SciFinder Web使用介绍 刘盈盈 美国化学文摘社北京代表处 2013-05
提纲 介绍 SciFinder 中的检索和后处理 SciFinder网络资源平台 SciFinder 中的内容
美国化学文摘社—Chemical Abstract Service 创建于1907年 ACS的分支机构 密切关注,索引和提炼着全球化学相关的文献和专利 最早创立了《化学文摘》 总部坐落于俄亥俄州的哥伦布市
SciFinder中的内容—文献数据库 CAPlus(Pre 1907-) 覆盖化学相关众多学科领域的参考文献。 3500万条文献信息。 上万种期刊和63个专利发行机构的专利(含专利族)。 会议录、技术报告、图书、学位论文、评论、会议摘要 日更新4500条以上的记录 Medline 美国国立医学图书馆出品 生命科学医学相关 毒理,病理学报告 期刊、临床报告
SciFinder中的内容—物质数据库 Registry (Pre 1957-) 世界上最大的物质数据库 7100万个物质;6400万个序列 无机物、有机物、聚合物、混合物、合金、核酸蛋白质序列等 所有具有CAS No 物质 日更新4000多个物质 ChemList 查询备案/管控化学信息的工具。 Chemcats 6800万化学物质提供商的联系信息 包含价格情况、运送方式、质量等级等信息。
SciFinder中的内容—反应数据库 CAS React(1840-) 源自期刊,专利中 有机、有机金属、无机、生化反应。 5000万单步,多步反应。 1360万制备信息 周更新15万条单步多步反应。 文献 反应 物质
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SciFinder Web的注册 在图书馆相关页面上找到SciFinder Web注册用的网址
点击URL创建SciFinder Web账号 创建ID所用的IP不能是代理服务器的IP 1、带*号的是必须要填写的内容 2、必须使用真实姓名 3、可以使用任何邮箱进行注册 4、每个读者只允许注册一个账号
设置用户名及密码注意事项 用户名: 必须是唯一的,且包含 5-15 个字符。它可以只包含字母或字母组合、数字和/或以下特殊字符: -(破折号) _(下划线) . (句点) @(表示“at”的符号) 密码: 必须包含 7-15 个字符,并且至少包含三个以下字符: 字母 混合的大小写字母 数字 非字母数字的字符(例如 @、#、%、&、*) 密码设置小技巧: 1:不要和账号中有重复的字符 2:密码格式最好是abc@123
Http://scifinder.cas.org Http://origin-scifinder.cas.org 您所注册用的邮箱中会收到CAS的确认邮件,点击完成注册过程 Http://scifinder.cas.org Http://origin-scifinder.cas.org
SciFinder Web登陆界面 输入SciFinder帐号和密码
SciFinder Web登陆后主界面 文献,物质,反应检索入口,默认开始检索文献 保存过的结果集 可用的检索方法 邮件提醒结果集 检索完,请点击退出 保存过的结果集 可用的检索方法 邮件提醒结果集
系统要求及Java插件的安装 Windows XP : Firefox 10 (ESR) and above; Internet Explorer 7 and above Windows 7: Firefox 10 (ESR) and above; Internet Explorer v8 and above Mac OS 10.5 and 10.6: Firefox 10 (ESR) and above; Safari 5.0 and 5.1 上述操作系统版本亦可使用Chrome 浏览器 Java下载地址:http://www.java.com/zh_CN/ 点击此链接,在线安装java; 测试Java是否已成功安装:http://www.java.com/zh_CN/download/testjava.jsp (注意运行弹出的java加载项)
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SciFinder Web特色功能——根据引文排序
SciFinder Web特色功能—通过性质检索物质
SciFinder Web特色功能—将CAS RN转化为结构
SciFinder Web特色功能—Quick View 预览物质信息 点击CAS RN可直接查看物质详情
SciFinder Web特色功能—Quick View 当原文摘要不足以反映全文内容时,重新编写摘要 SciFinder收录的70%的文献和专利都重新编写摘要 不用阅读全文快速掌握文献主要内容
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SciFinder Web文献检索-主题检索 抗肿瘤药物的合成相关的文献 synthesis of anticancer drugs 输入关键词 各个关键词之间可以用介词连接,如of with 等
文献检索的候选项 “Concept”表示做了同意词的扩展 “Closely associated with one another” 表示同时出现在一个句子中 “were present anywhere in the reference” 表示同时出现在一段话中
获得文献结果集
文献结果集的analysis和refine工具 Analyze: 作者姓名 物质 学科名称 机构名称 所属数据库 文献类型 索引词 CA概念标题 期刊名称 出版语言 出版年代 附加词 Refine: 主题词 作者姓名 机构名称 出版年代 语言 所属数据库
学科带头人 发表的期刊 主要科研机构 发表的时间
可以限定得到抗肺癌药物的合成相关的文献
Categrize系统分类工具 这里可以选择感兴趣的内容,用于文献的筛选 不同学科领域 更细的学科分类 更多的索引词 获得多肽类抗肺癌药物合成相关的文献
获得25篇相关文献
查看特定文献的详细信息 人工编写的摘要 文献详细的著录信息
文献中出现的重要概念和物质 重要物质→物质索引→CAS号、物质描述、CAS Role 重要概念→概念索引 →简单描述
结果集的保存和导出 导航条,方便返回之前任意一步的操作 Save:保存在服务器;登陆SciFinder才能打开,单次可保存1万条以下的记录 Export:保存在电脑中;保存成RIS格式,用于导入EndNote等文献管理工具;单次可保存50条以下的记录
文献检索小结 主题检索时,使用介词作为连接 尽量选择包含Concept和Closed Associated with的候选项 通过SciFinder 的Analyze/Refine功能来缩小检索的范围 尝试将不同的Analyze/Refine功能组合起来用,会有更多的收益 使用Categorize可以让系统来实现自动分类 更多细节化内容,请参考 www.igroup.com.cn/cas
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SciFinder物质检索界面 检索途径 Note:初次使用结构检索时需要安装java插件
SciFinder物质检索——物质标识符检索 帕拉米韦,是一个新颖的环戊烷类抗流感病毒药物,临床数据证明其对甲型和乙型流感有效, Peramivir; CAS No: 330600-85-6 输入物质名称、CAS号等
检索到帕拉米韦 物质涉及的文献 物质涉及的反应 物质的商业来源信息 物质的管控信息
帕拉米韦的详细信息 物质的CAS登记号,结构、俗名等信息 帕拉米韦在各类研究文献中的角色分类
帕拉米韦的预测及实验性能参数 点击链接到全文查看或者直接查看相关性能参数
SciFinder物质检索——结构绘制面板 重复基团工具 铅笔 元素周期表 可变基团 碳链工具 选择工具 旋转工具 环锁定工具 正电子 橡皮 常用基团 R基团定义工具 可变位置连接工具 模版工具 原子锁定工具 镜面旋转工具 负电子 索套选择工具 常见环,多元环工具 C原子和单键恢复工具 结构检索选择 单双键,RS构型,不确定键定义工具 结构和反应切换功能
SciFinder物质检索——精确结构检索( Exact search ) 如果想检索帕拉米韦这个具体物质,可以使用Exact Structure检索,点击确定后,可以在原java界面看到对应的结构
精确结构获取物质的本身,盐,混合物,聚合物等 选择立体匹配 物质本身、水合物、盐等
SciFinder物质检索——物质结果集的Analysis/ Refine功能 物质结构式 是否包含同位素 是否包含金属元素 是否有商业品来源信息 是否有性质 物性参数 是否有相关文献 原子取代基 Analysis: 生物活性 是否有商业品来源 物质的元素组成 是否有反应信息 物质的角色(CAS Role) 靶点标记
物质检索中的Refine工具 物质本身 Are a single compontent。帮助获得单一组分的物质 去除了所有的混合物,盐之类的物质,但是还存在一些水合物、同位素物质等 物质本身
SciFinder物质检索——相似结构检索( Similarity search ) 如果一个物质公开报道的文献较少或者没有,怎么来研究此物质? 可以借鉴与该物质结构类似的物质涉及的相关文献 通过SciFinder中的相似结构检索,获得在结构上存在相似的物质。
相似结果检索候选项 相似结构检索,可以获得相似度在60分以上的物质 与原结构存在以下的区别: 取代基变化 取代基位置变化 母体结构变化
SciFinder物质检索——亚结构检索( Substructure search ) 马来酰亚胺 检索要求: 检索含有马来酰亚胺结构单元 的单组分聚合物 将其结构绘入画图面板,放开可取代位点,进行亚结构检索。
SciFinder物质检索——亚结构检索( Substructure search )
SciFinder物质检索——亚结构检索结果 可以继续使用analysis和refine对结果集进行分析和限定
结构检索小结 精确结构检索: 获得物质的盐,聚合物,混合物,配合物等,母体结构不能修改,不能修饰 亚结构检索: 所画的结构必须存在,母体结构不能修改,但可以被修饰 相似结构检索: 获得相似度在60分以上的结构,母体结构可以修改,也可以被修饰,用相似度来控制获得的结果
Markush检索—帮助获取和结构有关的专利 举例: 获取和该结构有关的专利 检索中的问题: 通过结构检索,能方便的获得真实物质所对应的专利 但是,如何获取预测物质所对应的专利呢?
Markush检索,帮助获得预测物质对应的专利
一篇专利原文中的Claim 这里描述了R,Z的修饰 当: Z=SO2 R=C3-C10有取代的C环时,符合我们的检索要求。
物质检索小结 物质的检索途径包括:结构式、Markush、分子式、名称、CAS No. 结构检索分为精确结构、亚结构和相似结构检索三种 检索物质,能得到物质的基本信息、物化性质、谱图等 物质检索还是非常好的获取文献和反应的途径 Markush检索可以帮助获取通式结构的专利保护信息
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SciFinder反应检索——反应绘制面板 反应角色定义 反应箭头 原子定位是用来标记反应物和产物中相对应的原子 反应位置是定义反应中形成或断裂的键 反应位置 原子定位 反应官能团 56
精确反应检索 Allow variability only as specified: 仅在特定位点发生变化 Substructure:亚结构检索,允许有更多取代情况
返回反应检索的界面 设定反应溶剂、不参与反应的官 能团、反应步数和反应类型等。
精确反应检索结果 Document—一篇文献显示一条反应 Transformation—按照反应类型分类
Group by Document 按照出处文献分类显示 来自同一篇文献的反应都被整合到一起并集中显示
Group by Transformation 按照反应类型分类显示 同一类反应被整合到一起并以通式结构集中显示; 仅适用于单步反应,未被分类的反应显示在结果集最后
反应结果集的analyze和refine工具 反应分析类型: 作者姓名 出版语言 催化剂 出版年代 机构名称 反应步数 文献类型 产率 期刊名称 催化剂 实验步骤 反应的限定功能: 反应式 产率 反应步数 反应类型 排除的反应类型 不参与反应的基团
获得有实验步骤的反应结果集 2条有实验步骤的反应
反应条件、出处文献及反应过程的显示 反应条件、文献出处等简单描述 反应过程的详细描述 来自于部分专利和期刊中的反应被收录了详细的反应过程描述, 可以点击Experimental Procedure查看。
对于单步反应,可获取相似反应——Similar Reactions 选择相似反应的相似限制 Broad:仅反应中心相似 Miedum:反应中心及附属原子和健 Narrow:反应中心及扩展的原子和健
获取附加反应信息——Find Additional Reactions
附加反应信息检索结果会合并入现有反应结果集,并出现在最后 对于这些反应,在文献中只有文字描述而没有反应式。
SciPlanner——检索结果编辑平台
SciPlanner——选择合成物质 合成3,6-二溴菲可以做哪些合成路线的设计? 如何使用SciPlanner轻松地进行逆合成分析?
SciPlanner——选择合成路线 点击,进入SciPlanner
SciPlanner——检索结果编辑平台 可将检索结果复制或直接拖到编辑面板中
SciPlanner——选择合成路线
SciPlanner——检索结果编辑平台 将相同的物质拖动到一起进行重叠
SciPlanner——检索结果编辑平台 用鼠标选中需要获取文献的路线 获取反应相关的文献
SciPlanner——选择相关文献 也可以把文献结果拖动至编辑面板中 点击反应步数,可查看具体反应条件或链接到详细的文献、反应信息
SciPlanner——检索结果保存与导出
SciPlanner——检索结果导出 完整的反应信息 完整的反应路线 完整的物质信息 完整的文献信息
SciPlanner小结 针对要研究的物质,快速查找合成路线并找到支持的文献信息 简洁方便的工作平台,帮助对合成路线进行整理 所有文献、物质、反应信息都可以导出至一张工作表中 节省大量的文献整理时间,提高工作效率 方便科研人员之间的信息分享
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网络在线资源平台 www.igroup.com.cn/cas 资源下载:PDF文件 在线演示:Flash演示 网络培训:不定期的网络专题培训
Flash演示 在线演示,录制了不同检索类型下的检索步骤,帮助了解更加细节的内容.
SciFinder Web使用中可能遇到的问题 出现“Your allocated system resources are currently unavailable to access SciFinder. Please try again later. 说明并发数已满,请稍后再试。
SciFinder Web使用中可能遇到的问题 账号或密码错误,请在username处填写,截图,并与图书馆联系
SciFinder Web使用中可能遇到的问题 任何需要反馈给图书馆的问题,都请点击测试IP地址的链接 http://web.cas.org/cgi-bin/casip 将页面截图下来,一并发给图书馆老师
Thank You For Your Attention! 刘盈盈 美国化学文摘中国代表处 Tel:86-10-82335058Ext801 Email:yelena@igroup.com.cn QQ:1838847288