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第十二章核酸的生物合成 ◆第一节 DNA复制 的一般规律 ◆第二节 与DNA复制有关的酶和蛋白质因子 ◆第三节 原核生物DNA复制的分子机制
◆第五节 反转录(RNA指导的DNA聚合) ◆第六节 DNA的修复 ◆第七节 转录与“加工” ◆第八节 重组DNA技术
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第十二章 核酸的生物合成 第一节 DNA复制 的一般规律
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由Watson和Crick的DNA双链结构所设想的三种DNA复制模型图
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二、证明DNA复制是半保留的方式的Meselson和Stahl实验
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三、DNA复制是单向或双向进行 E.coli染色体的双向复制
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复制叉前进的方向
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四、复制是半不连续的 DNA复制的半不连续模型图 返回
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第二节 与DNA复制有关的酶和蛋白质因子 一、DNA聚合酶(DNA复制酶) E.coli DNA聚合酶性质
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1、E.coli DNA聚合酶Ⅰ 由单一多肽链构成的E.ColiDNA聚合酶Ⅰ有三个活性位点
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Arthur Kornberg won the 1959 Nobel Prize in Medicine for his discovery of the mechanism in the biological synthesis of deoxyribonucleic acid (before Watson and Crick won theirs!)
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(1)DNA聚合酶Ⅰ催化的DNA链延伸反应(5,—3,的聚合活性)
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(2)、DNAⅠ聚合酶具有校正与编辑属性(E.coli )
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(3)DNA聚合酶Ⅰ的3’-5’外切核酸酶活性从生长的DNA链3’端切除错配碱基
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(4) DNA聚合酶Ⅰ的切除与修复模式
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(5)、聚合过程需要模板(DNA) (6)、聚合过程需要引物(RNA)
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2、大肠杆菌的三种DNA聚合酶 (1)、DNA聚合酶Ⅰ (2)、 DNA聚合酶Ⅱ (3)、 DNA聚合酶Ⅲ
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3、大肠杆菌DNA聚合酶的比较 项 目 Ⅰ Ⅱ Ⅲ 结构基因 polA polB polC 亚 基 数 1 ≥4 ≥10
项 目 Ⅰ Ⅱ Ⅲ 结构基因 polA polB polC 亚 基 数 ≥4 ≥10 分 子 量 3-5外切 有 有 有 活性 5-3外切 有 无 无
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多聚化速度 (核甘酸/秒) 连续性(解离 前补加核甘酸 ≥500000 数)
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大肠杆菌DNA聚合酶Ⅲ的亚基 亚基 全酶中的亚基数 分子量 α 2 13200 ε 2 27000 θ 2 10000 τ 2 71000
亚基 全酶中的亚基数 分子量 α ε θ τ γ δ
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δ χ ψ β
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基因 亚基的功能 polC(dnaE) 多聚化活性 dnaQ(mutD) 外切酶 核心聚合酶 holE 活性(校正) dnaX 稳定模板结合 核心酶二聚化 dnaX* holA holB “钳”安置复合物 holC holD dnaN 增加复制连续性DNA的“钳”
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4、DNA连接酶的作用机理
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5.E.coli DNA复制中所涉及的蛋白质 蛋白质 亚基数目 功能 Dna A 1 识别起点序列,在起点特异性位置解开双链
蛋白质 亚基数目 功能 Dna A 识别起点序列,在起点特异性位置解开双链 Dna B 解开DNA双链 Dna C 帮助Dna B 结合于起点 HU 类组蛋白,DNA结合蛋白,促进起始 引物合成酶(Dna G) 合成RNA引物 单链结合蛋白(SSB) 结合DNA单链 RNA聚合酶 促进Dna A 的活性 DNA旋转酶(拓扑酶Ⅱ) 释放DNA解链过程中产生的扭曲张力 Dam甲基化酶 使起点GATC序列的腺嘌呤甲基化
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E.coli DNA复制中所涉及的蛋白质 返回
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原核生物DNA的复制包括: 1、起始 2、延伸 3、终止
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一、DNA复制的起始 1、复制的起点 大肠杆菌的复制起点为oriC,是由245个碱基对组成,这些序列在大多数细菌中是高度保守的,关键序列是3个13bp和4个bp的重复序列。 3个13bp串联重复序列 DnaA蛋白结合的4个9bp顺序 交感顺序 交感顺序
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2、有9个蛋白和酶参与复制的起始 DnaA蛋白 识别原点顺序在特定位点上打开DNA双链 DnaB蛋白 DNA解螺旋
DnaC蛋白 帮助DnaB蛋白 与原点结合 HU 刺激复制起始 引物酶DnaG蛋白 合成RNA引物 SSB 结合单链DNA RNA聚合酶 促进DnaA蛋白激活 DNA旋转酶 释放解螺旋时产生的张力 Dam甲基化酶 甲基化原点的5GATC序列
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A、20个各带1个ATP的DnaA蛋白 结合于 9bp顺序,使DNA围绕着复合物卷成一圈
起始复合物 B、三个富含A=T的序列13bp重复序列被变性 开放复合物 C、在DnaC蛋白 的帮助下DnaB蛋白进一步使DNA解螺旋,以备引物和DNA的合成 预引复合物 引发复制
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3、SSB 结合单链DNA SSB 结合单链DNA,防止分开的DNA单链重新缔合。防止分开的DNA单链被DNA酶水解。
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4、 DNA旋转酶释放解螺旋时产生的张力
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5、形成复制叉 在原点处通过解旋、解链和SSB蛋白的结合等过程形成复制叉。
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二、DNA新链的延伸
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1、引发—RNA 引物的合成 在引发体(引物酶、DnaG的作用下)在原点处合成一小段RNA引物(10-60个碱基),然后由DNA聚合酶Ⅲ合成DNA链。前导链合成一个引物,滞后链断续合成多个引物。
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2、DNA新链的延伸 新链延伸的速度是1000核甘酸/秒
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3、引物的消除和缺口的补充
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4、DNA片段的连接
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三、DNA复制的终止过程 1、终止区域 大肠杆菌DNA上存在多重拷贝的 Ter顺序,这种Ter顺序长20bp,包括TerA、 TerB、 TerC、 TerD、 TerF 和TerG,它们在DNA上排列以创造出一种“陷阱”,阻止复制叉的移动。防止过分复制。
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三、DNA复制的终止过程
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顺时针复制叉 逆时针复制叉 逆时针复制 叉陷阱 顺时针复制叉陷阱 11
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2、当任意一个复制叉碰到一个功能性Tes-Tur复合物时,就停止。而另一个复制叉碰到第一个被阻止的复制叉时也停止前进。这些大复合物中间的几百个核甘酸对以一种未知的机制被复制。完成两个环行染色体的拓扑学联系。分开这种连环需要拓扑异构酶Ⅳ。 返回
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第四节、真核生物DNA的复制 一、自体复制顺序(ARS、原点、复制子)真核生物(酵母)ARS约有150个bp,含有几个保守序列,在单倍体酵母细胞的17条染色体中有400个ARS因子,这表明在真核生物DNA中有多个复制的起点。真核生物DNA的复制的起始还需要一个原点识别复合物(ORC),受控制真核生物细胞周期的蛋白质的调控。
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二、存在复制叉 真核生物DNA复制过程中也出现复制叉,而复制叉的移动速度较原核生物慢,仅为原核生物的1/20,(约50nt/秒)。 三、DNA聚合酶 真核生物DNA聚合酶有: 1、 DNA聚合酶α,负责染色体DNA的复制。该酶大亚基负责聚合,小亚基负责引物的合成,由于缺乏3-5的外切活性, 可能参与滞后链RNA引物的合成。 2、 DNA聚合酶δ 负责DNA链的延伸,该酶需要增殖细胞核抗原(PCNA)来协助。其主要
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功能类似于原核生物DNA聚合酶的β亚基,形成一个环行的钳子,增加DNA聚合酶δ复制的连续性。
RFA 是真核生物的DNA单链结合蛋白 RFC 促进复制复合物的组装。
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四、也有冈崎片段 个(核甘酸) 五、需要DNA连接酶 六、端粒的复制 线形DNA的末端为端粒,是在端粒酶的作用下完成的。端粒酶是一种RNA酶。
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后随链中RNA引物的切除与gap产生及由端粒酶对DNA5’端的延长
染色体末端复制-端粒与端粒酶 后随链中RNA引物的切除与gap产生及由端粒酶对DNA5’端的延长
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PCNA(proliferating cell nuclear antigen)同源三聚体结构、
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真核DNA复制模型(示聚合酶开启与后随链岗崎片段过程)
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七、DNA复制的忠实性 在大肠杆菌DNA的复制中,每聚合10的9次方到10的10次方个碱基的才出现一个错误。 1、碱基配对原则
2、引物RNA的作用 3、DNA聚合酶的校正阅读作用 返回
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第五节 反转录(RNA指导的DNA聚合) 一、反转录(逆转录) 是以RNA为模板合成DNA的过程。 反转录酶的酶活性
2.RNase H活性 3.DNA指导的DNA聚合酶活性 4、需要引物
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二、反转录酶及其作用过程
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一、突变导致肿瘤发生 第六节 DNA的损伤和修复 1、突变 DNA核甘酸顺序的永久性改变 2、点突变 用一个碱基对替换另一个碱基对的突变。
2、点突变 用一个碱基对替换另一个碱基对的突变。 3、插入作用或缺失作用 增加或缺失一个碱基对或多个碱基对的突变。 4、沉默突变 突变影响非必需DNA或突变对一个基因功能的影响是可以忽略的。 5、回复突变 有些突变可以克服第一次突变造成的影响。
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A、极少数菌出现在无组氨酸培养基上。 B、C、D、加入含有诱变剂的滤纸。 基于诱变作用的致癌物检测
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二、DNA的损伤 一个哺乳动物基因组24小时内可以积累成千上万个DNA的损伤,但由于DNA修复的结果,一千个这种损伤只有一个没有被修复而成为突变。
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三、DNA的修复 (一)、错配修复 错配修复依赖模板链提供的信息。
因此、生物体必须有一个区分模板链和新合成链的机制,细胞往往采用甲基化的方式来为模板链加上标签。甲基化位置在GATC序列的A上。
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原核生物DNA的错配修复需要12种以上的蛋白质
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(2)、甲基指导的DNA错配修复完成
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(二)、碱基切割修复
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(三)、核甘酸 切割修复
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五、重组修复与差错修复
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第七节、转录与“加工” 1958年Crick所提出的分子生物中心法则图解
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模板链和非模板链 模板链、负链、无意义链 用作RNA合成模板的链 非模板链、正链、有意义链、编码链 互补于模板链的DNA链。
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一、 原核生物转录过程 (一)、转录 以DNA为模板合成RNA的过程 1、原核生物的转录 1)、E、coli RNA 聚合酶结构与功能
由α2ββω由核心亚基和σ因子组成 (2)、 coli RNA 聚合酶负责所有RNA的合成
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RNA 聚合酶结构与功能 a2bb’ s
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2)、启动子 E.coli 起动子的代表性序列
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3)、原核生物转录步骤 (1)、RNA聚合酶全酶结合于启动子部位 (2)、聚合作用的起始 (3)、链的延伸 (4)、链的终止
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(1)、起始: 闭合启动子复合物的形成 开放启动子复合物的形成
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(2)、原核生物转录中链延伸期过程
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(3)、终止 依赖ρ因子的终止 不依赖ρ因子的终止
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E.coli trp 操纵子终止位不依赖ρ因子的终止
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2、转录终止的ρ因子作用机理
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(2) 真核生物转录过程 1)、真核生物RNA聚合酶
(1)、 RNA聚合酶Ⅰ负责 rRNA(5.8S、18S、28S) 的转录 (2)、 RNA聚合酶Ⅱ负责mRNA的转录 (3)、 RNA聚合酶Ⅲ负责tRNA和5SRNA的转录
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2)、真核启动子 部分的真核基因TATA盒
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3、真核转录起始 人类细胞基本转录起始因子表
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真核生物RNA聚合酶Ⅱ在启动子上的转录
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3)转录的选择性抑制 (1)、放线菌素D 抑制原核和真核生物的转录 (2)、利福霉素 抑制原核生物的转录
(2)、利福霉素 抑制原核生物的转录 (3)、 α-鹅膏蕈碱 抑制真核生物的转录
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二、加工 (一)、mRNA的加工 1、真核生物mRNA的加工 1)、添加帽子结构 2)、添加尾巴结构 3)、除去内含子
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mRNA前体的后加工过程 真核mRNA的加帽与甲基化 前mRNA的加帽
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真核mRNA 3’ 端多聚化 转录时3’端多聚腺苷酸的添加
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真核前mRNA5‘端不同特定位点的甲基化
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剪辑过程:套索结构形成 mRNA前体的剪辑过程
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小核糖核蛋白体参加剪辑过程 哺乳类mRNA二级结构U1snRNA组成
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剪辑需要大量反平行RNA碱基对的重新组织
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小核糖核蛋白体形成剪接体 剪接体装配过程
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(二)、rRNA的加工 1、原核生物rRNA的加工 2、真核生物rRNA的加工
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(三)、tRNA的加工 1、除去先导序列和尾部序列 2、添加CCA结构 3、碱基修饰(甲基化、脱氨和还原等)
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(四)、RNA的编辑 1、编辑 2、编辑体 3、编辑的机制 4、编辑的意义 返回
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