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第六章 微生物的遗传和变异
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主要内容: 核酸的基本化学组成与结构 微生物的遗传 微生物的变异 基因重组 遗传工程技术
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●1868年,F. Miescher从细胞核中分离得到一种酸性物质,即现在被称为核酸的物质。
第一节 核酸的基本化学组成与结构 ●1868年,F. Miescher从细胞核中分离得到一种酸性物质,即现在被称为核酸的物质。
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碱基 核苷 核酸 核苷酸 戊糖 磷酸 元素组成: C H O N P
核酸完全水解产生嘌呤和嘧啶等碱性物质、戊糖(核糖或脱氧核糖)和磷酸的混合物。核酸部分水解则产生核苷和核苷酸。每个核苷分子含一分子碱基和一分子戊糖,一分子核苷酸部分水解后除产生核苷外,还有一分子磷酸。核酸的各种水解产物可用层析或电泳等方法分离鉴定。 碱基 核苷 核酸 核苷酸 戊糖 磷酸 元素组成: C H O N P
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一、戊糖 组成核酸的戊糖有两种。DNA所含的糖为 β-D-2-脱氧核糖;RNA所含的糖则为β-D-核糖。 Ribose
Deoxyribose
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1 2 3 4 5 6 9 7 8 二、碱基 1. 嘌呤(Purine) 腺嘌呤Adenine A 鸟嘌呤guanine G
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2. 嘧啶(Pyrimidine) U C T 尿嘧啶 uracil 胞嘧啶 cytosine 胸腺嘧啶 thymine 1 2 3 4 5
6 2. 嘧啶(Pyrimidine) 尿嘧啶 uracil U 胞嘧啶 cytosine C 胸腺嘧啶 thymine T
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核酸中也存在一些不常见的稀有碱基。稀有碱基的种类很多,大部分是上述碱基的甲基化产物。
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三、核苷(nucleoside) 核苷 戊糖+碱基 糖与碱基之间的C-N键,称为C-N糖苷键 (OH) (OH) 1’ 2’ 3’ 4’
核苷 戊糖+碱基 糖与碱基之间的C-N键,称为C-N糖苷键 1’ 2’ 3’ 4’ 5’ (OH) 1’ 2’ 3’ 4’ 5’ (OH)
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Adenosine Guanosine Cytidine Uridine
假尿苷(ψ) 次黄苷(肌苷)I 黄嘌呤核苷 X 二氢尿嘧啶核苷 D 取代核苷的表示方式 7-甲基鸟苷 m5G 5 OH
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四、核苷酸(nucleotide) 核苷酸 核苷+磷酸 戊糖+碱基+磷酸
H
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五、核苷酸衍生物 1. 继续磷酸化 AMP ADP ATP
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2.环化磷酸化 cAMP cGMP
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3. 肌苷酸及鸟苷酸(强力味精) IMP GMP 4. 辅酶 NAD、NADP、FMN
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六、多聚核苷酸(核酸) 多聚核苷酸是通过一个核苷酸的C3’-OH 与另一分子核苷酸的5’-磷酸基形成3’,5’-磷酸二酯键相连而成的链状聚合物。 5’ 3’
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5′PdAPdCPdGPdTOH 3′ 5′PAPCPGPUOH ′
5′-磷酸端(常用5’-P表示);3′-羟基端(常用3’-OH表示) 多聚核苷酸链具有方向性,当表示一个多聚核苷酸链时,必须注明它的方向是5′→3′或是3′→5′。 多聚核苷酸的表示方式 T 5’ 3’ OH U DNA RNA 5′PdAPdCPdGPdTOH 3′ ′PAPCPGPUOH ′ 或5′ACGTGCGT 3′ ′ACGUAUGU 3′ ACGTGCGT ACGUAUGU
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脱氧核糖核酸 Deoxyribonucleic Acid (DNA) 核糖核酸 Ribonucleic Acid(RNA)
核酸分为两大类: 脱氧核糖核酸 Deoxyribonucleic Acid (DNA) 核糖核酸 Ribonucleic Acid(RNA) 98%核中(染色体中) 真核 线粒体(mDNA) 核外 叶绿体(ctDNA) DNA 拟核 原核 核外:质粒(plasmid) 病毒:DNA病毒
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RNA主要存在于细胞质中 转运RNA ( tRNA) t-RNA约占细胞总RNA的10~15%,也称之为“受体RNA”。
核糖体RNA ( rRNA) r-RNA约占细胞总RNA的80%,是核糖体的核酸。 信使RNA (mRNA) m-RNA约占细胞总RNA的5%左右,为单链结构,不同细胞的m-RNA的链长和分子量的差异很大。
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第二节 微生物的遗传 遗传和变异的物质基础——DNA ▲40年代发现了生物的遗传物质是DNA 1941年Avery的转化补充实验;
1928年Griffith经典的转化实验; 1941年Avery的转化补充实验; 1952年Hersey何Chase大肠杆菌T2噬菌体感染大肠杆菌试验; 证明DNA是生物的遗传物质基础。
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■ DNA的结构与复制 ▲ DNA的结构 50年代弄清了DNA的双螺旋结构
1953年Watson和Crick建立了DNA的双螺旋结构模型—1957年诺贝尔生理学奖。 (Francis Crick, )(右)和沃森(James Watson,1928-)
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DNA双螺旋结构
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■DNA双螺旋结构的特点 DNA分子由两条DNA单链组成。 DNA的双螺旋结构是分子中两条DNA单链之间基团相互识别和作用的结果。
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三股螺旋结构的DNA
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DNA的存在形式
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基因——遗传因子 基因:是一切生物体内储存遗传信息的、有自我复制能力的遗传功能单位。它是DNA分子上一个具有特定碱基顺序、即核苷酸序列的片断。 基因按功能分三种: ①结构基因 ②操纵基因 ③调节基因
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60年该确定了遗传信息的传递方式 1961年J.Monod和F.Jacob提出了操纵子学说;
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■遗传信息的传递 1966年Nireberg破译了遗传密码,叙述了中心法则;
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基因工程的诞生 理论上的三大发现
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▲DNA的复制
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■DNA的变性和复性 DNA变性
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■DNA复性 变性DNA在适当的条件下,两条彼此分开的单链可以重新缔合成为双螺旋结构,这一过程称为复性。DNA复性后,一系列性质将得到恢复,但是生物活性一般只能得到部分的恢复。 DNA复性的程度、速率与复性过程的条件有关。 将热变性的DNA骤然冷却至低温时,DNA不可能复性。但是将变性的DNA缓慢冷却时,可以复性。分子量越大复性越难。浓度越大,复性越容易。此外,DNA的复性也与它本身的组成和结构有关。
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■DNA复性
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■ RNA RNA一级结构的特点 tRNA一级结构 tRNA分子具有以下特点:
分子量25000左右,大约由70-90个核苷酸组成,沉降系数为4S左右。 分子中含有较多的修饰成分。 3'-末端都具有CpCpAOH的结构。
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mRNA一级结构 真核细胞mRNA的3‘-末端有一段长达200个核苷酸左右的聚腺苷酸(polyA),称为 “尾结构” ,5’ -末端有一个甲基化的鸟苷酸,称为” 帽结构“ 。
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动物细胞核糖体rRNA有四类:5SrRNA,5
动物细胞核糖体rRNA有四类:5SrRNA,5.8SrRNA,18SrRNA,28SRNA。许多rRNA的一级结构及由一级结构推导 出来的二级结构都已阐明,但是对许多rRNA的功能迄今仍不十分清楚。 rRNA
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tRNA的高级结构 1,tRNA的二级结构 tRNA的二级结构都呈” 三叶草” 形状,在结构上具有某些共同之处,一般可将其分为五臂四环:包括氨基酸接受区、反密码区、二氢尿嘧啶区、TC区和可变区。除了氨基酸接受区外,其余每个区均含有一个突环和一个臂。
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2,tRNA的三级结构 在三叶草型二级结构的基础上,突环上未配对的碱基由于整个分子的扭曲而配成对,目前已知的tRNA的三级结构均为倒L型
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转录
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微生物生长与蛋白质合成
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RNA与生物遗传信息的表达-蛋白质合成 首先,DNA通过转录作用,将其所携带的遗传信息(基因)传递给 mRNA, 在三种 RNA(mRNA、tRNA和rRNA)的共同作用下,完成蛋白质的合成。
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转录过程
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翻译过程
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现在已经知道作为多肽合成起始信号的密码子有两个,即甲硫氨酸的密码子(AUG)和氨酸的密码子(GUG)(极少出现)。在大肠杆菌中, 起始密码子AUG 所编码的氨基酸并不是甲硫氨酸本身, 而是甲酰甲硫氨酸。
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第三节 微生物的变异 变异的实质——基因突变
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基因突变 上述DNA碱基顺序的改变,是DNA在复制过程中出现错误产生的。由于DNA是具有复制功能的分子,一旦DNA碱基顺序出错,它就会通过复制机制遗传下去。 由于DNA碱基顺序的改变引起生物遗传性状显著变化的现象,称为基因“突变”。
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■突变的类型 自发突变 ▲多因素低剂量的诱变效应 ▲互变异构效应 诱发突变 ▲物理诱变 ▲化学诱变 ▲复合处理及其协同效应 ▲定向培育和驯化
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(1) DNA分子中碱基互变异构 DNA分子的碱基,存在酮式—烯醇式或氨式—亚胺式互变异构。不同的互变异构体形成氢键的方向和能力不同,有可能导致复制时出现错误。 例如在正常情况下,A(氨式结构)与T(酮式结构)配对;当A以亚胺式存在时(几率非常小),则与C配对。
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(2) 物理因素 能够引起基因突变的物理因素主要包括:紫外线(UV)、高能射线和电离辐射等。
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当DNA受到大剂量紫外线(波长260nm附近)照射时,可引起DNA链上相邻的两个嘧啶碱基共价聚合,形成二聚体,例如TT二聚体。
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光聚合反应 胸腺嘧啶碱基在紫外光照射下,可以发生二聚加成反应:
在DNA分子中,如果两个胸腺嘧啶碱基相邻,在紫外光照射下,可能发生上述聚合反应,其结果是破坏了正常复制或转录。
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X-射线以及放射性物质产生的辐射具有很高的能量,能直接引起DNA物理或化学性质的改变。另外,电离辐射将也能使DNA周围环绕的其它分子(主要是水)产生具有很高活性的自由基,这些自由基能够进一步与DNA分子反应,导致DNA结构发生变化。
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(3) 化学因素 化学因素是引起DNA结构发生变化的最常见因素,主要包括:烷基化试剂,亚硝酸盐以及碱基类似物等。
(3) 化学因素 化学因素是引起DNA结构发生变化的最常见因素,主要包括:烷基化试剂,亚硝酸盐以及碱基类似物等。 烷基化试剂能够与DNA分子中的氨基或氧作用,生成烷基化DNA。除了碱基上有多个位置可被烷基化外,DNA链上磷酸二酯键中的氧也容易被烷基化,从而导致DNA链的断裂。
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烷基化反应 由于含氧碱基存在酮式和烯醇式的互变异构,烯醇式中的羟基可以被烷基化转变为稳定的烯醇醚。
鸟嘌呤核苷烷基化形成6-甲氧基鸟嘌呤核苷后,不再与C配对,而与T配对。 这种情况将引起DNA的复制、转录及信息表达出现错误。
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环外氨基的反应 环外氨基在适当条件下,也可以发生化学反应。
胞嘧啶核苷在亚硝酸作用下,可以形成重氮盐,再转变为尿嘧啶核苷。因此生物体内亚硝酸的存在有可能改变DNA的碱基组成。 腺嘌呤核苷和鸟嘌呤核苷也能发生类似的反应,分别形成次黄嘌呤核苷(I)和黄嘌呤核苷(X)。 这种变化,将影响或改变碱基形成氢键的能力和方向,导致DNA复制错误,是引起基因突变的重要原因之一。
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碱基类似物是一类结构与核酸碱基相似的人工合成或天然化合物,由于它们的结构与核酸的碱基相似,当这些物质进入细胞后能够掺入到DNA链中,干扰DNA的正常复制和转录。
常见的有碱基衍生物及稠环、稠杂环类化合物。例如5-溴尿嘧啶(5-BU),它与胸腺嘧啶碱基的结构相似,能取代T与A配对。 又如一种称为二恶英的含氯芳香杂三环化合物(2,3,7,8-四氯-二苯-二恶英,简称TCDD),是一种具有强烈致癌和致畸物质。它能够进入细胞并与DNA结合,导致DNA复制发生错误,从而可能诱发癌变。
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2. DNA损伤修复 光复活 切除修复 重组修复 SOS修复
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光复活(photoreactivation)
可见光(最有效波长400nm)激活生物界广泛分布(高等哺乳动物除外)的光复活酶,该酶分解嘧啶二聚体。 是一种高度专一的修复形式,只分解由于UV照射而形成的嘧啶二聚体。
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切除修复(excision repair)
即在一系列酶的作用下,将DNA分子中受损伤的部分切除掉,并以完整的那一段为模板,合成出切去的部分,从而使DNA恢复正常。这是一种比较普遍的修复机制。 细胞的修复功能对于保护遗传物质DNA不受破坏有重要意义。
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重组修复(recombination repair)
又称复制后修复(postreplication repair) 受损伤的DNA在进行复制时,跳过损伤部位,在子代DNA链与损伤相对应部位出现缺口。通过分子间重组,从完整的母链上将相应的碱基顺序片段移至子链的缺口处,然后再用合成的多核苷酸来补上母链的空缺,此过程即重复修复。并非完全校正。
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SOS修复 指DNA受到严重损伤、细胞处于危急状态时所诱导的一种DNA修复方式,修复结果只是能维持基因组的完整性,提高细胞的生成率,但留下的错误较多,又称倾错性修复(Error-Prone Repair )。
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第三节 基因重组 杂交: 是通过双亲细胞的融合,使整套染色体的基因重组,或者是通过双亲细胞的沟通,使部分染色体基因重组。 转化:
受体细胞直接吸收来自供体细胞得DNA片断,并把它整合到自己的基因组里,从而获得了供体细胞部分遗传性状的现象。
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转导 通过温和噬菌体的媒介作用,把供体细胞内特定的基因(DNA片断)携带至受体细胞中,使后者获得前者部分遗传性状的现象。
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第四节 遗传工程技术在环境工程中的应用 遗传工程技术在环境工程中的应用 ■质粒育种:
将两种或多种微生物通过细胞结合或融合技术,使供体菌的质粒转移到受体内,使受体菌保留自身功能质粒,同时获得供体菌的功能质粒,即培育出具有两种功能质粒的新品种。 ▲多功能超级细菌的构建; ▲工程菌的构建;
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改变细胞内的关键酶或酶系统: 提高微生物的降解速率; 拓宽底物的专一性范围; 维持低浓度下的代谢活性;
随着工业发展,大量的合成有机化合物进入环境,其中很大部分难于生物降解或降解缓慢,只是在环境中的停留时间长达数年至数十年。 基因工程为该改变细胞内的关键酶或酶系统提供了可能,从而可以: 提高微生物的降解速率; 拓宽底物的专一性范围; 维持低浓度下的代谢活性; 改善有机污染物降解过程中的生物催化稳定性;
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设计复合代谢途径; 2,4,6-三硝基甲苯(TNT); 假单胞菌可以利用TNT为唯一碳源,但不能利用甲苯;
将具有甲苯完整降解途径的TOL质粒pWO-Km导入该微生物,可以扩展微生物的代谢能力,构建的新微生物可以是TNT完全降解。
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拓宽氧化酶的专一性; 三氯乙烯(TCE)某些氧化酶可以进攻该分子,但氧化速率低;甲苯双氧化酶对TCE具有部分活性,但催化过程中易失活;而联苯双氧化酶不能氧化,而基因工程构建的杂和联苯双氧化酶体系可以氧化TCE,且其氧化速度为天然甲苯双合氧化酶的3倍;且稳定性更好,在环境污染物降解方面有大作为。
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增强无机磷的去除: 活性污泥只能去除城市废水中20%-40%无机磷,
有些细菌能够以聚磷酸盐形式过量积累磷,通过对E.coli polyP激酶基因ppK和再生ATP乙酸激酶基因ackA进行扩增,可以有效的提高E.coli对无机磷的去除能力2-3倍,4h将0.5mol/L的磷酸盐去除约90%。 此结果显示,通过基因工程改进酶的活性,在无机污染物如磷的处理方面也大有潜力。
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■基因工程技术 技术上的三大发明: ●工具酶 1967年世界上5个实验室几乎同时发现了DNA连接酶,使DNA裂口的修复成为可能。
1970年Smith和Wilcox从流感嗜血杆菌中分离并纯化了限制性核酸内切酶HindⅡ,使DNA分子的切割成为可能。 1967年世界上5个实验室几乎同时发现了DNA连接酶,使DNA裂口的修复成为可能。
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● 载体 大多数DNA片断不具备自我复制的能力,为了使它们能够在宿主细胞中进行繁殖,必须将DNA片断接到一种特定的,具有自我复制能力的DNA分子上,这种DNA分子就是基因工程载体(vector)。 可作为基因载体的有: 病毒;噬菌体;质粒等不同小分子量的复制子。 最常用的是抗药性R因子质粒分子pBR322和pUC13。
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●逆转录酶 1970年Baltimore等人同时发现了逆转录酶,打破了中心法则,使真核基因的制备成为可能。
具备了以上的理论和技术基础,基因工程诞生的条件已经成熟。 1972年斯坦福大学的P.Berg等人在世界上第一次实现了DNA体外重组。 猿猴病毒SV40DNA+λ噬菌体DNA---→重组DNA分子; 1973年斯坦福大学地S.Cohen成功地进行了另一个体外重组DNA实验并成功地实现了细菌间性状的转移。 大肠杆菌抗四环素质粒pSC101+抗新霉素质粒R →重组DNA分子----→大肠杆菌(筛选出了抗四环素和抗新霉素的重组菌落 基因工程从此诞生了。
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●基因工程的内容 带有目的基因的DNA片断的获取; 在体外将目的基因片断连接到载体分子上,形成重组分子; 重组分子导入受体细胞;
重组体的筛选; 外源基因表达产物的分离与提纯;
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PCR技术在环境工程中的应用
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