科研必备技能许忠平.

科研必备技能许忠平

NCBI数据库的使用找序列查文献

官网： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 文献搜索蛋白序列使用方法：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf 蛋白序列核酸序列

查文献

找序列通过基因名字

找序列: 通过序列比对 blastn blastp

Fasta或fa格式

序列比对方式输入fasta/fa序列期望值比对物种比对算法额外比对参数
当将期望选项值调小时，返回的数据库搜索结果将变少，匹配被搜索到的概率也会变小。增大E值将返回更多的结果。比对物种比对算法额外比对参数

E value:这个指标与其他指标不同，它的数值越小相似程度越高，其他几个（如Totle score）都是数值越高相似度越高

棉花数据库

序列比对 Sequence Alignment

文献搜索和下载

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mRNA-seq：寻找差异表达基因基因表达水平分析差异表达基因分析差异表达基因筛选及聚类分析差异基因GO富集分析

文本编辑应用：工欲善其事，必先利其器 EditPlus Sublime UltraEdit komodo-ide

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