如何建立個人化的PubMed搜尋 及PubMed新首頁之介紹

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1 如何建立個人化的PubMed搜尋 及PubMed新首頁之介紹
梅滙潮醫師 嘉義基督教醫院 實證醫學中心

2 資料來源(March,2010) NLM之PubMed Tutorial PubMed Help MEDLINE/PubMed Resources Guide

3 內容 PubMed(包括最新首頁介面)之介紹 如何建立個人化之搜尋策略(search strategy)
何謂MeSH, Automatic Term Mapping,及Automatic explosion 搜尋工具(search tools)之介紹 如何search by citation 如何search by field

4 PubMed 介紹(一) PubMed為一免費的生物醫學相關文獻之書目引文(bibliographic citations)及摘要(abstracts)資料庫。 PubMed之發展與維護隸屬於美國國家醫學圖書館(National library of Medicine,NLM)轄下的國家生技資訊中心(National center for Biotechnology Information,NCBI)所負責。

5 PubMed 介紹(二) 部份的PubMed引文可經由NLM的PubMed Central及其他出版社的全文網站來提供免費的全文連結。
透過PubMed的Linkout功能，可到達PubMed以外的其他資源(如出版社網站、館際合作系統等)來獲得全文(大多需要收費)及其他資訊。 也可經由send to/ order選項到達NLM提供的Loansome Doc介面來獲取付費的全文。

6 PubMed 介紹(三) (Last reviewed and Last updated: 22 March,2010)
PubMed包括超過1900萬份生物醫學文獻的書目引文(bibliographic citations) ，來源主要自MEDLINE(Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) 資料庫。 來自80多個國家，超過5400份期刊，目前被NLM選定為MEDLINE的索引(indexed for MEDLINE) 來源。 MEDLINE所收錄的文章均是以NLM的控制詞彙，則醫學主題標題(Medical Subject Headings )的MeSH詞彙來作索引。 (Last reviewed and Last updated: 22 March,2010)

7 PudMed與MEDLINE之差異(一)
PubMed 除了MEDLINE的內容外，還包括： 1. 由出版社提供[PubMed-as supplied by publisher]或正在進行MeSH詞彙索引中的[PubMed - in process]類，這類引文最後可能歸入為[PubMed - indexed for MEDLINE]類或轉為out of scope status(領域外狀態)類。 2. 由出版社以電郵方式提供的引文，其刊登的期刊仍未被選定為MEDLINE索引，故不被歸類為MEDLINE的引文。

8 PudMed與MEDLINE之差異(二)
3. 仍未被更新為目前詞彙索引的OLDMEDLINE引文(刊出時間自1948～1965年間，大多没有摘要，約190萬份) 。 4. 寄到 PubMed Central 內被NLM審核過的某些生命科學期刊的全文文獻。 5. 由美國國家衛生研究所(NIH)資助的研究者將其已被期刊接受刊登的研究成果寄到PubMed Central的Author Manscripts內的全文文章。

9 PubMed新首頁介面介紹

10 NCBI 之頁首，包括NCBI之各項資源(Resources)及How To之下拉選單。及My NCBI之Sign In/Sign out。
Search Bar 提供Limits, Advanced search 及Help三功能 Search Bar 保留原有的database selection menu Go button改為Search button

11 以前PubMed sidebar(左側區)之工具及資源 選項分別放在目前的PubMed Tools，More Resources及Using PubMed之下方

12 PubMed首頁下之頁尾包含許多NCBI資源之連結

13 在PubMed搜尋結果介面裏，Search bar多了RSS摘要及Save Search二項選項
e.g.在PubMed database內搜尋2010年刊出有關神經痛的文章

14 搜尋結果內定是Summary format
Display Settings 及Send To功能在搜尋結果上方 搜尋結果內定是Summary format Item checkbox在Item number之上

15 最新的PubMed Display Settings 有七種Formats (格式)可供選擇，還包括以前的Show 及Sort By menus

16 Send to 功能可把選取的citation(s)送到五處目的地。(Send to RSS及Send to printer功能已移除)

17 Abstract format (multiple records display)
LinkOut icons 最新的Abstract format是結合以前的AbstractPlus 及Citation formats而成；增加了許多補充資訊: Publication Types, MeSH Terms, Substances, Grant Support, Secondary Sources IDs, Personal Name as Subject, and LinkOut data.

18 如有提供免費全文會在這裏顯示

19 藍字標記表示從這裏可連接到Clipboard 內的items
綠字標記表示此citations已被選入clipboard內

20 2009年10月修改後，移到另一頁之選項 用Filter your results取代以前的Filter tabs 用Manage Filters來連結及選擇不同的filters，(Free Full Text為內定的filter，不需先signed in 到My NCBI來選取)

21 如有使用Limits的功能，會在搜尋結果上方顯示

22 Find related Data取代以前的database “Links”選項。可利用其它的databases來搜尋你的輸入

23 如何建立個人化的搜尋策略(一) 所謂搜尋策略(search strategy)就是一個可行的計劃或途徑，能夠幫助你找到你希望得到的資訊。

24 如何建立個人化的搜尋策略(二) PubMed如何進行基本搜尋 Limits PubMed 的search tools 及其他相關的資料庫
Search by citation Search by Field (熟識以上各項之原理及使用方法，對建立個人化的搜尋策略很有幫助)

25 搜尋策略之提示 先決定主要搜尋的槪念(concepts)為何。 此槪念有否可代替的用語(alternative terms)
再決定你要搜尋槪念的細節，如: 研究類型 (RCT, meta-analysis, case reports,……) 、年齡層 、文章刊出日期、子集、、、、等。 搜尋策略會因個人喜好及專業背景不同而有所差異。

26 Automatic Term Mapping (自動詞彙比對)
　Automatic term mapping (自動詞彙比對)就是對於在其後没有加search field tag(搜尋領域標籤)的詞彚(稱為unqualified terms) ； PubMed會依次序地在下列各表中找尋有否適配(match)的詞彚來連結PubMed資料庫的文章。

27 自動詞彙比對之搜尋順序 MeSH Translation Table (MeSH 轉譯表)
Journal Translation Table (刊名轉譯表) Full Author Translation Table and Author Index (作者轉譯表及作者索引) Full Investigator Translation Table and Investigator Index (研究者轉譯表及研究者索引)

28 PubMed之基本搜尋(一) PubMed如在某一轉譯表中找到適配的詞彙後，搜尋便停止；不會再到後續的轉譯表中搜尋。
輸入的詞彙除了用自動詞彙比對來搜尋外，也會同時以[All Field]的形式來搜尋(則用search fields tags來搜尋) 。

29 PubMed之基本搜尋(二) 所有MeSH詞彙包括在16個MeSH類目(MeSH Categories) 中，
右圖顯示鍵入字Face在MeSH樹狀結構中的層級關係，Face以下藍色的縮排字為Face的狹義字(narrower terms) ，Face及以上紅色的字為其廣義字(broader terms) 。當PubMed搜尋到一個MeSH詞彙時，會自動地同時在其下的縮排狹義字中搜尋可能的適配；這個搜尋動作叫Automatic explosion(自動擴張) 。

30 以在Search (query) box鍵入facial trauma為例，PubMed會用automatic term mapping的基本搜尋方法去找與facial及trauma相關的MeSH Terms 及其下縮排的Subheadings(副標題) 。同時也會以[All Fields]去分別找相關的詞彙。

31 Boolean operators And boolean logic 布氏運算符與布林邏輯
布氏運算符包括AND, OR 及NOT(均需大寫) PubMed 以由左到右的順序作連接及搜尋 e.g. , football OR hockey OR soccer arthritis NOT letter salmonella AND hamburger salmonella AND hamburger OR eggs salmonella AND (hamburger OR eggs)

32 football OR hockey OR soccer salmonella AND hamburger
arthritis NOT letter football OR hockey OR soccer salmonella AND hamburger salmonella AND hamburger OR eggs 由左到右來順序連接 salmonella AND (hamburger OR eggs) nesting(=括弧)內的用詞視為一個單位先進行連接

33 Limits功能介紹 在Limits中你有如下的選擇來建立你的搜尋: 文章刊出之時間日期(Dates) ，文章之種類(Publication Type of Articles) 及文章使用之語言(Languages) ，研究之種類(Species) 、性別(Gender) 、及年齡(Ages) ，文章特定之子集(Subsets)、正文選擇(Text Options) 及搜尋領域標籤(Search Field Tags)選擇等。

34 在這裏選擇文章刊出的最近日期及特定的日期範圍

35 PubMed索引的期刊，其使用的語言有40多種，可多選來同時搜尋。愈上方的選項愈常被人選取。 在這裏選擇被引用文章之種類，可多選來同時搜尋。

36 用Limits來限制引文的研究種類(人或動物) 、性別(男或女) 、及不同年齡的搜尋。
從子集中可選取三個不同群組(Journal groups, Topic, More Subsets)的文章引文

37 可限制文章正文連結為全文、免費全文或摘要
可利用不同的搜尋領域標籤來限制搜尋內容

38 搜尋(Search Tools)工具之介紹
MeSH Database: 可幫助你找到需要的MeSH詞彙來連接作PubMed的文章搜尋 Journal Database: 提供PubMed內各期刊的資訊及搜尋期刊內的文章 Clinical Queries: 為一預先建構的搜尋工具，能幫助你縮少搜尋範圍在與臨床有關的文章上

39 直接在PubMed首頁之More Resources下選取MeSH Database或在search bar下拉之database selection menu內選取後再點擊Search則可到達

40 MeSH資料庫首頁

41 請找出“the diagnosis of osteoarthritis in the knee joint”的引文
以在MeSH資料庫建立一搜尋策略為例： 請找出“the diagnosis of osteoarthritis in the knee joint”的引文

42 鍵入osteoarthritis後再按Go則出現5個相關的MeSH詞彙
MeSH 資料庫給予osteoarthritis的定義 點選Links可以把MeSH詞彙連結到其內各網站作搜尋

43 點選osteoarthritis進入完全顯示介面後，再選diagnosis，然後Send to/search Box with AND；此處則會出現此MeSH term。

44 , 1 2 6 4 5 同理，依下列步驟: 1.鍵入knee joint, 2.click Go, 3.勾選Restrict Search to Major Topic headings only, 4.選Send to及5.Search Box with AND, 最後按Search PubMed則完成此搜尋策略之各步驟 3

45 以MeSH 資料庫作搜尋策略所得的結果

46 在這二處進入Journals Database來找尋期刊資訊及期刊內文章

47 主題用語為NLM指派給MEDLINE內各期刊；描述每一期刊大體上屬於何領域的用語，可進入找尋與主題相關的期刊。
進入後可到達所有NLM的Entrez資料庫(包括PubMed) 在這裏可連線到提供期刊全文的網站 利用下列項目來找尋期刊： 1. 期刊名 2. MEDLINE/PubMed的期刊縮寫 3. NLM ID (NLM的個別期刊鑑別碼 ) 4. ISO 縮寫 5. pISSNs 及eISSN s 6. subject terms (主題用語)

48 月刊 Suggestions提供與鍵入字相似的刊名作選擇，且可避免拼錯字。 鍵入Annals of internal medicine再點Go則出現二份相關的期刊。在Links下拉選單內 可連結到Entrez資料庫。 直接點選則可看到此期刊的完整資訊 在Links 內將此期刊連結到PubMed資料庫

49 Annals of internal medicine的完整Full display資料

50 Annals of internal medicine在PubMed內所有的文章。若要找某一篇文章 ，請參考Search by Citation 。

51 在這裏有Clinical Queries選項
在Advanced Search內也有Clinical Queries選項

52 PubMed的Clinical Queries內有這三個搜尋過濾引擎
內定的强調類目(emphasis category) ，會獲得較精確(precise)及相關(relevant)的引文，但數量較少。 Clinical Study Category提供這五個臨床研究類目之個別搜尋(不能多選)，內定的filter為therapy 。 此類目引文獲取之數量較多但較不相關

53 在search box 內鍵入general anesthesia AND (nausea OR vomiting) ，用narrow filter來搜尋。

54 Narrow filter搜尋之結果

55 用broad filter搜尋之結果

56 Clinical Queries內找系統性回顧的文章引文；在Find Systematic Reviews 的search box內鍵入general anesthesia AND (nausea OR vomiting)再按Go 。 PubMed系統性回顧的文章搜尋方法： Clinical Queries的 Find Systematic Reviews內 Limits/Subsets內， Topics下勾選 Systematic Reviews 在PubMed首頁search box內直接鍵入：XXXX AND systematic[sb]

57 全身麻醉與噁心嘔吐之系統性回顧文章搜尋結果

58 透過Clinical Queries的Medical Genetics Searches可找到許多與遺傳醫學有關的文章。其類目內定為ALL(全部搜尋) ；也可選擇個別的類目來搜尋。

59 Search by citation 搜尋 PubMed內某一篇書目引文的方法：
在首頁search box中直接鍵入引文要素(citation elements) 。如：作者、刊名、文章標題、volume、issue及頁數等。 利用PubMed的Citation Sensor。 利用PubMed的Single Citation Matcher。

60 在Search box內直接鍵入期刊名縮寫、volume (卷)、 issue (期)、 及page(頁)等引文要素再點選Search則可找到你要的文章

61 PubMed將鍵入的文字(choi blood 2009)以citation sensor 來比對其引文要素後找到14篇相關文章，點選則可進入查看。
將鍵入的文字以[All Fields]及 Automatic Term Mapping找到的文章

62 在PubMed首頁的PubMed Tools下可進入Single Citation Matcher

63 Advanced Search內的Search Builder有search by field功能，下拉選擇search field menu後，再鍵入搜尋用語及以AND 、OR 、NOT來連接；再點選Search ， PubMed便開始搜尋。 在Advanced Search的More Resources下也可進入Single Citation Matcher

64 在PubMed Single Citation Matcher 內鍵入引文要素再點選Go則可找到你要的引文

65

66 Search by Field 利用Advanced Search內的Search Builder或在PubMed首頁search box內之搜尋用語後直接鍵入Search Field Tags又叫(qualifiers) ，便可指示PubMed在特定的領域(specific fields)內搜尋。 Search Field Tags(搜尋領域標籤)如：[MH] 、[SH] 、[MAJR] 、[TA] 、[TI] 、[DP] 、[AU] 、[PT] 、[TW] 、[SB] 、[AD]等一定要放在搜尋用語(search term)之後。

67 鍵入不同的搜尋領域內容後以AND 、 OR 、 NOT 連接，便可在PubMed內搜尋。
在Advanced Search介面內下拉Search Builder之search field menu則有所有的search fields(搜尋領域)可供選擇。

68 用鍵入search field tags的方法找到作者Rawat 在2010年刊出，標題有closed-circuit anesthesia的文章。

69 Search Field Tags(搜尋領域標籤)一
搜尋領域的描述與標籤之使用請參看PubMED Help 內Search Field Descriptions and Tags的說明。現舉常用之例子說明如下： Neuropathy AND“last 90 days”[DP] (最近90日有關Neuropathy的文章) br j anaesth[TA] AND 2008/04[DP] AND free full text[SB] (British journal of anaesthesia 在2008年4月刊出的免費全文文章)

70 Search Field Tags(搜尋領域標籤)二
Neuropathy AND systematic[sb] (有關neuropathy的系統性回顧文章) Neuropathy AND Randomized controlled trial[PT] (有關neuropathy的RCT文章) Patient satisfaction[ti] AND 2009/12[DP] (2009年12月刊出文章標題有patient satisfaciton的文章)

71 結語 如能靈活運用以上的內容來建立你的搜尋策略，在PubMed要找到你需要的文章便變得十分容易了。

72 謝 謝 聆 聽