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蛋白质的生物合成 （翻译） Protein Biosynthesis，Translation
第 十 二 章 蛋白质的生物合成 （翻译） Protein Biosynthesis，Translation
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蛋白质的生物合成即翻译，就是将核酸中由 4 种核苷酸序列编码的遗传信息，通过遗传密码破译的方式解读为蛋白质一级结构中20种氨基酸的排列顺序。也是基因表达的最后的一个关键环节 。
反转录 DNA复制 RNA复制 DNA RNA 蛋白质 转录 翻译
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复制 转录 翻译 目的 子代信息保存 信息传递介质 生物功能分子 挑战 信息保真 碱基暴露 聚合酶从性 规定的结构 到指定位置
如何使核苷酸排列信息转变成氨基酸排列信息？ 如何使氨基酸的一级结构信息转变成一定的空间构象信息？ 如何将位于胞浆中合成的蛋白质转运倒恰当的地方去发挥生物学作用？
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蛋白质合成体系 Protein Biosynthesis System
第 一 节 蛋白质合成体系 Protein Biosynthesis System
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参与蛋白质生物合成的物质包括 三种RNA mRNA（messenger RNA, 信使RNA）
rRNA（ribosomal RNA, 核蛋白体RNA） tRNA（transfer RNA, 转移RNA） 20种氨基酸(AA)作为原料 酶及众多蛋白因子，如IF、eIF ATP、GTP、无机离子
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从mRNA 5端起始密码子AUG到3端终止密码子之间的核苷酸序列，各个三联体密码连续排列编码一个蛋白质多肽链，称为开放阅读框架(open reading frame, ORF)。
3’非翻译区 开放阅读框架( ORF) AUG 5’非翻译区 UAA UGA UAG C
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一、翻译模板mRNA及遗传密码 mRNA是遗传信息的携带者 遗传学将编码一个多肽的遗传单位称为顺反子(cistron)。
原核细胞中数个结构基因常串联为一个转录单位，转录生成的mRNA可编码几种功能相关的蛋白质，为多顺反子(polycistron) 。 真核mRNA只编码一种蛋白质，为单顺反子(single cistron) 。
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原核生物的多顺反子 蛋白质 真核生物的单顺反子 蛋白质 非编码序列 核蛋白体结合位点 起始密码子 终止密码子 编码序列 3 5 PPP
mG - 5 3 蛋白质 非编码序列 核蛋白体结合位点 起始密码子 终止密码子 编码序列
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mRNA上存在遗传密码 mRNA分子上从5至3方向，由AUG开始，每3个核苷酸为一组，决定肽链上某一个氨基酸或蛋白质合成的起始、终止信号，称为三联体密码(triplet coden)。 起始密码(initiation coden): AUG 终止密码(termination coden): UAA，UAG，UGA
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遗传密码表
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遗传密码的特点 1. 连续性(commaless) 编码蛋白质氨基酸序列的各个三联体密码连续阅读，密码间既无间断也无交叉。
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基因损伤引起mRNA阅读框架内的碱基发生插入或缺失，可能导致框移突变(frameshift mutation)。
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2. 简并性(degeneracy) 遗传密码中，除色氨酸和甲硫氨酸仅有一个密码子外，其余氨基酸有2、3、4个或多至6个三联体为其编码。
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遗传密码表
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3. 通用性(universal) 蛋白质生物合成的整套密码，从原核生物到人类都通用。
已发现少数例外，如动物细胞的线粒体、植物细胞的叶绿体。 密码的通用性进一步证明各种生物进化自同一祖先。
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4. 摆动性(wobble) 转运氨基酸的tRNA的反密码需要通过碱基互补与mRNA上的遗传密码反向配对结合，但反密码与密码间不严格遵守常见的碱基配对规律，称为摆动配对。
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摆动配对 U
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密码子、反密码子配对的摆动现象 tRNA反密码子 第1位碱基 I U G A C mRNA密码子 第3位碱基 U, C, A A, G
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二、核蛋白体是多肽链合成的装置
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不同细胞核蛋白体的组成 原核生物 真核生物 核蛋白体 小亚基 大亚基 S数值 70S 30S 50S 80S 40S 60S rRNA
蛋白质 rpS 21种 rpL 36种 rpS 33种 rpL 49种
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核蛋白体的组成
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原核生物翻译过程中核蛋白体结构模式: P位：肽酰位 (peptidyl site) A位：氨基酰位 (aminoacyl site)
(exit site)
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三、tRNA与氨基酸的活化 氨基酸臂 反密码环
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tRNA的三级结构示意图
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由谁保证tRNA所接的氨基酸是应当接的氨基酸种类呢？？
肽链 tRNA mRNA N-val · his · leu · thr · pro · glu · glu · · · · · · C CTC GAG CCU GGA ACU UGA leu 由谁保证tRNA所接的氨基酸是应当接的氨基酸种类呢？？
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(aminoacyl-tRNA synthetase)
氨基酸的活化 （一）氨基酰-tRNA合成酶 (aminoacyl-tRNA synthetase) 氨基酸 + tRNA 氨基酰- tRNA ATP AMP＋PPi 氨基酰-tRNA合成酶
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第一步反应 氨基酸 ＋ATP-E —→ 氨基酰-AMP-E ＋ AMP ＋ PPi
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第二步反应 氨基酰-AMP-E ＋ tRNA ↓ 氨基酰-tRNA AMP E
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tRNA与酶结合的模型 tRNA ATP 氨基酰-tRNA合成酶
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氨基酰-tRNA合成酶对底物氨基酸和tRNA都有高度特异性。
氨基酰-tRNA合成酶具有校正活性(proofreading activity) 。 氨基酰-tRNA的表示方法： Ala-tRNAAla Ser-tRNASer Met-tRNAMet
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（二）起始肽链合成的氨基酰-tRNA种类
真核生物： Met-tRNAiMet 原核生物： fMet-tRNAifMet 真核生物： Met-tRNAMet 原核生物： Met-tRNAMet
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（三）氨基酰-tRNA依靠蛋白因子转运到核糖体
IF-2因子循环 起始氨酰-tRNA的IF-2因子循环 IF-2因子循环，如eIF2因子被磷酸化后，就不能被GEF因子重新利用，结果就不能形成Met-tRNAmet的eIF2-GTP形式，导致蛋白质生物合成启动效率降低。
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中间氨基酰-tRNA的Tu/Ts因子循环
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蛋白质生物合成过程 The Process of Protein Biosynthesis
第 二 节 蛋白质生物合成过程 The Process of Protein Biosynthesis
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整个翻译过程可分为 ： 翻译的起始(initiation) 翻译的延长(elongation) 翻译的终止(termination )
翻译过程从阅读框架的5´-AUG开始，按mRNA模板三联体密码的顺序延长肽链，直至终止密码出现。 整个翻译过程可分为 ： 翻译的起始(initiation) 翻译的延长(elongation) 翻译的终止(termination )
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一、肽链合成起始 指mRNA和起始氨基酰-tRNA分别与核蛋白体结合而形成翻译起始复合物 (translational initiation complex)。
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原核、真核生物各种起始因子的生物功能
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（一）原核生物翻译起始复合物形成 核蛋白体大小亚基分离； mRNA在小亚基定位结合； 起始氨基酰-tRNA的结合； 核蛋白体大亚基结合。
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1. 核蛋白体大小亚基分离 IF-1 IF-3
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2. mRNA在小亚基定位结合 A U G 5' 3' IF-1 IF-3
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S-D序列
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3. 起始氨基酰tRNA( fMet-tRNAimet )结合到小亚基
IF-2 GTP A U G 5' 3' IF-1 IF-3
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4. 核蛋白体大亚基结合，起始复合物形成 IF-2 GTP Pi GDP A U G 5' 3' IF-1 IF-3
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IF-2 IF-2 GTP -GTP Pi GDP A U G 5' 3' IF-3 IF-1
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（二）真核生物翻译起始复合物形成 核蛋白体大小亚基分离； 起始氨基酰-tRNA结合； mRNA在核蛋白体小亚基就位； 核蛋白体大亚基结合。
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Met-tRNAiMet-elF-2 -GTP
40S met elF-3 ② mRNA ATP ADP+Pi elF4E, elF4G, elF4A, elF4B,PAB ③ Met Met-tRNAiMet-elF-2 -GTP Met 60S GDP+Pi 各种elF释放 elF-5 ④ eIF-2B、eIF-3、 eIF-6 ① 40S 60S Met 真核生物翻译起始复合物形成过程
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eIF2
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二、肽链合成延长 指根据mRNA密码序列的指导，次序添加氨基酸从N端向C端延伸肽链，直到合成终止的过程。
肽链延长在核蛋白体上连续性循环式进行，又称为核蛋白体循环(ribosomal cycle)，每次循环增加一个氨基酸，包括以下三步： 进位(entrance) 成肽(peptide bond formation) 转位(translocation)
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延伸过程所需蛋白因子称为延长因子(elongation factor, EF)
原核生物：EF-T (EF-Tu, EF-Ts) EF-G 真核生物：EF-1 、EF-2
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肽链合成的延长因子 原核延长因子 生物功能 对应真核延长因子 EF-Tu 促进氨基酰-tRNA进入A位，结合分解GTP EF-1-α
EF-Ts 调节亚基 EF-1-βγ EFG 有转位酶活性，促进mRNA-肽酰-tRNA由A位前移到P位，促进卸载tRNA释放 EF-2
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（一）进位 又称注册(registration) 指根据mRNA下一组遗传密码指导，使相应氨基酰-tRNA进入核蛋白体A位。 目 录
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延长因子EF-T催化进位（原核生物）
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Tu Ts GTP Ts Tu GDP GTP A U G 5' 3'
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（二）成肽 是由转肽酶(transpeptidase)催化的肽键形成过程。
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（三）转位 延长因子EF-G有转位酶( translocase )活性，可结合并水解1分子GTP，促进核蛋白体向mRNA的3'侧移动 。
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fMet fMet Tu GTP A U G 5' 3' 目 录
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进位 成肽 转位
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（四）真核生物延长过程 真核生物肽链合成的延长过程与原核基本相似，但有不同的反应体系和延长因子。
另外，真核细胞核蛋白体没有E位，转位时卸载的tRNA直接从P位脱落。
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三、肽链合成的终止 当mRNA上终止密码出现后，多肽链合成停止，肽链从肽酰-tRNA中释出，mRNA、核蛋白体等分离，这些过程称为肽链合成终止。
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释放因子的功能 终止相关的蛋白因子称为释放因子 (release factor, RF) 原核生物释放因子：RF-1，RF-2，RF-3
真核生物释放因子：eRF 释放因子的功能 一是识别终止密码，如RF-1特异识别UAA、UAG；而RF-2可识别UAA、UGA。 二是诱导转肽酶改变为酯酶活性，相当于催化肽酰基转移到水分子-OH上，使肽链从核蛋白体上释放。
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原核肽链合成终止过程
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COO- RF U A G 5' 3' 目 录
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多聚核蛋白体(polysome) ——使蛋白质合成高速、高效进行。 目 录
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电镜下的多聚核蛋白体现象 目 录
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蛋白质合成后加工和输送Posttranslational Processing & Protein Transportation
第 三 节 蛋白质合成后加工和输送Posttranslational Processing & Protein Transportation
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主要包括 从核蛋白体释放出的新生多肽链不具备蛋白质生物活性，必需经过不同的翻译后复杂加工过程才转变为天然构象的功能蛋白。 肽链一级结构的修饰
多肽链折叠为天然的三维结构 高级结构修饰
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一、一级结构的修饰 （一）肽链N端的修饰 （二）个别氨基酸的修饰 （三）多肽链（如信号肽）的水解
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鸦片促黑皮质素原(POMC)的水解修饰 N C 信号肽 PMOC KR ACTH -LT -MSH -MSH Endophin
103肽 ( ？) ACTH -LT -MSH -MSH Endophin
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二、多肽链折叠为天然功能构象的蛋白质 新生肽链的折叠在肽链合成中、合成后完成，新生肽链N端在核蛋白体上一出现，肽链的折叠即开始。可能随着序列的不断延伸肽链逐步折叠，产生正确的二级结构、模序、结构域到形成完整空间构象。 一般认为，多肽链自身氨基酸顺序储存着蛋白质折叠的信息，即一级结构是空间构象的基础。 细胞中大多数天然蛋白质折叠都不是自动完成，而需要其他酶、蛋白辅助。
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几种有促进蛋白折叠功能的大分子 A. 分子伴侣 (molecular chaperon)
B. 蛋白二硫键异构酶 (protein disulfide isomerase, PDI) C. 肽-脯氨酰顺反异构酶 (peptide prolyl cis-trans isomerase, PPI)
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A分子伴侣 分子伴侣是细胞一类保守蛋白质，可识别肽链的非天然构象，促进各功能域和整体蛋白质的正确折叠。
1. 热休克蛋白(heat shock protein, HSP) HSP70、HSP40和GreE族 2. 伴侣素(chaperonins) GroEL和GroES家族
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HSP40结合 待折叠多肽段 HSP70-ATP复合物 HSP40- HSP70-ADP-多肽复合物 复合物解离，释出多肽片段进行正确折叠
热休克蛋白促进蛋白质折叠的基本作用—— 结合保护待折叠多肽片段，再释放该片段进行折叠。形成HSP70和多肽片段依次结合、解离的循环。 HSP40结合 待折叠多肽段 HSP70-ATP复合物 HSP40- HSP70-ADP-多肽复合物 ATP水解 GrpE ATP ADP 复合物解离，释出多肽片段进行正确折叠
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伴侣素GroEL/GroES系统促进蛋白质折叠过程
伴侣素的主要作用—— 为非自发性折叠蛋白质提供能折叠形成天然空间构象的微环境。 伴侣素GroEL/GroES系统促进蛋白质折叠过程
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B 蛋白二硫键异构酶 多肽链内或肽链之间二硫键的正确形成对稳定分泌蛋白、膜蛋白等的天然构象十分重要，这一过程主要在细胞内质网进行。
二硫键异构酶在内质网腔活性很高，可在较大区段肽链中催化错配二硫键断裂并形成正确二硫键连接，最终使蛋白质形成热力学最稳定的天然构象。
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C 肽-脯氨酰顺反异构酶 多肽链中肽酰-脯氨酸间形成的肽键有顺反两种异构体，空间构象明显差别。
肽酰-脯氨酰顺反异构酶可促进上述顺反两种异构体之间的转换。 肽酰-脯氨酰顺反异构酶是蛋白质三维构象形成的限速酶，在肽链合成需形成顺式构型时，可使多肽在各脯氨酸弯折处形成准确折叠。
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三、高级结构的修饰 （一）亚基聚合 （二）辅基连接 （三）疏水脂链的共价连接
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亚基聚合
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辅基连接
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疏水脂链的共价连接
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四、蛋白质合成后的靶向输送 •蛋白质的靶向输送(protein targeting)
蛋白质合成后需要经过复杂机制，定向输送到最终发挥生物功能的细胞靶部位，这一过程称为蛋白质的靶向输送。
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• 信号序列(signal sequence)
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靶向输送蛋白的信号序列或成分 靶向输送蛋白 信号序列或成分 分泌蛋白 信号肽 内质网腔蛋白
信号肽，C端-Lys-Asp-Glu-Leu-COO-(KDEL序列) 线粒体蛋白 N端靶向序列（20～35氨基酸残基） 核蛋白（NLS） 核定位序列（-Pro-Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val-，SV40 T抗原） 过氧化体蛋白 -Ser-Lys-Leu-（PST序列） 溶酶体蛋白 Man-6-P（甘露糖-6-磷酸）
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（一）分泌蛋白的靶向输送 信号肽(signal peptide) 真核细胞分泌蛋白等前体合成后靶向输送过程首先要进入内质网。
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信号肽的一级结构
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信号肽引导真核分泌蛋白进入内质网 目 录
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内质网中蛋白质进一步被加上糖基
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（二）线粒体蛋白的靶向输送 目 录
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（三）NLS介导的细胞核靶向输送 目 录
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蛋白质生物合成的干扰和抑制 Interference & Inhibition of Protein Biosynthesis
第 四 节 蛋白质生物合成的干扰和抑制 Interference & Inhibition of Protein Biosynthesis
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蛋白质生物合成是很多天然抗生素和某些毒素的作用靶点。抗蛋白质生物合成就是通过阻断真核、原核生物蛋白质翻译体系某组分功能，干扰和抑制蛋白质生物合成过程而起作用的。
可针对蛋白质生物合成必需的关键组分作为研究新抗菌药物的作用靶点。同时尽量利用真核、原核生物蛋白质合成体系的任何差异，以设计、筛选仅对病原微生物特效而不损害人体的药物。
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抗生素(antibiotics) 是微生物产生的能够杀灭或抑制细菌的一类药物。 抗代谢药物 指能干扰生物代谢过程，从而抑制细胞过度生长的药物，如：6-MP。 某些毒素也作用于基因信息传递过程。
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一、抗生素类 抗生素抑制蛋白质生物合成的原理 嘌呤霉素作用示意图
嘌呤霉素结构上类似酪氨酸衍生物，能与酪氨酸tRNA形成酪氨酰tRNA，后者在密码子为酪氨酸的地方肽链延长发生阻断。
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氯霉素 放线菌酮 嘌呤霉素 链霉素和卡那霉素 四环素族 目 录
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几种主要抗生素抑制蛋白质生物合成的原理 抗生素 作用点 作用原理 应用 四环素族（金霉素 新霉素、土霉素） 链霉素、卡那霉素、新霉素
氯霉素、林可霉素 红霉素 梭链孢酸 放线菌酮 嘌呤霉素 原核核蛋白体小亚基 原核核蛋白体大亚基 真核核蛋白体大亚基 真核、原核核蛋白体 抑制氨基酰-tRNA与小亚基结合 改变构象引起读码错误、抑制起始 抑制转肽酶、阻断延长 抑制转肽酶、妨碍转位 与EFG-GTP结合，抑制肽链延长 氨基酰-tRNA类似物，进位后引起未成熟肽链脱落 抗菌药 医学研究 抗肿瘤药
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附：几类主要抑制剂（抗生素）作用位点 酶作用抑制剂 氧化呼吸链抑制剂、解偶联剂 DNA合成抑制剂 RNA合成抑制剂 蛋白质合成抑制剂
细胞信号传递抑制剂 经常采用各种特异性抑制剂对相应生化过程进行研究
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二、其他干扰蛋白质生物合成的物质 A毒素(toxin) B干扰素(interferon)
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A 白喉毒素(diphtheria toxin)的作用机理
延长因子-2，EF-2 （有活性） + 白喉毒素 延长因子-2 （无活性） +
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B 干扰素的二重作用机理 1. 干扰素诱导eIF2磷酸化而失活 dsRNA 干扰素诱导的蛋白激酶 eIF2 eIF2-P（失活） 磷酸酶
ATP eIF2 ADP eIF2-P（失活） Pi 磷酸酶
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2. 干扰素诱导病毒RNA降解 干扰素 2-5A合成酶 RNaseL 活化 降解mRNA dsRNA ATP 2- 5A A 2 P
PPP 2 5 2- 5A ATP 2-5A合成酶 RNaseL 活化 降解mRNA
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