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MiRanda Java Interface v1.0的使用方法
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首先我們先到http://www. microrna. org/miranda_new
首先我們先到 Java Interface v1.0 按這裡便可以下載（你的電腦必須有支援JAVA）
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下載下來會得到這樣一個物件 ，再將這一個物件解壓縮，就可以得到這一些資料夾 ，打開bin的資料夾
按下它
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Load miRNA sequence是用來讀取miRNA的序列檔案。
Load UTR sequence是用來讀取與miRNA序列比對的序列。 Save Output是用來儲存比對後的結果。
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Copy是將選取的文字複製下來。 Select All是將複製所有得文字。
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Clear 是指將所有結果全部清除。
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Properties是來設定比對的條件。
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接下來說明有關設定 Score Threshold是用來設定分數的門檻值。 Energy Threshold是用來設定能量的門檻值。 Sacling Factor是指輸出的結果與實際上結果的差距不會超過所設定的比率。
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我們先用下載時就有的範例， 來示範。 首先，先載入miRNA的序列。
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再載入想要與miRNA比對的序列。
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按下分析鍵，就可以的到你想要的結果了。(注意:序列的長度不可超過10萬，否則會產生錯誤。)
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