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第二天 计算机基础技能培训 （一）linux基础知识
生物信息数据分析技能培训 第二天 计算机基础技能培训 （一）linux基础知识 主讲人：张钊
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资源下载 地址：http://10.71.115.70/download/day2 工具： 教程 《鸟哥的linux私房菜》 课件
putty.exe WinSCP2.exe 教程 《鸟哥的linux私房菜》 linux.rar 课件 training_linux.ppt
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如何安装常用的生物信息学工具 1 下载 2 解压 3 安装 4 配置 认识linux 目录结构 文件权限 搜索路径
下载什么 如何下载 命令学习 2 解压 打包与压缩 压缩包格式 如何解压 3 安装 安装包格式 安装方式 4 配置 设置路径 设置别名 设置权限 安装tophat （RNA-seq中测序数据read比对工具） 安装samtools （比对结果解析工具）
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操作系统分类
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Linux Shell sh bash ksh zsh csh tcsh 其它
想象成一个 壳层，这个壳层的里面是操作系统内核软件，壳层的外面是一些用户指令
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Linux的目录结构 /bin bin是binary的缩写。这个目录是对UNIX系统习惯的沿袭，存放着使用者最经常使用的命令。例如：cp,ls,cat等。 /boot 这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件。 /dev dev是device(设备)的缩写。这个目录下是所有Linux的外部设备，其功能类似DOS下的.sys和Windows下的.vxd。在Linux中设备和文件是用同种方法访问的。例如:/dev/hda代表第一个物理IDE硬盘 /etc 这个目录用来存放所有系统管理所需要的配置文件和子目录。
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/home 用户的主目录，比如说有个用户叫wang，那他的主目录就是/home/wang
/lib 这个目录里存放着系统最基本的动态链接共享库，其作用类似于Windows里的.dll文件。几乎所有的应用程序都需要用到这些共享库。 /mnt 这个目录是空的，系统提供这个目录是让用户临时挂载别的文件系统。 /proc 这个目录是一个虚拟的目录，它是系统内存的映射，我们可以通过直接访问这个目录来获取系统信息。 /root 系统管理员，超级权限者的用户主目录。 /sbin s就是Super User的意思，也就是说这里存放的是一些系统管理员使用的系统管理程序。 /tmp用来存放一些临时文件的地方。 /usr 这是个最庞大的目录，我们要用到的很多应用程序和文件几乎都存放在这个目录下。 /var 这个目录中存放着经常变动的文件，为了保持/usr的相对稳定，那些经常被修改的目录可以放在这个目录下。系统的日志文件就在/var/log目录中。
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文件名与文件类型 文件名是一个文件的标识。Linux系统中的文件名的命名规则与Windows系统基本相同。它同样是由字母、数字、下划线、圆点等组成，最长不能超过255个字符。在Linux系统中，没有像Windows系统那样明显的扩展名，但它对字母大小写是严格区分的。 Linux有四种基本文件系统类型： (1) 普通文件：如文本文件、C语言源代码、Shell脚本、二进制的可执行文件等。 (2) 目录文件：包括文件名、子目录名及其指针。它是Linux储存文件名的惟一地方。 (3) 链接文件：它是一个文件的第二个名字，这是针对多用户共享同一文件而产生的文件。 (4) 特殊文件：Linux的一些设备如磁盘、终端、打印机等都在文件系统中表示出来，这一类文件就是特殊文件，常放在/dev目录内。
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文件和目录权限 rwx r-x r-- rwxr-xr-- 权限组成 共9位，每3位为一组 共3组
各组依次代表文件所有者、同组用户和其他用户对该文件的权限。 每组的3位依次代表读、写、执行权限。 每一组都是rwx三个符号与“-”符号的组合 r:读权限 w:写权限 x:执行权限 －:禁止 rwx r-x r-- rwxr-xr-- 1组：文件所有者 2组：同组用户 3组：其他用户 usermod -G news student 把student的附属组改成news,主组不变！ usermod -a -G news student 在student的原有组的基础上添加组news
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权限组成 八进制表示： r：4 w：2 x：1 -：0 rwx 7 4+2+1 读、写、执行 rw- 6 4+2+0 读、写 r-x 5
4+1 读、执行 r-- 4 4+0+0 只读 -wx 3 2+1 写、执行 -w- 2 0+2+0 只写 --- 0+0+0 禁止读、写、执行 usermod -G news student 把student的附属组改成news,主组不变！ usermod -a -G news student 在student的原有组的基础上添加组news
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认识你的机器 查看系统的版本和处理器架构 uname -a 查看内存大小 free -m 查看硬盘空间 df –h
查看cpu信息 less /proc/cpuinfo
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1 下载 基本命令 下载什么？ 关于linux软件安装包的形式 i386、i686、x86_32、x86_64、source code
基本命令 mkdir、cd、pwd 练习：建立两个目录download和bin 如何下载？ wget -c
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2 解压 打包：是将多个文件，或目录变成一个总的文件，文件不会变小，说不定还会变大，增加一些附加的信息来注明文件的信息比如位置什么的
压缩：将一个大的文件通过某个压缩算法变成小文件。注意压缩只是对一个文件进行操作，当要对多个文件进行压缩时就要借助于打包了，先打包再压缩。 针对****.tar.gz tar -zxvf ****.tar.gz 针对****.tar.bz2 tar -jxvf ****.tar.bz2 针对****.zip unzip ****.zip 其他命令 ls、alias、ll
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3 安装 针对源码安装 针对二进制 绝对路径与相对路径 ./configure --prefix=/home/test/bin make
make install 针对二进制 cp、mv 绝对路径与相对路径
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4 配置 赋予可执行 chmod 将命令输出到环境变量 export 删除临时文件夹 rm、rmdir
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后台执行 nohup …………. & jobs fg、bg screen screen -S test 建立新的session
(C+a) c 开启新的window (C+a) (C+a) 切换当前session下的window (C+a) d 将当前session放到后台执行 screen -ls 显示所有的sessions screen -r test 恢复session
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编译安装samtools mkdir download mkdir bin cd download
wget /download/day2/samtools.tar.bz2 tar –jxvf samtools.tar.bz2 cd samtools ls make cp samtools ../../bin/
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1. mkdir命令 功能：创建一个目录(类似MSDOS下的md命令)。 语法：mkdir [选项] dirname 说明：该命令创建由dirname命名的目录。要求创建目录的用户在当前目录中(dirname的父目录中)具有写权限，并且dirname不能是当前目录中已有的目录或文件名称。 2. rmdir 命令 功能：删除空目录。 语法：rmdir [选项] dirname 说明：dirname表示目录名。该命令从一个目录中删除一个或多个子目录项。需要特别注意的是，一个目录被删除之前必须是空的。删除某目录时也必须具有对父目录的写权限。 3. ls命令 ls是英文单词list的简写，其功能为列出目录的内容。这是用户最常用的一个命令，因为用户需要不时地查看某个目录的内容。该命令类似于DOS下的dir命令。 语法：ls [选项] [目录或是文件] 对于每个目录，该命令将列出其中的所有子目录与文件。对于每个文件，ls将输出其文件名以及所要求的其他信息。默认情况下，输出条目按字母顺序排序。当未给出目录名或是文件名时，就显示当前目录的信息。
![1. mkdir命令 功能：创建一个目录(类似MSDOS下的md命令)。 语法：mkdir [选项] dirname. 说明：该命令创建由dirname命名的目录。要求创建目录的用户在当前目录中(dirname的父目录中)具有写权限，并且dirname不能是当前目录中已有的目录或文件名称。](http://slidesplayer.com/slide/14848964/90/images/18/1.+mkdir%E5%91%BD%E4%BB%A4+%E5%8A%9F%E8%83%BD%EF%BC%9A%E5%88%9B%E5%BB%BA%E4%B8%80%E4%B8%AA%E7%9B%AE%E5%BD%95%28%E7%B1%BB%E4%BC%BCMSDOS%E4%B8%8B%E7%9A%84md%E5%91%BD%E4%BB%A4%29%E3%80%82+%E8%AF%AD%E6%B3%95%EF%BC%9Amkdir+%5B%E9%80%89%E9%A1%B9%5D+dirname.+%E8%AF%B4%E6%98%8E%EF%BC%9A%E8%AF%A5%E5%91%BD%E4%BB%A4%E5%88%9B%E5%BB%BA%E7%94%B1dirname%E5%91%BD%E5%90%8D%E7%9A%84%E7%9B%AE%E5%BD%95%E3%80%82%E8%A6%81%E6%B1%82%E5%88%9B%E5%BB%BA%E7%9B%AE%E5%BD%95%E7%9A%84%E7%94%A8%E6%88%B7%E5%9C%A8%E5%BD%93%E5%89%8D%E7%9B%AE%E5%BD%95%E4%B8%AD%28dirname%E7%9A%84%E7%88%B6%E7%9B%AE%E5%BD%95%E4%B8%AD%29%E5%85%B7%E6%9C%89%E5%86%99%E6%9D%83%E9%99%90%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E4%B8%94dirname%E4%B8%8D%E8%83%BD%E6%98%AF%E5%BD%93%E5%89%8D%E7%9B%AE%E5%BD%95%E4%B8%AD%E5%B7%B2%E6%9C%89%E7%9A%84%E7%9B%AE%E5%BD%95%E6%88%96%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%90%8D%E7%A7%B0%E3%80%82.jpg "2. rmdir 命令. 功能：删除空目录。 语法：rmdir [选项] dirname. 说明：dirname表示目录名。该命令从一个目录中删除一个或多个子目录项。需要特别注意的是，一个目录被删除之前必须是空的。删除某目录时也必须具有对父目录的写权限。 3. ls命令. ls是英文单词list的简写，其功能为列出目录的内容。这是用户最常用的一个命令，因为用户需要不时地查看某个目录的内容。该命令类似于DOS下的dir命令。 语法：ls [选项] [目录或是文件] 对于每个目录，该命令将列出其中的所有子目录与文件。对于每个文件，ls将输出其文件名以及所要求的其他信息。默认情况下，输出条目按字母顺序排序。当未给出目录名或是文件名时，就显示当前目录的信息。")
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4. cd 命令 功能：改变工作目录。 语法：cd [directory] 说明：该命令将当前目录改变至directory所指定的目录。若没有指定directory， 则回到用户的主目录。为了改变到指定目录，用户必须拥有对指定目录的执行和读权限。 5. pwd 命令 在Linux层次目录结构中，用户可以在被授权的任意目录下利用mkdir命令创建新目录，也可以利用cd命令从一个目录转换到另一个目录。然而，没有提示符来告知用户目前处于哪一个目录中。要想知道当前所处的目录，可以使用pwd命令，该命令显示整个路径名。 语法：pwd 说明：此命令显示出当前工作目录的绝对路径。 6. cp命令 该命令的功能是将给出的文件或目录拷贝到另一文件或目录中，同MSDOS下的copy命令一样，功能十分强大。 语法：cp [选项] 源文件或目录 目标文件或目录 说明：该命令把指定的源文件复制到目标文件或把多个源文件复制到目标目录中。
![4. cd 命令 功能：改变工作目录。 语法：cd [directory] 说明：该命令将当前目录改变至directory所指定的目录。若没有指定directory， 则回到用户的主目录。为了改变到指定目录，用户必须拥有对指定目录的执行和读权限。](http://slidesplayer.com/slide/14848964/90/images/19/4.+cd+%E5%91%BD%E4%BB%A4+%E5%8A%9F%E8%83%BD%EF%BC%9A%E6%94%B9%E5%8F%98%E5%B7%A5%E4%BD%9C%E7%9B%AE%E5%BD%95%E3%80%82+%E8%AF%AD%E6%B3%95%EF%BC%9Acd+%5Bdirectory%5D+%E8%AF%B4%E6%98%8E%EF%BC%9A%E8%AF%A5%E5%91%BD%E4%BB%A4%E5%B0%86%E5%BD%93%E5%89%8D%E7%9B%AE%E5%BD%95%E6%94%B9%E5%8F%98%E8%87%B3directory%E6%89%80%E6%8C%87%E5%AE%9A%E7%9A%84%E7%9B%AE%E5%BD%95%E3%80%82%E8%8B%A5%E6%B2%A1%E6%9C%89%E6%8C%87%E5%AE%9Adirectory%EF%BC%8C+%E5%88%99%E5%9B%9E%E5%88%B0%E7%94%A8%E6%88%B7%E7%9A%84%E4%B8%BB%E7%9B%AE%E5%BD%95%E3%80%82%E4%B8%BA%E4%BA%86%E6%94%B9%E5%8F%98%E5%88%B0%E6%8C%87%E5%AE%9A%E7%9B%AE%E5%BD%95%EF%BC%8C%E7%94%A8%E6%88%B7%E5%BF%85%E9%A1%BB%E6%8B%A5%E6%9C%89%E5%AF%B9%E6%8C%87%E5%AE%9A%E7%9B%AE%E5%BD%95%E7%9A%84%E6%89%A7%E8%A1%8C%E5%92%8C%E8%AF%BB%E6%9D%83%E9%99%90%E3%80%82.jpg "5. pwd 命令. 在Linux层次目录结构中，用户可以在被授权的任意目录下利用mkdir命令创建新目录，也可以利用cd命令从一个目录转换到另一个目录。然而，没有提示符来告知用户目前处于哪一个目录中。要想知道当前所处的目录，可以使用pwd命令，该命令显示整个路径名。 语法：pwd. 说明：此命令显示出当前工作目录的绝对路径。 6. cp命令. 该命令的功能是将给出的文件或目录拷贝到另一文件或目录中，同MSDOS下的copy命令一样，功能十分强大。 语法：cp [选项] 源文件或目录 目标文件或目录. 说明：该命令把指定的源文件复制到目标文件或把多个源文件复制到目标目录中。")
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7. mv命令 为文件或目录改名或将文件由一个目录移入另一个目录中。 语法：mv [选项] 源文件或目录 目标文件或目录。 说明：根据mv命令中第二个参数类型的不同(是目标文件还是目标目录)，mv命令将文件重命名或将其移至一个新的目录中。当第二个参数类型是文件时，mv命令完成文件重命名，此时，源文件只能有一个(也可以是源目录名)，它将所给的源文件或目录重命名为给定的目标文件名。当第二个参数是已存在的目录名称时，源文件或目录参数可以有多个，mv命令将各参数指定的源文件均移至目标目录中。在跨文件系统移动文件时，mv先拷贝，再将原有文件删除，而链至该文件的链接也将丢失。 $mv file1 file2 8. rm命令 用户可以用rm命令删除不需要的文件。该命令的功能为删除一个目录中的一个或多个文件或目录，它也可以将某个目录及其下面所有文件及子目录均删除。对于链接文件，只是断开了链接，原文件保持不变。 语法：rm [选项] 文件 使用rm命令要小心。因为一旦文件被删除，它是不能被恢复的。为了防止这种情况的发生，可以使用i选项来逐个确认要删除的文件。如果用户输入y，文件将被删除。如果输入任何其他东西，文件则不会删除。 $rm file1.txt $rm –rf xh
![7. mv命令 为文件或目录改名或将文件由一个目录移入另一个目录中。 语法：mv [选项] 源文件或目录 目标文件或目录。](http://slidesplayer.com/slide/14848964/90/images/20/7.+mv%E5%91%BD%E4%BB%A4+%E4%B8%BA%E6%96%87%E4%BB%B6%E6%88%96%E7%9B%AE%E5%BD%95%E6%94%B9%E5%90%8D%E6%88%96%E5%B0%86%E6%96%87%E4%BB%B6%E7%94%B1%E4%B8%80%E4%B8%AA%E7%9B%AE%E5%BD%95%E7%A7%BB%E5%85%A5%E5%8F%A6%E4%B8%80%E4%B8%AA%E7%9B%AE%E5%BD%95%E4%B8%AD%E3%80%82+%E8%AF%AD%E6%B3%95%EF%BC%9Amv+%5B%E9%80%89%E9%A1%B9%5D+%E6%BA%90%E6%96%87%E4%BB%B6%E6%88%96%E7%9B%AE%E5%BD%95+%E7%9B%AE%E6%A0%87%E6%96%87%E4%BB%B6%E6%88%96%E7%9B%AE%E5%BD%95%E3%80%82.jpg "说明：根据mv命令中第二个参数类型的不同(是目标文件还是目标目录)，mv命令将文件重命名或将其移至一个新的目录中。当第二个参数类型是文件时，mv命令完成文件重命名，此时，源文件只能有一个(也可以是源目录名)，它将所给的源文件或目录重命名为给定的目标文件名。当第二个参数是已存在的目录名称时，源文件或目录参数可以有多个，mv命令将各参数指定的源文件均移至目标目录中。在跨文件系统移动文件时，mv先拷贝，再将原有文件删除，而链至该文件的链接也将丢失。 $mv file1 file2. 8. rm命令. 用户可以用rm命令删除不需要的文件。该命令的功能为删除一个目录中的一个或多个文件或目录，它也可以将某个目录及其下面所有文件及子目录均删除。对于链接文件，只是断开了链接，原文件保持不变。 语法：rm [选项] 文件. 使用rm命令要小心。因为一旦文件被删除，它是不能被恢复的。为了防止这种情况的发生，可以使用i选项来逐个确认要删除的文件。如果用户输入y，文件将被删除。如果输入任何其他东西，文件则不会删除。 $rm file1.txt. $rm –rf xh.")
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9. cat命令 功能：用来显示文本文件内容。 语法：cat [选项] 文件名 10. more/less命令 功能：分屏显示文本文件的内容 语法：more [选项] 文件名 11. echo命令 echo命令的功能是在显示器上显示一段文字，一般起到一个提示的作用。 语法：echo [-n] 字符串 12. chmod 命令 功能：用于改变文件或目录的访问权限。该命令有两种用法：一种是包含字母和操作符表达式的文字设定法，另一种是包含数字的数字设定法。 (1) 文字设定法 语法：chmod [who] [opt] [mode] 文件或目录名 $chmod o+w file5 (2) 数字设定法 语法：chmod [mode] 文件或目录名 $chmod 751 file6
![9. cat命令 功能：用来显示文本文件内容。 语法：cat [选项] 文件名. 10. more/less命令. 功能：分屏显示文本文件的内容. 语法：more [选项] 文件名. 11. echo命令.](http://slidesplayer.com/slide/14848964/90/images/21/9.+cat%E5%91%BD%E4%BB%A4+%E5%8A%9F%E8%83%BD%EF%BC%9A%E7%94%A8%E6%9D%A5%E6%98%BE%E7%A4%BA%E6%96%87%E6%9C%AC%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%86%85%E5%AE%B9%E3%80%82+%E8%AF%AD%E6%B3%95%EF%BC%9Acat+%5B%E9%80%89%E9%A1%B9%5D+%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%90%8D.+10.+more%2Fless%E5%91%BD%E4%BB%A4.+%E5%8A%9F%E8%83%BD%EF%BC%9A%E5%88%86%E5%B1%8F%E6%98%BE%E7%A4%BA%E6%96%87%E6%9C%AC%E6%96%87%E4%BB%B6%E7%9A%84%E5%86%85%E5%AE%B9.+%E8%AF%AD%E6%B3%95%EF%BC%9Amore+%5B%E9%80%89%E9%A1%B9%5D+%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%90%8D.+11.+echo%E5%91%BD%E4%BB%A4..jpg "echo命令的功能是在显示器上显示一段文字，一般起到一个提示的作用。 语法：echo [-n] 字符串. 12. chmod 命令. 功能：用于改变文件或目录的访问权限。该命令有两种用法：一种是包含字母和操作符表达式的文字设定法，另一种是包含数字的数字设定法。 (1) 文字设定法. 语法：chmod [who] [opt] [mode] 文件或目录名. $chmod o+w file5. (2) 数字设定法. 语法：chmod [mode] 文件或目录名. $chmod 751 file6.")
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