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How to use GEO.

Published byἩρωδιάς Γούσιος Modified 5年之前

Presentation on theme: "How to use GEO."— Presentation transcript:

1 How to use GEO

2 GEO datasets Go to http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Select ‘GEO datasets’
Keyword : Hepatoma cell lines, homo

3 GSE8351

4 GSE, GPL, GSM GPL GSM

5 GPL5452 – view full table

6 67 samples - mainly HCC samples

7 Sample GSM206985

8 G G G

9 Search GEO datasets for “GSE3536”
Title : Hepatoma cell lines vs. Universal control 3

10 GSE3536

11 GPL2913 – view full table

12 36 samples

13 GSM81024 HepG2 vs. Universal control 5

14 GEO Profiles - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Step2:在此鍵入你所想收尋之關鍵字如: GATA6 (gene name ) AND "Homo Sapiens" [ORGN] AND GDS596 (Accession ) Step1:選擇GEO Profiles

15 Search result 可點進去看tissue分佈查詢後，有些得出許多結果，依user所要的資料去選擇，用基因所對應的NM編號來選。

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