MiRanda Java Interface v1.0的使用方法
首先我們先到http://www. microrna. org/miranda_new 首先我們先到http://www.microrna.org/miranda_new.html，這一個網站，去下載MiRanda Java Interface v1.0 按這裡便可以下載（你的電腦必須有支援JAVA）
下載下來會得到這樣一個物件 ，再將這一個物件解壓縮，就可以得到這一些資料夾 ，打開bin的資料夾 按下它
Load miRNA sequence是用來讀取miRNA的序列檔案。 Load UTR sequence是用來讀取與miRNA序列比對的序列。 Save Output是用來儲存比對後的結果。
Copy是將選取的文字複製下來。 Select All是將複製所有得文字。
Clear 是指將所有結果全部清除。
Properties是來設定比對的條件。
接下來說明有關設定 Score Threshold是用來設定分數的門檻值。 Energy Threshold是用來設定能量的門檻值。 Sacling Factor是指輸出的結果與實際上結果的差距不會超過所設定的比率。
我們先用下載時就有的範例， 來示範。 首先，先載入miRNA的序列。
再載入想要與miRNA比對的序列。
按下分析鍵，就可以的到你想要的結果了。(注意:序列的長度不可超過10萬，否則會產生錯誤。)