计算机科学与生命科学(11) 生物信息学基础 2013年秋季学期通选课程 上课时间:周一 18:30点 上课地点:软件园4区502d

Slides:



Advertisements
Similar presentations
关于德国立能的疑难解答. Page  2 德国立能真正有效果吗?多长时间有效?  答:立能产品来自国际航天科技,曾作为国家机密封存了 20 年之久,一经投入民用市场就迅速受到高端人群和有识 之士的追捧!它的实验效果立竿见影,坚持使用时间越久, 对脊柱养护和人体整体的健康保健效果越好!
Advertisements

三 图 形 设 计 的 方 法 与 表 现. 本章节学习目的 : ( 1 )熟练把握图形设计的方法程序,注 重理论与实践性相结合; ( 2 )掌握图形的基本表现形式和语言元 素的运用能力; 重难点: 充分运用图形思维能力,并将图形设 计基础方法和表现应用在设计实践中,注 重在表达上具有趣味性和准确性。
LOGO 理 气 药理 气 药. 本章学习要求  ( 一 ) 概述部分 掌握行气药的功效、主治、性能特点、配伍应用及使 用注意。 了解行气药及有关功效术语的含义。 ( 二 ) 药物部分 掌握橘皮、枳实、木香、香附、川楝子的性能、功效、 应用、特殊用法及特殊使用注意。 熟悉青皮、乌药、沉香、薤白的功效、主治及特殊用.
中秋节 作者:杨露. “ 团圆节 ” “ 秋暮夕月 ” 的习俗 中秋拜月 热爱中秋佳节 每年农历八月十五日,是传统的中秋佳节。 这时是一年秋季的中期,所以被称为中秋。在中 国的农历里,一年分为四季,每季又分为孟、仲、 季三个部分,因而中秋也称仲秋。八月十五的月 亮比其他几个月的满月更圆,更明亮,所以又叫.
LOGO 郑州市第二十六中学 张松晨 承斑斓梦想 铸精神乐园 -- 教师发展学校试点工作阶段性成果.
高雄市議會第 2 屆第 2 次定期大會 高雄市政府秘書處業務報告 報告人:處長陳瓊華 104 年 10 月 29 日.
教师队伍建设 组员:王英利 赵香媖 侯娟. 主讲内容 2. 中小学教师队伍建设 1. 职业教育师资队伍建设国际比较 3. 高校教师队伍建设与管理.
LOGO 江苏省徐州财经高等职业技术学校:张峰 —— 心理问题揭秘. LOGO 说课内容 一、说教材 二、说学情 三、说教法与学法 四、说教学过程设计 五、说板书设计.
LOGO 中国旅游地理 学习情境三. 学习目标 了解中国旅游区划的各种不同方案 掌握中国旅游交通运输网络的组成 熟悉主要旅游区域的旅游交通运输 网点。
LOGO 市场部 XX 上市赏车惠. LOGO Page  2 活动目的及背景 1 、 XX 品牌刚入住 XX ,意向客户和品牌知名度严重不足,新车 上市急需提升车型品牌知名度。 2 、提升的品牌文化,倡导一种年轻、时尚和个性的生活方式, 让更多的人们加入到一族。 3 、增加展厅人流量,促进潜在消费者试乘试驾,提高预购.
LOGO 三年二班主题班会 我们的节日 —— 清明节. LOGO Page  2 《英 雄 赞 歌》 鲜花 象灿烂的火把燃烧在眼前 …… 五星红旗 象熊熊的烈焰映红了苍穹 …… 面对庄严的墓碑 我们心如潮涌 面对先烈的英灵 我们热泪盈眶 …… 耳边,仿佛还震荡着激烈的枪炮声 眼前,好像还弥漫着战斗的浓浓硝烟.
化学制药工艺学 沈阳药科大学 知识模块 1 绪论. 沈阳药科大学制药工程学院 LOGO 知识点 1 化学制药工艺学及其研究内容 知识点 2 世界制药工业的发展现状 知识点 3 我国医药工业的现状和发展前景 知识模块 1 绪论 国家级精品课程 沈阳药科大学制药工程学院.
慢性扁桃体炎 本模板来源于网络,由第一课件网整理发布,免费分享给大家使用。
提 纲 三次考察与改革的回顾 1 学院三周来的新面貌 及下一步工作思路 2 凝心聚力、团结协作、狠抓落实 3.
教育部顧問室海洋教育先導型計畫 補助計畫課程 課程名稱:跟著鄭和下西洋
品牌管理 -STARBUCKS 指導教授 : 盧淵源 教授 第三組員 林彭榮 藺寶欽
統一星巴克由美國 Starbucks Coffee International 與台灣統一集團的統一企業、統一超商三家公司合資成立。
——以通渭县图书馆青树小项目“携老上网游”为例
凱琪的包裹 這個故事是發生在第二次世界大戰後的歐洲。故事 藉由美國及荷蘭的兩位小女孩,因書信的往來而發
作者: 坎達絲.弗萊明 繪者/攝影者 : 史黛西.崔森.麥昆 譯者:劉清彥
材料0902 高美琪 LOGO.
第一学段活动性评价 小学数学活动性评价设计例谈 拱墅区教育局教研室 孙钰红.
科学评价观下的幼儿全面发展评价 湖北省武汉市青山区教科研中心 胡秀玲.
    第三章:中国的自然资源    第二节  中国的土地资源.
论设备监理 在构建能源互联网中的重要作用 LOGO 华铁工程咨询有限责任公司 郑 旭 日 –--总监理工程师
大学数学课程建设及改革 Company Logo 山东理工大学理学院
产品知识入门.
突出“五化”实践 提升师生竞技水平 安徽省汽车工业学校技能大赛经验介绍.
大二上工作总结及大二下工作计划 ———————自动化09-3班.
快捷生活 ——王雨柠 f 王圣杰 f 王亦磊 f 李阳 f
LOGO 毕业实习要求 数学计算机科学系 潘杨友.
案例:社區參與式活動規劃 前言:規劃活動要經常想到社造精神 因為‧ ‧‧ ‧ 所以‧ ‧‧ ‧ 83年從日本引進推動「社區總體營造」工程
政府採購法規概要 報告人:杜國正 行政院公共工程委員會企劃處.
2013浙江省行测专题 密卷解析及备考冲刺 罗 姮.
新建本科院校 应用型人才培养若干问题探析 张德江.
黄石市富宏机械制造有限公司 融资计划书.
老子的素朴 厦门大学计算机科学系 庄朝晖.
之 魔 析 妖 鬼 解 怪 大 沈家仪小组出品.
第六课 师爱助我成长 我爱我师 导入 新课 进行 新课 练习 拓展.
南台科技大學 報告人 萬金生 教授 中華民國一0二年七月二日
中狮基金 年度工作计划 张国筠.
中国好看的PPT模板网: 搜集整理发布
提升教师素养 提高教育质量 北京市东城区学术委员会 郑克强
易制毒化学品的具体分类和品种 第二类 1 苯乙酸 2 醋酸酐 3 三氯甲烷 4 乙醚 5 哌啶 第三类 1 甲苯 2 丙酮 3 甲基乙基酮
第三章 心理安全 广西师范大学 罗蕾.
第九章 长期资产及摊销 2017/3/21.
俄语字母的发音体系 阅读规则.
寻常物 内涵深 ——“借 物 喻 人”写作方法指导 科目:语文科 授课老师:陈亮清 单位:越秀区惠福西路小学.
时间管理 -----高一团体辅导.
生 物 信 息 学 Bioinformatics 巩晶 癌症研究中心 山东大学 医学院
本课件是由精确校对的word书稿制作的“逐字编辑”课件,如需要修改课件,请双击对应内容,进入可编辑状态。
俄罗斯历史之路 千年回眸 主讲老师 李朝霞.
世界地球日 北京市京源学校 侯小波.
项目管理风险流程图 巴中市交通运输局.
LOGO 公 民 与 法 法务审计部 2014年8月22日.
第一章 地球和地图 第三节 地 图 的阅读.
新员工入职培训之—— 团队精神及忠诚度.
我參與,所以我分享更多 豐原高中 潘淑滿.
序列分析(一) 一一序列比对.
教專評轉型規劃草案說明 臺中市教專中心秘書 張素女
大綱 *專題演講介紹 *大陸醫療的改革與發展 *海報發表文章分享 2012海峽兩岸醫院院長論壇行後報告 ‧台北
机械制图:绘制正五角星 徐霄宇.
專利資料視覺化分析平台 功能畫面介紹 2015/11/02 資料服務組
廣告學程面試題目.
9.
百週年專刊.
阅读全文 Microsoft SharePoint 新闻
项目商业计划书内容模板 — 说明 该模板仅为商业计划书内容模板,仅列举材料所应包含内容:封面、理论基础、技术来源、技术门槛、团队简介、创新突破、应用前景等。 模板中LOGO、标题、文本框及字号格式等并非大赛要求样式。大赛并未对商业计划书的背景、格式、各部分篇幅和顺序等方面提出具体要求,请各参赛队伍根据实际情况自行设计编写,整体篇幅不超过15页。尽量采用图文并茂的方式进行展现。
德育网新闻发布规范 培训单位:暨大研究生会组织编辑部 本模板来源于网络,由第一课件网整理发布,免费分享给大家使用。
Presentation transcript:

计算机科学与生命科学(11) 生物信息学基础 2013年秋季学期通选课程 上课时间:周一 18:30点 上课地点:软件园4区502d 主讲人:魏天迪 讲义网址:http://www.mbtech.sdu.edu.cn/biocomp/

多序列比对 常用的多序列比对工具包: ClustalW – 最广泛使用的 T-coffee – 最新的 MUSCLE – 最快的

多序列比对 常用的多序列比对工具包: Clustal是最早的多序列比对软件, ClustalW是Clustal的最新版本。至今它已经有35,000 多次文献引用,是在生物学领域中被引用最多的多序列比对软件。

A List of ClustalW Servers 多序列比对 常用的多序列比对工具包: A List of ClustalW Servers Name Location URL EBI Europe http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2 PIR USA http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/multialn.shtml EMBnet http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html BCM http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/Options/clustalw.html GenomeNet Japan http://www.genome.jp/tools/clustalw DDBJ http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html Strasbourg http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation /ClustalW

氨基酸基本结构 氨基 酸根 侧链

氨基酸性质 疏水 亲水 负电 正电

多序列比对 常用的多序列比对工具包: EMBL ClustalW http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2 红: 疏水 蓝: 酸性(负电) 紫红: 碱性(正电) 绿: 羟基 + 胺基 +

多序列比对 常用的多序列比对工具包: EMBL ClustalW http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2 (*) 绝对保守的位点 (:) 拥有大致相同大小的氨基酸并且这些氨基酸的亲属水性相似。 (.) 拥有大致相同大小的氨基酸或亲属水性相似的氨基酸。

多序列比对 常用的多序列比对工具包: T-coffee是近几年发表的多序列比对软件,很准确,速度相对慢一些。 http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/play?name=regular

多序列比对 常用的多序列比对工具包: T-Coffee Mirror Sites http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/play?name=regular T-Coffee Mirror Sites Name URL SIB http://tcoffee.vital-it.ch EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee CNRS http://www.igs.cnrs-mrs.fr/Tcoffee/tcoffee_cgi/ index.cgi Max-Planck http://toolkit.tuebingen.mpg.de/t_coffee CBSU http://cbsuapps.tc.cornell.edu/t_coffee.aspx EMBnet http://www.es.embnet.org/Services/MolBio/t-coffee

多序列比对 常用的多序列比对工具包: T-Coffee http://tcoffee.crg.cat

多序列比对 常用的多序列比对工具包: T-Coffee http://tcoffee.crg.cat fasta_aln file score_html file phylip file clustalw_aln file

多序列比对 常用的多序列比对工具包: MUSCLE是一个运算速度较快的多序列比对软件。 Home page : http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

多序列比对结果的查看编辑器 http://www.jalview.org/

多序列比对中找保守区

多序列比对中找保守区 http://meme.nbcr.net/meme/cgi-bin/meme.cgi

序列Logo en = (20 - 1) / 2*ln(2)*n entropy: 熵 en: 小样本检验修正 TRVGNYEMGRTLGEGSFAKVKYAKNTVTGDQAAIK KQTISYMAERVVGTGSFGIVFQAKCLETGESVAIK VVGGKFKLGRKLGSGSFGEIFLGVNVQTGEEVAVK VIGGKFKLGRKIGSGSFGELYLGINVQTGEEVAVK VSKKYVPPLRPIGRGASGIVCAAWNSETGEEVAIK MGADDFELLTMIGKGAFGEVRVVREINTGHVFAMK 对于某一列来说: 每个字母的高度 Height = fi * R (i=1,…,20) (f是出现频率) R = log2(20) – (entropy + en) entropy = -∑fi * log2(fi) en = (20 - 1) / 2*ln(2)*n entropy: 熵 en: 小样本检验修正 在线软件WebLogo:http://weblogo.berkeley.edu/