Linux 基 本 命 令 man–命令帮助信息。 ls –看目录里文件的信息。 cd–换目录 mkdir–创建目录 rmdir–删除目录 mv–移动或重命名 cp–拷贝文件 cat、more、less、head、tail–查看文件内容 wc–统计文件字符数、行数等 grep–在文件中查找特定字符 cut、paste、sed、awk–文本操作

chmod –改权限 ；–多个命令顺序执行 &–命令放到后台操作，等效于 ^Z，然后 bg。 –管道操作，把前一个命令的输出作为后一个命令的输入。 <–后面文件的内容作为前面命令的输入 >–前面命令的输出存入后面文件

Linux 文 本 编 辑 器 vi –缺省是命令模式，按“i”或者insert键进入插入模式，按Esc 回到命令模式。命令模式按“r”替换字符，“x”删除字符，“dd” 删除行，“:w”存盘，“:q”退出。 emacs –有菜单的编辑界面，会根据文件扩展名自动识别文件类 型并给出格式模板。有很多快捷键组合，^X +^S 存盘， ^X +^C 退出。

Linux 脚 本 #!/bin/bash # # Linux Shell Scripting Tutorial 1.05r3, Summer-2002 # Written by Vivek G. Gite <vivek@nixcraft.com> # Latest version can be found at http://www.nixcraft.com/ echo "Stars" for (( i=1; i<=5; i++ )) do for (( j=1; j<=i; j++ )) echo -n " *" done echo ""

分 子 构 型 绘 图 软 件 xmakemol –非常简单，能方便地画矢量。只能用 XYZ 输入文件格 式。 VMD –UIUC 的 Klaus Schulten 组开发，与 NAMD 配套。功能强大， 有自己的脚本语言，能完成一些简单的 MD 模拟辅助功能。尤其适合于针 对生物体系作图。

C/C++ 编 译 gcc -o test test.c -lm g++ -o test test.C 更复杂的编译连接可以写 Makefile 完成。 CFLAGS = -ffast-math -O3 -Wall LIBS = LDFLAGS = md1d: random.o md1d.o g++ -o md1d $(CFLAGS) $(LDFLAGS) $(LIBS) md1d.o random.o random.o: random.C random.h g++ -c $(CFLAGS) random.C md1d.o: md1d.C random.h md1d.h g++ -c $(CFLAGS) md1d.C clean: rm -f *.o md1d

并 行 作 业 管 理 命 令 #BSUB -W 15 #BSUB –a intelmpi #BSUB –q x64_3950dbg 脚本文件 bsubmpiopenmp #BSUB -W 15 #BSUB –a intelmpi #BSUB –q x64_3950dbg #BSUB –n 24 #BSUB –R “span[ptile=12]” #BSUB –o out #BSUB –e err mpirun.lsf ./mpi_openmp_hello.impi export OMP_NUM_THREADS=12 bsub < bsubmpiopenmp bjobs 查看作业，bkill 删除作业。 bstop 挂起作业，bresume 释放。

第一性计算 (First Principles Calculations) 用量子力学的方法，从原子核和电子相互作用的层面计算物质结构等等性质。 电子结构方法 (Electronic Structure Methods) 目标问题：数值方法近似求解多体（包括原子核和电子）不含时非相对论薛定谔方程。 Born-Oppenheimer 近似：分离电子与核子自由度，先固定核子位置，计算电子波函数，再固定电子波函数，更新核子的位置。 势能面 (Potential Energy Surface, PES) 指由薛定谔方程的解所决定的核子的所有可能构型的集合。 分子轨道 (Molecular Orbitals or Spinorbitals): 单电子的空间轨道函数乘以自旋函数。

自洽场理论 自洽场理论 (Self-Consistent Field Theory, SCF)，也称为 Hartree-Fock (HF) 方法。 Slater 行列式：忽略电子间的关联，给出最简单的多体电子波函数表达式，以满足费米子的反对称性和不可区分性。 变分原理 (Variational Principle)：任意波函数所对应的最低能量值都将大于或等于真正的最低能量值，而且等号仅当波函数是真正解时成立。所以进行能量最小化求解就可以得到电子波函数的解。 拉格朗日未定乘子法 (Lagrange Undetermined Multipliers): 加上约束条件以求解待优化函数。 Fock 算符：求能量最小化的约束条件是分子轨道函数正交归一。运用拉格朗日未定乘子法，可以给出 Fock 算符，并迭代求解电子波函数。 Restricted Hartree-Fock (RHF): 每个空间轨道必须有两个自旋相反的电子。Restricted Open-shell Hartree Fock (ROHF): 有一个孤立电子，其它电子必须配对。Unrestricted Hartree-Fock (UHF): 无约束。 SCF 技术：迭代求解电子波函数的数值方法。