一、文摘数据库:Pubmed、 Highwire 二、原文传递系统: 外文医学信息资源检索平台 三、全文数据库:OVID 第四章、英文数据库 一、文摘数据库:Pubmed、 Highwire 二、原文传递系统: 外文医学信息资源检索平台 三、全文数据库:OVID
一、美国《医学索引》(参见教材P144-154) 有三种版本: 印刷版——Index Medicus 简称(IM) 光盘版——MEDLINE数据库 网络版——PubMed检索系统
美国《医学索引》印刷版 Index Medicus 简称IM,是美国国立医学图书馆编辑出版的、世界上最负盛名的医学文献检索工具。包括题录,文摘及部分全文。 学科覆盖 基础医学 临床医学 职业卫生 护理学 卫生管理 卫生保健 营养卫生 齿科学 环境医学 情报学 药理和药剂学 兽医学
美国《医学索引》的光盘版 MEDLINE数据库 是当前国际上最具权威性的生物医学文献数据库。 特点: 1、报道的文献量大、质量高 国家: 70多个 语种: 40多种 期刊: 4700多种 文献: 年报道量40多万篇 英文发表量: 88% 英文文摘量: 75% 我国被收期刊: 50多种 可检索年限为: 1946年至今
它的编撰队伍由医学专家和图书馆学专家组成, 2、标引的质量高、检索效果好: 它的编撰队伍由医学专家和图书馆学专家组成, 有一部完善的主题词表,能保证较高的检全率和 检准率,其标引质量之高堪称现代检索工具的典范。
PubMed数据库 美国《医学索引》的网络版 是MEDLINE数据库的网上免费检索系统,它是由美国 国立医学图书馆(National Library of Medicine,NLM ) 所属的美国生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)开发研制的网络文献 检索系统。并有许多期刊出版商参与共建。
PubMed特点: 1、资源丰富。 2、 LinkOut链接功能可以链接免费的全文期刊。 3、提供多种检索方式。 4、为检索结果提供多种的显示格式和保存方式。 5、报道速度比MEDLINE更快,内容更新。
Pubmed 数据来源与收录范围 (1)Medline数据库 ---[PubMed] (2)Premedline数据库 --- [PubMed - in process] 正在加工处理中的文献,这些数据经规范处理后, 每周转入MEDLINE数据库一次,并从此库中删除。 (3)出版商提供的电子文献---[PubMed - as supplied by publisher] (4)NCBI其它数据库的相关记录
Medline数据库 此类文献早于印刷版 由出版商提供的检索记录 Premedline数据库 PMID---Pubmed identifier 本条数据在数据库中的唯一标识号
PubMed刊物收录 收录期刊:5400多种 英语文献:90% 摘 要 量:79% 年增文献:60余万条 检索年限:1865年至今
NCBI数据库平台 http://www.ncbi.nlm.nih.gov 常用资源 资源分类 包含的子库 下载 提交 学习 发展 分析 研究 通知
进入了完整的 数据库群平台 基因 在线生物医学图书 Pubmed的主题索引 NLM收录的图书、期刊等目录 生物医学文献数据库 免费期刊全文文献 基因型和表型研究 蛋白质 基因检测注册表 医学遗传学文献及链接 蛋白质序列 孟德尔人类遗传数据库 族姓蛋白质 临床疗效,疾病和药品报告 结构 基因组数据 核酸序列数据库 基因测试序列记录库
H7N9 跨库检索 点击数字可进入 相应数据库的结 果页面
Pubmed检索结果页面
Pubmed数据库进入 检索框空白 入口1 入口2
检索区 Pubmed 首页 专项数据库 使用帮助 专项检索区
检索方式 1、简单检索 2、高级检索 3、主题检索 4、作者检索 5、期刊检索 6、刊物信息检索 7、单篇引文匹配器检索 8、临床研究检索 1、简单检索 2、高级检索 3、主题检索 4、作者检索 5、期刊检索 6、刊物信息检索 7、单篇引文匹配器检索 8、临床研究检索 教材中P146页还介绍了截词检索、字段限定检索、布尔逻辑检索、短语精确检索等检索方式,这些作为基本的信息检索方法是大部分搜索引擎和数据库都支持的,使用起来也差不多。所以我们这里不再进行单独介绍。
1、简单检索---直接输入检索词检索 aids 4
限定条件:文献内容类型、文本类型、出版时间、年龄、性别、来源库、检索字段等 显示格式:默认格式为 Summary格式,每页显示20条记录,按加入系统的日期排序 结果总数 篇名字段 检索结果按年份柱状图 作者字段 刊 名 字 段 刊期字段 条目识别号PMID 检索结果 显示页面 限定条件:文献内容类型、文本类型、出版时间、年龄、性别、来源库、检索字段等 相关检索 PMC中的图片检索
检索结果格式设置 格式 每页显示结果数 排序方式 最近添加 出版日期 第一作者 最后一个作者 期刊名称 题名/篇名 相关度 题录格式 题录Txt 文摘格式 文摘txt Medline XML格式 PMID列表
格式设为:summary(text),5 per page,sorted by pub date 题名 作者 PMID 期刊名 出版日期及刊期 PubMed central PMCID
比Summary格式多了作者单位、地址、邮箱、关键词、文摘和全文图标字段 设置格式为:Abstract, 5 per page, sorted by pub date 刊名字段 刊期字段 篇名字段 作者字段 作者单位、地址、电子邮箱 Abstract 比Summary格式多了作者单位、地址、邮箱、关键词、文摘和全文图标字段 文摘字段 全文链接图标
Medline格式 字段缩写,全称对应见教材P147 此格式的特点是: 字段分解的特别详细,检索标识丰富,每个字段都是一个信息点。
检索结果保存格式 注册 Send to 结果保存 1、建立自己的NCBI空间,需要进行注册。点击右 剪贴板 电子邮件 我的目录 文档txt 我的ncbi 订购原文 下载到文件管理系统 1、建立自己的NCBI空间,需要进行注册。点击右 上角的 Sign in to NCBI,在打开的页面注册即可。 可用来保存检索式,定期跟踪最新研究内容。 2、剪贴板可保存500条记录,8小时候自动清除。
Link Out---链接功能 提供全文链接、 其它库的链接
检索原理 cancer 系统将检索词在主题词表、刊名转换表、作者转换表间进行自动转换,然后检索。 Search details具体检索式: "neoplasms"[MeSH Terms] OR "neoplasms"[All Fields] OR "cancer"[All Fields]
2、高级检索---Advanced 点击进入
检索字段 检索输入框 标引词汇列表 预检索 检索历史 逻辑运算符 增加/减少 检索框 检索式 编号 之前的检索式 添加进检索框 检索结果数量 检索时间
标引词汇列表:可以根据提示及检索结果数量,直接选择检索内容 Show index list heart Heart(1064172) 显示前200个与heart相关的检索内容及文献数量
例:检索2005年在BMJ期刊上发表的题名中含有gene therapy的文献 分析课题: ◇检索点:出版时间---2005年 期刊名称---BMJ 文献题名----gene therapy ◇逻辑关系: AND,同时含有所有点 ◇检索方法:用高级检索分别输入检索内容, 然后预检索。
出版时间(Date-publication) 逻辑关系 期刊名称(Journal) 题名(title) 预检索 结果1篇, 可点击查看
免费全文
高级检索特点 ※可以从标引词汇列表中选择检索词。 ※可以进行预检索,根据检索结果数量,再调整检索式直到结果满意为止。 ※复杂检索时,可以通过先单个检索,再组合形成完整的检索式进行检索的方式。
3、主题检索 入口1 2
主题检索是将检索词转换为系统标引的主题词进行的检索。保证较高的查全率和查准率。省时省力。 更多资源 使用指南
确定主题词的步骤 进入MeSH主页 点击NLM MeSH Homepage, 进入主题词库首页 点击MeSH Browser, 进入主题词库检索页面
主题词库首页
主题词浏览
主题词字段Main Heading Terms 树状导航 MeSH Browser 主题词检索页面 检索词输入框 包含所有词 包含检索词中任一词 精确检索 所有字段 主题词字段Main Heading Terms 副主题词字段 补充概念字段 Mesh中的标识码 注释中自由词 化学物质检索限定如下字段
树状结构导航 解剖学 组织学 疾病 化合物和药物 分析、诊断、治疗技术及设备 精神病学和心理学 现象和过程 人类学、教育、社会学和社会现象 学科与职业 人类学、教育、社会学和社会现象 科技、工业、农业 人文学 信息科学 人群的划分 健康护理 出版物特征 地图
例:查找乳腺癌的主题词 Neoplasms[C04]+肿瘤
Neoplasms by Site肿瘤按部位分 Neoplasms[C04]+肿瘤 Neoplasms by Site肿瘤按部位分 树状结构号,标示该词在树状结构中的位置 Breast Neoplasms乳腺癌
例:检索糖尿病的主题词 ( diabetes、diabetic、diabetes mellitus)
如果输入一个检索词检索后,出现此类页面,说明输入的检索词不是该主题词的入口词。 解决方法: 1、更换其他的检索词重新检索; 2、直接从此列表中辨别。
出现此表格页面,说明找到了检索内容的主题词。 糖尿病的主题词 树状结构号 注释 范围说明 入口词 出现此表格页面,说明找到了检索内容的主题词。 副主题词缩写 组合输入 标引时间 Mesh标识码
下半页 树状结构 上位词 主题词 下位词 同位词
例:检索2009-2012年发表的题名或文摘中含有糖尿病的药物治疗方面的综述文献。 分析课题: 1、检索点:出版时间:2009-2012年 检索主题:糖尿病的药物治疗 检索字段:题名或文摘(title/abstract) 文献类型:综述(review) 2、检索方法:主题检索,先确定糖尿病的主题 词,再选择副主题词“药物治疗”, 检索文献,最后限定条件再进行检索。
下边的这些词是系统中与糖尿病相关的主题词 把主题词复制粘贴到Mesh框中 下边的这些词是系统中与糖尿病相关的主题词
系统中有60个相关主题词
糖尿病的 主题词页面 副主题词, 用来限定主题词,缩小检索范围 限定在主要主题词字段 不扩展下位词
选择所需副主题词, 点击右侧第一个按钮 Drug therapy
形成检索式:主题词/副主题词, 再点击第二个按钮 "Diabetes Mellitus/drug therapy"[Mesh] 格式:主题词 / 副主题词 从MeSH数据库跳转到 Pubmed数据库
Pubmed中关于糖尿病的药物治疗的文献数 检索式 Pubmed中关于糖尿病的药物治疗的文献数 选择条件 ,进一步缩小范围
2009-2012年发表的题名或文摘中含有糖尿病的药物治疗方面的综述文献 结果数量2570条 限定条件
或diabetes and drug therapy 三种检索方式对比:例题的简单检索 检索式:diabetes drug therapy 或diabetes and drug therapy 皆可 结果数量387条 三个糖尿病英文词 分别检索后 结果总数为近9千条,太多无从选择 主题检索 结果2570条
高级检索 diabetes、diabetic、diabetes mellitus 选择检索字段 Title/Abstract
同样方法检索 drug therapy 选择检索字段 Title/Abstract
点击检索式前边的Add将检索式添加到框中 将单个检索式组合起来 主题检索 结果2570条 点击检索式前边的Add将检索式添加到框中 结果数量1377条
简单检索、高级检索、主题检索比较 简单检索,使用方便,但查全查准率低。 高级检索,适合复杂问题的检索,可以通过单个检索式组合的方式完成复杂问题的检索,且可以进行预检索,根据结果数量调整检索式。查准率高于简单检索,费时。 主题检索,过程略显复杂,但可程序化操作,熟练后也可以快速完成复杂问题的检索,较其它两种检索方式省时、省力。查全率、查准率最高。
例:检索2010年以来有关肥胖导致糖尿病的文献 分析课题: ◇检索点:出版时间---2010年至今 检索内容----糖尿病的病因、肥胖 ◇逻辑关系: AND,同时含有所有点 ◇检索步骤: ① 用主题检索先确定糖尿病、肥胖的主题词; ②分别检索有关糖尿病病因的文献、肥胖的文献。 ③高级检索中的history功能把两个检索式组配起来检索。
确定主题词 肥胖:fat、obesity 出现此页面,说明fat不是入口词
主题词:obesity
糖尿病主题词 diabetes mellitus 找副主题词—病因,然后组成检索式检索
检索式
关于糖尿病的病因方面的文章
检索关于肥胖的文献 因其没有副主题词, 故不用选副主题词
关于肥胖方面的文章 点击Advanced
到高级检索组配最终的检索式 刚才的检索
组配最终的检索式
2010年以来有关肥胖导致糖尿病的文献
4、作者检索 方法1、用简单检索,直接输入姓名如Deng F,点击search,然后在左侧的限定条件中选择author. 628 Deng F Deng FG Search fields 检索字段 Deng FY
方法2、用Advanced检索,选择字段Author,然后输入姓名(如Deng F),再点search. 628 Deng F Deng F Deng FG Deng FY
5、期刊文章检索---方法同作者检索 简单检索,输入刊名,点击search,再限定字段Journal. 高级检索,先选择字段journal,再输入刊名,点击search 163118条 162754条 结果数量不同:是因为简单检索时系统扩展了检索内容。扩展了:Journal of Zhejiang University. Science浙江大学学报(科学版)
6、刊物信息查询 该刊的 详细信息
7、单篇引文匹配器 根据已知内容快速的找到某篇文章 期刊名称 出版日期 卷 期 起页 作者姓名 仅第一作者 仅最后一个作者 标题
例:检索石京山2012年在《Exp Biol Med(maywood)》第237卷第8期上发表的题名中含有astroglia的文章。
8、临床研究检索 Clinical Queries
三个方面的检索用这一个检索框,分别查看每列下对应的结果 此检索仅限为特定的临床研究领域 三个方面的检索用这一个检索框,分别查看每列下对应的结果 系统评价、临床试验评论、循证医学等 某种疾病 的临床研究 医学遗传学
Diabetes mellitus 病因 诊断 治疗 预后 临床指南 糖尿病治疗方面 糖尿病的系统评价方面 糖尿病的医学遗传学方面
二、HighWire数据库(见P237) 全球最大的、提供免费全文的在线学术文献出版商之一,1995年由美国斯坦福大学图书馆创立。 目前已收录3546种期刊、图书等文献类型。 学科涵盖生命科学、医学、物理学、社会科学及一些非期刊性质的网络出版物。 其中医学和生命科学的免费文献增加最快。
检索方式 检索(Search) 浏览(Browse)
Search highwire-hosted journal now http://home.highwire.org Publications:3546 Articles:7,100,000 Free full-text articles:2,344,449 Researchers研究人员 Search highwire-hosted journal now 点击进入检索页面
检索范围:highwire协助出版的期刊、包含pubmed在内、 逻辑运算符: any=OR all=AND Parase=输入词组 系统默认all 检索内容 时间限定 1753-2015年 Browse浏览 检索范围:highwire协助出版的期刊、包含pubmed在内、 自己感兴趣的期刊 只检综述文献 作者检索: 输入格式:姓的全拼,名字首字母。如smith,js. 引文检索: 输入要查找文献的年、卷、页码
例:检索2012-2013年发表的题名中含有cancer的综述文献。 排序方式 结果总数 每页显示数量 标准格式 文摘格式 收费全文($32.00) 文献信息包含: 题名、作者、刊名、出版时间及卷、期、页码 无标价的为免费全文
免费全文
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Browser : by topic(文献浏览) 生物科学 人文学 医学 物理学 社会科学
三、外文医学信息资源检索平台 校内数据资源 由国家卫生部主管、中华医学会主办、北京康健世讯科技有限公司承办,中华医学电子音像出版社编辑出版。 由PubMed/MEDLINE期刊、免费OA期刊、SCI期刊、临床核心期刊等30993种生物医学期刊整合而成。 涉及基础医学、临床医学、内科学、外科学、预防医学、卫生学、药学、药物化学、卫生保健以及医学边缘学科等。 主要功能:原文传递
校园网—组织机构—图书馆—数字资源—外文数据库—外文医学信息资源检索平台
在进行文献传递时需用此用户名、密码登录
检索肺气肿治疗方面的论著文献
选择保存地址后,点击“直接打开” 点击保存 全文获取通道揭示
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四、全文数据库--OVID LWW (见教材P154-160) 校内数据资源 OVID Lippincott Williams&Wilkins(OVID LWW)是世界第二大医学专业出版社,已出版279种医学期刊。 包含:LWW出版的279种期刊全文; 本校购买的全文资源; 美国生物学文摘(BIOSIS Previews); Medline不同时段的数据库。
校园网--图书馆--数字资源—外文数据库 OVID LWW 国外全文期刊数据库
遵义医学院购买的全文 Ovid期刊1000多种期刊的摘要 MEDLINE在加工和没有标引的文献 美国生物学文摘,2001-2014 Ovid中MEDLINE1946-今 MEDLINE1996-今 MEDLINE在加工和没有标引的文献 Ovid中MEDLINE1946-1965 先选择要检索的数据库,才能进入
美国生物学文摘 BIOSIS Preview 是生命科学领域最重要的文摘数据库之一,完整收录生物学和生物化学领域的研究文献。 包括植物学、动物学、微生物学、实验、临床和兽医、生物技术、环境研究、农业、生物化学、生物物理学、生物工程等学科。 收录6500多种期刊的论文、会议论文、综述、技术信件和注释、会议报告、软件和图书等。
简单检索 检索栏 扩展相关内容 常 用 限 制 中文版
检索范围 链接 检索词 查看全文 题名 作者 出处 来 源 检索词高亮标示 结果数量
全文
引文检索 文献标题 期刊名 作者名 卷 年 期 页码 出版者 唯一标识码 文献系统标号
字段检索
高级检索 按关键词、作者、题名或期刊名称检索
多字段组合检索
课堂总结 一、PubMed数据库的8种检索方式 二、highwire数据库的使用 三、外文医学信息资源检索平台 四、OVID数据库的使用
多练习,多使用, 英文数据库也一样可以用的很熟练。 在解决问题的同时,提高自己的英文水平。