黎建辉 2010-05-15 INF方面阶段性总结

主要内容 稳定版本（V1.3） 功能 性能 共同推进 3总结分享 未来思考

1DarwinTree 1.2平台建设进展 1.1背景、需求 陆地植物系统发育分析的数据获取和整理 国际公共数据的自动获取、实时更新 CNIC、EBG、IB “三方两地”合作研究建设 业务需求 信息自动化取代非必要且易出错的手工劳动； 面向系统发育学分析的数据汇交、共享和保藏环境； 流程化数据密集型分析环境和高性能的计算环境。 1.2平台建设进展 陆地植物系统发育分析的数据获取和整理 国际公共数据的自动获取、实时更新 自有数据整合管理 国际公共数据的预处理和清洗 面向陆地植物系统发育的数据密集型分析平台的构建 陆地植物系统发育分析的流程化与模块化 基于Web的个性化空间 陆地植物系统发育分析工作流的参数定制 生命树的可视化展现

1DarwinTree 1.3工作团队 1.4创新tips 目前面向人群 博士25，硕士19，高级职称12 分析任务： 4023 结果文件 （自8.23） 工作方式 网络会议三方隔周进行 开发团队每两周总结、自检 会议简报 项目进展 国内外植物系统发育 分子数据库应用平台的最新报道等 1.4创新tips 在应用领域上的创新 扩展动物、植物、微生物、TOL 在应用技术上的创新 自适应的选择合适的运算环境 利用中心海量存储及其处理环境 科研领域数据密集型分析平台 在系统发育学研究上的 创新 基因数据的实时自动更新筛选 多基因（1+x）数据分析实现 系统进化树的自动生成

2 INF工作(2010.2-5.15) 2.1月份规划 1~2V1.1版本完善、项目商议规划 3 整个网站改版完成、数据自动更新推送 3 整个网站改版完成、数据自动更新推送 4 自测数据上传规程、兰科数据案例分析 5 分析及展示测试、V1.2完善发布 计划书

2 INF工作(2010.2-5.15) 2.2对应工作如下： 平台新版本发布 功能增加及性能优化 分类数据（刚拿到昆明所-中国植物志标准名录）

2.2.1 新版本

2.2.2 数据更新、邮件自动提醒 用户customized 数据更新发email提示

2.2.3管理员给用户组发送特定邮件

2.2.4批量数据、自测数据、高新能研究 数据质量控制、清洗

批量数据抽提 Cloud-blast MapReduce-Hadoop

自测数据质量控制

自测数据提交、审批

数据订阅（非本定数据）

增功能模块 /更新 更新 待论定

3 协作－网络会议、简报 日常的解答和数据处理协助 共建团队每2周进行网络三方会议，及时沟通生物团队和信息学团队应用环境的建设进展 同时形成会议简报，并刊登共享国内外植物系统发育和分子数据库应用平台的最新报道 除此之外每2周举行网络3方会议，及时沟通应用环境的建设进展

4 INF 总结分享 截至2010年5月，平台团队与研究领域内的学者交流论文有(3+1+2+1+2)： 孟珍1 陈之端2 黎建辉*1 刘红梅2 何星1 林小光1 张寿洲3 李勇3 胡良霖1 周园春1，陆地植物系统发育研究的工作平台构建，计算机工程（已接受） 林小光 孟珍 周园春 刘勇 黎建辉，基于ClustalW-MPI的多重序列比对并行化的研究，第七届（2009）两岸三院信息技术与应用交流研讨会论文集（已刊出） 孟珍 胡良霖 黎建辉*生物信息数据格式和数据抽提技术在PALPP中的应用，第七届（2009）两岸三院信息技术与应用交流研讨会论文集（已刊出） MENG Zhen1 LIN Xiao-guang1 H ZHOU Yuan-chun1 E Xing1 GAO Yan-ping1 LIU Yong1LIU Qi CHEN Zhi-duan2 ZHANG Shou-zhou3 LI Yong3 LI Jian-hui1※，Construction of the Application Environment for Phylogenetic Analysis of Land Plants，ISGC2010（accepted） Xiaoguang Lin, Zhen Meng, Xing He, Yong Liu, Jianhui Li, Yuanchun Zhou，A solution to integrate the phylogenetic tree’s generation based on web，ICBBE 2010 （ accepted ） 刘奇1 孟珍1刘勇1 董慧 2林小光1 杲艳平1 周园春1 黎建辉1，基于Blast的数据清洗与质量控制方案在PALPP 中的应用，计算机工程（已接受） Liu Yong, Meng Zhen, Liu Qi, Gao Yanping, Zhou Yuanchun, Li Jianhui， Screening Data for Phylogenetic Analysis of Land Plants: A parallel Approach，ICNDC 2010（submit） Yanping Gao, Zhen Meng, Xing He, Yong Liu Yuanchun Zhou & Jianhui Li*,，A solution to integration and sharing data for phylogenetic research，CODATA 2010（abstract submit） 其它一般杂志（2）

4 未来思考 未来战略 基金支持 平台完善 数据 Hadoop架构 分析 服务独立封装 自动生长及可视化 据需求 创新研发

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