生物数据库
什么是数据库 生物数据库分类 常用数据库介绍
什么是数据库 数据库是一类用于存储和管理数据的计算机文档，是统一管理的 相关数据的集合，其存储形式有利于数据信息的检索与调用 数据库开发的主要任务就是将数据以结构化记录的形式进行组织 以便于信息的检索 关系型数据库，非关系型数据库 关系型数据库：把复杂的数据结构归结为简单的二元关系，MySQL 非关系数据库(NoSQL): not only MySQL, 键值存储数据库（key-value）： Redis 列存储（Column-oriented）数据库： Hbase 面向文档（Document-Oriented）数据库 ： Mongodb 图形数据库 ： Neo4J
生物数据库 数量多，目前已有超过4000个生物数据库 种类全，包含生物研究的各个方面 《Nucleic Acids Research》杂志每年的第一期中详细介绍最新 版本的各种数据库 https://academic.oup.com/nar/issue/47/D1
http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/#
生物数据库分类 一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据， 只经过简单的分类整理和注释 二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，在一 级数据库、实验数据和理论分析的基础上建立
生物数据库分类 Literature Databases Nucleotide Sequence Databases RNA sequence Databases Protein sequence Databases Metabolic and Signaling Pathways Gene Expression Databases Other Databases Ontology Images …… Nucleotide Sequence Databases ： 基因结构，序列，注释，SNP RNA sequence databases ： 序列，注释，结构 Protein sequence databases： 注释，序列，定位，结构 Metabolic and Signaling Pathways： 代谢通路，interaction
常用生物学数据库 NCBI/DDBJ/EBI SWISS-PROT PIR TrEMBL UniProt PDB KEGG
NCBI 由美国国立卫生院于1988年 创立，包含多个数据库，提 供数据分析和资源检索 Entrez 跨数据库搜索引擎 Pubmed 文献 序列，Gene，Nucletide 表达信息，GEO
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
UniProt 整合Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大数据库的数据而成， 是信息最丰富、资源最广的蛋白质序列数据库，包含3部分： UniProtKB、UniRef、UniParc https://www.uniprot.org/
PDB 美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的，由结构生物信息学研究 合作组织(RCSB)维护，是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核 酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通 过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、 多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库 http://www.rcsb.org/
KEGG 全称京都基因与基因组百科全书,是关于基因、蛋白质、生化反应 以及通路的综合生物信息数据库，包含多个子库 http://www.genome.jp/
GO Further Database Atlas Database Development DaTo2 Database Commons NAR database list Database Development SQL NoSQL
练习 查找2019年Nucleic Acids Research 的Database issue并下载 综合评述 查找生科院2019年4月3号发表在Nature关于遗传补偿效应的文 章 PMID，DOI信息 斑马鱼UPF3A在人类中的同源蛋白，Entrez ID，Uniprot ID，序列，功 能，蛋白质结构，Interaction，通路，GO注释，表达谱等信息