如何使用Gene Ontology 網址:http://www.geneontology.org/
在首頁的GO website 底下的ontology files 點進去
在GO format 底下四個資料夾 function 、process、comnpent、defs 按右鍵另存新檔下載
二、下載GO 對應的Swiss-Prot
在首頁的GO website 底下的annotations點進去
找到Homo sapiens GO Annotations 按右鍵另存新檔下載
以下是程式使用說明 依照step逐一執行 紅色 表示功能及目的 棕色 表示要執行的程式檔 藍色 表示是輸入的程式檔 藍色 表示是輸出的程式檔
程式使用順序 GO_格式化 Step1:run GO的格式化.cpp(把<字元取代成%字元) Input file: 下載下來的process.ontology.txt檔 output file:定為000 Step2 runGO_id 中的go.cpp(擷取2個欄位) Input file: 下載下來的gene_association.goa_human output file: 定為001 Step3:run 刪除多餘的GO.cpp(刪除兩列或多列相同的字串) Input file: 上步驟的 001 output file: 定為002
Step4:run GO_term中的GOid的F&P&C的term.cpp Input file: 下載下來的component.ontology.txt 裡面的GOID先截取出來，再加上 下載下來的GO.defs檔 output file: 定為003 Step5:run GO_statement中的: GO的功能.cpp (印出Swissprot 和GO的id關鍵字以及%開頭的字串) Input file:用step3的002 以及下載下來的function.ontology output file: 定為004