PubMed数据库检索 大家好！欢迎大家参加图书馆举办的“电子资源”用户培训, 今天下午我介绍的数据库叫PubMed。

一、PubMed数据库简介 PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的医学数据库查询系统。 PubMed的网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 特点：收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备，可少部分获取原文。 P75

二、通过PubMed可检索 到如下的信息 MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录

MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家近4300种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有[PubMed--Indexed for MEDLINE]标志。 MEDLINE

PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有[PubMed--in Process]标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。 PreMedline

New Data PubMed Collect Pre-Medline Medline Process PubMed

出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[PubMed--as supplied by publisher]的标记。

以下是几条PubMed的记录，标记不同，其出自的分库也不同 图1

NCBI其它数据库的相关记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系。它们是双向网络互连的关系（见下页图）。 其它库

NCBI中通过Entrez可互查的数据库

三、PubMed页面的结构 登录 PubMed主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

PubMed页面的结构 检索提示区对各项检索功能的简单描述 检索提问区相关数据库链接、 检索提问框 、辅助检索工具 辅助功能区 Entrez简介、 PubMed服务、特有检索、相关资源

NCBI数据库 Nucleotide：DNA序列数据库 Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库 Taxonomy：微生物类别数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。

PubMed辅助检索工具 Limits （限制功能） Preview/Index（预览/索引） History（检索史） Clipboard（剪贴板或文件夹） Details（明细栏）

Journal Browser-杂志浏览器 MeSH Browser-主题词浏览器 Citation Matcher-在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。 Clinical Queries-与临床相关的疗法，诊断，病因，预后 Cubby-提供检索策略存储空间 Order Documents-购买原文 Grateful Med-连接到NLM提供的其他服务。 Clinical Alerts-公布NIH资助重要临床研究结果 Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息 PubMed Central-可免费提供全文生命科学文献 服务功能

四、PubMed的基本检索功能 词语检索及自动词语匹配 作者姓名检索 杂志名称检索 截词检索 短语检索 逻辑运算符检索

四、PubMed的基本检索功能（一） 词语检索及自动词语匹配 在检索框中键入一到多个检索词，按“GO”键，即显示检索结果。 “clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。

四、PubMed的基本检索功能（一） 自动词语匹配 如：输入vitamin c common cold，系统会将自动转换成(“ascorbic acid”[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word]) AND (“common cold”[MeSH Terms] OR common cold [Text Word])进行检索。这种处理能使检索结果更精确和全面。

四、PubMed的基本检索功能（二） 作者姓名检索 在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名，如Smith ja，系统会自动在作者字段内进行检索。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加[au]，如“smith j”[au]

四、PubMed的基本检索功能（三） 杂志名检索 在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524。 Cell transplantation [ta]

四、PubMed的基本检索功能（四） 截词检索 可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，这与Medline光盘中截词检索的用法是相同的：截词符“*”可代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。 PubMed一次最多可以检索出150个词形变异词。如staph*，可以产生150个起作用，可以采取加长词根的方法进行检索。

四、PubMed的基本检索功能（五） 短语检索 PubMed首先将键入的检索词（词组）视为合理的短语在短语索引中进行查找。如：poison ivy，PubMed将其视为词组进行查找。当PubMed没有找到该词组时，系统将自动把两个词分开进行检索； 如果不希望系统将两词分开，则需要用“”把检索词括起来，即强迫PubMed进行词组检索。如“single cell”。 当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。

四、PubMed的基本检索功能（六） 逻辑运算符检索 在检索框中输入逻辑运算符，注意要大写，执行顺序从左向右，可用括号来改变此顺序。 如：lung cancer AND smok* #1 OR #2 (#1 OR #2) AND #3

1. Limits（限制功能）:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。 五、 PubMed辅助检索工具（一） 1. Limits（限制功能）:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。

limited All Field（字段选择）：共有23个字段可供选择 Publication Types（出版物类型选择）：有8种类型 Languages（语种选择）：提供常用的7种语种 Ages（年龄组选择）：共有12个年龄段 Gender（性别选择）：男性、女性 Human or Animal（人或动物实验选择） Subsets（子集）：8个子集 Dates（日期）

五、 PubMed辅助检索工具（二） 2. Preview/Index：

检索Common Cold AND Vitamin C preview1

五、 PubMed辅助检索工具（三） 3. History: 保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后，History才能有记录。 显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND #6 单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按键可以清除History和Preiew/Index中的信息。 最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。

五、 PubMed辅助检索工具（四） 4. Clipboard：剪贴板或文件夹。用于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失。 将文献添加到Clipboard 在检索结果界面点击记录左侧的复选框，再点Add Clip。被添加到Clipboard中的记录，检索记录的数字将变成绿色。

五、 PubMed辅助检索工具（五） 5. Details：了解PubMed通过自动词语匹配功能、句法规则转换出的实际检索策略和调整、保存检索策略。在检索框下面，显示出检索结果的总数。可以在检索框中修改检索策略，再点击Search按键重新执行检索。点URL按钮，检索策略将显示在URL框中，再用浏览器的书签收藏功能保存该策略。

六、特别检索服务 Journal Browser：期刊浏览器 MeSH Browser： 主题词浏览器 Citation Matcher：单篇/多篇 引文匹配器 Clinical Queries： 临床咨询

1. Journal Browser：期刊浏览器 查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链 journals with links to full-text web sites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。

2. MeSH Browser：主题词浏览器 帮助用户查找MeSH词进行检索，浏览器提供了每个主题词的信息和层次结构，此外，用户可以直接选用副主题词来限制主题词的主要领域。如果输入的词在MeSH词表中没有，MeSH浏览器将显示相关的MeSH词。

3. Citation Matcher 单篇/多篇引文匹配器 单篇引文匹配器可通过已知的刊名、日期、卷、期、论文首页码、作者名等任一项信息查找论文的题录。经常用于核对参考文献的著录细节。 多篇引文匹配器是给出版商用的，一般用户不使用。

4. Clinical Queries临床咨询(一) 为了帮助临床医生更有效地获取PubMed数据库中一般疾病的病因学、预后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，PubMed系统设置了Clinical queries功能项。该项具备特殊的过滤器装置能将上述主题文献集中提供检索，这样可以滤除部分不相关或相关性差的文献。

4. Clinical Queries临床咨询（二） 治疗（therapy) 研究范畴 诊断(diagnosis) (Category) 病因(etiology) 预后(prognosis) 强调程度 灵敏度Sensitivity (Emphasis) 专指度Specificity

七、检索结果的处理（一） 显示检索结果(Display)： PubMed可用6种不同的格式显示检索结果，默认Summary格式。可通过Display下拉菜单选择其它显示方式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINE and ASN.1等，可以根据需要进行选择。 点击Text键，系统显示记录的纯文本形式。 点击Show键，可选择每页显示的记录条数。 点击Select Page的数字，显示相应Web页的记录 点击Sort键，可以分类显示。

Display

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各种显示方式的主要内容 Summary——作者姓名、文章题目、出处、记录状态、语种、出版物类型、PMID。 Brief——作者姓名、文章题目的前30个字母、PMID Abstract——出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、PMID等。 Citation——出处、记录状态、文章题目、作者姓名、作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、MeSH、化学物质名称、SI数据库索取号、基金号、PMID等。 MEDLINE——所有记录字段都是以两个字目格式显示，应用该格式保存套录记录可以用文献管理者软件保存。

七、检索结果的处理（二） 保存(Save) 浏览器提供的保存功能可保存当前屏幕上的结果； 点击sent to file，可以保存所有的检索结果或选择保存；系统允许以不同的显示格式保存检索结果；最多一次可以保存10000条。 可以保存Clipboard中的记录，Clipboard中最多可有500条记录。 存盘时PubMed默认文件名为“query.fcgi”。该文件名可以修改，文件格式也可在“.fcgi”和“.txt”中选择。

save 直接全部存在本地盘 订购全文Send to-Order 集中打印、存盘或订购全文时 首先点击Send to下拉按钮，选择Clipboard，将每次检索结果保存，然后再点击特征栏上的Clipboard即可。 首先选择所要存盘的数据（show），其次点击display显示所要存盘的格式，然后点Send to-file即可

save1

save2

七、检索结果的处理（三） 打印(Print) 可以利用浏览器的打印键进行屏幕上内容的打印。 如果要选择打印，可以先将所选的文献添加到Clipboard，然后再打印。

七、检索结果的处理（四） 链接(Links) 链接相关文献(Related Articles Links) PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接，在检索结果的显示状态下，每条记录的右边均有“Related Articles”超链接。点击该链接，系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。 链接NCBI数据库 Protein数据库、Nucleutide数据库、PopSet数据库、分子三维结构模型数据库（MMDB）、Genome数据库。

七、检索结果的处理（四） 链接(Links) 之二 链接外部资源——LinkOut 链接相关图书——Books 为帮助用户解决对检索结果中不熟悉的要领提供背景资料

八、PubMed与MEDLINE光盘检索比较 收录范围 √ 数据更新 检索的规范性 提供相关链接 速度及费用

实 习 近十年维生素C在普通感冒中的作用的文献（带有文摘） Vitamin C Common cold 登录PubMed