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Enzyme 第9章 酶促反应动力学
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一、化学动力学基础 化学反应的两个基本问题: 反应进行的方向、可能性和限度 反应进行的速率和反应机制 化学热力学 化学动力学
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(一)反应速率及其测定 ——以单位时间内反应物或生成物 浓度的改变来表示。
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(二)反应分子数和反应级数 1.反应分子数: ——反应中真正相互作用的分子的数目 单分子反应:A P 双分子反应:A+B P+Q
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单分子反应 v = kc 双分子反应 v = kc1c2 c 、c1、c2 :反应物浓度(mol/l) k:比例常数/反应速率常数
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2.反应级数 能以v = kc表示,为一级反应; 能以v = kc1c2表示,则为二级反应; v 与反应物浓度无关,则为零级反应。
双分子反应、一级反应
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(三)各级反应的特征 1.一级反应: 反应速率与反应物浓度的一次方成正比。 v = kc
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半衰期t1/2:有一半反应物转化为产物所需的时间
C0 产物的增加 [P] C0/2 反应物的消耗 C t½ t 半衰期t1/2:有一半反应物转化为产物所需的时间 lnC0 k lnC0/2 C t½ t 当t=t½时,c=1/2c0,则t½=0.693/k,即半衰期与反应物的初浓度无关。
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2.二级反应: v = k(a- x)(b – x) a 、b:反应物A、B的初浓度 x:t时已发生反应的物质浓度
(a- x)、(b – x): t时后A、B的浓度
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3.零级反应: v = k 一级反应:半衰期与反应物的初浓度无关 二级反应:半衰期与反应物的初浓度成反比
零级反应:半衰期与反应物的初浓度成正比
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二、底物浓度对酶反应速率的影响 单底物、单产物反应; 酶促反应速度一般在规定的反应条件下, 用单位时间内底物的消耗量和产物的生 成量来表示;
研究前提 单底物、单产物反应; 酶促反应速度一般在规定的反应条件下, 用单位时间内底物的消耗量和产物的生 成量来表示; 反应速度取其初速度,即底物的消耗量 很小(一般在5﹪以内)时的反应速度; 底物浓度远远大于酶浓度。([S] 》[E])
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初速度 酶促反应速度逐渐降低 产 物 时 间 酶促反应的时间进展曲线
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在其他因素不变的情况下,底物浓度对反应速度的影响呈矩形双曲线关系。
反应初速度随底物浓度变化曲线
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[S] V Vmax 当底物浓度较低时 反应速度与底物浓度成正比;反应为一级反应。
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[S] V Vmax 随着底物浓度的增高 反应速度不再成正比例加速;反应为混合级反应。
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[S] V Vmax 当底物浓度高达一定程度 反应速度不再增加,达最大速度;反应为零级反应
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(一)中间络合物学说 三个假设: E + S ES P + E k1 k2 k3 k4
(1)E与S形成ES复合物的反应是快速平衡反应,而 ES分解为E及P的反应为慢反应,反应速度取决于慢反应即 V=k3[ES]。 (2)S的总浓度远远大于E的总浓度,因此在反应的初始阶段,S的浓度可认为不变即[S]=[St]。 (3)P→0 忽略 这步反应
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(二)酶促反应的动力学方程式 1、米氏方程的推导
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1913年Michaelis和Menten提出反应速度与底物浓度关系的数学方程式,即米-曼氏方程式,简称米氏方程(Michaelis equation)。
V Vmax[S] Km + [S] = ── [S]:底物浓度 V:不同[S]时的反应速度 Vmax:最大反应速度(maximum velocity) Km:米氏常数(Michaelis constant)
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稳态时ES浓度不变 反应速度 (Ⅲ) V=k3[ES] ES的生成速度=消耗速度 (Ⅰ) k1[E][S]=k2[ES] + k3[ES]
E + S ES P + E k1 k2 k3 稳态时ES浓度不变 反应速度 V=k3[ES] ES的生成速度=消耗速度 k1[E][S]=k2[ES] + k3[ES] E的质量平衡方程 [E]=[Et] - [ES] (Ⅲ) (Ⅰ) (Ⅱ)
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稳态时ES浓度不变 反应速度 V=k3[ES] ES的生成速度=消耗速度 k1[E][S]=k2[ES] + k3[ES] E的质量平衡方程
E + S ES P + E k1 k2 k3 稳态时ES浓度不变 反应速度 V=k3[ES] ES的生成速度=消耗速度 k1[E][S]=k2[ES] + k3[ES] E的质量平衡方程 [E]=[Et] - [ES] 米氏方程 V=Vmax=k3[ES]max=k3[Et] V= V[S] Km + [S] Km= k2 + k3 k1 米氏常数
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a.当[S]很小时 V=V[S]/Km 一级反应 V[S] Km + [S] V= b.当[S]很大时 V=V[S]/[S]=V 0 级反应
反应初速度随底物浓度变化曲线 V= V[S] Km + [S] b.当[S]很大时 V=V[S]/[S]=V 0 级反应 米氏曲线 混合级 a.当[S]很小时 V=V[S]/Km 一级反应
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Km=? Km = [S] 1 V 2 = V [S] Km + [S] Km + [S] = 2[S] 若 V=V/2 V[S]
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2、动力学参数的意义 (1)米氏常数Km的意义 Vmax[S] Vmax = 2 Km + [S] Km=[S] V Vmax Vmax/2
∴Km值等于酶促反应速度为最大反应速度一半时的底物浓度,单位是mol/L。
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与pH 、温度、离子强度、酶及底物种类有关,与酶浓度无关,可以鉴定酶。
①Km是酶的特性常数: 与pH 、温度、离子强度、酶及底物种类有关,与酶浓度无关,可以鉴定酶。 酶 底物 Km(mmol/L) 脲酶 尿素 25 溶菌酶 6-N-乙酰葡萄糖胺 0.006 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 6-磷酸-葡萄糖 0.058 胰凝乳蛋白酶 苯甲酰酪氨酰胺 2.5 甲酰酪氨酰胺 12.0 乙酰酪氨酰胺 32.0
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②可以判断酶的专一性和天然底物 Km值最小的底物——最适底物/天然底物 1/Km近似表示酶对底物的亲和力: 1/Km越大、亲和力越大
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Km≈k2(分离能力)/k1(亲合能力) Km越小,亲和力越强。 [S]很小时,反应速度就能达到很大。性能优,代谢中这类酶更为重要
E + S ES P + E k1 k2 k3 Km越小,亲和力越强。 [S]很小时,反应速度就能达到很大。性能优,代谢中这类酶更为重要
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③根据Km: 判断某[s]时v与Vmax的关系 判断抑制剂的类型 ④ Km可帮助判断某代谢反应的方向和途径
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一底物多酶反应 丙酮酸 丙酮酸浓度较低时: 代谢哪条途径决定于Km最小的酶 乳酸脱氢酶(1.7×10-5) 乳酸
丙酮酸脱羧酶(1.0×10-3) 丙酮酸 乙醛 丙酮酸脱氢酶 (1.3×10-3) 乙酰CoA 丙酮酸浓度较低时: 代谢哪条途径决定于Km最小的酶
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(2)Vmax和k3(kcat)的意义 一定酶浓度下,酶对特定底物的Vmax也是一个常数。 [S]很大时, Vmax= k3[E] 。
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(3) kcat/km的意义: V= Vmax[S] Km + [S] ∵Vmax=kcat[Et] ∴ V= kcat[Et][S]
当[S] <<Km时,[E]=[Et]
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kcat/km= 是E和S反应形成产物的表观二级速率常数。 其大小可用于比较酶的催化效率。
kcat/km的上限为k1,即生成ES的速率,即酶的催化效率不超过E和S形成ES的结合速率 kcat/km的大小可以比较不同酶或同一种酶催化不同底物的催化效率。
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3、 Km与V的求取 (1)Lineweaver-Burk双倒数作图法
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蔗糖酶米氏常数(Km)的测定 1. 配12支蔗糖底物溶液,浓度分别为0、0.005、 、0.0075、 、0.010、0.0125、0.015、0.02、0.025、0.0375、0.050M,在35℃水浴保温; 2. 加入3U/ml已在35 ℃水浴保温的酶溶液,准确作用5分钟,终止反应; 3. 各吸取0.5ml反应液与3,5-二硝基水杨酸,沸水浴5分钟,冷却后在540nm测定吸光度OD值; 4. 作图
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(2)Eadie-Hofstee作图法
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v Vmax 斜率-Km V [S]
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(3)Hanes-Woolf作图法
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斜率= 1/Vm Km/Vm -Km [S]/V [S]
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(4)Eisenthal和Cornish-Bowden线性作图法
v Vmax [S] -3Km-2Km-Km
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(三)多底物的酶促反应动力学 1.酶促反应按底物分子数分类: 分为单底物、双底物和三底物反应
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2.多底物反应按动力学机制分类: (1)序列反应或单-置换反应 ①有序反应(ordered reactions) A和Q竞争地与自由酶结合
领先底物 释放 释放 A和Q竞争地与自由酶结合
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②随机反应(random reactions)
如肌酸激酶使肌酸磷酸化的反应
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(2)乒乓反应或双-置换反应 A AE PE’ P E E’ Q EQ EB B A和Q竞争自由酶E形式 B和P竞争修饰酶形式E’
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3.双底物反应的动力学方程 (1)序列机制的底物动力学方程及动力学图 —— 在B的浓度达到饱和时A的米氏常数
—— 在A的浓度达到饱和时B的米氏常数 —— 底物A与酶结合的解离常数 —— 底物A、B都达到饱和时最大反应速率
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(2)乒乓机制的底物动力学方程及动力学图 —— 在B的浓度达到饱和时A的米氏常数 —— 在A的浓度达到饱和时B的米氏常数
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三、酶的抑制作用 失活作用:使酶Pr变性而引起酶活力丧失。 抑制作用:使酶活力下降但不引起变性。 抑制剂:能引起抑制作用的物质。
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(一)抑制程度的表示方法 以反应速率的变化表示 V0 : 不加入抑制剂时的反应速率 加入抑制剂后的反应速率 Vi :
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1.相对活力分数(残余活力分数) Vi V0 2.相对活力百分数(残余活力百分数) Vi V0
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3.抑制分数 ——指被抑制而失去活力的分数 抑 制 率 Vi V0 4.抑制百分数 Vi V0
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(二)抑制作用的分类 不可逆抑制与可逆抑制 依据: 能否用透析、超滤等物理方法 除去抑制剂,使酶复活。
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不可逆抑制 1、不可逆抑制作用 : 抑制剂与酶必需基团以牢固的共价键相连 很多为剧毒物质 重金属、有机磷、有机汞、有机砷、
氰化物、青霉素、毒鼠强等。 不可逆抑制
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不可逆抑制 2、不可逆抑制剂 非专一性不可逆抑制剂 (作用于一/几类基团) 不可逆抑制剂 专一性不可逆抑制剂 (作用于某一种酶的
活性部位基团)
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(1) 非专一性不可逆抑制剂 ①重金属离子 Ag+ 、 Cu2+ 、 Hg2+ 、 Pb2+ 、 Fe3+ 高浓度时可使酶蛋白变性失活;
低浓度时对酶活性产生抑制。 ——通过加入EDTA解除
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②烷化剂(多为卤素化合物) H2N-CH-COOH CH2 碘乙酸 SH + ICH2COOH H2N-CH-COOH CH2 HI
H2N-CH-COOH CH2 SH 碘乙酸 + ICH2COOH H2N-CH-COOH CH2 S-CH2COOH HI +
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③有机磷化合物(敌百虫、沙林)
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P OC2H5 S 有机磷农药部分 胆碱酯酶OH
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胆碱乙酰化酶 胆碱酯酶 胆碱 乙酰胆碱 积累导致神经中毒症状
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如何紧急救治? 排毒 洗胃、喝鸡蛋清牛奶 导泄、利尿 血液透析(清除游离状态毒物) 解毒药:解磷定
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RO O RO O RO X RO O—E P + E—OH P + HX 有机磷化合物 羟基酶 磷酰化酶(失活) 酸
有机磷化合物 羟基酶 磷酰化酶(失活) 酸 解毒 解磷定(PAM): RO O RO O—E P CHNOH 磷酰化酶(失活) N + CH3 -CHN O OR O OR +E—OH P 解磷定
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④有机汞、有机砷化合物 ——与酶分子中-SH作用; 可通过加入过量巯基化合物解除。
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⑤氰化物、硫化物和CO ——与酶中金属离子形成稳定的络合物 如氰化物与含铁卟啉细胞色素氧化酶结合 ⑥青霉素(penicillin) 与细菌糖肽转肽酶Ser-OH活性, 影响细胞壁合成。
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(2) 专一性不可逆抑制剂 ①Ks型 具有底物类似的结构——(设计) 带有一活泼基团:与必需基团反应(抑制) ∵利用对酶亲合性进行修饰
∴亲合标记试剂(affinity labeling reagent)
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②Kcat型 具有底物类似的结构 本身是酶的底物 还有一潜伏的反应基团 “自杀性底物”
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3、可逆抑制作用: 可逆抑制 抑制作用可通过透析等方法除去。 竞争性抑制(competitive inhibition)
原因:非共价键结合 可逆抑制 竞争性抑制(competitive inhibition) 非竞争性抑制(non-competitive I.) 反竞争性抑制(uncompetitive I.)
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(1)竞争性(Competitive)抑制
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I: 抑制剂( inhibitor)
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【举例】 丙二酸与琥珀酸竞争琥珀酸脱氢酶 琥珀酸 琥珀酸脱氢酶 FAD FADH2 延胡索酸 琥珀酸
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竞争性抑制
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磺胺类药物的抑菌机制: 与对氨基苯甲酸竞争二氢叶酸合成酶 二氢蝶呤啶 + 对氨基苯甲酸 + 谷氨酸 二氢叶酸 合成酶
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利用竞争性抑制是药物设计主要思路 磺胺类药抗菌机理: (与对氨基苯甲酸是结构类似物) 竞争性抑制细菌叶酸形成,抑制细菌繁殖
人通过食物直接补充叶酸,对人无毒害。
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生物碱麻醉—竞争性替代 生物碱—吗啡、海洛因、可卡因、尼古丁 吗啡 海洛因
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麻醉机理 痛觉神经信号 脑肽(E)控制痛觉信号的释放 生物碱竞争性替代脑肽—麻醉致幻 阿片—鸦片类物质 源自—37C医学网
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(2)非竞性(Non-competitive)抑制
无法形成产物 抑制物
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Noncompetitive inhibition
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(3)反竞争性(Uncompetitive )抑制
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(三)可逆和不可逆抑制作用的鉴别 1:反应体系不加I 2: 体系中加入 一定量不可逆抑制剂 3:体系中加入 一定量可逆抑制剂 v [E] 2
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[E] v 不可逆抑制剂 的作用 [E] v 可逆抑制剂 的作用 [I ]→ [I ]
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(四)可逆抑制作用动力学
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1.竞争性抑制
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消去[ES]
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斜率 斜率
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竞争性:I与S与酶活性中心结合机会均等 V下降发生抑制 Km增大亲和力 Vmax不变 [S] 增大, I结合机率减小
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Km 变大,Vmax不变
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2.非竞争性抑制
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截距
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V下降发生抑制 Km不变 亲和力不受影响 Vmax减小 部分酶始终失活
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Km不变,Vmax变小
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3. 反竞争性抑制作用
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Km、Vmax都变小
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四、温度对酶反应的影响 上图反映出温度如何影响酶活力? 最适温度 动物酶 35~40℃ 植物酶 40~50℃ 微生物 大部分 40~50℃
产物累积量 相对酶活% 最适温度 动物酶 ~40℃ 植物酶 ~50℃ 微生物 大部分 40~50℃ 个别高温菌 90℃以上 上图反映出温度如何影响酶活力? 最适温度
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温度越高,活化分子越多,反应速度快; 酶变性时间越短,反应速度下降也迅速。
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五、pH 对酶反应的影响 最适pH时的酶活力最大 最适pH因酶而异,多数酶在7.0左右 是酶的特性之一
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六、激活剂对酶反应的影响
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①无机离子 阳离子 K+、Ca2+、Na+、Mg2+、Zn2+等 阴离子 Cl -、Br -等
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②中等大小的有机分子 ③某些激酶
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