及检索规则 PubMed高级检索 MeSH主题词检索 检索结果查看与处理

一、PubMed简介 1997年，由美国国立医学图书馆(NLM)的下属部门 NCBI(National Center of Biotechnology Information)开通 了自己的Medline免费检索网站PubMed，但是其提供内容 比原Medline数据库要多。 PubMed是面向全球的免费的、权威的生物医学文献检索 工具。 网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 或： http://www.pubmed.gov 特点：免费、全面、及时、智能、便捷

（Index to Dental Literature） （International Nursing Index） PubMed身世由来 美国联邦政府 （GOV） 国立卫生研究院 （NIH） 国立医学图书馆 （NLM） 美国生物技术信息中心（NCBI） 美国《医学索引》 （Index Medicus，IM），1879年 《牙科文献索引》 （Index to Dental Literature） 《国际护理索引》 （International Nursing Index） 《医学主题词表》 （MeSH） Medline 1950年 PubMed 1997年 扩展 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

PubMed与NCBI PubMed是NCBI建立的Entrez检索系统中的一个重要的子库，而Entrez所有的子库又形成了一个错综复杂的网。 NCBI数据库集群 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

PubMed收录范围 至2011年，收录了80多个国家或地区37种语言，5600多种期刊。收录期刊以欧美为主，其中美国出版的期刊大约占47%。中国期刊（含港澳台）123种。 文献数据年增量约50~90万条，到目前为止共收录了2200多万篇文献。 其收录的文献以英文文献为主，约占90%，3/4有英文摘要。主要以题录摘要为主，部分有全文链接（PubMed Central，PMC）。 文献类型包括期刊、图书、会议文摘等。 文献内容包括生命科学、医学、药学、护理、牙科、心理学、卫生保健、环境、食品和营养学等

赋予MeSH、PT等字段并被index。 PubMed记录类型 PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献记录按处理过程分4种类型（或状态）。 PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process PubMed PubMed - indexed for MEDLINE  属于Medline收录范围，建立ti、au、ab等基本书目信息。 不属于Medline收录范围，但也建立ti、au、ab等基本书目信息。 赋予MeSH、PT等字段并被index。

记录类型举例

NCBI主页和PubMed入口 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

PubMed主页 高级检索 使用教程 常用工具 更多资源 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

二、基本检索 直接输入检索词或检索式 系统自动转换匹配检索词： 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。

自动词表转换 MeSH Translation Table 自动转换匹配： Journals Translation Table 期刊名转换表 Common Phrase List 常用词组表 Author Index 作者索引表 No Mapping 检索词拆分AND 自动转换匹配： PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对，将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则。

逻辑运算 逻辑与 AND /& smoking AND lung-neoplasms 逻辑或 OR / | Hyperphagia OR Obesity 逻辑非 NOT Dyslexia NOT Child 括号 ( ) (vitamin c OR zinc) AND common cold 优先级 ( ) > NOT > AND > OR A B A B A B A AND B A OR B A NOT B

截词检索 截词符：* heart attack bacter* heart attack* 如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。 截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack* 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。 heart attack bacter* heart attack*

强制检索 词组限制符：” ” 限制系统拆分词组，把词组作为一个整体，如”gene silencing”、’’Jiangsu University”。 强制检索时，系统的自动词表转换也将不再被执行。 gene silencing Jiangsu University “gene silencing” “Jiangsu University”

Crick[au] AND 1993[dp] AND DNA 限定检索 字段限定符：[ ] 把关键词限定在某个记录字段进行检索，如查找作者为Crick在1993年发表的有关DNA方面的文献： Crick[au] AND 1993[dp] AND DNA Crick[au] AND 1993[dp] AND DNA

常用字段 AB Abstract LA Language AD Affiliation（机构） MH MeSH Terms AU 缩写 全称 AB Abstract LA Language AD Affiliation（机构） MH MeSH Terms AU Author（作者）  PT Publication Type DP Publication Date SO Source CP Publication Country TA Journal Title（刊名） TIAB Title/abstract TI Title（篇名） IS ISSN  TW Text Words

PubMed字段大全

PubMed运算符小结 逻辑算符：AND/&, OR/|, NOT, () 截词算符：* 强制算符：” ” 字段限定符：[] 所有运算符必须是英文半角输入 英文字母不区分大小写

三、高级检索 检索词自动构建和编辑器 字段限定 逻辑算符

索引功能 显示输入字母或单词开头的所有词、词组

检索历史 下载和清除检索史 查看检索史

四、MeSH主题词检索 MeSH高级检索和限定检索 NLM MeSH主页 MeSH浏览器

什么是MeSH主题词 MeSH：Medical Subject Headings 主题词：在标引和检索中用以表达文献主题的规范化的词或词组。如： 主题词特点：规范、受控、可以组配副主题词。 MeSH词表：NLM从1963年起编制，每年更新，至2014年有16个大类，27149个主题词，83个副主题词。

什么是MeSH副主题词 副主题词(Subheadings)：论述主题某一方面内容的词，对文献主题起限定作用。如：drug therapy(药物疗法)、diagnosis(诊断)、genetics(遗传)等。 涉及的其它概念： 款目词(Entry Terms)：主题词的同义词或相关词，也称入口词，作 用是将自由词引见到主题词。如：Vitamin C see Ascorbic Acid 类目词：对主题词进行学科分类设立的词。如：Nutritional and Metabolic Disease（Non MeSH） 特征词：用于表达文献中的某些特征，如对象、时间、地理位置和 文献类型等。如：Human

利用主题词法查找糖尿病(Diabetes )治疗(therapy)方面的文献。 主题词检索第一步 第一步：输入关键词查找对应主题词 利用主题词法查找糖尿病(Diabetes )治疗(therapy)方面的文献。

主题词检索第二步 第二步：确定主题词

主题词检索第三步 主题词 副主题词 第三步：选择副主题词 加权检索：限定主要主题词 扩展检索：禁止下位词扩展 款目词 （主题词的同义词或近义词）

主题词检索第四步 生成的主题词检索式 第四步：添加到检索式构建器

得到检索结果 一般关键词检索结果数 检索表达式 检索结果记录数

还嫌范围太大？ 检索式字段限定有区别 勾选加权检索和禁止扩展检索

什么是主要主题词(MeSH major topic)？ 对文献进行标引时，把跟文献内容更相关的主题词加*，给予更大权重，为主要主题词。

注意1：多个主题词不能直接检索 系统提示找不到相应主题词

注意2：MeSH检索的不足 人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（ In Process），用MeSH会漏检。 Medline不收录的文献，Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。 新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。 查上述类型的文献需结合自由词检索 MeSH主页：http://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html

五、检索结果 检索结果 关联数据 详细检索式 结果过滤

检索结果过滤

过滤后的文献记录

结果排序与导出

导出为Medline格式的文本文件

导出到剪贴板(临时保存) 只有8小时时限，用于临时保存选定记录，最多保存500条记录。

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何为PMC？ PMC：PubMed Central，是NCBI建立的生命科学和医学期刊全文开放获取（Open Access，OA）数据库，以电子副本形式保存生物医学原始文献全文，并向全球免费提供检索和下载。

内容回顾 PubMed与NCBI、PubMed与Medline PubMed文献记录有4种类型 PubMed具有自动词表转换功能 MeSH主题词、副主题词、主题词检索四步骤（重点） 检索结果筛选过滤、排序、导出、全文链接