Analytic Platform for Aquatic Genome

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1 Analytic Platform for Aquatic Genome
水生生物基因體分析平台 Analytic Platform for Aquatic Genome 林 仲彥 副研究員 Chung-Yen Lin Associate Research Fellow 開發完成之資料庫/Completed Databases 對蝦基因體資料庫/Penaeus Genome Database, 白蝦基因體資料庫/White Shrimp Transcriptomics database, 脊索動物--文昌魚基因體資料庫Amphioxus Genome Database (AGenDa), Coming soon 建置中資料庫/Databases Under Implementation 半索動物轉錄體資料庫 Transcriptomics of Hemicordata 日本鰻基因體資料庫Japanese Eel Transcrtiptomics Database (JET) 環境變遷下，珊瑚與其共生藻互相調控機制之探討 Symbiosis between Coral and Algae under climate change 探討寡毛蠕蟲再生機制 Regeneration in Worm (Aeolosoma hemprichi) Search sequences by keywords or BLAST 近年來高通量序列分析(NGS)的技術發展快速，應用方面，不論基因體序列重組或是轉錄體定序(RNA-Seq)，都讓相關領域的研究呈倍數加速。然而快速而大量的序列資料仍須倚靠可信而有用的註解系統，才能將寶貴的序列資料整合，進而提供隱藏在其中的生物訊息。本實驗室分別針對台灣重要的養殖蝦種、高經濟魚種的鰻魚及胚胎發生學上的指標生物文昌魚(Branchiostoma floridae)等，收集從NCBI及與相關合作實驗室所定序基因序列，以重組的長片段為基礎，以序列比對的策略，結合不同的功能性資料庫產生序列的相關註解，並建構序列資料庫，提供整合性資料及多樣化的搜尋系統，不僅提供相關物種的基因體背景資料，也可加速產生序列後的功能分析。 The emergence of next generation sequencing technology has generated data deluge for various genome(big data). Here we collaborated with aquatic biologists to decipher the hidden secrets in Penaeus, Japanese eel and Amphioxus genome etc., with functional annotations. Meanwhile, the framework for both organisms can be applied to other species and perform the comparative studies with related ones. 高通量資料分析架構 Framework for High Throughput Data 功能性解析/ Functional Inference Primary Analysis Base calling/ Sequence trimming Secondary Analysis Assembly or Ref mapping Tertiary Analysis Calculate Mapping data/ expression profile Functional inference 進階分析 序列功能性解析 基因表現比對 初步分析 進行序列重組或是比對參考基因體序列 數據前處理 定序品質校正 以多重資料庫對序列進行註解/ Contigs annotated by NR, GO, Interpro and KEGG 全文檢索與序列比對/ Full Text search and BLAST Interpro/ pFAM 合作機構 Collaboration: