Mechanism of RNAi (shRNA/miRNA）)

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1 Mechanism of RNAi (shRNA/miRNA）)
FulenGen

2 Comparison of shRNA and miRNA properties
Architecture short hairpin Single-strand Original Exogenous Endogenous No. of intended target Many Degree of gene silence High Low Complementary to mRNA target Perfect Imperfect Effect on mRNA Endonucleolytic cleavage Repressed translation FulenGen

3 shRNA 表达克隆的载体 针对不同的细胞，选择相应的载体 FulenGen

4 经过验证的人类激酶组shRNA表达克隆 350个人类激酶基因的确证shRNA表达克隆 表达抑制效应都经过验证，达70％以上 低的脱靶效应。
FulenGen

5 ——用于在mRNA水平验证shRNA的干扰效率
荧光定量PCR验证引物库 ——用于在mRNA水平验证shRNA的干扰效率 FulenGen

6 MicroRNAs 由RNA Polymerase II转录
Exonic Non-coding Intronic Non-coding and coding Lee, et al., EMBO J. 23: FulenGen

7 mature and primary microRNA 的结构
5‘ 3’ Mature Drosha Cleavage site Pri-miRNA /~-OH FulenGen

8 miRNA克隆表达载体 现有808个Precursor miRNA 装在这个表达载体上 FulenGen

9 miRNA与肿瘤 microRNA 肿瘤发生 miR-9 神经母细胞瘤 miR-10b 乳腺癌 miR-15、miR-15a
肿瘤发生   miR-9   神经母细胞瘤 miR-10b 乳腺癌 miR-15、miR-15a 白血病、垂体腺瘤   miR-16、miR-16-1  miR-17-5p、miR-17-92 肺癌、淋巴瘤 miR-20a miR-21 乳腺癌、胆管腺癌、 头颈癌、白血病、宫颈 癌 miR-29、miR-29b 白血病，胆管腺癌 miR-31 结肠直肠癌 miR-34a 胰腺癌  miR-96 miR-98 头颈癌  miR-103 胰腺癌 miR-107  白血病、胰腺癌  miR-125a、miR-125b 神经母细胞瘤、乳腺癌 miR-128 胶质母细胞瘤 miR-133b miR-135b

10 FulenGen miR-143 结肠癌、宫颈癌 miR-145 乳腺癌、结肠直肠癌 miR-146 甲状腺癌 miR-155
乳腺癌、白血病、胰腺癌 miR-181、miR-181a、miR-181b、miR-181c 肺癌、白血病、胶质母细胞瘤、甲状腺癌   miR-183 直肠结肠癌 miR-184  神经母细胞瘤 miR-196a-2  胰腺癌 miR-221 胶质母细胞瘤、甲状腺癌、胰腺癌  miR-222 miR-223  白血病 miR-301 miR-376  let-7、let-7a、 let-7a-1、hsa- let-7a-2、let-7a-3 肺癌、结肠癌 FulenGen

11 利用PAP（Poly A Polymerase） 加尾法
Mature miRNA的检测 利用PAP（Poly A Polymerase） 加尾法 通用性高；适用于同一样本检测多种miRNA 经济、方便 FulenGen

12 miRNA Primer Array 个性化Primer Array提供的六种排布形式，如上所示（不同颜色代表检测样品，同色中的各孔代表检测的各个基因）：A.每96-well-Plate可进行8基因、12个样品的检测； B.每96-well-plate 可进行16基因、6样品检测； C.每96-well-Plate可进行24基因、4样品检测； D.每96-well-Plate可进行32基因、3样品检测； E. 每96-well-Plate可进行48基因、2样品检测； F.每96-well-Plate可进行96基因、单样品检测。 FulenGen

13 结果 FulenGen

14 miRNA Target的分析 研究发现，在哺乳动物中，miRNAs的基因抑制作用是通过其5’一段长为6－8nt的核苷酸与mRNAs3’端非翻译区域相结合实现的。一般这段核苷酸位于 miRNA序列5’的2~8个nt，被称为seed区。 FulenGen

15 miRNA Target Sequence (3’ UTR) Expression Clones
SV40 hLuc RLuc CMV polyA pUC ori Kan/Neo 3’ UTR pEZX-MT01 FulenGen

16 polyA hLuc RLuc CMV SV40 3’ UTR o pUC ori Kan/Neo pEZX-MT01
microRNA Translation Degradeation Or Translation inhibition hLuc No Light Light FulenGen

17 谢谢！ FulenGen