生物数据库.

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1 生物数据库

2 什么是数据库 生物数据库分类 常用数据库介绍

3 什么是数据库 数据库是一类用于存储和管理数据的计算机文档，是统一管理的 相关数据的集合，其存储形式有利于数据信息的检索与调用
数据库开发的主要任务就是将数据以结构化记录的形式进行组织 以便于信息的检索 关系型数据库，非关系型数据库 关系型数据库：把复杂的数据结构归结为简单的二元关系，MySQL 非关系数据库(NoSQL): not only MySQL, 键值存储数据库（key-value）： Redis 列存储（Column-oriented）数据库： Hbase 面向文档（Document-Oriented）数据库 ： Mongodb 图形数据库 ： Neo4J

4 生物数据库 数量多，目前已有超过4000个生物数据库 种类全，包含生物研究的各个方面
《Nucleic Acids Research》杂志每年的第一期中详细介绍最新 版本的各种数据库

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6 生物数据库分类 一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据， 只经过简单的分类整理和注释
二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，在一 级数据库、实验数据和理论分析的基础上建立

7 生物数据库分类 Literature Databases Nucleotide Sequence Databases
RNA sequence Databases Protein sequence Databases Metabolic and Signaling Pathways Gene Expression Databases Other Databases Ontology Images …… Nucleotide Sequence Databases ： 基因结构，序列，注释，SNP RNA sequence databases ： 序列，注释，结构 Protein sequence databases： 注释，序列，定位，结构 Metabolic and Signaling Pathways： 代谢通路，interaction

8 常用生物学数据库 NCBI/DDBJ/EBI SWISS-PROT PIR TrEMBL UniProt PDB KEGG

9 NCBI 由美国国立卫生院于1988年 创立，包含多个数据库，提 供数据分析和资源检索 Entrez 跨数据库搜索引擎 Pubmed 文献
序列，Gene，Nucletide 表达信息，GEO

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11 UniProt 整合Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大数据库的数据而成， 是信息最丰富、资源最广的蛋白质序列数据库，包含3部分： UniProtKB、UniRef、UniParc

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13 PDB 美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的，由结构生物信息学研究 合作组织(RCSB)维护，是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核 酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通 过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、 多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库

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15 KEGG 全称京都基因与基因组百科全书,是关于基因、蛋白质、生化反应 以及通路的综合生物信息数据库，包含多个子库

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17 GO Further Database Atlas Database Development DaTo2 Database Commons
NAR database list Database Development SQL NoSQL

18 练习 查找2019年Nucleic Acids Research 的Database issue并下载 综合评述
查找生科院2019年4月3号发表在Nature关于遗传补偿效应的文 章 PMID，DOI信息 斑马鱼UPF3A在人类中的同源蛋白，Entrez ID，Uniprot ID，序列，功 能，蛋白质结构，Interaction，通路，GO注释，表达谱等信息