PubMed生物医学数据库检索方法与技巧

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1 PubMed生物医学数据库检索方法与技巧
刘春艳 北京大学医学图书馆信息咨询部

2 主要内容 PubMed概况 PubMed数据来源 PubMed检索机制 PubMed检索运算符 PubMed检索方法 结果的显示、打印、保存
其他辅助功能

3 1. PubMed概况 创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)
1997年6月开始向全球开放 特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。

4 2. PubMed数据来源 MEDLINE： [pubmed-indexed for medline]
In Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。[pubmed-in process] Publisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有[PubMed-as supplied by Publisher]。

5 3. PubMed检索机制 自动转换匹配功能 (Automatic Term Mapping)

6 3.1 自动转换匹配功能 对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：
MeSH表 期刊刊名表 短语表 作者索引 如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。

7 人重组三叶因子（human recombinant trefoil factor）
("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) AND recombinant[All Fields] AND ("trefoil factor"[Supplementary Concept] OR "trefoil factor"[All Fields])

8 4. PubMed检索运算符 逻辑运算符

9 逻辑运算符 ①逻辑“与”运算AND： 检索式写成A and B，表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。
AIDS and therapy ②逻辑“或”运算OR： 检索式写成A or B，表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。 AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome ③逻辑“非”运算NOT： 检索式写成A not B，表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。 Hepatitis not Animal

10 PubMed 网址 IP地址：http://pubmed.gov Leukemia
"leukaemia"[All Fields] OR "leukemia"[MeSH Terms] OR "leukemia"[All Fields]

11 基本检索 高级检索 主题检索 临床咨询

12 5. PubMed检索方法 5.1 基本检索 5.2 高级检索 5.3 主题检索 5.4 临床咨询

13 5.1 基本检索 默认检索字段为主题、作者、期刊

14 5.1 基本检索 关键词、词(词组)或短语： ⑴ 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；
⑵ 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”； ⑶ 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。 限制检索字段：如liver cancer[ti] 作者：Smith J 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smith[au] 2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索 如：Joshua Lederberg

15 5.1 基本检索 期刊刊名： ⑴可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]；
⑵可用期刊简称：JAMA[TA]；(The Journal of the American Medical Association) 复杂表达式：liver cancer AND aflatoxin 带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND hasabstract

16 基本检索举例：肝癌和酒精的关系 两个主题之间的逻辑关系是AND，即 分析该检索课题，包含两个方面： 肝癌：liver cancer；
酒精：alcohol 两个主题之间的逻辑关系是AND，即 liver cancer AND alcohol

17 输入：liver cancer AND alcohol
基本检索举例：肝癌和酒精的关系 输入：liver cancer AND alcohol

18 “肝癌和酒精的关系”的基本检索结果

19 5.2 高级检索 高级检索

20 5.2 高级检索

21 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献
分析该检索课题，包含两个方面： 作者为：马大龙（ma dl）； 作者单位为： 北京大学（peking university）。

22 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献
输入：ma dl Peking university

23 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献

24 点击MeSH Database打开主题检索界面
5.3 主题检索 根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。 点击MeSH Database打开主题检索界面

25 基本检索 高级检索 主题检索

26 5.3 主题检索

27 主题词(headings)： 直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达如：肿瘤 cancer Carcinoma
Tumor Neoplasm …… Neoplasm

28 副主题词(subheadings)： 副主题词：用于对主题词的某一特定方面加以限定，强调主题概念的某些专指方面。
如：治疗（therapy）、外科学（surgery）、 代谢（metabolism）、 诊断（diagnosis） 主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。 如：白血病的药物治疗 leukemia/drug therapy 但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。

29 TI - [Bisoprolol: opportunities in the treatment of hypertension].
AB - Bisoprolol (bisoprolol fumarate) - -cardioselective blocker, does not possess intrinsic sympathomimetic and membrane stabilizing activity. The main indications for bisoprolol are arterial hypertension (AH) and heart failure. This article provides an overview of the literature on the potential uses of bisoprolol in the treatment of hypertension. The features of the pharmacokinetics of the drug. The data on the effectiveness of bisoprolol in hypertension and tolerability in patients with concomitant disorders………. AU - Minushkina LO SO - Kardiologiia. 2012;52(6):80-5. MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Biological Availability MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Comorbidity MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology MH - Humans MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology MH - Perioperative Care/methods MH - Therapeutic Equivalency MH - Treatment Outcome

30 MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse
effects/pharmacokinetics MH - Biological Availability MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics MH - Comorbidity MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology MH - Humans MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology MH - Perioperative Care/methods MH - Therapeutic Equivalency MH - Treatment Outcome

31 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”； 对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。 同时这两个概念之间是AND的关系。

32 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用

33 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用

34 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用 副主题词

35 主要主题词 不扩展下位树

36 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用

37 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第1步：检索长春新碱/治疗应用

38 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法

39 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法

40 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法

41 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献
第2步：检索白血病/药物疗法

42 主题检索举例： 长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献

43 5.4 临床咨询和系统评价 可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；
也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。

44 5.4 临床咨询和系统评价 检索医学遗传学研究方面的文献 临床咨询 系统评价

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46 6. 结果的显示、打印、保存 显示 保存、打印

47 6.1 结果的显示 显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下4种：
（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。 （2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。

48 6.1 结果的显示 （3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。

49 6.1 结果的显示

50 6.2 检索结果的保存 保存记录 在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。
选择“ ”，则可将结果发送至邮箱。 在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。

51 6.2 检索结果的保存

52 7 其他辅助功能 7.1 检索策略的存储和调用 7.2 全文链接 7.3 相关文献链接

53 7.1 检索策略的存储和调用 使用My NCBI(Cubby) 首先要登记注册 保存检索策略 定期浏览新的检索结果

54 7.2 全文链接-摘要格式显示

55 7.2 全文链接-打开单篇详细页面

56 7.3 相关文献链接

57 7.3 相关文献链接

58 综合检索实例 腹痛的并发症 检索课题中包含两个主要概念：腹痛、并发症 采用主题词途径和基本途径相结合方法进行检索。

59 第一步，输入相应的主题词 “Abdominal Pain”为了不遗漏文献，主题检索有关设置为：主题词扩展、不加权 ，组配相应的副主题词“Complications” ；

60 第二步，在基本检索框中输入（abdominal pain OR bellyache OR celiodynia OR celialgia OR coeliodynia）AND complication进行基本检索；

61 第三步，点击“advanced”，根据尽量不遗漏文献的需要， 在检索框中输入 #7 OR #9或者点选相应检索式前的方框，再点击“OR”按钮，进行检索。

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63 检索练习 （1）检索雌激素受体基因多态性与心血管疾病关系的文献 （2）眼结核引起失明的文献
Estrogen receptors gene polymorphism cardiovascular diseases （2）眼结核引起失明的文献 ocular tuberculosis Blindness （3）检索有关“医院水净化（Water Purification）管理”方面的综述文献 Review Water Purification （4）叶酸预防神经管畸形 folic acid neural tube defects

64 （5）题目中有青霉素G的原文为英文的综述文献
penicillin G Review (6)检索2008年以前关于青少年（13-17岁）横纹肌溶解症（rhabdomyolysis）诊断方面的文章。 Adolescent: 13-17岁 2008年之前 Rhabdomyolysis diagnosis