使用Reaxys精準搜尋關鍵數據， 節省查找時間

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1 使用Reaxys精準搜尋關鍵數據， 節省查找時間
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2 目次 Reaxys介紹 Reaxys查詢頁面介紹 Quick Search：反應查詢 Synthesis Planner
查詢結果的輸出、儲存及通知 Query Builder Query Builder查詢範例 多條件查詢（天然物、抗菌活性、分子式） 排除雜訊 多條件查詢（用途） Page number

3 Reaxys介紹

4 藥物開發常見問題 Reaxys Basic Reaxys Medicine Chemistry 製程和分析方法開發 DMPK的研究
DMPK，P450，caco-2，藥理/毒理研究方法 製程和分析方法開發 是否能利用這些片段進行全新化合物設計，SAR分析 DMPK的研究 影響活性的片段 合成方法尋找，晶型資料、相關分析方法搜尋 不同Target選擇問題 化合物生物活性數據 化合物對於不同Target的抑制作用為和 文獻報導的化合物於Target上的生物活性數據 Reaxys Medicine Chemistry Reaxys Basic

5 Uses across disciplines Chemistry fundamentals
What in Reaxys？ 化學研究不可缺少之「數據」資料庫 從化學相關論文及專利萃取有用取必要的「數據」 >105 Million 有機、無機及有機金屬物質 >500 Million 公開實驗數據(物性、光譜、生物活性等) >42 Million 化學反應(反應條件、溶劑、催化劑及產率等) >54 M 文獻記錄 >16,000 期刊，專利 涉及有機化學，材料化學，生物醫藥，地球科學，工程等多種領域 Uses across disciplines Chemistry fundamentals 5 Page number

6 What in Reaxys？ 從研究人員最常關注450種期刊、專利，萃取實用的實驗數據 有機化學 1771年～
有機化學 年～ 無機化學・有機金屬 年～ 來自超過15,000種期刊的全文資料，使用自然語言處理技術抽出資料 化合物名稱 反應分類（氧化、還原、縮合....） 人名反應、物性... 收錄專利報告相關內容 6 Page number

7 Reaxys的資料結構 從多個資料來源將化合物及反應彙整到1筆紀錄 並且保留資料來源的連結 Journal Journal Patent
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8 Reaxys 為使用者設計最簡明的搜尋入口
Quick Search 文字查詢不僅考慮關鍵字，透過自然語言處理還能同步考慮句子中的上下文 許多研究人員使用的，簡單直觀的界面與結構搜索和關鍵字搜索兼容 8

9 除了搜尋目標的結果外，也同步提出更多搜尋結果
Reaxys 為使用者顯示最相關的查詢結果 查詢範例：esterification of benzoic acid 除了搜尋目標的結果外，也同步提出更多搜尋結果 自然語言處理 1 由esterification確認，優先顯示查詢反應結果 2 其他相關的查詢結果 則依序排列 3 9

10 繪圖搜索介面 Marvin JS ChemDraw Reaxys ChemDraw JS

11 藉由組合物性、結構、關鍵字及查詢歷史等進行查詢
Reaxys 提供進階的查詢方式 Query Builder 藉由組合物性、結構、關鍵字及查詢歷史等進行查詢 條件設定完成開始查詢 4 篩選條件列表 1 只選擇所需必要 條件 配合運算子使用 3 透過拖曳增加查詢條件 2 11

12 Reaxys 透過單筆查詢紀錄提供大量數據
顯示文章相關化合物 被引用情形一覽（Scopus） 反應資訊 化合物資訊 相關反應 參考文獻一覽 購買資訊 反應條件 相關物理性質 12

13 Reaxys 提供篩選條件快速縮小查詢範圍
條列各種篩選條件 預先顯示篩選結果數量 13

14 Quick Search：反應查詢

15 反應條件設定(1/3) 検索例：Esomeprazole之衍生物合成方式查詢
點擊「Create Structure or Reaction Drawing」，移至繪圖畫面 點擊「Create structure template from name」 15

16 反應條件設定(2/3) 名稱輸入畫面： 編輯構造式： 輸入“esomeprazole”，點擊放大鏡圖案 依名稱自動產生結構 還可選擇以下條件
完全一致(is) 前方一致(starts with) 後方一致(ends with) 部分一致(contains) 可能同時有多種名稱可供選擇 編輯構造式： 依名稱自動產生結構 為了以esomeprazole的主結構進行查詢，透過 Structure editor進行編輯，將環上的取代基全 部刪除 16

17 反應條件設定(3/3) 傳送結構至查詢頁面 開始進行查詢 選擇 As Substructure
點擊「Transfer to query」進入查詢 頁面 開始進行查詢 當結構顯示在畫面上後，點擊「Find」 開始查詢 ① ② 17

18 查詢選項 ① 結構查詢選項 ① ② 其他查詢選項 ② As Drawn：完全相同 As Substructure：衍生物查詢
on all atoms：所有原子取代 on heteroatoms：雜原子取代 Similarity：相似性查詢 ② 其他查詢選項 Tautomers Stereo Additional ring closure Related Markush Salts Mixtures Isotopes Charges ① ② 18

19 Preview Results會顯示Top3的查詢結果
查詢結果顯示 Reaxys會先顯示分類結果，如以結構查詢，會同時顯示化合物結果及反應結果。 為了查詢Esomeprazole及其衍生物的合成方法，點擊Reaction之中的「View Results」按鈕 顯示化合物及反應的查詢結果 <Preview Results> Preview Results會顯示Top3的查詢結果 19

20 查詢結果畫面(1/7) Esomeprazole及其衍生物合成方法的搜索結果，可使用各種篩選條件縮小查詢範圍，並可從 搜索結果中連結全文頁面及還檢視引用情形。 項目 逐項顯示查詢結果 購買原料資訊 實驗步驟 篩選條件： 各種反應條件、書目資訊可做為篩 選條件。 篩選軌跡 查詢結果排序方式 預設為Reaxys ranking，亦可自行 切換其他方式。 可進行升序或降序排序。 輸出結果 ④ ⑤ ⑥ ⑦ ① ② ③ 20

21 查詢結果畫面(2/7) 排序類型 ③實驗步驟 ⑥ 切換結果排序方式 Reaxys ranking No of references
Reactant availability Product availability MW of product Yield Publication year 21

22 使用篩選功能，除了縮小查詢結果範圍外，還可以作為瞭解趨勢的簡單工具
查詢結果畫面(3/7) 反應查詢之篩選條件 篩選條件 ④ 使用篩選功能，除了縮小查詢結果範圍外，還可以作為瞭解趨勢的簡單工具 ←　結構 ←　產率 ←　試劑、催化劑 ←　溶劑 ←　催化劑分類 ←　溶劑分類 ←　作為產物的可用性 ←　作為反應物的可用性 ←　反應類型 ←　文獻類型 ←　出版年 ←　1步反應 22

23 查詢結果畫面(4/7) 第1筆紀錄的詳細內容： Experimental Procedure Show Reference 實驗步驟詳細顯示
文獻來源顯示 23

24 查詢結果畫面(5/7) 點擊Full Text後，會連結至文獻出處 24

25 查詢結果畫面(6/7) 點擊Details後，會顯示文獻的Abstract、Index Term，另外點擊Substance及Reactions會顯示文獻中所有相關的化合物及反應，而Full Text則是文獻出處連結。 25 25

26 查詢結果畫面(7/7) Scopus是什麼 點擊作者名稱時，可連結至Scopus顯示該作者的相關著作及引用情形。
Scopus是Elsevier所建構全球最大的書目和引用信息數據庫 可以檢視Reaxys中文獻的被引用情形 26

27 Quick Search: 化合物、物性查詢

28 查詢條件設定 検索例：Gefitinib (吉非替尼)之溶解度查詢
Gefitinib為表皮生長因子接受體(epidermal growth factor receptor，EGFR)酪胺酸激酶酵素(tyrosine kinase)之專一性抑制劑，通常表現於上皮細胞源頭之人類實體腫瘤。抑制EGFR酪胺酸激酶酵素之活性，便抑制了腫瘤之生長、轉移及血管增生，並促進癌細胞之脫離。 在畫面中央輸入Solubility of geftinib，再按下左上角的Find。

29 Preview Results展開後，可預覽top 3查詢結果
查詢結果顯示 查詢結果分類：Substances、Documents <Preview Results> Preview Results展開後，可預覽top 3查詢結果

30 查詢結果畫面(1/5) Hit Data直接給出具體的實驗資料、實驗條件及全文連結

31 查詢結果畫面(2/5) Reaxys直接將物性分類，並直接顯示相關數據

32 查詢結果畫面(3/5) Reaxys直接摘錄原文中的NMR圖譜描述，並標註原文中的位置

33 查詢結果畫面(4/5) Reaxys的文獻整理，讓閱讀文獻更加快速

34 查詢結果畫面(5/5) Reaxys通過Index Term Reaxys Tree的方式，將文獻進行分類，幫助大家快速查找所需文獻。
chemical transformations physico chemical properties physico chemical analysis methods quantum chemical calculation methods

35 Synthesis Planner

36 建構合成路徑(1/3) Synthesis Planner：可透過逆合成分析建構合成路徑 查詢範例：Omeprazole的合成
畫面上可同時提供多種合成方式，便利比較評估 也可於化合物查詢結果頁面進入Synthesis Planner 查詢範例：Omeprazole的合成 從反應查詢結果進入Synthesis Planner。 點擊 ，將該化合物作為起始點 可選擇使用Manually或Autoplan 啟動Synthesis Planner Manually：手動逐步建立合成路徑 Autoplan：顯示Reaxys建議合成路徑 36

37 建構合成路徑(2/3) Autoplan 自動規劃5種合成路徑 反應產率顯示於路徑上，點擊可顯示實驗步驟 37

38 建構合成路徑(3/3) Manually 選擇要加入的反應，按下Syn-Plan 反應直接加入於合成路徑 38

39 查詢結果的輸出、儲存及通知

40 輸出查詢結果(1/3) Export設定畫面： 查詢結果可以導出的格式包含PDF、XML、Word、Excel。
可以從查詢結果選擇任意記錄導出 40

41 輸出查詢結果(2/3) Export會顯示目前的導出狀態， 完成後會顯示Download，點擊即可儲存，
下載完成後，點擊Cancel已關閉畫面， 如果沒有關閉下載畫面，無法開始下一次 的輸出。 41

42 輸出查詢結果(3/3) 輸出詳細設定說明： Choose a format：格式選擇 Range：結果輸出範圍選擇
PDF/Print XML Microsoft Word Microsoft Excel Electronic Lab Netbook RD File SD/Molfile Smiles Range：結果輸出範圍選擇 上限為5,000筆數據 Export：輸出數據類型選擇 All available data Identification data only Hit data only Choose sepcific data Additional option： Include structure Include a description in the document 42 Page number

43 儲存查詢歷史 每次使用完Reaxys後，查詢紀錄會自動清除，但登入帳號可以儲存查詢紀錄，下 次可以再度回顧先前查詢紀錄，
點擊畫面上方的History， 在Recent頁面中，確認要儲存的查詢紀錄，按下「Save」， 在跳出的視窗輸入自訂名稱，再按下 Save，即完成儲存， 下次登入時，進入History-Saved頁面，即可檢視上次儲存的查詢紀錄 43

44 Alert功能 Alert功能設定： Alert需於登入後才能使用，透過設定查詢結果，Reaxys會自動通知是否有最新研究
獲取相同查詢條件的反應及化合物最新資訊 可選定通知時間（Monthly / after each update） 訊息將會發送到註冊的 ，也可以寄送給其他人 Alert功能設定： 進入History頁面，將滑鼠移至要設定Alert的查詢紀錄， 點擊畫面右方出現的Alert，即可進入設定畫面。 44

45 Alert功能的設定及管理 Alert的設定： Alert的管理： 點擊「Create Alert」即可完成設定。
Alert name: 名稱 Send alerts to: 可同時輸入多組 Frequency: 通知頻率 After each update Monthly Deactivate From databases: 來源資料庫選擇　 點擊「Create Alert」即可完成設定。 Alert的管理： 點擊畫面右上角的　　　， 即可進入Alert管理畫面， 將滑鼠移至每筆紀錄旁邊， 會顯示Edit及Delete，即可編 輯該筆紀錄的通知狀態 45

46 Query Builder

47 Query Builder(1/5) ③ ② ① 點擊上方Query Builder即可進入進階查詢頁面 查詢條件顯示區域
查詢條件（結構、分子式、CAS registry number、Document Basic Index） 查詢條件(物性、光譜、反應條件、等） 47

48 Query Builder(2/5) Query Builder模組下，Fields中可以選擇不同類型的欄位進行自由組合檢索

49 Query Builder(3/5) Tips:
Reaxys提供8種不同的分類，每種分類中擁有和這種分類相關的多種欄位，可以依據這些欄位自由組合進行檢索

50 Query Builder(4/5) Query Builder模組下，Forms中Reaxys的預設模組檢索

51 Reaxys Reaction Form中的預設模組

52 Query Builder(5/5)

53 Query Builder: 查詢範例 多條件查詢（天然物、抗菌活性、分子式） 排除雜訊 (History Crosslink)

54 Query Builder查詢範例1(1/4) 查詢範例： 是從天然物中萃取出來的化合物，分子式帶有30個碳並具有抗菌效果
Molecular formular/Natural product/Substance basic index 點擊右方的Identification>Molecular Formula 因為不知道其他成分，選擇”is”`，再輸入「C30*」 54 Page number

55 Query Builder查詢範例1(2/4) ＊可使用關鍵字查詢篩選條件
在右上方Find search and fields and form 輸入”Natural”，點擊「Isolation from Natural Product」 在左方的運算子選擇AND，內容可不輸入 55

56 Query Builder查詢範例1(3/4) 點擊右方Basic Indexes>「Substance Basic Index」
輸入“antimicrobi*” 因為要找化合物，所以在右上的Search選擇Substance 56 Page number

57 Query Builder查詢範例1(4/4) 查詢結果畫面： 分子式，化學名，測試項目，合成方法，衍生物的合成方法等都可以得到確認，
如果有其他條件，可透過左方的篩選功能縮小範圍。 57

58 Query Builder查詢範例2(1/3) 查詢範例： (去除不需要資訊的查詢方式) ① History
查詢以Isoquinoline作為主結構及產物的反應，但需去除以Isoquinoline做為反應物的反應。 History ① 先從Quick search開始， 將Isoquinoline作為主結構及產物進行反應查詢 將Isoquinoline作為反應物進行反應查詢 ＊查詢的過程中，須選擇As substructure 查詢結果出現後，點擊「View Result」進入查 詢結果畫面 ② 58

59 Query Builder查詢範例2(2/3) 完成2個反應查詢後，回到Query Builder並開啟右側的「History」
① Isoquinoline作為主結構的產物的反應 ② Isoquinoline作為主結構的反應物的反應 ② ① ＊雖然也可以直接查詢Isoquinoline的製備， 但其中將會包含許多取代反應，透過加入其他搜尋條件或查詢紀錄的比對， 就可以減少查詢，差到所需要的資料。 59

60 Query Builder查詢範例2(3/3) 先選擇以Isoquinoline作為主結構及產物進行反應的查詢紀錄
將運算子設定為NOT 在右上角選擇Reaction，然後點擊Search即可進行以Isoquinoline作為主結構及產物但不包含以Isoquinoline作為主結構及反應物為條件的查詢。 結果例 60 Page number

61 https://zh.surveymonkey.com/r/2018twtraining 相關網頁： www.reaxys.com (首頁)
請協助連結以下網址填寫問卷： 相關網頁： (首頁) (FB粉絲團) 很感謝大家今天來聽這場簡報，大家在研究過程中常會碰到問題，如何有效使用身邊資源就是1個幫助大家快速突破的契機，就像查詢資料一樣，Google很好用，可以查到很多資料，但大部分是沒有幫助的，如果你不想被太多雜訊干擾，不如使用專業的資料庫來查詢，就像Reaxys一樣，如果各位沒有其他問題，再次謝謝你們今天來。 Page number