APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Oct. 2005, p 報告者：簡鈺晴

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1 APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Oct. 2005, p. 6126-6133 報告者：簡鈺晴
Genetic variation of the Bloom-Forming Cyanobacterium Microcystis aeruginosa within and among Lakes: Implications for Harmful Algal Blooms APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Oct. 2005, p 報告者：簡鈺晴

2 背景及目的 有毒藻之藻華現象- Microcystis aeruginosa 研究 此藻種之多樣性 為何從基因的角度 形體差異
基因差異（在同一族群或不同族群間） 為何從基因的角度 無法由形體辨識是否產毒

3 實驗方法 （數據取得方式） 9湖泊取樣 實驗 統計分析 分離純藻種 培養藻種 存活率 Relationship G-test AMOVA
基因變異數分析 統計分析 Relationship G-test AMOVA

4 存活率 實驗設計 高磷、高氮(NH3)、高溫滅菌 高磷、高氮(NH3)、過濾滅菌 高磷、低氮(NH3) 、高溫滅菌
低磷、低氮(NO3) 、高溫滅菌 五種培養基 （BG-11, n=3) （WC, n=2)

5 存活率 數據分析 Survivorship(%) = surviving no./ collected no.
湖泊總磷（log TP) v.s 存活率 (log(% isolate survial )) 湖泊總磷（log TP) v.s 葉綠素a (log-chla) Linear regression tested 不同培養基中存活率是否不同 高營養（BG-11, n=3)、低營養 （WC, n=2) G-test

6 G-test G-test, although it is also sometimes called a log-likelihood test or a likelihood ratio test. With sample sizes between 50 and 1000, it generally doesn't make much difference which test you use, so you shouldn't criticize someone for using the chi-square or G-test The G-test of independence is used for two nominal variables, not one.

7 存活率 結果 Survival rate Relationship 培養基的影響 Range: 0-30%
Mean ± SD , 7.4 ±2.1% Relationship 湖泊總磷與高營養培養基 之存活率中度相關 培養基的影響 （G = 38.7, df=4, p<0.001) Slope= 0.943 r2=0.407 p=0.014 n=14

8 基因變異數分析 基因型（％） 測是否含產藻毒基因(mcyA) 重建種係關係 (THIP-profile, two primers)
實驗 基因型（％） 測是否含產藻毒基因(mcyA) 重建種係關係 (THIP-profile, two primers) DNA 萃取

9 基因變異數分析 PCR result of HIP primers

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11 DNA變異分析之原理 序列　　　　　　差異處 Seq 1: AATTAATTCG　→ＡＴＴ Seq 2: AACCAATTCG　→ＡＣＣ Seq 3: AGTTAATTCG　→ＧＴＴ Seq 1和Seq 2間差了兩個鹼基，Seq 1和Seq 3卻只差一 個鹼基。然而三條序列在Wright’s F的觀點下都被視為 不同的alleles。

12 AMOVA 10 colonies  3 stranis Microcystis aeruginosa Population Colony
Strain 是「一群族群」的資料，「族群內」的資料其實是包含在「一群族群」的資料之內。 8 colonies  8 stranis 7 colonies  1 stranis

13 http://www.docstoc.com/docs/2370106/Analysis-of- Molecular-Variance-(AMOVA)

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19 基因變異數分析 基因型（％） Percent distinct genotypes = no. of distinct genotypes
Range: % Mean ± SD , 78 ±7.8% no. of distinct genotypes no. of isolates analyzed

20 基因變異數分析 AMOVA 用來評估湖泊藻族群內與藻族群間單體的差異 41%基因變異解釋湖泊間藻基因之不同
59%基因變異解釋湖泊內藻基因之不同

21 基因變異數分析 p value of Φsc

22 基因變異數分析 結果 AMOVA 各湖泊藻種基因之變異 41%基因變異解釋湖泊間藻基因之不同 59%基因變異解釋湖泊內藻基因之不同

23 討論 表(p value of Φsc)是否應該對角對稱 比較表 Paper Course Note G-test χ2
觀察值,平均值之比較 AMOVA ANOVA 單因子變異數分析 F-test (or F-statistics) Φ-statistics 檢定變異數

24 Q & A section

25 Phi coefficient the phi coefficient φ or rφ is a measure of association for two binary variables.