基础医学之 知识源 知识库、事实库、数据库、权威专著等

权威知识库 The Visible Human Project® http://www.nlm.nih.gov/research/visible/visible_human.html 人类可视化计划是美国国立卫生研究院国立医学图书馆1986年长期计划的产物，它展现正常的人类男性与女性机体的全面的、解剖学上十分详尽的、三维结构。也包括具有代表性的男性和女性尸体的横断面CT、MR和cryosection成像。横断间隔男性为一毫米，女性为三分之一毫米。人类可视化计划的长期目标是建构一个大型知识结构体系，在可视图像与知识符号（如机体部位名称）之间建立显而易见的连接。 计划的承建者是科罗拉多大学卫生科学中心的人类模拟中心(http://www.uchsc.edu/sm/chs/)和国立大气研究中心(http://www.ucar.edu/redirects/404.shtml)。

权威知识库 虚拟器官库Virtual Organ Library http://www.anatomy.org/Education/virtual_organ_image_library/default.asp 由美国解剖学家协会（http://www.anatomy.org/）提供，由其主页将鼠标置于“Education & Teaching Tools”处即见“Virtual Organ Image Library”，点击即进入该库页面。该网页提供了丰富的解剖学图谱和成像资料的链接，每一库都包含极为丰富的图像资料。 练习：该库有哪些类图像库？

权威知识库-PhysioNet PhysioNet-the research resource for complex physiologic signals http://www.physionet.org/ “综合生理学信号研究资源”是一个由波士顿Beth Israel Deaconess医学中心/哈佛大学、波士顿大学、麦吉尔大学和MIT的研究人员，在美国国立卫生研究院的国立研究资源中心的赞助下，合作开发的项目。该项目旨在激发综合生物医学和生理学信号领域的新研究。共有三个紧密联系的组成部分：

权威知识库-PhysioNet （一）PhysioNet PhysioNet是一个在线论坛，通过提供数据合作分析以及新算法评估的设施来分发交换生物医学信号记录及其分析的开放使用软件。除提供PhysioBank数据和PhysioToolkit软件的免费电子获取入口外，PhysioNet还通过在线指南（PhysioNet Tutorial）提供用户服务与培训。

权威知识库-PhysioBank （二）PhysioBank 这些数据库有三类，一类是完全参考数据库（completed reference databases，Class 1），二类是支持已发表研究的原始数据的文档拷贝，由作者和期刊投交（archival copies of raw data that support published research, contributed by authors or journals，Class 2），第三类是其它来源数据集，包括进行中的工作（other contributed collections of data, including works in progress，Class 3）。作为对研究团体的服务，第二类和第三类数据可通过PhysioNet获得。投交的数据一经接受，都放在第二类和第三类，经同行评议和公众评论期后可能转入第一类。 练习：按数据特征例举介绍这些数据库。

权威知识源-药理学蓝色圣经 《Goodman and Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics》（《古德曼 吉尔曼治疗学的药理学基础》） 这是一本经典的药理学名著，被誉为“药理学的蓝色圣经”。各论按药物的药理学作用编排。网上可见http://www.amazon.com有售。目前尚未发现该书有网络版。 2006年由McGraw-Hill Professional公司出版第11版，Laurence Brunton、John Lazo和Keith Parker主编。 该书是医学药理学名著，反映药物作用和药物-疾病相互作用所有重要的最新进展。 药理学领域最受关注的教科书；最全面的药理学信息资源，内容涵盖所有药物种类和所有器官系统，也包括临床疾病条目；适时更新，反映最有重要价值的新进展；增设新章节“药物转运”、“药物代谢”、“药物基因组学”；各章末附以临床概述──主要药物原型临床应用相关的基本概念.

权威知识库-化学信息尖源 CHEMINFO:Chemical Information Resources (Wiggins at Indiana) http://www.indiana.edu/~cheminfo/ 印第安娜大学化学信息资源有:Chemical Acronyms Database(CAD)–化学物质缩写词库，共11000多条款目链至缩写词的全称；Chemical Reference Sources Database (CRSD)–化学参考材料库，其中包括印本参考资源、商业数据库和软件；Faculty Publications of the Indiana University Department of Chemistry (FACPUB)；Indiana University Molecular Structure Center (IUMSC)–可溶性晶体结构数据库及使其可视的Java程序。 WHO - Guide to Good Prescribing http://www.med.rug.nl/pharma/ggp.htm 《WHO良方实践手册》，有图解和纯文本两种版本。另有《WHO基本药物标准目录》2005年14版，《WHO模式处方集》2004年版。

权威知识库-化学信息源 美国国立医学图书馆化学信息数据库（NLM Chemical Information SIS-specialized information services，http://sis.nlm.nih.gov/chemical.html ChemIDplus 内含逾370，000种化学物质、synonyms、结构、regulatory list information及到其它数据库的链接。该库有两种检索方式：一是ChemIDplus Lite，以化学物质名称和登记号来检索；二是ChemIDplus Advanced，以登记号、化学物质名称、分子式、结构式、物理和毒理性质以及定位和分类数据来检索和显示。

权威知识库 CenterWatch Clinical Trials Listing Service http://www.centerwatch.com/ Trial Listings 通过治疗部位（人体器官系统）检索临床试验项目； Clinical Trial Results 临床试验结果数据库；Drugs in Clinical Trials 临床试验药物数据库；患者用药指南和相关临床研究信息。 The Merck Index OnlineSM （Last Loaded on Web: September 13, 2005，Last Update To Bluesheet: June 24, 2003）http://library.dialog.com/bluesheets/html/bl0304.html 世界著名的《默克索引》网络版。数据库的记录来自大约800种国际化学、生物医学、临床医学杂志；30多个国家注册的专利；图书；会议录；其它标准参考著作。

权威知识库 TOXNET http://toxnet.nlm.nih.gov/ 课堂练习：查看该网站主要资源有哪些？ 该网站由美国国立医学图书馆特殊信息服务部（The Division of Specialized Information Services，SIS, http://sis.nlm.nih.gov/）主持的毒理与环境卫生信息项目（Toxicology and Environmental Health Information Program，TEHIP, http://tox.nlm.nih.gov）创建，网站主要提供毒理学数据库、有害化学物质、环境卫生等方面的内容。 课堂练习：查看该网站主要资源有哪些？

权威知识库 Protein Data Bank, PDB http://www.rcsb.org/pdb/ PDB是世界上唯一一个国际性的处理实验测定的高分子三维结构数据的仓库。主要由Rutgers（新泽西州立大学）和圣地亚哥超型计算机中心（加利福尼亚大学）维护。其它参与数据处理的机构有驻址在英国的欧洲生物信息研究所大分子结构数据库组（the European Bioinformatics Institute Macromolecular Structure Database group ）和日本大阪大学的蛋白质研究所。

权威知识库 ExPASy Proteomics Server http://us.expasy.org/ 蛋白质分析专家系统ExPASy（Expert Protein Analysis System）是瑞士生物信息研究所（Swiss Institute of Bioinformatics, SIB）创建的蛋白质组学服务器，用于分析蛋白质序列和结构以及2维聚丙烯酰胺凝胶电泳（2-D PAGE）。 该系统网站还提供一系列其它软件工具，如蛋白质组学和序列分析工具、2-D PAGE分析工具、质谱分析工具等。

权威知识库 UniProt (Universal Protein Resource) http://us.expasy.org/sprot/ UniProt由SIB和EBI(European Bioinformatics Institute欧洲生物信息学研究所http://www.ebi.ac.uk/)的Swiss-Prot数据库组开发而成，包括两部分，即Swiss-Prot（蛋白质知识库）和TrEMBL（对Swiss-Prot的计算机注释补充）。前者是蛋白质序列注释数据库，库中描述蛋白质功能、其域结构、翻译后修饰我、变异等等。 后者是Swiss-Prot的补集，包括所有尚未整合入Swiss-Pro的EMBL核苷酸序列款目的翻译。

权威知识库 Database of Macromolecular Movements with Associated Tools for Flexibility and Geometric Analysis http://molmovdb.mbb.yale.edu/molmovdb/ 数据库以影片方式展示蛋白质及其它生物大分子的运动，同时提供免费结构分析软件工具的链接。 NDB Atlas of Nucleic Acid Containing Structures http://ndbserver.rutgers.edu/atlas/index.html 核酸数据库（Nucleic Acid Database，http://ndbserver.rutgers.edu/）的核酸结构图谱。图像分为放射线图像和核磁共振图像两大类，每一类下都在两种索引，即“Gallery Index”和“Index Listing(text only)”。该图谱给数据库中的每个结构提供图像及简要解说。这些图像从各种视角反映核酸的各种结构。同时提供实验室数据等相关文档的链接。 Molecular ExpressionsTM http://www.microscopy.fsu.edu/ 光学显微镜图片库。其“Molecular Expressions Photo Gallery”包含几千张全彩光学显微镜下图片和从图片库中精选出来的数字图像。

权威知识库-OMIM OMIMTM - Online Mendelian Inheritance in ManTM 《在线人类孟德尔遗传学》http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM 《在线人类孟德尔遗传》既是在线出版物，同时又是不断更新的人类基因与遗传疾病的目录。它以《Mendelian Inheritance in Man》(McKusick, V.A.: Mendelian Inheritance in Man. 12th ed., Baltimore: Johns Hopkins University Press, 1998.)为蓝本。OMIM是该书的数字化数据库版本，两者的主要差别是网络版每日更新，而印刷版内容的更新程度只能体现在最新版本中。另外网络版数据库中除包含文本信息资料外，也包括丰富的MEDLINE链接和Entrez系统中的序列记录链接以及其它相关的NCBI等网站资源的链接，印刷版则包含网络版中所不具备的序言和附录等。

权威知识库-OMIM 全库目前收载记录19048条(2006年8月统计)，主要为（可）遗传的疾病即遗传病。人们也把它看作是与人类基因组计划相伴的表型数据库。由约翰•霍金森大学(Johns Hopkins University)的Victor A. McKusick主编，NCBI开发。 OMIM中的编号系统 在OMIM中，每一条记录都给予一个独一无二的六位数编号，其中第一位表示该基因的遗传方式。以1开头的号(100000-)指常染色体(显性)基因座位或表型(创建于1994年5月15日前)；以2开头的号(200000-)指常染色体(隐性)基因座位或表型(创建于1994年5月15日前)；以3开头的号(300000-)指X连锁基因座位或表型；以4开头的号(400000-)指Y连锁基因座位或表型；以5开头的号(500000-)指线粒体基因座位或表型；以6开头的号(600000-)指常染色体基因座位或表型(创建于1994年5月15日之后)。等位变异体的命名规则是在其“母”条目的MIM编码后加小数点再加一个独一无二的四位数变异体编码。如凝血因子IX编号为306900.0001-306900.0101，ß珠蛋白基因座编号为141900，镰状血红蛋白编号为141900.0243。

权威知识库-OMIM MIM号前的(*)号、(#)（+）（%）号的意义：(*)号表示某基因座的基因所决定的表型不同于其它任何带(*)号记录所代表的基因座，且该表型的遗传方式已经证实。一般来说，每个基因座只创建唯一一个带(*)号的记录。编码前无(*)号意味着该遗传方式虽疑为遗传性但还未经证实，或者还不清楚该基因座是否不同于其它记录中的基因座。(#)号表示该记录为描述性记录，通常是一种表型的描述性记录，不代表一个独一无二的基因座，使用(#)号的原因在该记录的第一段阐述，与该表型相关的基因的讨论存在于其它记录中。在线粒体目录中，线粒体染色体组37个基因的记录标以(*)号，由这些基因中一个或多个突变引起的表型的记录标以(#)号。记录编号前的(^)号意味着该记录不再存在，原因是它已被删除或被赋以另一个MIM号。（+）表示该条目描述了一个基因的已知序列和表现型。（%）表示该条目描述了已经确认的孟德尔表现型或表现型座位，而该表现型座位的分子基础尚不清楚。条目前无记号表示该条目描述了一种其孟德尔基础虽然疑是但尚未明确或者其与其它条目的分别尚不清楚的一种表现型。（^）号表示该条目不再存在，原因是被数据库清除或转为所提示的其它条目。

权威知识库-OMIM OMIM基因图 OMIM的基因图是OMIM中收载的细胞遗传学基因定位。它是一个独立的文档，以表格形式列出自1号染色体的p端粒至22号染色体的q端粒的基因，然后列出X和Y染色体上的基因(也是按从p端粒到q端粒的顺序)。并不是所有的OMIM记录都列入基因图中，只有那些发表了细胞遗传学基因定位的文献才进入OMIM基因图。OMIM基因图可通过网络和FTP文档获得。其网络版可通过基因符号(如“SOD1”)、染色体定位(如“5”、“1pter”、“Xq”)、或疾病关键词(如“Alzheimer”)来检索。检索X和Y染色体均需大写X，Y。检索时可以指定几个字符，运用截词功能，OMIM将先指定到以这些字符开头的位置，然后使用“Find Next”钮来查找与检索词匹配的下一个记录。OMIM基因图一次显示20条记录。

权威知识库-OMIM 如果一个基因只定位于一个染色体号而不是特定的细胞遗传学基因片断，那么该记录通常显示在该染色体基因的末端。每条记录包含：基因在染色体上的位置、基因符号(也属于记录的标题)、OMIM记录的标题、MIM记录编号、特定基因突变所引起的疾病、说明、基因定位的方法、鼠。点击位置则链接到MapViewer显示该基因在所在基因片断中的位置及其它临近基因。点击MIM记录编号则链接到相关的文本资料。

权威知识库-OMIM OMIM病理图 OMIM病理图是按字顺排列的疾病及其相应的细胞遗传学定位的列表。该图也可以通过网络和FTP文档获得。OMIM病理图网络版可通过基因符号(如“SOD1”)、染色体定位(如“1pter”、“Xq”)、或疾病关键词(如“Alzheimer”)来检索。X和Y染色体需大写。也可以用数据字(如“5”)检索，但该数字可能不只出现在位置一栏。 基因图与病理图的疾病一栏中符号[]、{}、？及数据(1)(2)(3)的意义：某些“非疾病”，即导致实验室检测值明显异常的遗传变异(如dysalbuminemic euthyroidal hyperthyroxinemia)用[]括起来；{}指一些突变实例，它们导致对某种特定感染(如白喉、脊髓灰质炎)普遍易感、或导致对某种感染(间日疟)经常抵抗、防止尼古丁成瘾以及其它易感性；？号置于疾病名称前相当于绘图状况的L(绘图即定位的状况有四种，它们是C----已证实，至少在两个实验室或几个家系中观察到；P----暂定的，基于一个实验室或一个家系中的证据；I----不一致，不同的实验室结果不同；L----不定，其证据不如P强，相当于“临时”)；每种疾病名称后面的用小括号括起来的数字表明该突变定位为(1)野生型基因定位，(2)已定位的疾病表型本身，(3)二种定位兼有。

权威知识库-OMIM 检索功能: 在保持了原有的OMIM检索系统功能的同时，Entrez系统提供如下新功能： 检索分三个层次，即基本检索、高级检索和逻辑组配检索 通过Index功能可以浏览某个字段的索引来查找相关词汇及包含该词汇的记录数。 build your query one step at a time using the Preview function. 使用Limits功能限定检索字段、染色体号或记录类型来缩检。 History检索史功能：用AND，OR，NOT等逻辑组配将两个或更多检索式组配。 Display Formats显示格式：从多个显示格式中选择一种格式，显示多个记录。 Clipboard存储选择出来的记录。 利用Entrez的整合性和交叉互见性查找Entrez其它数据库中的相关记录。

权威知识库-OMIM 检索示例 Entrez中的OMIM能够解决的问题示例： (1)哪些人类基因与高血压相关? 这些基因中哪些位于17号染色体? 在检索框中输入 hypertension。 点击Limits。 在Chromosome(s)框中点击选择 chromosome 17 按 Go (建立结果链接页) 注上述检索出来的结果是在记录文本中提到hypertension的所有记录，因为缺省情况下Entrez检索所有字段。通过"Search in Field" 框可以限定所要检索的字段，如标题等。 (2)列出描述10号染色体上的基因的OMIM记录。该题有三种检索方法： 1)自OMIM主页点击 Limits ，选择chromosome 10，按Go。 2)自OMIM主页在检索框中输入10[chr]，按Go。 3)自OMIM主页，点击Preview/Index，在页面中部的检索字段下拉菜单中选择Chromosome。在检索输入框中输入10。按Preview。点击 "Result" 查看检索出的记录。

权威知识库-OMIM (3)列出含有等位基因变异体信息的OMIM记录。 该题有三种检索方法： 1）自OMIM主页点击 Limits 。在"Only Records With" 框中点选Allelic Variants。按Go。 2）自OMIM主页点击Preview/Index，在检索字段下拉菜单中选择Properties。在检索框中输入allelic variants，按Preview，点击"Result" 查看检索结果。 3）自OMIM主页，在检索框中输入allelic variants[prop] ，按 Go。 (4)检索囊性纤维化跨膜传导调节因子(cystic fibrosis transmembrane conductance regulator，CFTR)的记录并通过Entrez链接到相关的蛋白质序列记录。 在检索框中输入CFTR或全名。点击MIM号602421显示该记录。点击Display钮旁的下拉菜单击选择Protein Links，按Display。 注Entrez只链接到与OMIM记录引用的出版物有关的蛋白质序列记录。也可以链接到核苷酸序列和蛋白质结构，使用Entrez中的“related sequences”或“related structures”链接在这些数据库中作进一步浏览。

权威知识库-OMIM (5)查找p53肿瘤蛋白的记录并链接到LocusLink和p53突变数据库中的信息。 在检索框中输入p53，按Go。点击MIM号191170显示该记录。在Display钮旁的下拉菜单中选择LinkOuts按Display，然后在相关链接中选择自己感兴趣的进一步点击查阅。 从以上实例可以看出，OMIM的检索分初级检索和高级检索两种检索方式。前者即在检索框中输入一个或多个词语进行检索。后者可以通过Limits, Preview/Index, History, 和 Clipboard来加以限定或编辑检索策略来实施更为专指的检索。这些检索功能的明细请参见PubMed数据库的检索方法和OMIM help文档。

权威知识库-OMIM 几点说明 OMIM专供与遗传病有关的临床医师和其他专业人员、遗传学研究人员和科学与医学领域的高级学生使用。 另外，请注意： （1)如想知道OMIM目前包含多少条记录，则点击每日更新的OMIM Statistics . （2)OMIM并没有囊括所有遗传病。可以输入疾病名称来查看该病是否收入OMIM中。对于有同义词的疾病，OMIM自动指向同一名称。 （3)OMIM包含以孟德尔方式遗传的人类基因与遗传病的记录。虽然由于历史或其它原因有几种染色体异常如21三体和猫叫(cri-du-chat)收入OMIM中，但正常情况下由染色体失常如单体性和三体性染色体引起的遗传病不收入OMIM。 （4)OMIM收载的文献记录不如PubMed广泛，但它提供系统精炼的综述性信息，对专业人员更具参考价值。

权威知识库-OMIM GEMDatabase http://www.gemdatabase.org/GEMDatabase/index.asp 遗传学教育资料（Genetic Education Materials，GEM）是一个可检索的公共卫生遗传学政策文件和临床遗传学教育资料的目录。该网站是美国国立新生儿筛检和遗传学资源中心（National Newborn Screening and Genetics Resource Center，NNSGRC）的项目，由美国卫生资源与服务部（Health Resources and Services Administration，HRSA）母婴卫生办公署（Maternal and Child Health Bureau，MCHB)资助。目前，数据库中包括十个地区性遗传学网络开发的资料、其它HRSA资助项目开发的遗传学相关产品、美国国立卫生专业机构核准的出版物、其它政策性文档。目录常常更新、不断完善。NNSGRC网站还提供公共卫生遗传学相关的机构链接。

权威知识库 World Data Center for Microorganisms(WDCM) http://www.wdcm.nig.ac.jp/ 世界微生物数据中心网站提供全面的培养菌、微生物和细胞系数据库、以及生物多样性、分子生物学和基因组计划的信息链接。提供简单检索和字段检索两种检索方式。 International Committee on Taxonomy of Viruses 《国际病毒分类委员会》http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/index.htm 国际病毒分类学委员会（ICTV）的病毒数据库（ICTVdB）。由Dr Cornelia Büchen-Osmond（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/cornelia_fr.htm）开发维护。主页位于东北生物防御中心（http://www.dbmi.columbia.edu/lussier/BIC/）的生物医学信息学中心（http://www.nbc.columbia.edu/nbc_2/welcome.html），东北生物防御中心是美国哥伦比亚大学“Excellence in Emerging Infectious Diseases and Biodefense”的一个地区中心。该库在美国、欧洲和中国都设有镜像站.

权威知识库 IMGT服务器（the IMGT Server）http://imgt.cines.fr/ IMGT服务器是1989年建立的国际免疫遗传学数据库。它包括各种脊椎动物免疫球蛋白、T细胞受体和主要组织相容性复合体分子。它由两个库组成：IMGT/LIGN-DB为人及脊椎动物Ig和TcR数据库，包括带详细注释序列的翻译；以及IMGT/HLA-DB，即人类白细胞抗体数据库。 免疫遗传学数据（http://www.ebi.ac.uk/imgt） 是欧洲生物信息研究所提供免疫遗传学数据库的网页。免疫遗传学数据库是一个高质量的关于免疫球蛋白、T细胞受体、主要组织相容性复合体以及人类和哺乳动物免疫系统相关蛋白的综合数据库。该数据库创建于1989年，其组成部分有序列数据库、基因组和结构数据库、网站资源数据库和各种研究工具数据库。该数据库从1995年起开始互联网服务。通过这个数据库，全球的生物学家、研究人员和临床医生就可以便捷地得到相关的信息。网站提供了该数据库的免费检索服务以及EBI和EMBL等相关链接。

权威知识库 约翰.霍普金斯尸检报告数据库（Johns Hopkins Autopsy Resource）http://www.med.jhu.edu/pathology/iad.html 约翰.霍普金斯尸检报告数据库由约翰.霍普金斯大学医学院病理学系制作，包含50000例人类尸检总结报告（不含图像），旨在为尸检的病理诊断提供参考。数据库的用户已由计算机转换为NLM编制的一体化医学语言系统中的用词，提高了检索的查全率和查准率。该网站还提供了丰富的相关文献资源，包括各阶段病理信息学、成像学、网络资源的新进展等，内容多来自于期刊Archives of Pathology & Laboratory Medicine中的论文，此外还有大量的网络链接。

权威知识库 牛津大学William Dunn 爵士病理学学院（Sir William Dunn School of Pathology，University of Oxford）http://www.path.ox.ac.uk/ 哈佛大学病理学系（Department of Pathology, Harvard University）http://www.hms.harvard.edu/pathol/