組織自動處理機：為一種依序將組織固定，脫水清洗及浸潤的自動裝置。
病理醫師檢切完畢之檢體置入包埋盒，由技術人員將包埋盒放入組織自動處理機依所定程序操作。
組織自動處理機操作完成，再將組織包埋盒移至包埋工作檯的石蠟缸中，再進行包埋工作。
包埋：以溫熱之鑷子，包埋組織於 模內，並使切面與模底平行。
將模子移於冷檯上，並以鑷子持平 組織，至其固定為止。
切片：以滑動式切片機 (Sliding microtome)來切取。
用毛筆或紙片取下薄切後的石蠟切片置於冷水槽中。
用玻片將組織切片由冷水槽中移置熱水浴中(40℃~50℃) 使組織切片皺摺處，收縮或捲曲部份自動伸展成平均狀態。
置於100℃烤箱內烘乾約20分鐘。乾燥後石蠟切片即可進行脫蠟及染色步驟。
脫蠟：將100℃烘烤20分鐘處理好冷卻之切片置入Xylene中。
水化：依序分別放入100%、95%、90%、80%、70%的酒精中dip 10下，最後置於水中。
染色：將切片置於hematoxylin中， 染其細胞核，使其呈藍色。
脫色：將切片置於1% HCl/Alc 中dip 10下，再置於水中清洗。
藍化：將切片置於1% Ammonia 中dip 10下。
氧化：將切片置於流動的水中三分鐘，使染劑充分氧化。
染色：置於Eosin中一分三十秒，可染細胞質、細胞間質，使其呈淡紅至紅色。
脫水：依序分別放入70%、80%、90%、95%、100%的酒精中dip 10下。
透明：染色最後將切片置於二甲苯中，使其透亮。
封片：沾少許油膠於載玻片上。
將沾油膠的面朝下接近載玻片，以鑷子輕輕下壓。
由遠端往近端輕推，擠出多餘氣泡，即完成封片。