The library readers training team PUBMED数据库使用 图书馆读者培训小组 简卡 The library readers training team
主要内容 一、数据库概况(Overview of database) 二、检索特点(the characteristics of search) 三、检索方法(the search method) 四、检索结果管理(How to manage the result)
一、数据库概况 (Overview of database ) (一)数据库简介(introduction of database ) (二)启动数据库( How to start the database ) (三)著录格式及字段标识符介绍(introduction of bibliographic format and field identify symbol )
(一)数据库简介 (introduction of database ) ★ Pubmed是美国国立医学图书馆 所属的国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)1997年开发建立的MEDLINE网络版。 ★检索生物医学期刊论文的重要工具 ★提供免费检索服务
收录范围(record range) 1 、MEDLINE 2 、In Process Citations(PreMEDLINE ) (临时性医学文献数据库) 3 、Publisher supplied citations (出版商直接提供的文献信息)
(二)启动数据库 (How to start database ) (2)、图书馆网页 数字资源 外文数据库 Pubmed (1)、www.pubmed.gov (2)、图书馆网页 数字资源 外文数据库 Pubmed
(三)著录格式及字段标识符介绍 (Introduction Of Bibliographic Format And Field Identify Symbol)
1、著录格式(bibliographic format ) 文献篇名 链接相关文献 作者名 文献来源 链接免费全文
2、字段标识符 标识符 字段名 TI Title(篇名) AU Author(著者姓名) AD Address (地址) 标识符 字段名 TI Title(篇名) AU Author(著者姓名) AD Address (地址) LA Language of Article(文献语种) DP Publication Date(出版时间) AB Abstract (文摘) JOUR journal (期刊名称) PT Publication Type(出版类型) MH MeSH Terms (医学主题词)
标识符 字段名 PMID PubMed Unique Identifier(数据库识别号) CY Country (出版国家) 标识符 字段名 PMID PubMed Unique Identifier(数据库识别号) CY Country (出版国家) PT Publication Type(出版类型) IS ISSN (国际标准刊号) EDAT Entrez Date (入库时间) TA Journal Title Abbreviation (期刊名称缩写) GS GeneSymbo (基因符号) UID Unique Identifiers (特别识别码)
二、数据库特点 (Characteristics Of Database) (一)词汇自动转换 (二)截词检索 (三)强制检索
(一)词汇自动转换 1、 MeSH Translation Table (MeSH 转换表) 2、Journals Translation Table(刊名转换表) 3、Phrase List(短语表) 4、Author Index (著者索引)
AIDS
AIDS Details用于查看PubMed的检索策略 1、 MeSH Translation Table (MeSH 转换表)
"acquired immunodeficiency syndrome"[MeSH Terms] OR ("acquired"[All Fields] AND "immunodeficiency"[All Fields] AND "syndrome"[All Fields]) OR "acquired immunodeficiency syndrome"[All Fields] OR "aids"[All Fields]
2、Journals Translation Table(刊名转换表) new england journal of medicine 2、Journals Translation Table(刊名转换表)
3、Phrase List(短语表) 如果PubMed 系统在MeSH和刊 名转换表中未发现与检索词相匹配的 词,就会查找短语词表。
如果键入的词语是一个后面跟有1~2个字母的短语,系统即检索著者索引 4、Author Index (著者索引) shi js 如果键入的词语是一个后面跟有1~2个字母的短语,系统即检索著者索引
* (二)截词检索 截词通配符 : 输入bacter * ,可检索出bacteria, bacterium, bacteriophage等单词。 说明: 将不执行转换功能; 截词检索只限于单词,对词组无效 infection*可检索“infections” 但不能检索出“infection control”
(三)强制检索 如果检索词未能在词汇自动转换中找 到匹配词。系统则将检索词强制分解成单 词,再分别查找匹配词。最终没有匹配词 的话,短语中的单个词则用AND连接,在 全部字段中查找。 例: 键入pressure point ("pressure"[MeSH Terms] OR "pressure"[All Fields]) AND point[All Fields]
短语不被分割匹配的检索功能: 如果不想短语被强制断开,则需 对短语加双引号。 例如: “single cell” single cell
检索策略对比 “single cell” single cell "single cell"[All Fields] ("single person"[MeSH Terms] OR ("single"[All Fields] AND "person"[All Fields]) OR "single person"[All Fields] OR "single"[All Fields]) AND ("cellular phone"[MeSH Terms] OR ("cellular"[All Fields] AND "phone"[All Fields]) OR "cellular phone"[All Fields] OR "cell"[All Fields] OR "cells"[MeSH Terms] OR "cells"[All Fields])
三、检索方法 (the search methods) (一)基本检索(Basic Search) (二)高级检索(Advanced Search) (三)限定检索 (limits) (四)期刊检索 (Journal Search) (五)著者检索 (Author Search) (六)主题词检索(MeSH Browser)
(一)基本检索 (The Basic Search) 1、词语检索 2、字段限制检索 3、逻辑组配检索
(一)词语检索 在pubmed主页的检索输入框键入英文单词或短语(不分大小写)后回车或点击【serch】,Pubmed即进行检索,并将检索结果显示在主页下方。 例:键入”cancer”后回车,Pubmed开始检索并将检索结果显示出来。
限定、高级检索、帮助 检索输入框 工具与资源:提供期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索等 默认检索界面
cancer
检索结果 结果显示目录 检索内容
(二)字段限定检索 在pubmed主页的检索输入框键入英文单词或短语(不分大小写)+【字段名】后回车或点击【serch】,Pubmed即进行检索,并将检索结果显示在主页下方。 例:键入”cancer【TI】”后回车,Pubmed开始检索并将检索结果显示出来。
Cancer[ti]
(三)逻辑组配检索 Pubmed系统允许使用布尔逻辑检索式进行检索 如:cancer AND therapy AIDS OR Acquired Immunodeficiency Syndrome 逻辑符的运算次序是从左至右,括号内的检索式可作为一个单元,优先运行。
布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识以限定字段检索,(字段标识符要用[]括起来,位于检索词之后),其表达式格式为: 检索词[字段标识]+空格+逻辑运算符+空格+检索词[字段标识] 例如:DNA[mh] AND Martin FL[au] AND 1993[dp]
(二)高级检索(Advanced Search) 选择高级检索
将检索词限定字段、逻辑组配后添加到检索区中 高级检索界面 检索区 将检索词限定字段、逻辑组配后添加到检索区中 检索词索引 检索步骤说明 检索历史 更多资源
DNA[mh] AND yang jh[au]
(三)限定检索( Limits ) 点击“Limits”按钮,其下方有多种限定条件供用户选择,在Limits状态,可进行如下各种限定: “字段、作者、期刊,年龄、性别、人或动物、语种、文献类型、出版年份、子集数据库”等
Limit可限定内容 日期 文献类型 语种选择 人或动物 性 别 文献子集 年龄限定 全文、文摘 字段
例:查找 2000年以来新生儿肝炎治疗方面的综述文献 分析重点: 年 限 2000-2010年 检索词 新生儿(Newborn)、肝炎 (Hepatitis)、治疗(therapy) 逻辑关系 含有肝炎和治疗的文献 文献类型 综述(review)
1、输入检索词Hepatitis AND therapy ; 2、在特征栏点击“Limits”键 检索步骤: 1、输入检索词Hepatitis AND therapy ; 2、在特征栏点击“Limits”键
①出版日期选择specify date range,并填上时间 2000 1 1 2010 12 8 检索步骤: 3、条件限定: ①出版日期选择specify date range,并填上时间
检索步骤: 3、条件限定: ②文献类型(Type of Article)选择review √
√ 检索步骤: 3、条件限定: ③年龄组( Ages )选择Newborn
检索步骤: 4、点击“Search”
(四)期刊检索 期刊检索可输入期刊全称,或 Medline认可的标准缩写格式以及国际 标准期刊编号(ISSN) 例:JAMA Title: the journal of the American Medical Association ISSN: 0098-7484 (Print) 1538-3598 (Electronic)
方法一、在提问框中输入刊名全称或MEDLINE形式的刊名简称,或ISSN号,然后回车或者点击【search】 方法二:将检索入口上方search的下拉选择 Journal,然后输入刊名后点击【search】可查出刊名的简称和全称。
方法一
方法二
方法二 刊名简称 刊名全称
备注: 如果刊名与MeSH词表中的词相同,例如( gene therapy ),必须用刊名字段标识[ta],写成gene therapy [ta] 单个词的刊名也需要用[ta]限定,否则,系统将在全部字段中检索,如Science [ta]。
gene therapy
gene therapy [ta]
gene therapy [journal]
检索结果比较 检索式gene therapy 结果106673 检索式gene therapy [ta] 结果3288 检索式gene therapy [journal] 结果3288
(五)著者检索 在检索输入框中键入著者姓氏全称和名字首字母缩写,格式为:著者姓+空格+名字首字母缩写。 例:查找黄燮南发表的文章,可以输入: huang xn或huang x n 或huang xn[au]。 如果在检索框中只输入姓而没限制在[au]字段里查找,则系统将在MeSH和文本词以及著者索引中进行匹配。
(六)主题词检索 可选择规范化主题词、副主题词, 查看词义注释、浏览树状结构表等,执 行主题词检索可以提高检索效率。 词表每年更新。
Adie syndrome 输入词语 选择MeSH数据库
有关Adie syndrome的释义 副主题词 主要主题词限定 限制下位词扩展 树状结构表
四、检索结果管理 (How to manage the result) (一)命中文献的显示 (二)检索结果的获取
(一)命中文献的显示 1、主要显示格式: Summary Format(缺省格式) Abstract Format (文摘格式)
Summary format (缺省格式)
Abstract format (文摘格式)
2、排序方式: Pub Date 出版时间 Author 作者名称 Journal 期刊名称
排序方式有pub date、 author、journal、title
所有命中文献记录总数 综述文献总数,双击便可打开所有综述文献 双击免费全文献记录总数即可免费打开全文
(二)检索结果获取 1、命中文献的保存 ⑴ 使用浏览器的“另存为”功能,文件 格式为html格式. ⑵ 使用系统发送功能,例如text、 file、 clipboard、e-mail等。
⑴ 使用浏览器的“另存为”功能 使用浏览器的“另存为”功能
⑵ 使用系统发送功能
选择发送方式
E-mail发送 填写邮箱地址
2、检索策略的保存 ⑴ 使用浏览器的收藏夹功能; ⑵ 使用系统个人文档存储器(My NCBI)功能。
⑴ 使用浏览器的收藏夹功能
将检索策略保存到收藏夹。
将检索页面存入浏览器收藏夹。使用时,打开收藏夹进入此网页即直接实施检索
⑵ 使用系统个人文档存储器(My NCBI)功能
为用户免费注册,提供检索策略存储空间,并能更新。 用户名 密码 为用户免费注册,提供检索策略存储空间,并能更新。
例题:请检索糖尿病(diabetes)治疗方面的文献(主题词检索)