文献综述题目.

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1 文献综述题目

2 第一章 分子生物学和生物化学 1、大量教科书中对分子生物学都有很好很全面的描述，要了解和认识基因，见：
P.Portin,1993,The concept of the gene: Short history and present status,Q.Rev.Biol.68: 人们是如何了解和认识基因的？ 题目：人们了解和认识基因的过程；

3 第一章 分子生物学和生物化学 2、Watson和Crick因发现DNA的结构而获得诺贝尔奖。 他们的经典单页论文见：
J.D.Waston and F.H.C.Crick,1953,Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid,Nature 171: Waston和Crick是如何发现DNA结构的？DNA结构是什么样的？ 题目： DNA结构；

4 第二章 数据库搜索与两两比对 3、PAM矩阵是由M.Dayhoff、R.M.Schwatz与B.C.Orcutt首先提出的，见：
M.Dayhoff,R.M.Schwartz and B.C.Orcutt,1978,A model of evolutionary change in proteins, in Atlas of Protein Sequence and Structure, Vol.5, pp: , National Biomedical Research Foundation, Silver Spring, MD. 什么是PAM矩阵？PAM矩阵有什么应用？ 题目： PAM矩阵及其在生物信息学中的应用；

5 第二章 数据库搜索与两两比对 4、使用BLOSUM矩阵是为比对打分的另一种方法，见：
S.Henikoff and J.G.Henikoff,1992, Amino acid substitution matrices from protein blocks, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 89: 什么是BLOSUM矩阵？BLOSUM矩阵有什么应用？ 题目： BLOSUM 矩阵及其在生物信息学中的应用；

6 第二章 数据库搜索与两两比对 5、Needleman与Wunsch提出了进行全局序列比对的具体算法，见：
S.B.Needleman and C.D.Wunsch, 1970, A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequences of two proteins, J. Mol. Biol. 48: 什么是全局比对算法？全局比对算法有什么应用？ 题目：全局比对算法及其在生物信息学中的应用；

7 第二章 数据库搜索与两两比对 6、Smith与Waterman提出了局部比对算法，见：
F.F.Smith and M.S.Waterman, 1981, Identification of common molecular subsequences, J. Mol. Biol. 147: 什么是局部比对算法？局部比对算法有什么应用？ 题目：局部比对算法及其在生物信息学中的应用；

8 第二章 数据库搜索与两两比对 7、著名的BLAST引擎是用来进行序列数据库搜索的，见：
S.F.Altschul, W.Gish, W.Miller, E.W.Myers, and D.J.Lipman, 1990, A basic local alignment search tool, J.Mol.Biol. 215: 什么是BLAST引擎？BLAST引擎有什么应用？ 题目： BLAST引擎及其在生物信息学中的应用；

9 第二章 数据库搜索与两两比对 8、FAST是另一种进行序列搜索与比对的方法，见：
D. J. Lipman and W. R. Pearson, 1985, Rapid and sensitive protein similarity search, Science 227: 什么是FAST？FAST有什么应用？ 题目： FAST算法及其在生物信息学中的应用；

10 第四章 基于距离的系统发生分析 9、将分子数据用于系统发生研究的简单综述，见：
T. A. Brown and K. A. Brown, 1994, Using molecular biology to explore the past, BioEssays 16: 综述如何将分子数据应用于系统发生研究。 题目：分子数据应用于系统发生的研究；

11 第四章 基于距离的系统发生分析 10、最早使用UPGMA（最简单的系统发生树重建方法）重建系统发生树的内容，见：
R. R. Sokal and C. D. Michener, 1958, A statistical method for evaluating systematic relationships, Univ. Kansas Sci. Bull. 28: 什么是UPGMA方法？综述UPGMA方法在重建系统发生树方面的应用。 题目： UPGMA方法及其在重建系统发生树方面的应用；

12 第四章 基于距离的系统发生分析 11、具体描述邻近归并算法，并将此算法和近邻关系法进行比较的内容，见：
N. Saitou and M. Nei, 1987, The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees, Mol. Biol. Evol. 4: 什么是邻近归并算法？什么是近邻关系法？二者有什么区别和联系？在重建系统发生树中有什么应用？ 题目：邻近归并算法和近邻关系法的比较研究，及其在重建系 统发生树中的应用；

13 第五章 基于特征的系统发生分析 12、最早且是最大的模拟研究之一，用来检验基于特征的和基于距离的系统发生树重建方法，见：
J. Sourdis and M. Nei, 1988, Relative efficiencies of the maximum parsimony and distance-matrix methods in obtaining the correct phylogenetic tree. Mol. Biol. Evol. 5: 如何检验基于特征的和基于距离的系统发生树重建方法。 题目：如何检验基于特征的和基于距离的系统发生树重建方法；

14 第五章 基于特征的系统发生分析 13、虽然人类起源于非洲的理论被普遍接受，但是人类学家对夏娃线粒体存在的可能性有争议。这两个猜想是相关的，对两者的讨论，见： E.Waston, P. Forster, M. Richards, and H. J. Bandelt, 1977, Mitochondrial footprints of human expansions in Africa. Am. J. Hum. Genet. 61: 综述“人类起源于非洲理论”。谈谈你对“线粒体夏娃”和“染色体亚当”的理解。 题目： “人类起源于非洲理论”的概述；

15 第六章 基因组学和基因识别 14、解码原核基因和基因组的进化史需要分析它们的GC含量，见：
J. G. Lawrence and H. Ochman, 1998, Molecular archaeology of the Escherichia Coli genome, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 95:9413. 什么是GC含量？综述GC含量在基因研究方面的应用。 题目： GC含量及其在基因研究方面的应用；

16 第六章 基因组学和基因识别 15、关于独立生存的生物体所必需的基因的最小数目有很多种猜测，见：
A. R. Mushegian and E. V. Koonin, 1996, A minimal gene set for cellular life derived by comparison of complete bacterial genomes, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 93: 10,268-10,273. 综述独立生存的生物体所必需的基因的最小数目。 题目：独立生存的生物体所必需的基因的最小数目的研究；

17 第六章 基因组学和基因识别 16、真核细胞中由RNA聚合酶Ⅱ介导的转录起始过程的详细描述，见：
R. G. Roeder, 1996, The role of initiation factors in transcription by RNA polymerase Ⅱ. Trends Biochem. Sci. 21: It is also reviewed in A. Ishihama, 2000, Functional modulation of E. Coli RNA polymerase, Annu. Rev. Microbiol. 54: 综述RNA聚合酶Ⅱ介导的转录起始过程。 题目：RNA聚合酶Ⅱ介导的转录起始过程的综述；

18 第六章 基因组学和基因识别 17、关于等值区和相关的许多重要特性的综述，见：
G. Bernardi, 1995, The human genome: Organization and evolutionary history. Ann. Rev. Genet. 29, 什么是等值区？等值区有哪些特性？ 题目：等值区及其特性研究；

19 第七章 蛋白质和RNA结构预测 18、目前有许多方法可以实现蛋白质二级结构的预测，包括PhD、Jpred、GOR等。下面两篇文献详细介绍了用于蛋白质二级结构预测的Chou-Fasman方法： P. Prevelige, Jr. and G. D. Fasman, 1989, Prediction of secondary structure; G. Fasman (ed), Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation, pp.1-91, Plemum Press, New York. 综述预测蛋白质二级结构的Chou-Fasman算法。 题目：蛋白质二级结构预测的Chou-Fasman算法及其应用；

20 第七章 蛋白质和RNA结构预测 19、预测蛋白质二级结构的GOR方法在下面的文献中有详细描述，见：
J. Garnier, D. J. Osguthorpe, and B. Robson, 1978, J. Mol. Biol. 120: ; J. Garnier and B. Robson, 1989, The GOR method for predicting secondary structures in proteins; G. Fasman (ed.), Prediction of Protein Structure and the principles of Protein Conformation, pp , Plenum Press, New York. 综述预测蛋白质二级结构的GOR方法。 题目：蛋白质二级结构预测的GOR方法及其应用；

21 第七章 蛋白质和RNA结构预测 20、著名的Levinthal悖论在下文中首先提出，见：
C.Levinthal, 1968, Are these pathways for protein folding?, J. Chem. Phys. 65: 什么是C值悖论？综述C值悖论的由来及其应用。 题目： C值悖论的由来及其应用；

22 第七章 蛋白质和RNA结构预测 21、John Moult对蛋白折叠中两种基本的能量函数公式进行了详细比较，见：
J. Moult, 1997, Comparison of database potentials and molecular mechanics force fields, Curr. Opin. Structure Biol. 7: 综述几种蛋白质折叠中的能量函数公式，并比较它们的异同点。 题目：蛋白质折叠中的能量函数计算公式的比较；

23 要求： 1、 不少于2000字； 2、 参考文献不少于10篇，其中英文文献不少于5篇；所有的参考文献都需在文章中被引用； 参考文献的格式是：
[] 作者，文章标题，杂志名，年，卷，页码范围。 [] 作者，书名，年，出版社。 3、 12月底之前 (27日至31日) 交打印版。

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