主讲人: 李薇 外文医学数据库.

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1 主讲人: 李薇 外文医学数据库

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3 （National Library of Medicine,NLM）
美国生物技术信息中心 （National Center of Biotechnology Information, NCBI) 开发 Pubmed 美国国家医学图书馆 （National Library of Medicine,NLM）

4 关于PubMed 选择PubMed的n个理由 标引质量高 更新速度快 使用方便 信息量大 通过Entrez 系统可以检索和浏览到以下数据库:
PubMed : The biomedical literature [ PubMed ]生物医学文献 数据库;Nucleotide sequence database[ Genbank ]核酸序列数据库; Protein sequence database 蛋白质序列数据库; Structure : three - dimensional macromolecular structures 结构数据库; Genome :com2 plete genome assemblies 基因组数据库; PopSet : population study data sets 种群、种系发生或突变序列数据库; OMIM: Online Mendelian Inheritance in Man 人类孟德尔遗传学数据库; Taxono2 my :organisms in GenBank 分类数据库;Books :online books 在线 图书;ProbeSet :gene expression and microarray datasets 基因表达 和排序数据库; 3D Domains : domains trom Entrez structure 分子 三维结构数据库;UniSTS:markers and mapping data 标签和作图 数据库;SNP :single nucleotide polymorphisms 单核苷酸多态性数 据库;CDD :conserved domains 保留域数据库。 选择PubMed的n个理由 4

5 PubMed ♦ PubMed数据库简介 ♦ PubMed数据范围 ♦ PubMed主页 ♦ PubMed检索方法 ♦ 检索结果的处理

6 一、PubMed数据库简介 PubMed是美国国家医学图书馆NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一个以Web方式向用户提供服务的生物医学文献检索系统，是目前世界上查找医学文献利用率最高的网上免费数据库

7 二、PubMed的数据范围 PubMed A B D C OldMedline Medline (1950-1965)
Record supplied by publisher PreMedline

8 学科范围： 使用词表：MeSH（医学主题词表） 基础生命科学 临床生命科学 生物科学 解剖学 组织学 化学与药物 心理学 社会医学
基础生命科学 临床生命科学 生物科学 解剖学 组织学 化学与药物 心理学 社会医学 农业 医技设备学 　 医技工业学 医学信息学 使用词表：MeSH（医学主题词表）

9 MEDLINE数据库简介 收录范围：来源于美国和世界上80多个国家和地 区、50种语言的7395种权威生物医学及相关学科 期刊，内容涉及生物医学各个领域；85%以上原 文为英语，80%记录有文摘(1975年以前的文献无 英文摘要)，5%免费全文。目前记录已达约2200 万条，约40万篇/年 。 回溯时间：1966年至今。 记录中有[indexed for MEDLIEN]标记

10 PreMEDLINE 一种由正在加工处理中的文献记录组成的数 据库，这些新记录还未被或正在标引，暂时存放 在PreMEDLINE数据库中。每天更新，经过标 引（增加主题词、文献类型、数据库存取号等字 段）以后转入Medline，一旦记录被转入到 Medline数据库，就被从PreMEDLINE数据库中 删除。记录中有[PubMed-in process]的 标记。

11 New Data Collect Pre-Medline 最新信息 Medline Process 一周以后 PubMed

12 出版商提供的书目信息 (Record supplied by publisher) 出版商直接向PubMed提供的非Medline收录的电子刊物，记录标有[Record as supplied by publishers]标记。（如：Science或Nature中的地质学文献等）。

13 标记不同，出自分库亦不同

14 PubMed简介 获取生物医学权威期刊最多 世界上70多个国家的7395种权威期刊 多种检索方法，多条检索途径 时效性极强(每周更新)
回溯年代久远（1950年至今） 利用MeSH作为转换词表，标引质量高 部分文献可以免费获取全文 检全率、检准率高 14

15 PubMed主页 进入途径：

16 三、PubMed的检索途径和方法 基本检索 高级检索 主题检索 期刊检索 专用检索

17 Pubmed 主页界面http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
检索提问区 高级检索 使用帮助 主题检索 文献匹配 期刊检索 特定主题咨询 临床咨询

18 检索运算符 1、逻辑运算符：OR、AND、NOT 运算顺序：OR<AND<NOT，可用（）改变检索词的 处理顺序。
2、截词符：* eg: cell*：cell、cells、celliferous、cellophane和cellular等词 的文献。截词功能只限于单词，对词组无效. 3、利用字段标识符进行限定检索： 检索式格式：检索词A[字段标识B]，检索在字段中含有 检索词A的文献。如： hepatitis[TI]，smith [AU] 。 4、强制检索符“ ”，将短语做为不可分割的整体进行检索。 如：“OXYGEN FREE RADICALS ” 注意： [ ]和“ ”必须为英文或中文半角。

19 PubMed检索字段标识

20 Pubmed简单检索实例 例一     查找有关“肝癌和肝炎的关系”的文献，英文“liver cancer ” 和 “hepatitis” 单主题检索：直接输入您所要检索的关键词或主题词, 英文单词或短语（大写或小写均可）, 词汇自动转换功能进行检索，检索结果直接显示在主页下方。

21 检索文献数量

22 题录格式内容

23 作者限定字段检索 例二 查找作者 Hemila h著作的文献 在西文文献里，著者的署名一般名在前姓在后，
例:著者“Henry Hemila”应转换成 “ Hemila h”,后加著者字段限定来检索， 注意：姓在前，名在后 姓全称，名缩写 &&利用高级检索中的“Author”检索, 选下拉选项定位&&

24 三、PubMed的检索途径和方法 基本检索 高级检索 主题检索 期刊检索 专用检索

25 PubMed高级检索 PubMed 检索要诀 通过限定等，精炼你的检索范围 明确你所要检索的关键概念及词语，即关键字
通过布尔（BOOLEAN）运算来提高你的效率 多向有经验的人求教 明确你所要检索的关键概念及词语，即关键字 考虑到关键字的类似说法，即有可能出现的同义词 PubMed

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28 点击Edit可编辑检索框里面的策略式 字段 选择 检索史

29 检索事半功倍 检索框 History Clipboard Details Filter

30 Filter：在这里可以进行以下设定    • 将搜索范围设定在一个特定的域。  • 将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人或动物学范 围  • 将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型, 如综述 • 设定只搜索包含摘要的文献。      注意：限制了出版物类型、年龄、人或动物、性别中的任何 一项，检索将只在Medline中进行检索（因为这些特征限制只 有Medline中才有）。 30

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32 期刊分类选择： 核心临床医学 牙科期刊 Medline期刊 护理期刊 人或动物 实验选择 性别选择 语种选择 出版时间 出版物 类型选择

33 History 看到最近100次的查询结果。 如果两次查询内容相同，PubMed会将头一次的去除。
当点击 Clear History可以将History中的所有内容清除 33

34 Clipboard 剪贴板可以帮助你保存或查看在一个或多个查询中选择的条目。 可以打印、保存、订购剪贴板中的内容。
条目复选框选中，单击“send to clipboard”就可以将其加入剪贴板中。 剪贴板中最大的储存数是500条。 剪贴板中的内容在8小时内没有任何操作，将会自动消失。 34

35 Details： 在提问框中键入的检索 词被PubMed自动地转换 成了哪些词，使用了怎 样的检索规则和检索语 法。

36 Result区显示检索结果的记录总数，点击这个数字，可回到检索结果显示屏
对检索策略进行编辑 Result区显示检索结果的记录总数，点击这个数字，可回到检索结果显示屏 Translation区显示检索词转换的详细情况 Database区显示检索的数据库 User Query 区显示用户键入的检索词或检索式

37 四、PubMed的检索途径和方法 基本检索 高级检索 主题检索 期刊检索 专用检索

38 PubMed主题词检索 MeSH Database的运用 何为MeSH？
MeSH是Medical Subject Headings的缩略词，即医学主题词，是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。 NIH(国家卫生研究所)的工作人员按MeSH词表规定，浏览生物医学期刊全文后标引出每篇文献中的MeSH主题词，其中论述文献中心的主题词称主要主题词（major topic headings），论述主题某一方面的内容的词称为副主题词（Subheadings）。 38

39 Mesh Database医学主题词表 功能： 确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表
《医学主题词表》是对生物医学文献进行主题分析、 标引和检索的权威性词表。 功能： 确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表 选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词

40 进入途径：

41 MeSH Database： 例1：从主题途径查找FK506副作用 例2：从主题途径查找肾移植的文献

42 kidney transplantation
检索流程 第一步：主题分析 英文转换 FK adverse effects kidney transplantation 点击MeSH Database Mesh界面 输入检索词 Go

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44 第二步： 选定该主题词 主题词轮排表 点击该主题词 主题词细节屏

45 他克莫司 主题词轮排表

46 第三步： 主题词细节屏（主题词词义注释、副主题词、加权或不扩展、入口词、曾用词、树状结构） 选择合适的副主题词 选择加权或不扩展
主题词细节屏（主题词词义注释、副主题词、加权或不扩展、入口词、曾用词、树状结构） 选择合适的副主题词 选择加权或不扩展 send to

47 主题词细节屏 主题词词义注释 副主题词选择 加权检索 不扩展检索

48 入口词 曾用词 药理作用 树状结构

49 点击 搜索生成器

50 第四步： search box 点击 search PubMed 检索结果

51 点击搜索PUBMED

52 题录格式界面

53 逻辑组配（#6 and #9）

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55 Pubmed主题词检索的功能： （1）理解词义和收入词表的时间 （2）限定副主题词 ，提高查准率。     （3）加权检索，提高查准率。     （4）了解树形结构,扩展检索，提高查全率 （5）了解同义词，提高查全率。

56 PubMed的检索途径和方法 基本检索 高级检索 主题检索 期刊检索 专用检索

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58 Journal Database (期刊数据库) 可输入刊名全称、缩写或国际标准期刊号（ISSN)检 索特定期刊的编目信息；

59 引文匹配器 使用栏位化的检索方式，找寻特定刊名、卷期、作者、 篇名的文献资料。
引文匹配器 使用栏位化的检索方式，找寻特定刊名、卷期、作者、 篇名的文献资料。 实现多篇文章的一次性检索，一次最多可检索PubMed中100条文献纪录, 获得文献的PMID

60 PubMed 一、PubMed数据库简介 二、PubMed数据范围 三、PubMed主页 四、PubMed检索方法 五、检索结果的处理

61 检索结果处理 检索结果的显示与标记 检索结果的保存及定购 61

62 检索结果显示 默认为题录格式 每页显示20条记录
结果排序方式 每页显示记录数 结果显示格式 检索结果显示 默认为题录格式 每页显示20条记录

63 纯文本 方式显示

64 纯文本 显示记录

65 文摘显示格式

66 MEDLINE格式

67 全文链接图标 可链接到SpringerLink 数据库获取全文 可链接到PubMed中心获取免费全文

68 选择“File”，可完成将记录保存为文件；
选择“clipboard”，可将记录保存在剪贴板 选择“ ”,可以通过邮件发送记录

69 剪切板静止状态下最长保存8小时，最多可以保存500条记录

70 以邮件方式 发送记录 填写 邮箱地址

71 PubMed 一、PubMed数据库简介 二、PubMed数据范围 三、PubMed主页 四、PubMed检索方法 五、检索结果的处理

72 PubMed的个性化服务

73 保存检索式(生成URL或HTML实现共享)
PubMed的个性化服务 保存检索式(生成URL或HTML实现共享) 书目管理设置 特定功能的参数设置 检索结果的分类过滤 73

74 PubMed的个性化服务 PubMed快速检索功能的实现 安装“NCBI Search Toolkit” 划词右击直接进行pubmed检索
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75 PubMed其实还有更加丰富多彩的内容等着你去挖掘
PubMed其实还有更加丰富多彩的内容等着你去挖掘 查阅各种健康疾病相关的主题，医药信息。还有一部非常完善的在线医学词典。此外，你还可以浏览到很多有用的健康新闻。

76 PubMed的个性化服务 http://www.gopubmed.org
GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作，利用生物信息学相关知识开发的一个可以对PubMed检索结果进行探索、分析的工具。 76

77 PubMed检索实例 哮喘的药物治疗 舌根肿瘤的病理学 阿司匹林治疗心肌梗死 Asthma Tongue Aspirin
实战一 实战二 实战三 舌根肿瘤的病理学 阿司匹林治疗心肌梗死 Tongue tongue base base of the tongue neoplasms pathology Asthma drug therapy Aspirin therapeutic use myocardial infarction drug therapy

78 具体实例演示： 帮我查一下北京301医院张永刚教授2014年发表 在AO Spine或Europe Spine关于强直性脊柱炎后 凸畸形手术治疗的文章。 脊柱炎，强直性英文主题词spondylitis, Ankylosis 脊柱后凸项文主题词为kyphosis

79 Thank you！ 姓名：李薇 电话： QQ： 图书馆咨询2群：