南方医图书馆系列讲座课件下载地址http://lib.smu.edu.cn/Article.aspx?id=13 中科院图书馆开放信息素质教育服务平台 http://il.las.ac.cn/index.php/%E9%A6%96%E9%A1%B5 网易云课堂---中科大“文献管理与信息分析”课 http://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=304003#/courseDetail

用于检索外文期刊论文的 摘要型数据库 SMU图书馆 文献采编部 许四洋 2013-10-21

Outline: 1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 2 不同数据库之间在收录文献方面的对比 3 在PubMed中 如何检索一个课题的相关文献？ 4 对PubMed检出文献的分析？

1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 摘要型数据库 (bibliographic database) PubMed （MEDLINE） BIOSIS Preview(生物学文摘) EMBASE.com Science Citation Index (Web of Science) Engineering Index ( Engineering Village) 　 Chemical Abstract (化学文摘) SciFINDER

PubMed与MEDLINE 指标 检索系统 检索 年限 收录 范围 方法 结果 MEDLINE 1965— 上个月 专业性 要求高 部分有全文链接 PubMed 1800？—update Old MEDLINE Pre-MEDLINE Publisher Supplied… 简化 部分有电子期刊全文链接 6

更细分专业的数据库 护理 The British Nursing Index (BNI) 心理 PsycLIT 药学 International Pharmaceutical Abstract 。。。。。。

数据库介绍（药学领域外文论文） Derwent Drug File International Pharmaceutical Abstract Drug Information Fulltext

1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 摘要型数据库 (bibliographic database) PubMed free online BIOSIS Preview 学校图书馆已经购买

1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 摘要型数据库 (bibliographic database) EMBASE.com Science Citation Index (Web of Science) Engineering Index ( Engineering Village) 　 。。。 。。。

1 数据库介绍（生物医学领域外文期刊论文） 摘要型数据库 (bibliographic database) Chemical Abstract (化学文摘) SciFINDER 只能到中大或华工等图书馆使用

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比 1999年英国循证医学中心和MCDONALD对有关“PSYCHIATRY AND NEUROLOGY”学科方面的4个 生物医学数据库收录期刊进行了比较，收录相关专业 期刊多寡顺序为： PsycLIT(73％) EMBASE(67％) MEDLINE(47％) BIOSIS(48％) 91% 75%

2 不同数据库之间在收录文献方面的对比 美国休斯顿Baylor医学院的Mafia分别用MEDLINE和EMBASE检索了1988和1994年有关rheumatoid arthritis(RA)，osteoporosis(OP)和low back pain(LBP)临床对照试验(controlled clinical trims)方面的英文文献，EMBASE 检出率 90％，MEDLINE检出率77％，不重合部分32％。

BP and MEDLINE and EMBASE

Biosis Previews and EMBASE

BP and MEDLINE (PubMed)

跨库检索的平台 EMBASE.com EMBASE MEDLINE Web of Knowledge MEDLINE, BP, SCI, …… www.scirus.com PubMed ScienceDirect …… SMU读者可用 www.googlescholar.com PubMed 开放获取期刊 ……

3 在PubMed中 如何检索一个课题的相关文献？ 基本检索功能 利用不同字段，高效完成检索 利用MeSH，进一步提高检索效率 针对临床的两个检索工具 clinical query topic-specific query

PubMed简介 National Library of Medicine管理下的 National Center for Biotechnology Information (NCBI)建立的生物医学文献数据库，使用NCBI的Entrez检索平台。

NCBI 数据库系统

生物信息学资源推荐 华中农业大学 生物信息学 http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/ 北京大学生物信息中心 华中农业大学 生物信息学 http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/ 北京大学生物信息中心 http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/ 生物信息学研究论坛网 http://www.bioxxx.cn/forum.php 生物信息学天空 http://www.bioinfosky.com/portal.php

PubMed简介(cont’d) 检索生物医学期刊论文的摘要数据库； 收录文献的时间范围： 1800？？- Update everyday (Tuesday - Saturday)

外文文献起始：PubMed 全文数据库 摘要型数据库 ScieneDirect SpringerLink Ebsco Ovid LWW Science online Wiley … … 全文数据库

最老的？

最新的！

PubMed简介(cont’d) 来源期刊 5376 English 4806 （约占85%) 期刊论文发表时所用的语言 Chinese 69 French Japanese Italy Germany … … 期刊论文发表时所用的语言

PubMed检索 基本检索功能 利用不同字段，高效完成检索 利用MeSH，进一步提高检索效率 针对临床的两个检索工具 clinical query topic-specific query

Gene targeting

Gene targeting 你的检索词被处理后，变成这样的检索式

PubMed检索 Automatic Term Mapping 对于用户在检索框中输入的检索词或词组，系统将依次到MeSH词转换表、短语表（Phrase list）、作者索引、期刊名称索引中进行词语匹配查找。

PubMed检索 Automatic Term Mapping的基础 PubMed使用的词表： 2013版的MeSH词表收录有26 853个主题词（Medical Subject Heading） 213 000个入口词(entry term)

PubMed检索 有关高频心电图的自动分析的文献 high frequency electrocardiography AND automatic analysis 这样一个检索式，会被处理成什么样？

(Automatic[All Fields] AND ("analysis"[Subheading] OR Analysis[Text Word])) AND (High[All Fields] AND ("epidemiology"[Subheading] OR ("epidemiology"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "epidemiology"[MeSH Terms] OR Frequency[Text Word]) AND (("electrocardiography"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "electrocardiography"[MeSH Terms] OR Electrocardiogram[Text Word]))

提高检索的效率：词组检索 在词组的首尾加“ ” 在词组最后一个词的末尾加* 在词组后限定检索字段，如[TI] 如何实现词组检索

" gene targeting "

Gene targeting*

Gene targeting*

Gene targeting[TIAB］

Gene targeting[TI］

PubMed高级检索

PubMed 常用字段 tag Field name Tag field name AB Abstract摘要 TI Title AD MH Affiliation 单位 MH MeSH Terms主题词 AU Author  PT Publication Type DP Publication Date SO Source TW Text Word TA Journal Title TIAB TItle/ABstract LA Language IS ISSN  CP Publication Country

检索有关粘脂质累积症的相关文献 mucolipidoses

粘脂贮积症(mucolipidoses)又称包涵体细胞病(inclusion cell disease)，简称I-cell病。其临床特征表现为出生时就有明显的临床和X线异常，反应迟钝，皮肤成纤维细胞培养有大量粗大细胞质包涵体。 Leroy等(1967)最早发现此病,Spranger(1970)将其分类为黏脂贮积症Ⅱ型.

全！ 准？

提高检出文献的相关度 （检准率） 特定字段检索 （Fields Search） Title 题目 MeSH Major Topic 主要医学主题词 MeSH 医学主题词 Title/Abstract 题目或摘要 Text word 文本词或关键词

PubMed检索 文献太多，如何保证查全和查准？ Mesh(Medical Subject Headings) 词表！

主题词 关键词 流感, 禽 禽流感、鸟流感、家禽瘟症、鸡瘟 Neoplasms Neoplasm、Tumors、Tumor、Cancer····· Aspirin Aspirin、Acetylsalicylic Acid、Micristin、Solprin·····

为什么要用MeSH主题词检索？

MeSH term Mucolipidoses

提高检出文献的数量与相关度 （mucolipidosis[TIAB] OR mucolipidoses[TIAB]） OR （mucolipidosis[Text Word] OR mucolipidoses[Text Word] ）OR mucolipidoses[MeSH]

Publisher Supplied Citations PubMed都有些什么数据内容呢？ MEDLINE OLDMEDLINE PubMed PreMedline Publisher Supplied Citations PubMed not Medline

MEDLINE-记录中用[indexed for MEDLINE] 数据来源于1966年始美国和其他70多个国家(包括中国在内)出版的4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、健康保健等学科，目前已达1 500万余条，并以年30余万条递增。 OLDMEDLINE-记录中用[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966] 以早期印刷版《美国医学索引》（CIM）为主要收集对象，目前收录约200万条1951一1965年间生物医学文献，无文摘、未经主题词标引。

未及加工、标引(尚未规范化处理）的新收文献，这部分文献每日更新一次。 PreMedline-记录中用[PubMed－in Process] 未及加工、标引(尚未规范化处理）的新收文献，这部分文献每日更新一次。 Publisher Supplied Citations-记录中用[PubMed-as supplied by publisher] 。 由出版商直接传输的电子型文献，每日都有新加入文献。 PubMed not Medline- 记录中用[PubMed] 部分Medline期刊(如一些科学通论期刊和化学期刊)未收录的文献,全文电子期刊PMC ( PubMed Central)上发表的文献。

PubMed检索 减肥药的副作用方面的英文文献？ （要求涉及的研究对象为19-24岁的年轻女性。） "Anti-Obesity Agents/adverse effects"[Mesh] Limits: 时间、语言、实验对象、性别

PubMed检索 请利用PubMed检索2000年以来有关65岁以上老人阿尔茨海默病（Alzheimer Disease）死亡率（mortality）的多元分析 (meta analysis)文献。 Filters：发表时间；实验对象；

"Alzheimer Disease/mortality"[Mesh] #1 meta - analysis[MeSH] # 2 　review literature[MeSH] # 3 　meta – analy* [ TW] # 4 　(systematic* AND (review* or overview) # 5 　meta - analysis[ PT] # 6 　review[ PT] # 7 　review[ TI] # 8 　review literature[ PT] # 9 #1 OR #2 OR #3 OR #4 OR #5 OR #6 OR #7 OR #8

PubMed检索 检索拉赫散·依尔玛兹(Rahsan Yilmaz)的文献 Yilmaz, R zhong sz 利用 author index ，结合作者的单位， 全面检索一位作者发表的文章。

PubMed检索：辅助检索的功能键 Filters 条件的增、减 Detail 检查系统执行的检索式 History 检索历史 Index 索引

PubMed检出结果的显示 检出结果的显示格式 summary 填写参考文献的基本信息 abstract 提供全文链接 medline 可以帮助查看MeSH字段 保存、输出到Endnote

Display: Summary

PubMed中的非英文文献

Display: Abstract

Display: MEDLINE

PubMed检出结果的处理 检出结果保存到EndNote或NoteExpress 以MEDLINE格式保存，选择滤镜导入 检出结果的全文获取 SMU图书馆已经购买的全文 free fulltext 图书馆的文献传递服务 丁香园文献求助

4 对PubMed 检出文献的分析 全文分析软件Quosa 。。。。。。 （1） 提供文献分析功能的平台 http://www.pubmedplus.cn www.gopubmed.com ISI Web of Knowledge www.scirus.com （2）文献内容分析软件 文本信息分析软件RefViz 全文分析软件Quosa 。。。。。。

http://www.pubmedplus.cn/

http://www.gopubmed.com/

http://www.scirus.com/

GoPubmed—GO+MeSH 知识挖掘工具 GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作，利用生物信息学相关知识开发的一个可以对PubMed检索结果进行探索、分析的工具。 http://www.gopubmed.com/

Gene Ontology (GO) Controlled vocabulary for the annotation of gene products http://www.geneontology.org/ 19,468 terms. 95.3% with definitions 10391 biological_process 1681 cellular_component 7396 molecular_function

利用GoPubMed了解四个“W” W W W W What Who Where When

Gene targeting[TI］

Gene targeting[TI］

“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同年代发文趋势 不同国家在这方面的文献产出量排名 不同城市在这方面的文献产出量排名

“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同年代发文趋势图形

“gene targeting”相关文献的统计分析： 不同期刊发文量的排名

gene targeting相关文献的统计分析： 相关文章中高频率出现的热点词汇排名 产文量最多的作者排名

gene targeting相关文献的统计分析： 产文量最多的作者之间的合作关系

gene targeting相关文献的统计分析： 从高频出现的词汇(top terms)和学科(knowledge base)的角度

gene targeting相关文献的统计分析： 从学科(knowledge base)的角度挑选出涉及蛋白研究的一批论文

THANK YOU!

CONTACT detail : 办公室：图书馆三楼 文献采编部 电 话: 020-61648051 办公室：图书馆三楼 文献采编部 电 话: 020-61648051 E-mail: xsy2004@fimmu.com QQ: 852832875