蛋白数据库应用解析
内容 1:蛋白数据库 2:免疫学数据库 (结合本周教学主题) 方式 网络在线操作演示为主
蛋白质数据库 序列数据库 模体及结构域数据库 结构数据库 分类数据库
序列数据库 UNIPROT(Universal Protein Resource) PIR(protein information resource) SWISS-PROT TrEMBL
结构数据库 PDB(Protein Data Bank)
蛋白结构显示软件 PyMol RasMol VMD Cn3D
PyMOL-created Journal Covers
蛋白结构显示软件PyMol
Pymol 软件演示
免疫信息学数据库 数据库 网址 说明 IMGT http://imgt.cines.fr/ KABAT http://immuno.bme.nwe.edu/ 包含较完整的免疫学相关蛋白的基本信息和分类及不同物种的MHC, IG, TCR以及其他免疫相关分子序列 SYFPEITHI http://www.syfpeithi.de/ 收录了来自人类和其他物种MHC-I类和II类配体的序列和基序 HIV databases http://www.hiv.lanl.gov/content/index 收录HIV细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位和抗体结合位点,提供了表位比对、基序检索、序列定位等免疫信息学工具 HCV immunology http://hcv.lanl.gov/content/immuno/immuno-main.html 收录CD8+和CD4+ T细胞的HCV抗原表位,蛋白组表位图谱 dbHMC http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mhc NCBI为人类主要组织相容性复合物相关的DNA和临床数据创建的一个开放平台
数据库 网址 说明 AntiJen http://www.jenner.ac.uk/AntiJen 含T细胞表位、B细胞表位、TCR-MHC相互作用以及MHC和TAP配体定量结合数据的关系型数据库,数据来源于已发表的结果 Bcipep http://www.imtech.res.in/raghava/bcipep/ 收录能引起体液免疫应答的B细胞表位,有助于B细胞表位预测方法的开发、合成肽疫苗设计和疾病的诊断 SDAP http://fermi.utmb.edu/SDAP/ 提供了肽段匹配工具,可筛检蛋白质中是否含有已知变应原的IgE表位,能迅速确定变应原之间的交叉反应性 Allergen http://allergen.csl.gov.uk/ 过敏原数据库 Protall http://www.ifrn.bbsrc.ac.uk/protall 收录导致IgE超敏反应的植物性食物变应原及其生化与临床信息 CID http://www2.licr.org/CancerImmunomeDB/ 肿瘤免疫组数据库 CD40Lbase http://www.expasy.org/cd40lbase/ 收录了CD40配体缺陷引起X染色体连锁高IgM综合征得临床与分子数据 HDB http://www.atcc.org/common/catalog/cellBiology/hdb.cfm 杂交瘤数据库
数据库 网址 说明 IEBD http://www.immuneepitope.org/home.do 抗体和T细胞表位数据库,同时提供T细胞和B细胞表位预测及表位保守度和同源图谱分析工具 MPID http://surya.bic.nus.edu.sg/ MHC-多肽相互作用数据库,收录MHC-I和II类分子与相应配体相互作用的结构信息及特征 IPD-MHC http://www.ebi.ac.uk/ipd/mhc/ 收录了大量物种的MHC序列 MHCBN http://imtech.res.in/raghava/mhcbn MHC结合肽或非结合肽数据库,提供与MHC相关联的自身免疫疾病信息 APD http://aps.unmc.edu/AP/main.php 抗菌肽数据库,提供BLAST比对,关键词检索等多项服务 FIMM http://sdmc.lit.org.sg:8080/fimm/ 集成功能免疫学数据库 HLA-ligand/motif http://hlaligand.ouhsc.edu/index_2.html MHC配体、T细胞表位及结合基序数据库 MotifScan http://www.hiv.lanl.gov/content/immunology/motif_scan/motif_scan HLA基序数据库 摘自:现代检验医学杂志,2009;24(1):110-112
Immuno polymorphism database 免疫多态数据库 Immuno polymorphism database
the international immunogenetics database 国际免疫遗传学数据库 the international immunogenetics database
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